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- EMDB-45428: MicroED structure of the human MP20 protein -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-45428
タイトルMicroED structure of the human MP20 protein
マップデータ2mfo-fc map for MP20
試料
  • 細胞器官・細胞要素: MP20 crystals grown in lipidic cubic phase
    • タンパク質・ペプチド: Lens fiber membrane intrinsic protein
キーワードLens / Cataract / MicroED / Tetraspanin / CELL ADHESION
機能・相同性
機能・相同性情報


structural constituent of eye lens / cell-cell junction assembly / lens development in camera-type eye / cell junction / vesicle / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Lens fibre membrane intrinsic protein / PMP-22/EMP/MP20 / PMP-22 / EMP / MP20 family signature 2. / : / PMP-22/EMP/MP20/Claudin family / PMP-22/EMP/MP20/Claudin superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Lens fiber membrane intrinsic protein
類似検索 - 構成要素
生物種Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) / Homo sapiens (ヒト)
手法電子線結晶学 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Nicolas WJ / Shiriaeva A / Martynowycz MW / Grey AC / Ruma Y / Donaldson PJ / Gonen T
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Eye Institute (NIH/NEI)P41GM136508 米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: bioRxiv / 年: 2024
タイトル: Structure of the lens MP20 mediated adhesive junction.
著者: William J Nicolas / Anna Shiriaeva / Michael W Martynowycz / Angus C Grey / Yasmeen Ruma / Paul J Donaldson / Tamir Gonen /
要旨: Human lens fiber membrane intrinsic protein MP20 is the second most abundant membrane protein of the human eye lens. Despite decades of effort its structure and function remained elusive. Here, we ...Human lens fiber membrane intrinsic protein MP20 is the second most abundant membrane protein of the human eye lens. Despite decades of effort its structure and function remained elusive. Here, we determined the MicroED structure of full-length human MP20 in lipidic-cubic phase to a resolution of 3.5 Å. MP20 forms tetramers each of which contain 4 transmembrane α-helices that are packed against one another forming a helical bundle. Both the N- and C- termini of MP20 are cytoplasmic. We found that each MP20 tetramer formed adhesive interactions with an opposing tetramer in a head-to-head fashion. These interactions were mediated by the extracellular loops of the protein. The dimensions of the MP20 adhesive junctions are consistent with the 11 nm thin lens junctions. Investigation of MP20 localization in human lenses indicated that in young fiber cells MP20 was stored intracellularly in vesicles and upon fiber cell maturation MP20 inserted into the plasma membrane and restricted the extracellular space. Together these results suggest that MP20 forms lens thin junctions in vivo confirming its role as a structural protein in the human eye lens, essential for its optical transparency.
履歴
登録2024年6月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年5月21日-
マップ公開2025年5月21日-
更新2025年5月21日-
現状2025年5月21日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_45428.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_45428.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 897.5 KB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈2mfo-fc map for MP20
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸X (Sec.)Y (Row.)Z (Col.)
0.78 Å/pix.
x 47 pix.
= 56.18 Å		0.78 Å/pix.
x 52 pix.
= 56.18 Å		0.79 Å/pix.
x 94 pix.
= 142.5 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX: 0.78028 Å / Y: 0.78028 Å / Z: 0.79167 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.0
最小 - 最大-4.349026 - 6.6047854
平均 (標準偏差)-0.043197606 (±0.9574159)
対称性空間群: 90
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin-38-12-11
サイズ529447
Spacing7272180
セルA: 56.18 Å / B: 56.18 Å / C: 142.5 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : MP20 crystals grown in lipidic cubic phase

全体名称: MP20 crystals grown in lipidic cubic phase
要素
  • 細胞器官・細胞要素: MP20 crystals grown in lipidic cubic phase
    • タンパク質・ペプチド: Lens fiber membrane intrinsic protein

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超分子 #1: MP20 crystals grown in lipidic cubic phase

超分子名称: MP20 crystals grown in lipidic cubic phase / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: MP20 constructs were expressed in SF9 insect (Spodoptera frugiperda) cells using the Bac-to-bac 251 baculovirus expression system (Invitrogen).
由来(天然)生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
分子量理論値: 22 KDa

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分子 #1: Lens fiber membrane intrinsic protein

分子名称: Lens fiber membrane intrinsic protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 25.160506 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MKTIIALSYI FCLVFADYKD DDDAKLQTMH HHHHHHHHHL EVLFQMYSFM GGGLFCAWVG TILLVVAMAT DHWMQYRLSG SFAHQGLWR YCLGNKCYLQ TDSIAYWNAT RAFMILSALC AISGIIMGIM AFAHQPTFSR ISRPFSAGIM FFSSTLFVVL A LAIYTGVT ...文字列:
MKTIIALSYI FCLVFADYKD DDDAKLQTMH HHHHHHHHHL EVLFQMYSFM GGGLFCAWVG TILLVVAMAT DHWMQYRLSG SFAHQGLWR YCLGNKCYLQ TDSIAYWNAT RAFMILSALC AISGIIMGIM AFAHQPTFSR ISRPFSAGIM FFSSTLFVVL A LAIYTGVT VSFLGRRFGD WRFSWSYILG WVAVLMTFFA GIFYMCAYRV HECRRLSTPR

UniProtKB: Lens fiber membrane intrinsic protein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線結晶学
試料の集合状態3D array

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: OTHER / 詳細: Frozen in LN2 at ambiant humidity (~40%).
結晶化脂質・タンパク質比: 3.2
脂質混合液: Molten lipid mix (90% w/w monoolein and 10% w/w cholesterol)
装置: syringe coupling system (Hamilton)

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: TFS Selectris / エネルギーフィルター - スリット幅: 5 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 実像数: 130000 / 回折像の数: 130000 / 平均露光時間: 0.00325 sec. / 平均電子線量: 0.00361 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 倍率（補正後）: 2941 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: DIFFRACTION / 最大 デフォーカス（公称値）: 0.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.0 µm / 倍率（公称値）: 2500 / カメラ長: 1202 mm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN / 傾斜角度: -30.0, 30.0
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: DIFFRACTION PATTERN/LAYERLINES / ソフトウェア - 名称: PHENIX
CTF補正タイプ: NONE
Molecular replacementソフトウェア - 名称: PHENIX
Crystallography statisticsNumber intensities measured: 58259 / Number structure factors: 2785 / Fourier space coverage: 86.6 / R merge: 0.3316 / Overall phase error: 28.84 / Overall phase residual: 0 / Phase error rejection criteria: NONE / High resolution: 3.5 Å / 殻 - Shell ID: 1 / 殻 - High resolution: 3.5 Å / 殻 - Low resolution: 52.26 Å / 殻 - Number structure factors: 2785 / 殻 - Phase residual: 28.84 / 殻 - Fourier space coverage: 86.6 / 殻 - Multiplicity: 20.7

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原子モデル構築 1

初期モデルChain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model / 詳細: Initially truncated to Poly-A chain
精密化空間: RECIPROCAL / プロトコル: OTHER / 温度因子: 88.55
得られたモデル

PDB-9cbv:
MicroED structure of the human MP20 protein

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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