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万見
- EMDB-45577: Cryo-EM Structural Analysis of Human Integrin Heterodimer bound t... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-45577
タイトルCryo-EM Structural Analysis of Human Integrin Heterodimer bound to DNA Aptamer
マップデータ
試料
  • 複合体: human integrin alpha4 beta1 heterodimer in complex with DNA aptamer
    • DNA: DNA aptamer
    • タンパク質・ペプチド: human integrin alpha 4
    • タンパク質・ペプチド: human integrin beta 1
キーワードDNA aptamer / Human integrin / Cryo-EM / CELL ADHESION
機能・相同性Isoform 1 of Integrin beta-1 / Isoform 1 of Integrin alpha-4
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Wang T
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: ACS Appl Mater Interfaces / 年: 2025
タイトル: DNA Aptamer-Polymer Conjugates for Selective Targeting of Integrin α4β1 T-Lineage Cancers.
著者: Ian I Cardle / Jai Raman / Dinh Chuong Nguyen / Tong Wang / Abe Y Wu / Drew L Sellers / Trey J Pichon / Emmeline L Cheng / Nataly Kacherovsky / Stephen J Salipante / Michael C Jensen / Suzie H Pun /
要旨: Selective therapeutic targeting of T-cell malignancies is difficult due to the shared lineage between healthy and malignant T cells. Current front-line chemotherapy for these cancers is largely ...Selective therapeutic targeting of T-cell malignancies is difficult due to the shared lineage between healthy and malignant T cells. Current front-line chemotherapy for these cancers is largely nonspecific, resulting in frequent cases of relapsed/refractory disease. The development of targeting approaches for effectively treating T-cell leukemia and lymphoma thus remains a critical goal for the oncology field. Here, we report the discovery of a DNA aptamer, named HR7A1, that displays low nanomolar affinity for the integrin α4β1 (VLA-4), a marker associated with chemoresistance and relapse in leukemia patients. After truncation of HR7A1 to a minimal binding motif, we demonstrate elevated binding of the aptamer to T-lineage cancer cells over healthy immune cells. Using cryo-EM and competition studies, we find that HR7A1 shares an overlapping binding site on α4β1 with fibronectin and VCAM-1, which has implications for sensitizing blood cancers to chemotherapy. We last characterize barriers to aptamer translation, including serum stability, temperature-sensitive binding, and short circulation half-life, and synthesize an aptamer-polymer conjugate that addresses these challenges. Future work will seek to validate targeting of α4β1 tumors with the conjugate, establishing an aptamer-based biomaterial that can be readily adapted for targeted treatment of T-cell malignancies.
履歴
登録2024年6月28日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年1月22日-
マップ公開2025年1月22日-
更新2025年2月5日-
現状2025年2月5日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_45577.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_45577.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.85 Å/pix.
x 256 pix.
= 216.704 Å		0.85 Å/pix.
x 256 pix.
= 216.704 Å		0.85 Å/pix.
x 256 pix.
= 216.704 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.8465 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.03
最小 - 最大-0.0006134698 - 0.22423492
平均 (標準偏差)0.00030551633 (±0.0044311094)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 216.704 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_45577_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_45577_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : human integrin alpha4 beta1 heterodimer in complex with DNA aptamer

全体名称: human integrin alpha4 beta1 heterodimer in complex with DNA aptamer
要素
  • 複合体: human integrin alpha4 beta1 heterodimer in complex with DNA aptamer
    • DNA: DNA aptamer
    • タンパク質・ペプチド: human integrin alpha 4
    • タンパク質・ペプチド: human integrin beta 1

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超分子 #1: human integrin alpha4 beta1 heterodimer in complex with DNA aptamer

超分子名称: human integrin alpha4 beta1 heterodimer in complex with DNA aptamer
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 320 KDa

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分子 #1: DNA aptamer

分子名称: DNA aptamer / タイプ: dna / ID: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
配列文字列:
CTCCTTACTA GATGCAACCC GACTACTAAC GTCGTAAGAG AG

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分子 #2: human integrin alpha 4

分子名称: human integrin alpha 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: YNVDTESALL YQGPHNTLFG YSVVLHS HG ANRWLLVGAP TANWLANASV INPGAIYRCR IGKNPGQTCE QLQLGSPNGE PCGKTCLE E RDNQWLGVTL SRQPGENGSI VTCGHRWKNI FYIKNENKLP TGGCYGVPPD LRTELSKRI APCYQDYVKK FGENFASCQA ...文字列:
YNVDTESALL YQGPHNTLFG YSVVLHS HG ANRWLLVGAP TANWLANASV INPGAIYRCR IGKNPGQTCE QLQLGSPNGE PCGKTCLE E RDNQWLGVTL SRQPGENGSI VTCGHRWKNI FYIKNENKLP TGGCYGVPPD LRTELSKRI APCYQDYVKK FGENFASCQA GISSFYTKDL IVMGAPGSSY WTGSLFVYNI TTNKYKAFLD KQNQVKFGS YLGYSVGAGH FRSQHTTEVV GGAPQHEQIG KAYIFSIDEK ELNILHEMKG K KLGSYFGA SVCAVDLNAD GFSDLLVGAP MQSTIREEGR VFVYINSGSG AVMNAMETNL VG SDKYAAR FGESIVNLGD IDNDGFEDVA IGAPQEDDLQ GAIYIYNGRA DGISSTFSQR IEG LQISKS LSMFGQSISG QIDADNNGYV DVAVGAFRSD SAVLLRTRPV VIVDASLSHP ESVN RTKFD CVENGWPSVC IDLTLCFSYK GKEVPGYIVL FYNMSLDVNR KAESPPRFYF SSNGT SDVI TGSIQVSSRE ANCRTHQAFM RKDVRDILTP IQIEAAYHLG PHVISKRSTE EFPPLQ PIL QQKKEKDIMK KTINFARFCA HENCSADLQV SAKIGFLKPH ENKTYLAVGS MKTLMLN VS LFNAGDDAYE TTLHVKLPVG LYFIKILELE EKQINCEVTD NSGVVQLDCS IGYIYVDH L SRIDISFLLD VSSLSRAEED LSITVHATCE NEEEMDNLKH SRVTVAIPLK YEVKLTVHG FVNPTSFVYG SNDENEPETC MVEKMNLTFH VINTGNSMAP NVSVEIMVPN SFSPQTDKLF NILDVQTTT GECHFENYQR VCALEQQKSA MQTLKGIVRF LSKTDKRLLY CIKADPHCLN F LCNFGKME SGKEASVHIQ LEGRPSILEM DETSALKFEI RATGFPEPNP RVIELNKDEN VA HVLLEGL HHQRPKRYFT

UniProtKB: Isoform 1 of Integrin alpha-4

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分子 #3: human integrin beta 1

分子名称: human integrin beta 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QTDENRCLKA NAKSCGECIQ AGPNCGWCTN STFLQEGMPT SARCDDLEA LKKKGCPPDD IENPRGSKDI KKNKNVTNRS KGTAEKLKPE DITQIQPQQL V LRLRSGEP QTFTLKFKRA EDYPIDLYYL MDLSYSMKDD LENVKSLGTD LMNEMRRITS DF RIGFGSF ...文字列:
QTDENRCLKA NAKSCGECIQ AGPNCGWCTN STFLQEGMPT SARCDDLEA LKKKGCPPDD IENPRGSKDI KKNKNVTNRS KGTAEKLKPE DITQIQPQQL V LRLRSGEP QTFTLKFKRA EDYPIDLYYL MDLSYSMKDD LENVKSLGTD LMNEMRRITS DF RIGFGSF VEKTVMPYIS TTPAKLRNPC TSEQNCTSPF SYKNVLSLTN KGEVFNELVG KQR ISGNLD SPEGGFDAIM QVAVCGSLIG WRNVTRLLVF STDAGFHFAG DGKLGGIVLP NDGQ CHLEN NMYTMSHYYD YPSIAHLVQK LSENNIQTIF AVTEEFQPVY KELKNLIPKS AVGTL SANS SNVIQLIIDA YNSLSSEVIL ENGKLSEGVT ISYKSYCKNG VNGTGENGRK CSNISI GDE VQFEISITSN KCPKKDSDSF KIRPLGFTEE VEVILQYICE CECQSEGIPE SPKCHEG NG TFECGACRCN EGRVGRHCEC STDEVNSEDM DAYCRKENSS EICSNNGECV CGQCVCRK R DNTNEIYSGK FCECDNFNCD RSNGLICGGN GVCKCRVCEC NPNYTGSACD CSLDTSTCE ASNGQICNGR GICECGVCKC TDPKFQGQTC EMCQTCLGVC AEHKECVQCR AFNKGEKKDT CTQECSYFN ITKVESRDKL PQPVQPDPVS HCKEKDVDDC WFYFTYSVNG NNEVMVHVVE N PECPTGPD

UniProtKB: Isoform 1 of Integrin beta-1

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7
グリッドモデル: Quantifoil R0.6/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 時間: 60 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 76.56 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.6 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.9 µm / 倍率（公称値）: 37000
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN 626 SINGLE TILT LIQUID NITROGEN CRYO TRANSFER HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Ab-initio
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 詳細: the resolution is calculated with unmasked FSC. / 使用した粒子像数: 155996
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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