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- EMDB-45193: V-Shaped, Channel Formed, T2a Nanobody Bound conformation of wild... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-45193
タイトルV-Shaped, Channel Formed, T2a Nanobody Bound conformation of wild-type human CFTR (sharpened map from cryoSPARC non-uniform refinement)
マップデータV-Shaped, Channel Formed, T2a Nanobody Bound conformation of wild-type human CFTR (sharpened map from cryoSPARC non-uniform refinement)
試料
  • 複合体: Wild-type human CFTR solubilized in digitonin and cholesterol-hemisuccinate plus T2a nanobody in the presence of 2 mM MgATP
    • 細胞器官・細胞要素: Wild type human Cystic Fibrosis Transmembrane Conductance Regulator (hCFTR)
      • 細胞器官・細胞要素: T2a nanobody
        • タンパク質・ペプチド: T2a nanobody
      • タンパク質・ペプチド: Wild type human Cystic Fibrosis Transmembrane Conductance Regulator (hCFTR)
キーワードcystic fibrosis / CFTR / nanobody / ATPase / conformational ensemble / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of voltage-gated chloride channel activity / positive regulation of cyclic nucleotide-gated ion channel activity / Sec61 translocon complex binding / channel-conductance-controlling ATPase / intracellularly ATP-gated chloride channel activity / positive regulation of enamel mineralization / transepithelial water transport / RHO GTPases regulate CFTR trafficking / intracellular pH elevation / amelogenesis ...positive regulation of voltage-gated chloride channel activity / positive regulation of cyclic nucleotide-gated ion channel activity / Sec61 translocon complex binding / channel-conductance-controlling ATPase / intracellularly ATP-gated chloride channel activity / positive regulation of enamel mineralization / transepithelial water transport / RHO GTPases regulate CFTR trafficking / intracellular pH elevation / amelogenesis / ATPase-coupled inorganic anion transmembrane transporter activity / chloride channel inhibitor activity / Golgi-associated vesicle membrane / multicellular organismal-level water homeostasis / cholesterol transport / bicarbonate transport / bicarbonate transmembrane transporter activity / chloride channel regulator activity / membrane hyperpolarization / vesicle docking involved in exocytosis / chloride transmembrane transporter activity / sperm capacitation / cholesterol biosynthetic process / chloride channel activity / RHOQ GTPase cycle / positive regulation of exocytosis / ATPase-coupled transmembrane transporter activity / ABC-type transporter activity / positive regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / chloride channel complex / 14-3-3 protein binding / cellular response to forskolin / chloride transmembrane transport / response to endoplasmic reticulum stress / cellular response to cAMP / Defective CFTR causes cystic fibrosis / Late endosomal microautophagy / PDZ domain binding / ABC-family proteins mediated transport / establishment of localization in cell / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / recycling endosome / Chaperone Mediated Autophagy / Aggrephagy / transmembrane transport / recycling endosome membrane / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / Clathrin-mediated endocytosis / protein-folding chaperone binding / early endosome membrane / early endosome / endosome membrane / Ub-specific processing proteases / apical plasma membrane / lysosomal membrane / endoplasmic reticulum membrane / enzyme binding / cell surface / protein-containing complex / ATP hydrolysis activity / ATP binding / nucleus / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / CFTR regulator domain / Cystic fibrosis TM conductance regulator (CFTR), regulator domain / Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator / : / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site ...: / CFTR regulator domain / Cystic fibrosis TM conductance regulator (CFTR), regulator domain / Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator / : / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Lama glama (ラマ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.99 Å
データ登録者Hunt JF / Paige AS / Cohen BM / Goldberg PM / Wang C / Loughlin BJ / Kappes JC / Yang Z / Jiang F / Govaerts C ...Hunt JF / Paige AS / Cohen BM / Goldberg PM / Wang C / Loughlin BJ / Kappes JC / Yang Z / Jiang F / Govaerts C / Overtus M / Rich Z
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
Cystic Fibrosis FoundationHUNT13XX0,HUNT18G0,HUNT20G0,004400G222,FRANK16XX0,FRANK18G0 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: V-Shaped, Channel Formed, T2a Nanobody Bound conformation of wild-type human CFTR (sharpened map from cryoSPARC non-uniform refinement)
著者: Hunt FJ / Paige AS / Cohen BM / Goldberg PM / Wang C / Loughlin BJ / Kappes JC / Yang Z / Jiang F / Govaerts C / Overtus M / Urbatsch IL / Lukacs G
履歴
登録2024年6月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年7月2日-
マップ公開2025年7月2日-
更新2025年7月2日-
現状2025年7月2日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_45193.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_45193.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈V-Shaped, Channel Formed, T2a Nanobody Bound conformation of wild-type human CFTR (sharpened map from cryoSPARC non-uniform refinement)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.84 Å/pix.
x 320 pix.
= 267.2 Å		0.84 Å/pix.
x 320 pix.
= 267.2 Å		0.84 Å/pix.
x 320 pix.
= 267.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.835 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.144
最小 - 最大-0.5491271 - 0.9856996
平均 (標準偏差)0.0005771722 (±0.022749)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 267.19998 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: V-Shaped, Channel Formed, T2a Nanobody Bound conformation of...

ファイルemd_45193_half_map_1.map
注釈V-Shaped, Channel Formed, T2a Nanobody Bound conformation of wild-type human CFTR (half map B from cryoSPARC non-uniform refinement)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: V-Shaped, Channel Formed, T2a Nanobody Bound conformation of...

ファイルemd_45193_half_map_2.map
注釈V-Shaped, Channel Formed, T2a Nanobody Bound conformation of wild-type human CFTR (half map B from cryoSPARC non-uniform refinement)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Wild-type human CFTR solubilized in digitonin and cholesterol-hem...

全体名称: Wild-type human CFTR solubilized in digitonin and cholesterol-hemisuccinate plus T2a nanobody in the presence of 2 mM MgATP
要素
  • 複合体: Wild-type human CFTR solubilized in digitonin and cholesterol-hemisuccinate plus T2a nanobody in the presence of 2 mM MgATP
    • 細胞器官・細胞要素: Wild type human Cystic Fibrosis Transmembrane Conductance Regulator (hCFTR)
      • 細胞器官・細胞要素: T2a nanobody
        • タンパク質・ペプチド: T2a nanobody
      • タンパク質・ペプチド: Wild type human Cystic Fibrosis Transmembrane Conductance Regulator (hCFTR)

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超分子 #1: Wild-type human CFTR solubilized in digitonin and cholesterol-hem...

超分子名称: Wild-type human CFTR solubilized in digitonin and cholesterol-hemisuccinate plus T2a nanobody in the presence of 2 mM MgATP
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
分子量理論値: 15.8 KDa

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超分子 #2: Wild type human Cystic Fibrosis Transmembrane Conductance Regulat...

超分子名称: Wild type human Cystic Fibrosis Transmembrane Conductance Regulator (hCFTR)
タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #3: T2a nanobody

超分子名称: T2a nanobody / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 3 / 親要素: 2 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: Lama glama (ラマ)

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分子 #1: Wild type human Cystic Fibrosis Transmembrane Conductance Regulat...

分子名称: Wild type human Cystic Fibrosis Transmembrane Conductance Regulator (hCFTR)
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列: MQRSPLEKAS VVSKLFFSWT RPILRKGYRQ RLELSDIYQI PSVDSADNLS EKLEREWDRE LASKKNPKLI NALRRCFFWR FMFYGIFLYL GEVTKAVQPL LLGRIIASYD PDNKEERSIA IYLGIGLCLL FIVRTLLLHP AIFGLHHIGM QMRIAMFSLI YKKTLKLSSR ...文字列:
MQRSPLEKAS VVSKLFFSWT RPILRKGYRQ RLELSDIYQI PSVDSADNLS EKLEREWDRE LASKKNPKLI NALRRCFFWR FMFYGIFLYL GEVTKAVQPL LLGRIIASYD PDNKEERSIA IYLGIGLCLL FIVRTLLLHP AIFGLHHIGM QMRIAMFSLI YKKTLKLSSR VLDKISIGQL VSLLSNNLNK FDEGLALAHF VWIAPLQVAL LMGLIWELLQ ASAFCGLGFL IVLALFQAGL GRMMMKYRDQ RAGKISERLV ITSEMIENIQ SVKAYCWEEA MEKMIENLRQ TELKLTRKAA YVRYFNSSAF FFSGFFVVFL SVLPYALIKG IILRKIFTTI SFCIVLRMAV TRQFPWAVQT WYDSLGAINK IQDFLQKQEY KTLEYNLTTT EVVMENVTAF WEEGFGELFE KAKQNNNNRK TSNGDDSLFF SNFSLLGTPV LKDINFKIER GQLLAVAGST GAGKTSLLMM IMGELEPSEG KIKHSGRISF CSQFSWIMPG TIKENIIFGV SYDEYRYRSV IKACQLEEDI SKFAEKDNIV LGEGGITLSG GQRARISLAR AVYKDADLYL LDSPFGYLDV LTEKEIFESC VCKLMANKTR ILVTSKMEHL KKADKILILH EGSSYFYGTF SELQNLQPDF SSKLMGCDSF DQFSAERRNS ILTETLHRFS LEGDAPVSWT ETKKQSFKQT GEFGEKRKNS ILNPINSIRK FSIVQKTPLQ MNGIEEDSDE PLERRLSLVP DSEQGEAILP RISVISTGPT LQARRRQSVL NLMTHSVNQG QNIHRKTTAS TRKVSLAPQA NLTELDIYSR RLSQETGLEI SEEINEEDLK ECFFDDMESI PAVTTWNTYL RYITVHKSLI FVLIWCLVIF LAEVAASLVV LWLLGNTPLQ DKGNSTHSRN NSYAVIITST SSYYVFYIYV GVADTLLAMG FFRGLPLVHT LITVSKILHH KMLHSVLQAP MSTLNTLKAG GILNRFSKDI AILDDLLPLT IFDFIQLLLI VIGAIAVVAV LQPYIFVATV PVIVAFIMLR AYFLQTSQQL KQLESEGRSP IFTHLVTSLK GLWTLRAFGR QPYFETLFHK ALNLHTANWF LYLSTLRWFQ MRIEMIFVIF FIAVTFISIL TTGEGEGRVG IILTLAMNIM STLQWAVNSS IDVDSLMRSV SRVFKFIDMP TEGKPTKSTK PYKNGQLSKV MIIENSHVKK DDIWPSGGQM TVKDLTAKYT EGGNAILENI SFSISPGQRV GLLGRTGSGK STLLSAFLRL LNTEGEIQID GVSWDSITLQ QWRKAFGVIP QKVFIFSGTF RKNLDPYEQW SDQEIWKVAD EVGLRSVIEQ FPGKLDFVLV DGGCVLSHGH KQLMCLARSV LSKAKILLLD EPSAHLDPVT YQIIRRTLKQ AFADCTVILC EHRIEAMLEC QQFLVIEENK VRQYDSIQKL LNERSLFRQA ISPSDRVKLF PHRNSSKCKS KPQIAALKEE TEEEVQDTRL LEENLYFQGG GGSGGSWSHP QFEKAAAGGG SGGGSWSHPQ FEK

UniProtKB: Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator

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分子 #2: T2a nanobody

分子名称: T2a nanobody / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Lama glama (ラマ)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
QVQLQESGGG LVQAGGSLRL SCAASGSIFR IDAMGWYRQA PGKQRELVAH STSGGSTDYA DSVKGRFTIS RDNAKNTVYL QMNSLKPEDT AVYYCNADVR TRWYASNN Y WGQGTQVTVS SAAAHHHHHH GAAEQKLISE EDLNGAA

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
200.0 mMNaClSodium Chloride
3.0 mMMgCl2Magnesium Chloride
50.0 mMC4H11NO3Tris buffer
0.06 % (w/v)C56H92O29Digitonin
2.0 mMC10H16N5O13P3ATP
グリッドモデル: Quantifoil R0.6/1 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 50 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 25 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER / 前処理 - 気圧: 0.026000000000000002 kPa
詳細: Gatan Solaris Plasma Cleaner 950, 15 watts cleaning power, O2/H2 at 27.5/6.4 sccm
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
温度最低: 85.0 K / 最高: 90.0 K
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum ER / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 5760 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4092 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 11110 / 平均露光時間: 2.5 sec. / 平均電子線量: 58.06 e/Å2
詳細: Movies comprised 50 frames collected in 2.5 seconds.
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.9 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.2 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 2635244
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.3.1) / ソフトウェア - 詳細: Patch CTF correction / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.99 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.3.1) / 使用した粒子像数: 102624
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.3.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.3.1)
最終 3次元分類クラス数: 16 / 平均メンバー数/クラス: 29000 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.3.1)
詳細: Final cycle of iterative heterorefinement against 11 protein volumes and 4 dummy volumes.
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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