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- EMDB-45497: Rabbit RyR1 disease mutant Y523S in complex with FKBP12.6, nanodi... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-45497
タイトルRabbit RyR1 disease mutant Y523S in complex with FKBP12.6, nanodisc and inhibitor dantrolene in the presence of activating calcium
マップデータ
試料
  • 複合体: Rabbit RyR1 disease mutant Y523S in complex with FKBP12.6, nanodisc and inhibitor dantrolene in the presence of activating calcium
    • タンパク質・ペプチド: RyR1 Y523S
    • タンパク質・ペプチド: FKBP12.6
キーワードRyanodine receptor / Calcium channel / Mutation / Y523S / RyR1 / dantrolene / MEMBRANE PROTEIN / MEMBRANE PROTEIN-INHIBITOR complex
生物種Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.23 Å
データ登録者Iyer KA / Samso M
資金援助 米国, 5件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of Arthritis and Musculoskeletal and Skin Diseases (NIH/NIAMS)R01 AR068431 米国
American Heart Association19POST34430178 米国
Other privateMDA 352845
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)U24 GM116789 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)U24 GM116790 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2025
タイトル: Dantrolene inhibition of ryanodine receptor 1 carrying the severe malignant hyperthermia mutation Y522S visualized by cryo-EM.
著者: Kavita A Iyer / Takuya Kobayashi / Takashi Murayama / Montserrat Samsó /
要旨: Mutations in the skeletal isoform of the ryanodine receptor 1 (RyR1) pose grave risks during anesthesia or treatment with succinylcholine muscle relaxants. These can trigger a potentially lethal ...Mutations in the skeletal isoform of the ryanodine receptor 1 (RyR1) pose grave risks during anesthesia or treatment with succinylcholine muscle relaxants. These can trigger a potentially lethal malignant hyperthermia (MH) episode via intracellular calcium increase mainly from RyR1 channel leakage. Dantrolene is the only known treatment option to prevent death. The main target of dantrolene is RyR1; however, little is known about the mechanism of inhibition. Cryoelectron microscopy (cryo-EM) structures of dantrolene bound to the severe MH Y522S RyR1 mutant in the closed and open states at 2.5-3.3 Å resolution revealed that the drug binds to the channel's cytoplasmic assembly, far from the ion gate, interacting with residues W882, W996, and R1000 in the P1 domain. The finding was validated by Ca imaging and [H]ryanodine binding in wild-type (WT) and alanine mutants. Dantrolene reduced channel opening probability by restricting the central activation module, "cooling down" the primed conformation caused by the mutation.
履歴
登録2024年6月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年12月11日-
マップ公開2024年12月11日-
更新2025年2月19日-
現状2025年2月19日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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添付画像

emd_45497.png

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_45497.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 381.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

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その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.08 Å/pix.
x 464 pix.
= 501.12 Å		1.08 Å/pix.
x 464 pix.
= 501.12 Å		1.08 Å/pix.
x 464 pix.
= 501.12 Å

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ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.08 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.335
最小 - 最大-1.9749615 - 3.9202394
平均 (標準偏差)0.004272291 (±0.09509099)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ464464464
Spacing464464464
セルA=B=C: 501.12003 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_45497_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_45497_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Rabbit RyR1 disease mutant Y523S in complex with FKBP12.6, nanodi...

全体名称: Rabbit RyR1 disease mutant Y523S in complex with FKBP12.6, nanodisc and inhibitor dantrolene in the presence of activating calcium
要素
  • 複合体: Rabbit RyR1 disease mutant Y523S in complex with FKBP12.6, nanodisc and inhibitor dantrolene in the presence of activating calcium
    • タンパク質・ペプチド: RyR1 Y523S
    • タンパク質・ペプチド: FKBP12.6

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超分子 #1: Rabbit RyR1 disease mutant Y523S in complex with FKBP12.6, nanodi...

超分子名称: Rabbit RyR1 disease mutant Y523S in complex with FKBP12.6, nanodisc and inhibitor dantrolene in the presence of activating calcium
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 2.26 MDa

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分子 #1: RyR1 Y523S

分子名称: RyR1 Y523S / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MGDGGEGEDE VQFLRTDDEV VLQCSATVLK EQLKLCLAAE GFGNRLCFLE PTSNAQNVPP DLAICCFTL EQSLSVRALQ EMLANTVEAG VESSQGGGHR TLLYGHAILL RHAHSRMYLS C LTTSRSMT DKLAFDVGLQ EDATGEACWW TMHPASKQRS EGEKVRVGDD ...文字列:
MGDGGEGEDE VQFLRTDDEV VLQCSATVLK EQLKLCLAAE GFGNRLCFLE PTSNAQNVPP DLAICCFTL EQSLSVRALQ EMLANTVEAG VESSQGGGHR TLLYGHAILL RHAHSRMYLS C LTTSRSMT DKLAFDVGLQ EDATGEACWW TMHPASKQRS EGEKVRVGDD LILVSVSSER YL HLSTASG ELQVDASFMQ TLWNMNPICS CCEEGYVTGG HVLRLFHGHM DECLTISAAD SDD QRRLVY YEGGAVCTHA RSLWRLEPLR ISWSGSHLRW GQPLRIRHVT TGRYLALTED QGLV VVDAC KAHTKATSFC FRVSKEKLDT APKRDVEGMG PPEIKYGESL CFVQHVASGL WLTYA APDP KALRLGVLKK KAILHQEGHM DDALFLTRCQ QEESQAARMI HSTAGLYNQF IKGLDS FSG KPRGSGPPAG PALPIEAVIL SLQDLIGYFE PPSEELQHEE KQSKLRSLRN RQSLFQE EG MLSLVLNCID RLNVYTTAAH FAEYAGEEAA ESWKEIVNLL SELLASLIRG NRANCALF S TNLDWVVSKL DRLEASSGIL EVLYCVLIES PEVLNIIQEN HIKSIISLLD KHGRNHKVL DVLCSLCVCN GVAVRSNQDL ITENLLPGRE LLLQTNLINY VTSIRPNIFV GRAEGSTQYG KWYFEVMVD EVVPFLTAQA THLRVGWALT EGYSPYPGGG EGWGGNGVGD DLYSYGFDGL H LWTGHVAR PVTSPGQHLL APEDVVSCCL DLSVPSISFR INGCPVQGVF EAFNLDGLFF PV VSFSAGV KVRFLLGGRH GEFKFLPPPG YAPCHEAVLP RERLRLEPIK EYRREGPRGP HLV GPSRCL SHTDFVPCPV DTVQIVLPPH LERIREKLAE NIHELWALTR IEQGWTYGPV RDDN KRLHP CLVNFHSLPE PERNYNLQMS GETLKTLLAL GCHVGMADEK AEDNLKKTKL PKTYM MSNG YKPAPLDLSH VRLTPAQTTL VDRLAENGHN VWARDRVAQG WSYSAVQDIP ARRNPR LVP YRLLDEATKR SNRDSLCQAV RTLLGYGYNI EPPDQEPSQV ENQSRWDRVR IFRAEKS YT VQSGRWYFEF EAVTTGEMRV GWARPELRPD VELGADELAY VFNGHRGQRW HLGSEPFG R PWQSGDVVGC MIDLTENTII FTLNGEVLMS DSGSETAFRE IEIGDGFLPV CSLGPGQVG HLNLGQDVSS LRFFAICGLQ EGFEPFAINM QRPVTTWFSK SLPQFEPVPP EHPHYEVARM DGTVDTPPC LRLAHRTWGS QNSLVEMLFL RLSLPVQFHQ HFRCTAGATP LAPPGLQPPA E DEARAAEP DPDYENLRRS AGGWGEAEGG KEGTAKEGTP GGTPQPGVEA QPVRAENEKD AT TEKNKKR GFLFKAKKAA MMTQPPATPA LPRLPHDVVP ADNRDDPEII LNTTTYYYSV RVF AGQEPS CVWVGWVTPD YHQHDMNFDL SKVRAVTVTM GDEQGNVHSS LKCSNCYMVW GGDF VSPGQ QGRISHTDLV IGCLVDLATG LMTFTANGKE SNTFFQVEPN TKLFPAVFVL PTHQN VIQF ELGKQKNIMP LSAAMFLSER KNPAPQCPPR LEVQMLMPVS WSRMPNHFLQ VETRRA GER LGWAVQCQDP LTMMALHIPE ENRCMDILEL SERLDLQRFH SHTLRLYRAV CALGNNR VA HALCSHVDQA QLLHALEDAH LPGPLRAGYY DLLISIHLES ACRSRRSMLS EYIVPLTP E TRAITLFPPG RKGGNARRHG LPGVGVTTSL RPPHHFSPPC FVAALPAAGV 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分子 #2: FKBP12.6

分子名称: FKBP12.6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
配列文字列:
GVEIETISPG DGRTFPKKG Q TCVVHYTG ML QNGKKFD SSR DRNKPF KFRI GKQEV IKGFE EGAA QMSLGQ RAK LTCTPDV AY GATGHPGV I PPNATLIFD VELLNLE

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度3 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMMOPS3-(N-Morpholino)propanesulfonic acid sodium salt
0.7 MNaClSodium Chloride
2.0 mMDTTDithiothreitol
2.0 mMATPAdenosine 5-triphosphate
0.825 mMCaCl2Calcium Chloride
0.5 mMEGTAEthylene glycol-bis(beta-aminoethyl ether)-N,N,N,N-tetraacetic acid
0.05 mMDantroleneDantrolene
グリッドモデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - スリット幅: 10 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 12212 / 平均露光時間: 2.69 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.6 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 81000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1968209
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C4 (4回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.23 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.1) / 使用した粒子像数: 189847
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.1)
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.1)
最終 3次元分類クラス数: 4 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

7t65


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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