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万見
- EMDB-45399: Structure of the LPD-3 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-45399
タイトルStructure of the LPD-3 complex
マップデータ
試料
  • 複合体: LPD-3 complex
    • タンパク質・ペプチド: Bridge-like lipid transfer protein family member 1 C-terminal domain-containing protein
    • タンパク質・ペプチド: Defect at low temperature protein 1
  • タンパク質・ペプチド: Vesicle transport protein
  • リガンド: 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine
  • リガンド: HEXADECANE
キーワードNative / membrane protein complex / BLTP / LIPID TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


synaptic vesicle endocytosis / presynapse / membrane
類似検索 - 分子機能
Transmembrane protein 170 / Transmembrane protein 170A/B-like / C1orf43 / Protein KIAA1109 / : / : / : / NICE-3 protein / BLTP1-like family N-terminal region / BLTP1-like family middle region ...Transmembrane protein 170 / Transmembrane protein 170A/B-like / C1orf43 / Protein KIAA1109 / : / : / : / NICE-3 protein / BLTP1-like family N-terminal region / BLTP1-like family middle region / BLTP1-like family C-terminal region / Fragile site-associated protein C-terminus
類似検索 - ドメイン・相同性
Bridge-like lipid transfer protein family member 1 / Lipid transport auxiliary protein 1 / Vesicle transport protein
類似検索 - 構成要素
生物種Caenorhabditis elegans (センチュウ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Clark SA / Vanni S / Kang Y
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用
ジャーナル: Nature / 年: 2025
タイトル: Structural basis of lipid transfer by a bridge-like lipid-transfer protein.
著者: Yunsik Kang / Katherine S Lehmann / Hannah Long / Amanda Jefferson / Maria Purice / Marc Freeman / Sarah Clark /
要旨: Bridge-like lipid-transport proteins (BLTPs) are an evolutionarily conserved family of proteins that localize to membrane-contact sites and are thought to mediate the bulk transfer of lipids from a ...Bridge-like lipid-transport proteins (BLTPs) are an evolutionarily conserved family of proteins that localize to membrane-contact sites and are thought to mediate the bulk transfer of lipids from a donor membrane, typically the endoplasmic reticulum, to an acceptor membrane, such as that of the cell or an organelle. Although BLTPs are fundamentally important for a wide array of cellular functions, their architecture, composition and lipid-transfer mechanisms remain poorly characterized. Here we present the subunit composition and the cryogenic electron microscopy structure of the native LPD-3 BLTP complex isolated from transgenic Caenorhabditis elegans. LPD-3 folds into an elongated, rod-shaped tunnel of which the interior is filled with ordered lipid molecules that are coordinated by a track of ionizable residues that line one side of the tunnel. LPD-3 forms a complex with two previously uncharacterized proteins, one of which we have named Spigot and the other of which remains unnamed. Spigot interacts with the N-terminal end of LPD-3 where lipids are expected to enter the tunnel, and experiments in multiple model systems indicate that Spigot has a conserved role in BLTP function. Our LPD-3 complex structural data reveal protein-lipid interactions that suggest a model for how the native LPD-3 complex mediates bulk lipid transport and provides a foundation for mechanistic studies of BLTPs.
#1: ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2025
タイトル: TMEM170 proteins are lipid scramblases associated with bridge-type lipid transporters BLTP1/Csf1
著者: Rocha-Roa C / Chandran Blair P / Sidhu G / Alvarez D / Davey M / Conibear E / Vanni S
履歴
登録2024年6月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年4月23日-
マップ公開2025年4月23日-
更新2025年12月10日-
現状2025年12月10日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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添付画像

emd_45399.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_45399.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.6 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

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明度
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その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.79 Å/pix.
x 756 pix.
= 595.728 Å		0.79 Å/pix.
x 756 pix.
= 595.728 Å		0.79 Å/pix.
x 756 pix.
= 595.728 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.788 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.1
最小 - 最大-0.31038254 - 0.7124187
平均 (標準偏差)0.000013521269 (±0.007400532)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ756756756
Spacing756756756
セルA=B=C: 595.72797 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_45399_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_45399_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : LPD-3 complex

全体名称: LPD-3 complex
要素
  • 複合体: LPD-3 complex
    • タンパク質・ペプチド: Bridge-like lipid transfer protein family member 1 C-terminal domain-containing protein
    • タンパク質・ペプチド: Defect at low temperature protein 1
  • タンパク質・ペプチド: Vesicle transport protein
  • リガンド: 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine
  • リガンド: HEXADECANE

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超分子 #1: LPD-3 complex

超分子名称: LPD-3 complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Caenorhabditis elegans (センチュウ)

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分子 #1: Bridge-like lipid transfer protein family member 1 C-terminal dom...

分子名称: Bridge-like lipid transfer protein family member 1 C-terminal domain-containing protein
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Caenorhabditis elegans (センチュウ)
分子量理論値: 483.608094 KDa
配列文字列: MSDFDIQIKI DDAQLDLKGV SFWVTASVVT LFLAWSTFVV LFFSRVSALF FTFVIDKYLR LSKNGIHFKI GGISISGLHA GKIMFRNVI YDNGDMTIKV NDGHLLFKYW KSVEHRHLNL STKRASRLHL VLNGLHVNIY NNLTKYTEIA RIRRFDWFFE N TNMNDARR ...文字列:
MSDFDIQIKI DDAQLDLKGV SFWVTASVVT LFLAWSTFVV LFFSRVSALF FTFVIDKYLR LSKNGIHFKI GGISISGLHA GKIMFRNVI YDNGDMTIKV NDGHLLFKYW KSVEHRHLNL STKRASRLHL VLNGLHVNIY NNLTKYTEIA RIRRFDWFFE N TNMNDARR PQTKPPDTCR SPPSSVWENM WNLLGIVHIE VSAGCILVGN KFLPYALWTR FENLNSKTSV TESANDRALL TF EGETENV AVSLIKNEQF DFTAKDKDPP RTMGNDGCPL LQSASLEFVY KQDLLGYVTD DEPQSITLKL PLWSSEWRFG NNT VLSYGP WAEQQRFLIY SFFYPPDFQN STATAMPTRG KKRIHVKHDV KIILTKETCM DIWFMRGEQL ESIRTRCGPL SSLD MSILW ITTEKGFYWN MKAEFLNFEA TTSLIFTKLF SCKKFNVDGS FVYPLTWNGE QTWTIDYAFT KANAWFVWDH KRLFT DLIN DWIGDDPSDI SKFVPFRVHN RMKVVDGFEV IMLLNESNWV DTADMNAENV EVAIVGEKLS FECELPFVDF LPQTQM VKY EMRGEKSVAM RAKFPPDSAT APIRAALSRL ARCNSYAPPS KHGTHSLDTD VWFELWRTEL VKMDFDHHYR PLIVKSN IP SDIPFSILSD YLPPPANHPW DLEPDYLGVD ILIEGSDVKF TGLLVKLLFE LKNNYFGWYD SMTSVDDEKI DDPIKLKA S FDKTNANGMK PVEYFRTMNV DVTVRVCNVR AEMLLYSPAI DEGAEPEKVP VVFVEEVAVE VKKTKTQALI QVGVSPACA YLDKSSQGSG PGCITLSGFQ FRGHAMYSAK EVAWNMGLVE YGWIMEILVG DIAGTLDFPA HAHVLHQIME SLLMFVISPD DATKVPDRM QFCQHGQLIK ACSIAGKKTN EILGPCKTEE QMKYRQIRIS VDSVNLTFVE EKTILQISAD PVRVTICNAH E SRFTEHVC IRVPGISIRQ AVRIKEKPEN IWIEGANAAI EGVSLDIELP TPKSASPTIG KERLEFVRMH DADTKRLHFL WA DHSVWGC ACFGNTCFFG DVDEIGSTFM ETLTKKKFFV PGIERNPEKQ PQVMQSVILK NKPILSNQPH MFYKKPKNAD VVI TIRKES TGDTESFHSA RSQQSPGLRI LQSMEMSSSY ATFVDNVRVE LPSAITVPQF GEPGAILEWC QAHQATRIIN DVNT SGVNE VRFLSKPKKS QDIEYNTSRD TLGKRRLAIN GVAATSLDLF VTPIGIEAFE RLVTAASHSV PAINPCILVH MCYRD CVLK KHRQPLTESL FADEDNDSEP ISEVDITVDL PRVSIGLFQC GVKKNIVKSN HTDHITANMG LLLIDRAFIQ SKLIPA ESV SQDFSADTSN LSSTLYQLNG SAITVQLLQL TNRDAPDFGS SGTATTPNNW EHCAISRRMN NLEPRVMMDF NVSDTLI IL ERRPIILLLP DKSTTAITPI HSPANAPTPT AMNRTPTLTL TPSAGAGGGE RAEPMRKKKK MICEHYLKAD IGSVTTAL V MARPQELTAG DEFPIYEALA PVMVSWLSVV ENFLRTVDKF IHTVECWKSV AMAKVLKLAL DSTDEKVVVK VGKNRMGRT RVLSAHQASC PSCILLKTLF RWFAYAGNAP GAINHRLDIR PEFEIEETRK TALMALLSHW QSDVGKELKL VSYEDAHRFK VTRPDEAAI VALTKSKRLK RKMLEKKESS KKETRVVMEV KPEQPKAKRG RMSPAPLLKK LRKKAGDDDF DDDSMKFLSD V EMQEFNTL PLYEDYEDDE MLENLDSEPK IDDKVDLYTW MRNAQRESTL RRRKLAGGAE GSVKDDLNLK GYINPMDIQQ KA YYYNIYR WAQLQWTSLD GIEKDHWHLD YSVTLREVDV RMMAKSIKNS SDHLRQYITP AQQKVMQVRN AAVNGGMVWK MER DERRKI PLHGQWNISY SGNVEGIRFL IGMATVSLGK ELSLVLRVAM EAKNELRMHS TAESTPRNEV KVFKPVVPNQ YDLA VEWDE KVLDMTRDYE KHMQRMRTNK EDVVEKVKVM VNGSAMVSSI VLESVLNDLY VSVTISQIVL AHSKNPMPDI PVVVH AVTL STTPTAAAAE DKKTATLTKK SVSSTFKIDD LTVSLTKMKL TLSEADSSNK KSDILRCTLN SSSFNVHTNL KTLTSA KES NRPKNNLINS NIATTATLRL GALEGTMPMA AYSLHDVVMR HGKELEQQLN RLAAQPASTP LSSSTPFPSA EQSLLAK VA DMKTAPEPVV ITQAEFKPLT TLPATAAHVQ DAKGQIVRRV PVAVVSFSIE LTSIEMNIQL LPSLQAKYRI NRATSNGI T GVQANWSILL DEHFFEFCVT GQGGKTETFR LQLPSVTSDG LYQAEQGVSS QKPSTDKKLI YREGGSLQMT VVLGRVNHI FTTELLNQLM FAEHSFRTEL TALINRIRSS SFASTNSSRS AQSTNDRVNS TANLKLLLPV QTTSTPVHIE KPPLLFSIKI QTKEIPRKD EKTDKDAKTP KASGASGNLD QSQHPSHSTH VKSTPWLQLT AATPTQTAVR LTVDSLEGEL TNKWVVKEEG S KERIYGNA VIHFNAKLGQ LIKPVPTGDS VAATDVTDLQ EFATFMTQVR VENKERNMFN SSYSYHISLN RPIFLVKAAA ID KAILLWL NYKNTYDYWR NEREKVVQEK TTTKLSNAGM FSPTQIAEDA DMNLSLAINN GMYMCMPLYS HDVTEGMPAL VLS LQKSNL SVLVKKELTC KASFNGFKCS FVDDFDEQAL TQSFLDATHS DQSNCIFFPE GTYQLCSKAE ATKGPAKWVL SVSA EMQGV EIDLDTRIGK LAKLLVNTFS MIRTDDDDDM SFWGDEGELD SDEEKVEGAS ELKKLKAEEK VPWMENKMHE HSRAV FELA ARGVSNKLIE AEKHKLRQYE LIRFKAFRRN VVEKLKKGTT ASRQHTETPP PQPRPDTTSR RNSRTTSTSQ KNSEDL TTP GDIETVNFNL DVKVNITSGT CTLRTQKKEG ANQLALPGIL KRLNLGTKDI KAMFEPQIIT TTTFSIPSVE IKAYHVS DP SNRSTDEFCK DKREKISKGL AKDADKLHRD LHNKSRFGNT YINGGGGPKT STVPPPPKRG CFYIFVGLAS MPSETVVT P HLATYFEQVL EPLPPSAVFQ SQNNTREASV PDDGKGDANN EVHNIMAMDT AAFPIDFVFY LDVQSSTIRF DGKQPTSRS QTQADCLLTL PRLTLELTSK RTRDNIDNYV GGIHISGQFK GFMLKIYNPL ELEPDSSRAL QLSLDLLSFV ISRNKNSSTE PDNRVRFVF SSQISKASFE YNFRRLGELI QFPKPWYRAA IARRVFFGDQ AAPRQKDDAS DITGTTRSRL PTDPKSLQPP A ASTASTGS GSFVPHQRKP WTALVLAAIQ WNEFEVTAFM SNTMGKTTWK ATKGLVWGDA KLNSLNERDV SISFVLGSSE LC ARDGAIS GTIMLNNLKV SADHSLSADV KRVPVNKAKI RLEWITANIE WMSRRVLIAK WCGPSFKVND YYKGLKEGDH FAL SELGMN VQASWKDLQV VITKSTVDDV AAIVNRLISF IDEQLKNSRI LLGNLSASTN LKKQAQALIE SRKPTTHFWE KVLD YMSEM QMNEQLMGLM EREGAKVGGH IELKAGGISL VMMKGDMNAD TWAVFHLRDA CILFDPEARM DFLDNSSQQK IGILL KQTF CLQLGSRHGN QTENRANVCR VQTRFNNSRH LQKAEDILEF FIGDVMKIIG SADHSEKKKL KEVEVIQSPI SENENT AKS PTSTFSRFRS PGTSKTKESG PATNHNVMEL FQFPGLEAKM SSQQLNGVDD GDKYESVFQM PMDVLTTFVC DFFSEVA IE TNFNAQVSFL PELLKSYLKE SHSGTSSSHS TNSSPAVSSS KESVVSETSK DPRIFTCQEW KVEPRVRFID RIKWTPPV L DDILKKLQIF DHRNTIPKVI QRAVLDPLDA TLAASVIATL QIVDNKKTIQ KFKKSRTDSM APTPKRRDSR RSSEEVSVS IDIPDIITDI SDASFRPKHN GSGVSKGEEL FTGVVPILVE LDGDVNGHKF SVSGEGEGDA TYGKLTLKLI CTTGKLPVPW PTLVTTLGY GLMCFARYPD HMKQHDFFKS AMPEGYVQER TIFFKDDGNY KTRAEVKFEG DTLVNRIELK GIDFKEDGNI L GHKLEYNY NSHNVYITAD KQKNGIKANF KIRHNIEDGG VQLADHYQQN TPIGDGPVLL PDNHYLSYQS KLSKDPNEKR DH MVLLEFV TAAGITLGMD ELYKGSGLEV LFQGPANSGV DYKDHDGDYK DHDIDYKDDD DK

UniProtKB: Bridge-like lipid transfer protein family member 1

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分子 #2: Defect at low temperature protein 1

分子名称: Defect at low temperature protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Caenorhabditis elegans (センチュウ)
分子量理論値: 31.56448 KDa
配列文字列: MRIFVFDGTS VIYVCAVIIL ILIWVAIIGQ RQIWRHRHNV ARVRPQVSLS SRISSKKAVL LRETQLDTVM RLRCENQARL TDCISLQFH GEKPYVHRMI AVDEVTLEID GQLNRIEGAV QRQAGESTYS YLKRIREKVP SIPLNLVHRI AFLQESARFR P EKFDVEQV ...文字列:
MRIFVFDGTS VIYVCAVIIL ILIWVAIIGQ RQIWRHRHNV ARVRPQVSLS SRISSKKAVL LRETQLDTVM RLRCENQARL TDCISLQFH GEKPYVHRMI AVDEVTLEID GQLNRIEGAV QRQAGESTYS YLKRIREKVP SIPLNLVHRI AFLQESARFR P EKFDVEQV MELRSLLNQF LRILSAEYDS LSDEPDMAAP RGVIASFYQF GQKIMPNNSG SKRRRNKFGG SDGVRLLMKE RE EQLSLLS PLARASADSP APAAHLRRQS DSHSALLPQ

UniProtKB: Lipid transport auxiliary protein 1

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分子 #3: Vesicle transport protein

分子名称: Vesicle transport protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Caenorhabditis elegans (センチュウ)
分子量理論値: 16.205293 KDa
配列文字列:
MPENKEIITI FENSRNYTNL TSESTYSLAG ALLLSGKYMN DWWEITLSIF LWMSLSFMVI SLGATILSLF TLRKHPYVCF IPIPFIIMM FIIPFVFGAP TSMVLALAMY ASKNAVSTWY CAIMGIIQTL LIFVTSVTRI HATL

UniProtKB: Vesicle transport protein

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分子 #4: 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine

分子名称: 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 18 / 式: PEE
由来(天然)生物種: Caenorhabditis elegans (センチュウ)
分子量理論値: 744.034 Da
Chemical component information

ChemComp-PEE:
1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine / DOPE, リン脂質*YM

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分子 #5: HEXADECANE

分子名称: HEXADECANE / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 12 / 式: R16
分子量理論値: 226.441 Da
Chemical component information

ChemComp-R16:
HEXADECANE

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 285377
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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