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万見
- EMDB-45288: A focused refinement map of the Borreliella burgdorferi flagellar... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-45288
タイトルA focused refinement map of the Borreliella burgdorferi flagellar collar
マップデータA focused refinement map of the flagellar collar of WT Borreliella burgdorferi.
試料
  • 複合体: B. burgdorferi flagellar collar
キーワードflagella / cryo electron tomography / spirochete / motor / collar / MOTOR PROTEIN
生物種Borreliella burgdorferi (バクテリア)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 13.4 Å
データ登録者Botting JM / Rahman MK / Xu H / Yue J / Guo W / Motaleb MA / Liu J
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: PLoS Pathog / 年: 2025
タイトル: FlbB forms a distinctive ring essential for periplasmic flagellar assembly and motility in Borrelia burgdorferi.
著者: Jack M Botting / Md Khalesur Rahman / Hui Xu / Jian Yue / Wangbiao Guo / Joshua T Del Mundo / Michal Hammel / Md A Motaleb / Jun Liu /
要旨: Spirochetes are a widespread group of bacteria with a distinct morphology. Some spirochetes are important human pathogens that utilize periplasmic flagella to achieve motility and host infection. The ...Spirochetes are a widespread group of bacteria with a distinct morphology. Some spirochetes are important human pathogens that utilize periplasmic flagella to achieve motility and host infection. The motors that drive the rotation of periplasmic flagella have a unique spirochete-specific feature, termed the collar, crucial for the flat-wave morphology and motility of the Lyme disease spirochete Borrelia burgdorferi. Here, we deploy cryo-electron tomography and subtomogram averaging to determine high-resolution in-situ structures of the B. burgdorferi flagellar motor. Comparative analysis and molecular modeling of in-situ flagellar motor structures from B. burgdorferi mutants lacking each of the known collar proteins (FlcA, FlcB, FlcC, FlbB, and Bb0236/FlcD) uncover a complex protein network at the base of the collar. Importantly, our data suggest that FlbB forms a novel periplasmic ring around the rotor but also acts as a scaffold supporting collar assembly and subsequent recruitment of stator complexes. The complex protein network based on the FlbB ring effectively bridges the rotor and 16 torque-generating stator complexes in each flagellar motor, thus contributing to the specialized motility and lifestyle of spirochetes in complex environments.
履歴
登録2024年6月11日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年12月25日-
マップ公開2024年12月25日-
更新2025年7月9日-
現状2025年7月9日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_45288.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_45288.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 10.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈A focused refinement map of the flagellar collar of WT Borreliella burgdorferi.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
4.29 Å/pix.
x 140 pix.
= 600.04 Å		4.29 Å/pix.
x 140 pix.
= 600.04 Å		4.29 Å/pix.
x 140 pix.
= 600.04 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 4.286 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.03
最小 - 最大-0.34263283 - 0.30717883
平均 (標準偏差)0.000000000000603 (±0.03663474)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-70-70-70
サイズ140140140
Spacing140140140
セルA=B=C: 600.04 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: The even half map of a focused refinement...

ファイルemd_45288_half_map_1.map
注釈The even half map of a focused refinement map of the flagellar collar of WT Borreliella burgdorferi.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: The odd half map of a focused refinement...

ファイルemd_45288_half_map_2.map
注釈The odd half map of a focused refinement map of the flagellar collar of WT Borreliella burgdorferi.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : B. burgdorferi flagellar collar

全体名称: B. burgdorferi flagellar collar
要素
  • 複合体: B. burgdorferi flagellar collar

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超分子 #1: B. burgdorferi flagellar collar

超分子名称: B. burgdorferi flagellar collar / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 詳細: flcB mutant
由来(天然)生物種: Borreliella burgdorferi (バクテリア)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 2.5 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 4.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C16 (16回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 13.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / 使用したサブトモグラム数: 5711
抽出トモグラム数: 950 / 使用した粒子像数: 5711
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
最終 角度割当タイプ: OTHER

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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