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- EMDB-45457: CryoEM Structure of Escherichia coli FimCH in complex with B7 Fab -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-45457
タイトルCryoEM Structure of Escherichia coli FimCH in complex with B7 Fab
マップデータ
試料
  • 複合体: Complex of FimCH with B7 Fab
    • 細胞器官・細胞要素: B7 Fab
      • タンパク質・ペプチド: B7 Fab light chain
      • タンパク質・ペプチド: B7 heavy chain
    • 細胞器官・細胞要素: FimH adhesin in complex with FimC chaperone
      • タンパク質・ペプチド: Type 1 fimbiral adhesin FimH
キーワードAdhesin / Inhibitor / complex / Fab / Chaperone / Usher / Pili / CELL ADHESION
機能・相同性
機能・相同性情報


cell adhesion involved in single-species biofilm formation / pilus
類似検索 - 分子機能
FimH, mannose-binding domain / FimH, mannose binding / Fimbrial-type adhesion domain / Fimbrial protein / : / Fimbrial-type adhesion domain superfamily / Adhesion domain superfamily / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Type 1 fimbiral adhesin FimH
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌) / Mus musculus (ハツカネズミ) / Escherichia coli UTI89 (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.46 Å
データ登録者Lopatto EDB / Hultgren SJ
資金援助 米国, 4件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI029549 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI048689 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)U19AI157797 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI165915 米国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2025
タイトル: Monoclonal antibodies targeting the FimH adhesin protect against uropathogenic UTI.
著者: Edward D B Lopatto / Jesús M Santiago-Borges / Denise A Sanick / Sameer Kumar Malladi / Philippe N Azimzadeh / Morgan W Timm / Isabella F Fox / Aaron J Schmitz / Jackson S Turner / Shaza M ...著者: Edward D B Lopatto / Jesús M Santiago-Borges / Denise A Sanick / Sameer Kumar Malladi / Philippe N Azimzadeh / Morgan W Timm / Isabella F Fox / Aaron J Schmitz / Jackson S Turner / Shaza M Sayed Ahmed / Lillian Ortinau / Nathaniel C Gualberto / Jerome S Pinkner / Karen W Dodson / Ali H Ellebedy / Andrew L Kau / Scott J Hultgren /
要旨: As antimicrobial resistance increases, urinary tract infections (UTIs) are expected to pose an increased burden in morbidity and expense on the health care system, increasing the need for alternative ...As antimicrobial resistance increases, urinary tract infections (UTIs) are expected to pose an increased burden in morbidity and expense on the health care system, increasing the need for alternative antibiotic-sparing treatments. Most UTIs are caused by uropathogenic (UPEC), whereas causes a large portion of non-UPEC UTIs. Both bacteria express type 1 pili tipped with the mannose-binding FimH adhesin critical for UTI pathogenesis. We generated and biochemically characterized 33 murine monoclonal antibodies (mAbs) to FimH. Three mAbs protected mice from UTI. Mechanistically, we show that this protection is Fc independent and mediated by the ability of these mAbs to sterically block FimH function by recognizing a high-affinity FimH conformation. Our data reveal that FimH mAbs hold promise as an antibiotic-sparing treatment strategy.
履歴
登録2024年6月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年7月2日-
マップ公開2025年7月2日-
更新2025年7月2日-
現状2025年7月2日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_45457.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_45457.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.18 Å/pix.
x 256 pix.
= 303.104 Å		1.18 Å/pix.
x 256 pix.
= 303.104 Å		1.18 Å/pix.
x 256 pix.
= 303.104 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.184 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.05
最小 - 最大-0.0017141361 - 1.8329318
平均 (標準偏差)0.0003797383 (±0.01493526)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 303.104 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_45457_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_45457_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Complex of FimCH with B7 Fab

全体名称: Complex of FimCH with B7 Fab
要素
  • 複合体: Complex of FimCH with B7 Fab
    • 細胞器官・細胞要素: B7 Fab
      • タンパク質・ペプチド: B7 Fab light chain
      • タンパク質・ペプチド: B7 heavy chain
    • 細胞器官・細胞要素: FimH adhesin in complex with FimC chaperone
      • タンパク質・ペプチド: Type 1 fimbiral adhesin FimH

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超分子 #1: Complex of FimCH with B7 Fab

超分子名称: Complex of FimCH with B7 Fab / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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超分子 #2: B7 Fab

超分子名称: B7 Fab / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#3
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

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超分子 #3: FimH adhesin in complex with FimC chaperone

超分子名称: FimH adhesin in complex with FimC chaperone / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
詳細: FimH adhesin expressed in complex with FimC chaperone
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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分子 #1: Type 1 fimbiral adhesin FimH

分子名称: Type 1 fimbiral adhesin FimH / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli UTI89 (大腸菌)
分子量理論値: 29.03726 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: FACKTANGTA IPIGGGSANV YVNLAPAVNV GQNLVVDLST QIFCHNDYPE TITDYVTLQR GAAYGGVLSS FSGTVKYNGS SYPFPTTSE TPRVVYNSRT DKPWPVALYL TPVSSAGGVA IKAGSLIAVL ILRQTNNYNS DDFQFVWNIY ANNDVVVPTG G CDVSARDV ...文字列:
FACKTANGTA IPIGGGSANV YVNLAPAVNV GQNLVVDLST QIFCHNDYPE TITDYVTLQR GAAYGGVLSS FSGTVKYNGS SYPFPTTSE TPRVVYNSRT DKPWPVALYL TPVSSAGGVA IKAGSLIAVL ILRQTNNYNS DDFQFVWNIY ANNDVVVPTG G CDVSARDV TVTLPDYPGS VPIPLTVYCA KSQNLGYYLS GTTADAGNSI FTNTASFSPA QGVGVQLTRN GTIIPANNTV SL GAVGTSA VSLGLTANYA RTGGQVTAGN VQSIIGVTFV YQ

UniProtKB: Type 1 fimbiral adhesin FimH

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分子 #2: B7 Fab light chain

分子名称: B7 Fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2
詳細: ...詳細: TGVHSQIVLTQSPAIMSASPGEKVTMTCRASSSVSSSYLHWYQQKSGASPKLWIYSSSNLASGVPARFSGSGSGTSYSLTINSVEAEDAATYYCQHYGSYPLTFGGGTKLEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 23.712238 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: TGVHSQIVLT QSPAIMSASP GEKVTMTCRA SSSVSSSYLH WYQQKSGASP KLWIYSSSNL ASGVPARFSG SGSGTSYSLT INSVEAEDA ATYYCQHYGS YPLTFGGGTK LEIKRTVAAP SVFIFPPSDE QLKSGTASVV CLLNNFYPRE AKVQWKVDNA L QSGNSQES ...文字列:
TGVHSQIVLT QSPAIMSASP GEKVTMTCRA SSSVSSSYLH WYQQKSGASP KLWIYSSSNL ASGVPARFSG SGSGTSYSLT INSVEAEDA ATYYCQHYGS YPLTFGGGTK LEIKRTVAAP SVFIFPPSDE QLKSGTASVV CLLNNFYPRE AKVQWKVDNA L QSGNSQES VTEQDSKDST YSLSSTLTLS KADYEKHKVY ACEVTHQGLS SPVTKSFNRG EC

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分子 #3: B7 heavy chain

分子名称: B7 heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 26.024098 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: TGVHSEVQLQ QPGAELVRPG ASVKMSCKAS GYTFTIYNLH WVKQTPRQGL EWIGTIYPGD GDTSYNQKFK GKATLTVDKS SSTAYMQLS NLTSEDSAVY FCAREGDYGP WFAYWGQGTL VTVSAASTKG PSVFPLAPSS KSTSGGTAAL GCLVKDYFPE P VTVSWNSG ...文字列:
TGVHSEVQLQ QPGAELVRPG ASVKMSCKAS GYTFTIYNLH WVKQTPRQGL EWIGTIYPGD GDTSYNQKFK GKATLTVDKS SSTAYMQLS NLTSEDSAVY FCAREGDYGP WFAYWGQGTL VTVSAASTKG PSVFPLAPSS KSTSGGTAAL GCLVKDYFPE P VTVSWNSG ALTSGVHTFP AVLQSSGLYS LSSVVTVPSS SLGTQTYICN VNHKPSNTKV DKKVEPKSCR SLVPRGSSGH HH HHH

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.2 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度名称式
20.0 mMHEPES
50.0 mMsodium chlorideNaCl
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k)
平均電子線量: 44.4 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.4 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.46 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 100006
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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