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万見
- EMDB-45432: Cryo-EM structure of mouse PI(4,5)P2-bound TRPML1 channel at 2.46... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-45432
タイトルCryo-EM structure of mouse PI(4,5)P2-bound TRPML1 channel at 2.46 Angstrom resolution
マップデータstructure of mouse PI(4,5)P2-bound TRPML1 channel at 2.46 Angstrom resolution
試料
  • 複合体: mouse TRPML1
    • タンパク質・ペプチド: Mucolipin-1
  • リガンド: [(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] octanoate
  • リガンド: sphingomyelin
キーワードTRPML1 / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Transferrin endocytosis and recycling / calcium ion export / positive regulation of lysosome organization / intracellularly phosphatidylinositol-3,5-bisphosphate-gated monatomic cation channel activity / phagosome maturation / NAADP-sensitive calcium-release channel activity / iron ion transmembrane transporter activity / iron ion transmembrane transport / cellular response to pH / monoatomic anion channel activity ...Transferrin endocytosis and recycling / calcium ion export / positive regulation of lysosome organization / intracellularly phosphatidylinositol-3,5-bisphosphate-gated monatomic cation channel activity / phagosome maturation / NAADP-sensitive calcium-release channel activity / iron ion transmembrane transporter activity / iron ion transmembrane transport / cellular response to pH / monoatomic anion channel activity / TRP channels / sodium channel activity / endosomal transport / intracellular vesicle / monoatomic cation transmembrane transport / phagocytic cup / potassium channel activity / autophagosome maturation / monoatomic cation channel activity / release of sequestered calcium ion into cytosol / cellular response to calcium ion / cell projection / calcium channel activity / phagocytic vesicle membrane / late endosome / late endosome membrane / protein homotetramerization / adaptive immune response / lysosome / receptor complex / lysosomal membrane / lipid binding / Golgi apparatus / nucleoplasm / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Mucolipin / : / Mucolipin, extracytosolic domain / Polycystin cation channel, PKD1/PKD2 / Polycystin cation channel
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.46 Å
データ登録者Gan N / Jiang Y
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM140892 米国
Welch FoundationI-1578 米国
引用ジャーナル: bioRxiv / 年: 2024
タイトル: TRPML1 gating modulation by allosteric mutations and lipids.
著者: Ninghai Gan / Yan Han / Weizhong Zeng / Youxing Jiang /
要旨: Transient Receptor Potential Mucolipin 1 (TRPML1) is a lysosomal cation channel whose loss-of-function mutations directly cause the lysosomal storage disorder mucolipidosis type IV (MLIV). TRPML1 can ...Transient Receptor Potential Mucolipin 1 (TRPML1) is a lysosomal cation channel whose loss-of-function mutations directly cause the lysosomal storage disorder mucolipidosis type IV (MLIV). TRPML1 can be allosterically regulated by various ligands including natural lipids and small synthetic molecules and the channel undergoes a global movement propagated from ligand-induced local conformational changes upon activation. In this study, we identified a functionally critical residue, Tyr404, at the C-terminus of the S4 helix, whose mutations to tryptophan and alanine yield gain- and loss-of-function channels, respectively. These allosteric mutations mimic the ligand activation or inhibition of the TRPML1 channel without interfering with ligand binding and both mutant channels are susceptible to agonist or antagonist modulation, making them better targets for screening potent TRPML1 activators and inhibitors. We also determined the high-resolution structure of TRPML1 in complex with the PI(4,5)P inhibitor, revealing the structural basis underlying this lipid inhibition. In addition, an endogenous phospholipid likely from sphingomyelin is identified in the PI(4,5)P-bound TRPML1 structure at the same hotspot for agonists and antagonists, providing a plausible structural explanation for the inhibitory effect of sphingomyelin on agonist activation.
履歴
登録2024年6月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年10月9日-
マップ公開2024年10月9日-
更新2024年11月6日-
現状2024年11月6日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_45432.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_45432.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 91.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈structure of mouse PI(4,5)P2-bound TRPML1 channel at 2.46 Angstrom resolution
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 288 pix.
= 239.04 Å		0.83 Å/pix.
x 288 pix.
= 239.04 Å		0.83 Å/pix.
x 288 pix.
= 239.04 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.83 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.012
最小 - 最大-0.016250271 - 0.053028118
平均 (標準偏差)0.00035612925 (±0.0023745426)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ288288288
Spacing288288288
セルA=B=C: 239.04 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_45432_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half Map A

ファイルemd_45432_half_map_2.map
注釈Half Map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : mouse TRPML1

全体名称: mouse TRPML1
要素
  • 複合体: mouse TRPML1
    • タンパク質・ペプチド: Mucolipin-1
  • リガンド: [(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] octanoate
  • リガンド: sphingomyelin

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超分子 #1: mouse TRPML1

超分子名称: mouse TRPML1 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

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分子 #1: Mucolipin-1

分子名称: Mucolipin-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 65.573617 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MATPAGRRAS ETERLLTPNP GYGTQVGTSP APTTPTEEED LRRRLKYFFM SPCDKFRAKG RKPCKLMLQV VKILVVTVQL ILFGLSNQL VVTFREENTI AFRHLFLLGY SDGSDDTFAA YTQEQLYQAI FYAVDQYLIL PEISLGRYAY VRGGGGPWAN G SALALCQR ...文字列:
MATPAGRRAS ETERLLTPNP GYGTQVGTSP APTTPTEEED LRRRLKYFFM SPCDKFRAKG RKPCKLMLQV VKILVVTVQL ILFGLSNQL VVTFREENTI AFRHLFLLGY SDGSDDTFAA YTQEQLYQAI FYAVDQYLIL PEISLGRYAY VRGGGGPWAN G SALALCQR YYHRGHVDPA NDTFDIDPRV VTDCIQVDPP DRPPDIPSED LDFLDGSASY KNLTLKFHKL INVTIHFQLK TI NLQSLIN NEIPDCYTFS ILITFDNKAH SGRIPIRLET KTHIQECKHP SVSRHGDNSF RLLFDVVVIL TCSLSFLLCA RSL LRGFLL QNEFVVFMWR RRGREISLWE RLEFVNGWYI LLVTSDVLTI SGTVMKIGIE AKNLASYDVC SILLGTSTLL VWVG VIRYL TFFHKYNILI ATLRVALPSV MRFCCCVAVI YLGYCFCGWI VLGPYHVKFR SLSMVSECLF SLINGDDMFV TFAAM QAQQ GHSSLVWLFS QLYLYSFISL FIYMVLSLFI ALITGAYDTI KHPGGTGTEK SELQAYIEQC QDSPTSGKFR RGSGSA CSL FCCCGRDSPE DHSLLVN

UniProtKB: Mucolipin-1

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分子 #3: [(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(o...

分子名称: [(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] octanoate
タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 4 / 式: PIO
分子量理論値: 746.566 Da
Chemical component information

ChemComp-PIO:
[(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] octanoate / 1-O-(1-O,2-O-ジオクタノイル-L-グリセロ-3-ホスホ)-D-myo-イノシト-ル4,5-ビスりん酸

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分子 #4: sphingomyelin

分子名称: sphingomyelin / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 4 / 式: FO4
分子量理論値: 814.233 Da
Chemical component information

ChemComp-FO4:
sphingomyelin

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: DIFFRACTION / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.9 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

5wpv

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.46 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 60597
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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