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- EMDB-45360: Cryo-EM structure of TAP binding protein related (TAPBPR) in comp... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-45360
タイトルCryo-EM structure of TAP binding protein related (TAPBPR) in complex with HLA-A*02:01 bound to a suboptimal peptide.
マップデータCryo-EM structure of TAP binding protein related (TAPBPR) in complex with HLA-A*02:01 bound to a suboptimal peptide.
試料
  • 複合体: Complex of peptide loaded HLA-A*02:01/beta-2-microglobulin in complex with human TAPBPR.
    • タンパク質・ペプチド: MHC class I antigen
    • タンパク質・ペプチド: Beta-2-microglobulin
    • タンパク質・ペプチド: Tapasin-related protein
    • タンパク質・ペプチド: LYS-ILE-LEU-GLY-PHE-VAL
キーワードAntigen processing and presentation / TAP binding protein related / MHC-I / Chaperone / IMMUNE SYSTEM
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / MHC class I protein complex binding / TAP complex binding / : / : / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / negative regulation of receptor binding / DAP12 interactions ...negative regulation of antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / MHC class I protein complex binding / TAP complex binding / : / : / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / negative regulation of receptor binding / DAP12 interactions / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / MHC class II protein complex / negative regulation of forebrain neuron differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / MHC class I peptide loading complex / response to molecule of bacterial origin / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / MHC class I protein complex / positive regulation of immune response / peptide antigen binding / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / positive regulation of T cell activation / cellular response to nicotine / specific granule lumen / phagocytic vesicle membrane / recycling endosome membrane / positive regulation of cellular senescence / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / negative regulation of epithelial cell proliferation / Interferon gamma signaling / MHC class II protein complex binding / positive regulation of protein binding / Modulation by Mtb of host immune system / late endosome membrane / sensory perception of smell / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / iron ion transport / negative regulation of neuron projection development / T cell differentiation in thymus / ER-Phagosome pathway / protein refolding / early endosome membrane / protein homotetramerization / amyloid fibril formation / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / external side of plasma membrane / Golgi membrane / lysosomal membrane / focal adhesion / Neutrophil degranulation / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / Immunoglobulin V-set domain / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Immunoglobulin V-set domain ...: / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / Immunoglobulin V-set domain / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Immunoglobulin V-set domain / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-2-microglobulin / MHC class I antigen / Tapasin-related protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å
データ登録者Pumroy RP / Mallik L / Sun Y / Moiseenkova-Bell YV / Sgourakis NG
資金援助 米国, 英国, 6件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01Al143997 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM125034 米国
Cancer Research UKCGCATF-2021/100002 英国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CA278687-01 米国
The Mark Foundation 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM144120 米国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2025
タイトル: CryoEM structure of an MHC-I/TAPBPR peptide-bound intermediate reveals the mechanism of antigen proofreading.
著者: Yi Sun / Ruth A Pumroy / Leena Mallik / Apala Chaudhuri / Chloe Wang / Daniel Hwang / Julia N Danon / Kimia Dasteh Goli / Vera Y Moiseenkova-Bell / Nikolaos G Sgourakis /
要旨: Class I major histocompatibility complex (MHC-I) proteins play a pivotal role in adaptive immunity by displaying epitopic peptides to CD8+ T cells. The chaperones tapasin and TAPBPR promote the ...Class I major histocompatibility complex (MHC-I) proteins play a pivotal role in adaptive immunity by displaying epitopic peptides to CD8+ T cells. The chaperones tapasin and TAPBPR promote the selection of immunogenic antigens from a large pool of intracellular peptides. Interactions of chaperoned MHC-I molecules with incoming peptides are transient in nature, and as a result, the precise antigen proofreading mechanism remains elusive. Here, we leverage a high-fidelity TAPBPR variant and conformationally stabilized MHC-I, to determine the solution structure of the human antigen editing complex bound to a peptide decoy by cryogenic electron microscopy (cryo-EM) at an average resolution of 3.0 Å. Antigen proofreading is mediated by transient interactions formed between the nascent peptide binding groove with the P2/P3 peptide anchors, where conserved MHC-I residues stabilize incoming peptides through backbone-focused contacts. Finally, using our high-fidelity chaperone, we demonstrate robust peptide exchange on the cell surface across multiple clinically relevant human MHC-I allomorphs. Our work has important ramifications for understanding the selection of immunogenic epitopes for T cell screening and vaccine design applications.
履歴
登録2024年6月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年1月22日-
マップ公開2025年1月22日-
更新2025年1月29日-
現状2025年1月29日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_45360.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_45360.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-EM structure of TAP binding protein related (TAPBPR) in complex with HLA-A*02:01 bound to a suboptimal peptide.
投影像・断面図

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大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.84 Å/pix.
x 256 pix.
= 214.016 Å		0.84 Å/pix.
x 256 pix.
= 214.016 Å		0.84 Å/pix.
x 256 pix.
= 214.016 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

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画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.836 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0129
最小 - 最大-0.052104935 - 0.086267605
平均 (標準偏差)-0.000058880876 (±0.0022281113)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 214.016 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Half Map A

ファイルemd_45360_half_map_1.map
注釈Half Map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half Map B

ファイルemd_45360_half_map_2.map
注釈Half Map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Complex of peptide loaded HLA-A*02:01/beta-2-microglobulin in com...

全体名称: Complex of peptide loaded HLA-A*02:01/beta-2-microglobulin in complex with human TAPBPR.
要素
  • 複合体: Complex of peptide loaded HLA-A*02:01/beta-2-microglobulin in complex with human TAPBPR.
    • タンパク質・ペプチド: MHC class I antigen
    • タンパク質・ペプチド: Beta-2-microglobulin
    • タンパク質・ペプチド: Tapasin-related protein
    • タンパク質・ペプチド: LYS-ILE-LEU-GLY-PHE-VAL

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超分子 #1: Complex of peptide loaded HLA-A*02:01/beta-2-microglobulin in com...

超分子名称: Complex of peptide loaded HLA-A*02:01/beta-2-microglobulin in complex with human TAPBPR.
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: MHC class I antigen

分子名称: MHC class I antigen / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 32.128602 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MGSHSMRYFF TSVSRPGRGE PRFIAVGYVD DTQFVRFDSD AASQRMEPRA PWIEQEGPEY WDGETRKVKA HSQTHRVDLG TLRGYYNQS EAGSHTVQRM YGCDVGSDWR FLRGYHQYAY DCKDYIALKE DLRSWTAADM AAQTTKHKWE AAHVAEQLRA Y LEGTCVEW ...文字列:
MGSHSMRYFF TSVSRPGRGE PRFIAVGYVD DTQFVRFDSD AASQRMEPRA PWIEQEGPEY WDGETRKVKA HSQTHRVDLG TLRGYYNQS EAGSHTVQRM YGCDVGSDWR FLRGYHQYAY DCKDYIALKE DLRSWTAADM AAQTTKHKWE AAHVAEQLRA Y LEGTCVEW LRRYLENGKE TLQRTDAPKT HMTHHAVSDH EATLRCWALS FYPAEITLTW QRDGEDQTQD TELVETRPAG DG TFQKWAA VVVPSGQEQR YTCHVQHEGL PKPLTLRWEP

UniProtKB: MHC class I antigen

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分子 #2: Beta-2-microglobulin

分子名称: Beta-2-microglobulin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 11.58196 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
IQRTPKIQVY SRHPAENGKS NFLNCYVSGF CPSDIEVDLL KNGERIEKVE HSDLSFSKDW SFYLLYYTEF TPTEKDEYAC RVNHVTLSQ PKIVKWDRD

UniProtKB: Beta-2-microglobulin

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分子 #3: Tapasin-related protein

分子名称: Tapasin-related protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 41.191469 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: KPHPAEGQWR AVDVVLDCFL VKDGAHRGAL ASSEDRARAS LVLKQVPVLD DGSLEDFTDF QGGTLAQDDP PIIFEASVDL VQIPQAEAL LHADSSGKEV TCEIFRYFLQ MTETTVKTAA WFMANVQVSG GGPSISLVMK TPRVAKNEVL WHPTLNLPLS P QGTVRTAV ...文字列:
KPHPAEGQWR AVDVVLDCFL VKDGAHRGAL ASSEDRARAS LVLKQVPVLD DGSLEDFTDF QGGTLAQDDP PIIFEASVDL VQIPQAEAL LHADSSGKEV TCEIFRYFLQ MTETTVKTAA WFMANVQVSG GGPSISLVMK TPRVAKNEVL WHPTLNLPLS P QGTVRTAV EFQVMTQTQS LSFLLGSSAS LDCGFSMAPG LDLISVEWRL QHLGRGQLVY SWTAGQGQAV RKGATLEPAQ LG MARDASL TLPGLTIQDE GTYICQITTS LYQAQQIIQL NIQASPKVRL SLANEALLPT LICDIAGYYP LDVVVTWTRE ELG GSPAQV SGASFSSLRQ SVAGTYSISS SLTAEPGSAG ATYTCQVTHI SLEEPLGAST QVVPPERR

UniProtKB: Tapasin-related protein

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分子 #4: LYS-ILE-LEU-GLY-PHE-VAL

分子名称: LYS-ILE-LEU-GLY-PHE-VAL / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 824.041 Da
配列文字列:
KILGFVF

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 40.5 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 20.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 8.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 88714
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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