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万見
- EMDB-45412: Cryo-EM Structure of the Human Neutralizing Antibody 5-1 in Compl... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-45412
タイトルCryo-EM Structure of the Human Neutralizing Antibody 5-1 in Complex with Prefusion Human Metapneumovirus F Glycoprotein
マップデータunsharpend EM Map
試料
  • 複合体: The protein complex of hMPV F-DsCavEs2-IPDS and 5-1 Fab
    • 複合体: hMPV F-DsCavEs2-IPDS Trimer
      • タンパク質・ペプチド: Fusion glycoprotein F0
    • 複合体: 5-1 Fab Heavy chain Variable Domain
      • タンパク質・ペプチド: 5-1 Fab Heavy Chain Variable Domain
    • 複合体: 5-1 Fab Light Chain Variable Domain
      • タンパク質・ペプチド: 5-1 Fab Light Chain Variable Domain
キーワードhMPV F / 5-1 antibody / antibody / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性Precursor fusion glycoprotein F0, Paramyxoviridae / Fusion glycoprotein F0 / fusion of virus membrane with host plasma membrane / viral envelope / symbiont entry into host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / Fusion glycoprotein F0
機能・相同性情報
生物種human metapneumovirus (ウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.24 Å
データ登録者Guo LQ / McLellan JS
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
Welch FoundationF-0003-19620604 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Potent cross-neutralizing RSV/hMPV antibody targeting antigenic site V
著者: Abu-Shmais AA / Guo LQ / Miller RJ / Janke JK / Vukovich MJ / Lindsay EB / Rush SA / Wolter RM / Kose N / Carnahan RH / Crowe JE / Bonami RH / Mousa JJ / McLellan JS / Georgiev IS
履歴
登録2024年6月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年5月28日-
マップ公開2025年5月28日-
更新2025年5月28日-
現状2025年5月28日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_45412.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_45412.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈unsharpend EM Map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.94 Å/pix.
x 360 pix.
= 338.4 Å		0.94 Å/pix.
x 360 pix.
= 338.4 Å		0.94 Å/pix.
x 360 pix.
= 338.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.94 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0251
最小 - 最大-0.023329774 - 0.08218152
平均 (標準偏差)-0.000050723298 (±0.0035138733)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 338.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_45412_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: Sharpened EM map by DeepEMhancer

ファイルemd_45412_additional_1.map
注釈Sharpened EM map by DeepEMhancer
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_45412_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_45412_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : The protein complex of hMPV F-DsCavEs2-IPDS and 5-1 Fab

全体名称: The protein complex of hMPV F-DsCavEs2-IPDS and 5-1 Fab
要素
  • 複合体: The protein complex of hMPV F-DsCavEs2-IPDS and 5-1 Fab
    • 複合体: hMPV F-DsCavEs2-IPDS Trimer
      • タンパク質・ペプチド: Fusion glycoprotein F0
    • 複合体: 5-1 Fab Heavy chain Variable Domain
      • タンパク質・ペプチド: 5-1 Fab Heavy Chain Variable Domain
    • 複合体: 5-1 Fab Light Chain Variable Domain
      • タンパク質・ペプチド: 5-1 Fab Light Chain Variable Domain

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超分子 #1: The protein complex of hMPV F-DsCavEs2-IPDS and 5-1 Fab

超分子名称: The protein complex of hMPV F-DsCavEs2-IPDS and 5-1 Fab
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all

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超分子 #2: hMPV F-DsCavEs2-IPDS Trimer

超分子名称: hMPV F-DsCavEs2-IPDS Trimer / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3
由来(天然)生物種: human metapneumovirus (ウイルス)

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超分子 #3: 5-1 Fab Heavy chain Variable Domain

超分子名称: 5-1 Fab Heavy chain Variable Domain / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #4: 5-1 Fab Light Chain Variable Domain

超分子名称: 5-1 Fab Light Chain Variable Domain / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: 5-1 Fab Heavy Chain Variable Domain

分子名称: 5-1 Fab Heavy Chain Variable Domain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.170996 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QGQLVQSGPE VKKPGATVKV SCRASAYPFG NYGITWVRQV PGQGLEWVGW ISAYTGHTKF PQNFQGRVTL TADTSTSTGY MELRSLTSD DTAVYYCARG PCCSSPRPYD IWGQGTMVTV SSASTKGPSV FPLAPSSKST SGGTAALGCL VKDYFPEPVT V SWNSGALT ...文字列:
QGQLVQSGPE VKKPGATVKV SCRASAYPFG NYGITWVRQV PGQGLEWVGW ISAYTGHTKF PQNFQGRVTL TADTSTSTGY MELRSLTSD DTAVYYCARG PCCSSPRPYD IWGQGTMVTV SSASTKGPSV FPLAPSSKST SGGTAALGCL VKDYFPEPVT V SWNSGALT SGVHTFPAVL QSSGLYSLSS VVTVPSSSLG TQTYICNVNH KPSNTKVDKK V

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分子 #2: 5-1 Fab Light Chain Variable Domain

分子名称: 5-1 Fab Light Chain Variable Domain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.586084 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: DIQMTQSPST LSASVGDRVT ITCRASQSID DWLAWYQHSP GKAPKLLIYR ASRLESGVPS RFSGSGSGTE FTLTISSLQP DDFASYYCQ QCYTYSQTFG QGTRVEIKRT VAAPSVFIFP PSDEQLKSGT ASVVCLLNNF YPREAKVQWK VDNALQSGNS Q ESVTEQDS ...文字列:
DIQMTQSPST LSASVGDRVT ITCRASQSID DWLAWYQHSP GKAPKLLIYR ASRLESGVPS RFSGSGSGTE FTLTISSLQP DDFASYYCQ QCYTYSQTFG QGTRVEIKRT VAAPSVFIFP PSDEQLKSGT ASVVCLLNNF YPREAKVQWK VDNALQSGNS Q ESVTEQDS KDSTYSLSST LTLSKADYEK HKVYACEVTH QGLSSPVTKS FNRGEC

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分子 #3: Fusion glycoprotein F0

分子名称: Fusion glycoprotein F0 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: human metapneumovirus (ウイルス)
分子量理論値: 60.48993 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MSWKVVIIFS LLITPQHGLK ESYLEESCST ITEGYLSVLR TGWYTNVFTL EVGDVENLTC ADGPSLIKTE LDLTKSALRE LRTCSADQL AREEQIENPR RRRFVLGAIA CGVATAAAVT AGVAIAKCIR LESEVTAIKN CLKKTNECVS TLGCGVRVLA T AVRELKDF ...文字列:
MSWKVVIIFS LLITPQHGLK ESYLEESCST ITEGYLSVLR TGWYTNVFTL EVGDVENLTC ADGPSLIKTE LDLTKSALRE LRTCSADQL AREEQIENPR RRRFVLGAIA CGVATAAAVT AGVAIAKCIR LESEVTAIKN CLKKTNECVS TLGCGVRVLA T AVRELKDF VSKNLTRAIN KNKCDIPDLK MAVSFSQFNR RFLNVVRQFS DNAGITPAIS KDLMTDAELA RAISNMPTSA GQ IKLMLEN RCMVRRKGFG ILIGVYGSSV IYMVQLPIFG VIDTPCWIVK AAPSCSEKKG NYACLLREDQ GWYCQNAGST VYY PCEKDC ETRGDHVFCD TAAGINVAEQ SKECNINIST TNYPCKVSCG RHPISMVALS PLGALVACYK GVSCSIGSNR VGII KQLNK GCSYITNQDA DTVTIDNTVY QLSKVEGEQH VIKGRPVSSS FDPVKFPQDQ FNVALDQCFE SIENSQALVD QSNRI LSSA EKGNTGGGGS GYIPEAPRDG QAYVRKDGEW VLLSTFLGRS LEVLFQGPGH HHHHHHHSAW SHPQFEK

UniProtKB: Fusion glycoprotein F0

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4 / 詳細: PBS, pH 7.4
グリッドモデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 平均露光時間: 13.2 sec. / 平均電子線量: 48.64 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 150000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.24 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 18483
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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