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万見
- EMDB-45276: Map of full-length LPD-3 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-45276
タイトルMap of full-length LPD-3 complex
マップデータ
試料
  • 複合体: Complex of LPD-3 with auxiliary proteins Spigot and Intake
    • タンパク質・ペプチド: LPD-3
    • タンパク質・ペプチド: Spigot
    • タンパク質・ペプチド: Intake
キーワードNative membrane complex / BLTP / LIPID TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


synaptic vesicle endocytosis / presynapse / membrane
類似検索 - 分子機能
C1orf43 / Protein KIAA1109 / : / : / : / NICE-3 protein / BLTP1-like family N-terminal region / BLTP1-like family middle region / BLTP1-like family C-terminal region / Fragile site-associated protein C-terminus
類似検索 - ドメイン・相同性
Bridge-like lipid transfer protein family member 1 C-terminal domain-containing protein / Defect at low temperature protein 1 / Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種Caenorhabditis elegans (センチュウ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.2 Å
データ登録者Clark SA / Kang Y
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
Not funded 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2025
タイトル: Structural basis of lipid transfer by a bridge-like lipid-transfer protein.
著者: Yunsik Kang / Katherine S Lehmann / Hannah Long / Amanda Jefferson / Maria Purice / Marc Freeman / Sarah Clark /
要旨: Bridge-like lipid-transport proteins (BLTPs) are an evolutionarily conserved family of proteins that localize to membrane-contact sites and are thought to mediate the bulk transfer of lipids from a ...Bridge-like lipid-transport proteins (BLTPs) are an evolutionarily conserved family of proteins that localize to membrane-contact sites and are thought to mediate the bulk transfer of lipids from a donor membrane, typically the endoplasmic reticulum, to an acceptor membrane, such as that of the cell or an organelle. Although BLTPs are fundamentally important for a wide array of cellular functions, their architecture, composition and lipid-transfer mechanisms remain poorly characterized. Here we present the subunit composition and the cryogenic electron microscopy structure of the native LPD-3 BLTP complex isolated from transgenic Caenorhabditis elegans. LPD-3 folds into an elongated, rod-shaped tunnel of which the interior is filled with ordered lipid molecules that are coordinated by a track of ionizable residues that line one side of the tunnel. LPD-3 forms a complex with two previously uncharacterized proteins, one of which we have named Spigot and the other of which remains unnamed. Spigot interacts with the N-terminal end of LPD-3 where lipids are expected to enter the tunnel, and experiments in multiple model systems indicate that Spigot has a conserved role in BLTP function. Our LPD-3 complex structural data reveal protein-lipid interactions that suggest a model for how the native LPD-3 complex mediates bulk lipid transport and provides a foundation for mechanistic studies of BLTPs.
履歴
登録2024年6月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年4月23日-
マップ公開2025年4月23日-
更新2025年6月18日-
現状2025年6月18日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_45276.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_45276.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.58 Å/pix.
x 512 pix.
= 806.912 Å		1.58 Å/pix.
x 512 pix.
= 806.912 Å		1.58 Å/pix.
x 512 pix.
= 806.912 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.576 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.06
最小 - 最大-0.3219864 - 0.6007063
平均 (標準偏差)0.000066624256 (±0.009022662)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 806.912 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_45276_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_45276_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Complex of LPD-3 with auxiliary proteins Spigot and Intake

全体名称: Complex of LPD-3 with auxiliary proteins Spigot and Intake
要素
  • 複合体: Complex of LPD-3 with auxiliary proteins Spigot and Intake
    • タンパク質・ペプチド: LPD-3
    • タンパク質・ペプチド: Spigot
    • タンパク質・ペプチド: Intake

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超分子 #1: Complex of LPD-3 with auxiliary proteins Spigot and Intake

超分子名称: Complex of LPD-3 with auxiliary proteins Spigot and Intake
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Caenorhabditis elegans (センチュウ)

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分子 #1: LPD-3

分子名称: LPD-3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: DEXTRO
由来(天然)生物種: Caenorhabditis elegans (センチュウ)
配列文字列: MSDFDIQIKI DDAQLDLKGV SFWVTASVVT LFLAWSTFVV LFFSRVSALF FTFVIDKYLR LSKNGIHFKI GGISISGLHA GKIMFRNVIY DNGDMTIKVN DGHLLFKYWK SVEHRHLNLS TKRASRLHLV LNGLHVNIYN NLTKYTEIAR IRRFDWFFEN TNMNDARRPQ ...文字列:
MSDFDIQIKI DDAQLDLKGV SFWVTASVVT LFLAWSTFVV LFFSRVSALF FTFVIDKYLR LSKNGIHFKI GGISISGLHA GKIMFRNVIY DNGDMTIKVN DGHLLFKYWK SVEHRHLNLS TKRASRLHLV LNGLHVNIYN NLTKYTEIAR IRRFDWFFEN TNMNDARRPQ TKPPDTCRSP PSSVWENMWN LLGIVHIEVS AGCILVGNKF LPYALWTRFE NLNSKTSVTE SANDRALLTF EGETENVAVS LIKNEQFDFT AKDKDPPRTM GNDGCPLLQS ASLEFVYKQD LLGYVTDDEP QSITLKLPLW SSEWRFGNNT VLSYGPWAEQ QRFLIYSFFY PPDFQNSTAT AMPTRGKKRI HVKHDVKIIL TKETCMDIWF MRGEQLESIR TRCGPLSSLD MSILWITTEK GFYWNMKAEF LNFEATTSLI FTKLFSCKKF NVDGSFVYPL TWNGEQTWTI DYAFTKANAW FVWDHKRLFT DLINDWIGDD PSDISKFVPF RVHNRMKVVD GFEVIMLLNE SNWVDTADMN AENVEVAIVG EKLSFECELP FVDFLPQTQM VKYEMRGEKS VAMRAKFPPD SATAPIRAAL SRLARCNSYA PPSKHGTHSL DTDVWFELWR TELVKMDFDH HYRPLIVKSN IPSDIPFSIL SDYLPPPANH PWDLEPDYLG VDILIEGSDV KFTGLLVKLL FELKNNYFGW YDSMTSVDDE KIDDPIKLKA SFDKTNANGM KPVEYFRTMN VDVTVRVCNV RAEMLLYSPA IDEGAEPEKV PVVFVEEVAV EVKKTKTQAL IQVGVSPACA YLDKSSQGSG PGCITLSGFQ FRGHAMYSAK EVAWNMGLVE YGWIMEILVG DIAGTLDFPA HAHVLHQIME SLLMFVISPD DATKVPDRMQ FCQHGQLIKA CSIAGKKTNE ILGPCKTEEQ MKYRQIRISV DSVNLTFVEE KTILQISADP VRVTICNAHE SRFTEHVCIR VPGISIRQAV RIKEKPENIW IEGANAAIEG VSLDIELPTP KSASPTIGKE RLEFVRMHDA DTKRLHFLWA DHSVWGCACF GNTCFFGDVD EIGSTFMETL TKKKFFVPGI ERNPEKQPQV MQSVILKNKP ILSNQPHMFY KKPKNADVVI TIRKESTGDT ESFHSARSQQ SPGLRILQSM EMSSSYATFV DNVRVELPSA ITVPQFGEPG AILEWCQAHQ ATRIINDVNT SGVNEVRFLS KPKKSQDIEY NTSRDTLGKR RLAINGVAAT SLDLFVTPIG IEAFERLVTA ASHSVPAINP CILVHMCYRD CVLKKHRQPL TESLFADEDN DSEPISEVDI TVDLPRVSIG LFQCGVKKNI VKSNHTDHIT ANMGLLLIDR AFIQSKLIPA ESVSQDFSAD TSNLSSTLYQ LNGSAITVQL LQLTNRDAPD FGSSGTATTP NNWEHCAISR RMNNLEPRVM MDFNVSDTLI ILERRPIILL LPDKSTTAIT PIHSPANAPT PTAMNRTPTL TLTPSAGAGG GERAEPMRKK KKMICEHYLK ADIGSVTTAL VMARPQELTA GDEFPIYEAL APVMVSWLSV VENFLRTVDK FIHTVECWKS VAMAKVLKLA LDSTDEKVVV KVGKNRMGRT RVLSAHQASC PSCILLKTLF RWFAYAGNAP GAINHRLDIR PEFEIEETRK TALMALLSHW QSDVGKELKL VSYEDAHRFK VTRPDEAAIV ALTKSKRLKR KMLEKKESSK KETRVVMEVK PEQPKAKRGR MSPAPLLKKL RKKAGDDDFD DDSMKFLSDV EMQEFNTLPL YEDYEDDEML ENLDSEPKID DKVDLYTWMR NAQRESTLRR RKLAGGAEGS VKDDLNLKGY INPMDIQQKA YYYNIYRWAQ LQWTSLDGIE KDHWHLDYSV TLREVDVRMM AKSIKNSSDH LRQYITPAQQ KVMQVRNAAV NGGMVWKMER DERRKIPLHG QWNISYSGNV EGIRFLIGMA TVSLGKELSL VLRVAMEAKN ELRMHSTAES FQTPRNEVKV FKPVVPNQYD LAVEWDEKVL DMTRDYEKHM QRMRTNKEDV VEKVKVMVNG SAMVSSIVLE SVLNDLYVSV TISQIVLAHS KNPMPDIPVV VHAVTLSTTP TAAAAEDKKT ATLTKKSVSS TFKIDDLTVS LTKMKLTLSE ADSSNKKSDI LRCTLNSSSF NVHTNLKTLT SAKESNRPKN NLINSNIATT ATLRLGALEG TMPMAAYSLH DVVMRHGKEL EQQLNRLAAQ PASTPLSSST PFPSAEQSLL AKVADMKTAP EPVVITQAEF KPLTTLPATA AHVQDAKGQI VRRVPVAVVS FSIELTSIEM NIQLLPSLQA KYRINRATSN GITGVQANWS ILLDEHFFEF CVTGQGGKTE TFRLQLPSVT SDGLYQAEQG VSSQKPSTDK KLIYREGGSL QMTVVLGRVN HIFTTELLNQ LMFAEHSFRT ELTALINRIR SSSFASTNSS RSAQSTNDRV NSTANLKLLL PVQTTSTPVH IEKPPLLFSI KIQTKEIPRK DEKTDKDAKT PKASGASGNL DQSQHPSHST HVKSTPWLQL TAATPTQTAV RLTVDSLEGE LTNKWVVKEE GSKERIYGNA VIHFNAKLGQ LIKPVPTGDS VAATDVTDLQ EFATFMTQVR VENKERNMFN SSYSYHISLN RPIFLVKAAA IDKAILLWLN YKNTYDYWRN EREKVVQEKT TTKLSNAGMF SPTQIAEDAD MNLSLAINNG MYMCMPLYSH DVTEGMPALV LSLQKSNLSV LVKKELTCKA SFNGFKCSFV DDFDEQALTQ SFLDATHSDQ SNCIFFPEGT YQLCSKAEAT KGPAKWVLSV SAEMQGVEID LDTRIGKLAK LLVNTFSMIR TDDDDDMSFW GDEGELDSDE EKVEGASELK KLKAEEKVPW MENKMHEHSR AVFELAARGV SNKLIEAEKH KLRQYELIRF KAFRRNVVEK LKKGTTASRQ HTETPPPQPR PDTTSRRNSR TTSTSQKNSE DLTTPGDIET VNFNLDVKVN ITSGTCTLRT QKKEGANQLA LPGILKRLNL GTKDIKAMFE PQIITTTTFS IPSVEIKAYH VSDPSNRSTD EFCKDKREKI SKGLAKDADK LHRDLHNKSR FGNTYINGGG GPKTSTVPPP PKRGCFYIFV GLASMPSETV VTPHLATYFE QVLEPLPPSA VFQSQNNTRE ASVPDDGKGD ANNEVHNIMA MDTAAFPIDF VFYLDVQSST IRFDGKQPTS RSQTQADCLL TLPRLTLELT SKRTRDNIDN YVGGIHISGQ FKGFMLKIYN PLELEPDSSR ALQLSLDLLS FVISRNKNSS TEPDNRVRFV FSSQISKASF EYNFRRLGEL IQFPKPWYRA AIARRVFFGD QAAPRQKDDA SDITGTTRSR LPTDPKSLQP PAASTASTGS GSFVPHQRKP WTALVLAAIQ WNEFEVTAFM SNTMGKTTWK ATKGLVWGDA KLNSLNERDV SISFVLGSSE LCARDGAISG TIMLNNLKVS ADHSLSADVK RVPVNKAKIR LEWITANIEW MSRRVLIAKW CGPSFKVNDY YKGLKEGDHF ALSELGMNVQ ASWKDLQVVI TKSTVDDVAA IVNRLISFID EQLKNSRILL GNLSASTNLK KQAQALIESR KPTTHFWEKV LDYMSEMQMN EQLMGLMERE GAKVGGHIEL KAGGISLVMM KGDMNADTWA VFHLRDACIL FDPEARMDFL DNSSQQKIGI LLKQTFCLQL GSRHGNQTEN RANVCRVQTR FNNSRHLQKA EDILEFFIGD VMKIIGSADH SEKKKLKEVE VIQSPISENE NTAKSPTSTF SRFRSPGTSK TKESGPATNH NVMELFQFPG LEAKMSSQQL NGVDDGDKYE SVFQMPMDVL TTFVCDFFSE VAIETNFNAQ VSFLPELLKS YLKESHSGTS SSHSTNSSPA VSSSKESVVS ETSKDPRIFT CQEWKVEPRV RFIDRIKWTP PVLDDILKKL QIFDHRNTIP KVIQRAVLDP LDATLAASVI ATLQIVDNKK TIQKFKKSRT DSMAPTPKRR DSRRSSEEVS VSIDIPDIIT DISDASFRPK HN

UniProtKB: Bridge-like lipid transfer protein family member 1 C-terminal domain-containing protein

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分子 #2: Spigot

分子名称: Spigot / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: DEXTRO
由来(天然)生物種: Caenorhabditis elegans (センチュウ)
配列文字列: MRIFVFDGTS VIYVCAVIIL ILIWVAIIGQ RQIWRHRHNV ARVRPQVSLS SRISSKKAVL LRETQLDTVM RLRCENQARL TDCISLQFHG EKPYVHRMIA VDEVTLEIDG QLNRIEGAVQ RQAGESTYSY LKRIREKVPS IPLNLVHRIA FLQESARFRP EKFDVEQVME ...文字列:
MRIFVFDGTS VIYVCAVIIL ILIWVAIIGQ RQIWRHRHNV ARVRPQVSLS SRISSKKAVL LRETQLDTVM RLRCENQARL TDCISLQFHG EKPYVHRMIA VDEVTLEIDG QLNRIEGAVQ RQAGESTYSY LKRIREKVPS IPLNLVHRIA FLQESARFRP EKFDVEQVME LRSLLNQFLR ILSAEYDSLS DEPDMAAPRG VIASFYQFGQ KIMPNNSGSK RRRNKFGGSD GVRLLMKERE EQLSLLSPLA RASADSPAPA AHLRRQSDSH SALLPQ

UniProtKB: Defect at low temperature protein 1

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分子 #3: Intake

分子名称: Intake / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: DEXTRO
由来(天然)生物種: Caenorhabditis elegans (センチュウ)
配列文字列: MSRDVSLSPK SGDIRFNGTE PPVKVEVVDE EQSSLNNQLG FSTTLSTSFV LSEDLSESID DLTVTSKDKK KLRPSKVAED IGRKRKDTTN SITNFFHRFT RGDREEKKIV EEEEEEHVER PEKLISPESE EKWFESRTLD EKVLGHEGDA DMYEWDPNTM TETLVREPPS ...文字列:
MSRDVSLSPK SGDIRFNGTE PPVKVEVVDE EQSSLNNQLG FSTTLSTSFV LSEDLSESID DLTVTSKDKK KLRPSKVAED IGRKRKDTTN SITNFFHRFT RGDREEKKIV EEEEEEHVER PEKLISPESE EKWFESRTLD EKVLGHEGDA DMYEWDPNTM TETLVREPPS PLEPSSMIFE EKGMLKLLED FRNGELRWLD APQISALGKV KEAHEDVSNI HLQVYEIESA RRKKRKQARS VKENFEFSDS DDSEEEREIE RLFESMNTHM IDMHSALDTV PFYDASQNQR TEKIDNDEEY FSS

UniProtKB: Uncharacterized protein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.01 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
150.0 mMNaClSodium chloride
20.0 mMTrisTris
0.02 %GDNGDN
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 0.2 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 146403
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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