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- EMDB-45190: Yersinia entomophaga holotoxin complex in prepore conformation -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-45190
タイトルYersinia entomophaga holotoxin complex in prepore conformation
マップデータ
試料
  • 複合体: Yersinia entomophaga holotoxin complex in pre-pore conformation
    • タンパク質・ペプチド: Toxin subunit YenA1
    • タンパク質・ペプチド: Toxin subunit YenA2
    • タンパク質・ペプチド: Chitinase 2
    • タンパク質・ペプチド: Toxin subunit YenB
    • タンパク質・ペプチド: Toxin subunit YenC2
キーワードToxin / pore-forming / insecticidal / chitinases
機能・相同性
機能・相同性情報


endochitinase activity / chitinase / chitin catabolic process / chitin binding / polysaccharide catabolic process / extracellular region / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
YwqJ-like deaminase / YwqJ-like deaminase / Insecticide toxin TcdB middle/C-terminal / Insecticide toxin TcdB middle/N-terminal / Insecticide toxin TcdB middle/C-terminal region / Insecticide toxin TcdB middle/N-terminal region / Salmonella virulence plasmid 65kDa B protein / Salmonella virulence plasmid 65kDa B protein / Toxin complex C-like repeat / Tripartite Tc toxins repeat ...YwqJ-like deaminase / YwqJ-like deaminase / Insecticide toxin TcdB middle/C-terminal / Insecticide toxin TcdB middle/N-terminal / Insecticide toxin TcdB middle/C-terminal region / Insecticide toxin TcdB middle/N-terminal region / Salmonella virulence plasmid 65kDa B protein / Salmonella virulence plasmid 65kDa B protein / Toxin complex C-like repeat / Tripartite Tc toxins repeat / ABC toxin, N-terminal domain / ABC toxin N-terminal region / Insecticidal toxin complex/plasmid virulence protein / Tc toxin complex TcA, C-terminal TcB-binding domain / Neuraminidase-like domain / Salmonella virulence plasmid 28.1kDa A protein / Tc toxin complex TcA C-terminal TcB-binding domain / Neuraminidase-like domain / Regulator of chromosome condensation (RCC1) signature 2. / : / Rhs repeat-associated core / : / Chitinase insertion domain superfamily / Chitinase II / Glyco_18 / Integrin alpha, N-terminal / Glycosyl hydrolases family 18 / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) domain profile. / Glycoside hydrolase family 18, catalytic domain / Glycoside hydrolase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Toxin subunit YenA1 / Toxin subunit YenA2 / Chitinase 2 / Toxin subunit YenB / Toxin subunit YenC2
類似検索 - 構成要素
生物種Yersinia entomophaga (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.6 Å
データ登録者Low YS / Landsberg MJ
資金援助 オーストラリア, 2件
OrganizationGrant number国
Australian Research Council (ARC)DP220101681 オーストラリア
Australian Research Council (ARC)DP170104484 オーストラリア
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Complete structures of the YenTc holotoxin prepore and pore reveal the evolutionary basis for chitinase incorporation into ABC toxins.
著者: Yu Shang Low / Solace G Roche / Nadezhda A Aleksandrova / Gabriel Foley / Jason Kk Low / Joseph K Box / Tristan I Croll / Irene R Chassagnon / J Shaun Lott / Evelyne Deplazes / Mikael Bodén ...著者: Yu Shang Low / Solace G Roche / Nadezhda A Aleksandrova / Gabriel Foley / Jason Kk Low / Joseph K Box / Tristan I Croll / Irene R Chassagnon / J Shaun Lott / Evelyne Deplazes / Mikael Bodén / Mark Rh Hurst / Sarah J Piper / Michael J Landsberg /
要旨: ABC toxins are toxin-translocating, pore-forming proteins found in a wide range of insecticidal bacteria and some mammalian pathogens. The Yersinia entomopahaga toxin complex (YenTc) belongs to a ...ABC toxins are toxin-translocating, pore-forming proteins found in a wide range of insecticidal bacteria and some mammalian pathogens. The Yersinia entomopahaga toxin complex (YenTc) belongs to a distinct subclass of ABC toxins, defined by a divergent molecular architecture. Structural details that define their mechanism of action remain to be elucidated. Here we determine structures of the YenTc holotoxin assembly in both prepore and pore-forming configurations using cryo-EM in conjunction with Alphafold2-assisted structural modelling of flexible domains. We define the structural mechanism via which enzymatically-active chitinase subunits are incorporated, and show using phylogenetic analyses that this subclass-defining feature has evolved relatively recently. Our structures point to the existence of distinct conformational states in YenTc, which may distinguish it from other structurally-characterised ABC toxins, or represent states on a shared mechanistic trajectory. Thus, our findings enhance our understanding of the structural diversity that defines distinct ABC toxin subclasses.
履歴
登録2024年6月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年12月31日-
マップ公開2025年12月31日-
更新2025年12月31日-
現状2025年12月31日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_45190.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_45190.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 391 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.72 Å/pix.
x 468 pix.
= 804.96 Å		1.72 Å/pix.
x 468 pix.
= 804.96 Å		1.72 Å/pix.
x 468 pix.
= 804.96 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.72 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.345
最小 - 最大-0.58950025 - 1.4004049
平均 (標準偏差)-0.0002514608 (±0.05302145)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ468468468
Spacing468468468
セルA=B=C: 804.96 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_45190_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_45190_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_45190_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Yersinia entomophaga holotoxin complex in pre-pore conformation

全体名称: Yersinia entomophaga holotoxin complex in pre-pore conformation
要素
  • 複合体: Yersinia entomophaga holotoxin complex in pre-pore conformation
    • タンパク質・ペプチド: Toxin subunit YenA1
    • タンパク質・ペプチド: Toxin subunit YenA2
    • タンパク質・ペプチド: Chitinase 2
    • タンパク質・ペプチド: Toxin subunit YenB
    • タンパク質・ペプチド: Toxin subunit YenC2

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超分子 #1: Yersinia entomophaga holotoxin complex in pre-pore conformation

超分子名称: Yersinia entomophaga holotoxin complex in pre-pore conformation
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Yersinia entomophaga (バクテリア)
分子量理論値: 2.5 MDa

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分子 #1: Toxin subunit YenA1

分子名称: Toxin subunit YenA1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Yersinia entomophaga (バクテリア)
分子量理論値: 129.91232 KDa
配列文字列: MDKYNNYSNV IKNKSSISPL LAAAAKIEPE ITVLSSASKS NRSQYSQSLA DTLLGLGYRS IFDIAKVSRQ RFIKRHDESL LGNGAVIFD KAVSMANQVL QKYRKNRLEK SNSPLVPQTS SSTDASSESQ TNKLPEYNQL FPEPWDNFCR PGAIEALDSP A SYLLDLYK ...文字列:
MDKYNNYSNV IKNKSSISPL LAAAAKIEPE ITVLSSASKS NRSQYSQSLA DTLLGLGYRS IFDIAKVSRQ RFIKRHDESL LGNGAVIFD KAVSMANQVL QKYRKNRLEK SNSPLVPQTS SSTDASSESQ TNKLPEYNQL FPEPWDNFCR PGAIEALDSP A SYLLDLYK FIQSVELDGS NQARKLETRR ADIPKLSLDN DALYKEVTAL SIVNDVLSGS AREYIDQSGQ ADKAVNQILG DT HFPFTLP YSLPTQQINK GLGASNIELG TVIQRVDPQF SWNTTQEKYN QVLLAYTQLS SEQIALLSLP DVFTQNFLTQ TEL SAGYLS ASTTEILAEK DLSRHGYIVK AADNIKGPTQ LVEHSDASYD VIELTCTNQA KETITVKLRG ENIITYQRTK ARMV PFDNS SPFSRQLKLT FVAEDNPSLG NLDKGPYFAN MDIYAAEWVR ENVSSETMVS RPFLTMTYRI AIAKAGASLE ELQPE ADAF FINNFGLSAE DSSQLVKLVA FGDQTGSKAE EIESLLSCGE NLPIVSPNVI FANPIFGSYF NDEPFPAPYH FGGVYI NAH QRNAMTIIRA EGGREIQSLS NFRLERLNRF IRLQRWLDLP SHQLDLLLTS VMQADADNSQ QEITEPVLKS LGLFRHL NL QYKITPEIFS SWLYQLTPFA VSGEIAFFDR IFNREQLFDQ PFILDGGSFT YLDAKGSDAK SVKQLCAGLN ISAVTFQF I APLVQSALGL EAGTLVRSFE VVSSLYRLVS IPQTFGLSTE DGLILMNILT DEMGYLAKQP AFDDKQTQDK DFLSIILKM EALSAWLTKN NLTPASLALL LGVTRLAVVP TNNMVTFFKG IANGLSENVC LTTDDFQRQE LEGADWWTLL STNQVIDDMG LVLDIHPVW GKSDEEMLME KIQSIGVSND NNTLSIIVQI LIQAKNAQEN LLSQTISAEY GVERSVVPLQ LRWLGSNVYS V LNQVLNNT PTDISSIVPK LSELTYSLLI YTQLINSLKL NKEFIFLRLT QPNWLGLTQP KLSTQLSLPE IYLITCYQDW VV NANKNED SIHEYLEFAN IKKTEAEKTL VDNSEKCAEL LAEILAWDAG EILKAASLLG LNPPQATNVF EIDWIRRLQT LSE KTMIST EYLWQMGDLT ENSEFSLKEG VGEAVMAALK AQGDSDNV

UniProtKB: Toxin subunit YenA1

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分子 #2: Toxin subunit YenA2

分子名称: Toxin subunit YenA2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Yersinia entomophaga (バクテリア)
分子量理論値: 156.324938 KDa
配列文字列: MSNSIEAKLQ EDLRDALVDY YLGQIVPNSK DFTNLRSTIK NVDDLYDHLL LDTQVSAKVI TSRLSLVTQS VQQYINRIAL NLEPGLSIN QQEATDWEEF ANRYGYWAAN QQLRMFPEIY VDPTLRLTKT EFFFQLESAL NQGKLTDDVA QKAVLGYLNN F EEVSNLEI ...文字列:
MSNSIEAKLQ EDLRDALVDY YLGQIVPNSK DFTNLRSTIK NVDDLYDHLL LDTQVSAKVI TSRLSLVTQS VQQYINRIAL NLEPGLSIN QQEATDWEEF ANRYGYWAAN QQLRMFPEIY VDPTLRLTKT EFFFQLESAL NQGKLTDDVA QKAVLGYLNN F EEVSNLEI IAGYQDGIDI ENDKTYFVAR TRMQPYRYFW RSLDASQRNA NSQELYPTAW SEWKAISVPL ENVANGIVRP IM MDNRLYI SWFEVAEEKE TDSDGNIIVS GRYRTKIRLA HLGFDGVWSS GTTLREEVLA DQMEEMIAVV DRMEDEPRLA LVA FKEMSE SWDVVFSYIC DSMLIESSNL PTTTHPPKPG DGDKGLSDLD DYGANLVWFY LHETANGGKA EYKQLILYPV IINR DWPIE LDKTHQGDFG TVDDFTLNSN YTGDELSLYL QSSSTYKYDF SKSKNIIYGI WKEDANNNRC WLNYKLLTPE DYEPQ INAT LVMCDKGDVN IITGFSLPNG GVDAGGKIKV TLRVGKKLRD KFQIKQFSQT QYLQFPEASS ADVWYIGKQI RLNTLF AKE LIGKASRSLD LVLSWETQNS RLEEAILGGA AELIDLDGAN GIYFWELFFH MPFMVSWRFN VEQRYEDANR WVKYLFN PF ECEDEPALLL GKPPYWNSRP LVDEPFKGYS LTQPSDPDAI AASDPIHYRK AVFNFLTKNI IDQGDMEYRK LQPSARTL A RLSYSTASSL LGRRPDVQLT SFWQPLTLED ASYKTDSEIR AIEMQSQPLT FEPVVHDQTM SAVDNDIFMY PMNNELRGL WDRIENRIYN LRHNLTLDGK EINMDLYDSS ISPRGLMKQR YQRVVTARNA SKMNFKVPNY RFEPMLNRSK SGVETLIQFG STLLSLLER KDSLSFDAYQ MIQSGDLYRF SIDLQQQDID INKASLEALQ VSKQSAQDRY DHFKELYDEN ISSTEQKVIE L QSQAANSL LMAQGMRTAA AALDVIPNIY GLAVGGSHWG APLNAAAEII MIKYQADSSK SESLSVSESY RRRRQEWELQ YK QAEWEVN SVEQQINLQN MQIKAANKRL EQVEAQQQQA MALLDYFSER FTNESLYTWL ISQLSSLYLQ AYDAVLSLCL SAE ASLLYE LNLGEQSFVG GGGWNDLYQG LMAGETLKLA LMRMERVYVE QNSRRQEITK TISLKALLGE SWPAELNKLK QKTP INFNL EEQIFVEDYQ ELYQRRIKSV SVSLPMLVGP YEDVCAQLTQ TSSSYSTRAD LKTVENMLTK RTFADTPHLV RSIQP NQQI SLSTGVNDSG LFMLNFDDER FLPFEGSGVD SSWRLQFTNL KQNLDSLNDV ILHVKYTAAI GSSTFSQGVR KILANI NND E

UniProtKB: Toxin subunit YenA2

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分子 #3: Chitinase 2

分子名称: Chitinase 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO / EC番号: chitinase
由来(天然)生物種: Yersinia entomophaga (バクテリア)
分子量理論値: 69.740609 KDa
配列文字列: MVNKYTYTSS KAMSDISDVI GEPLAAWDSQ VGGRVFNVIF DGKVYTNTYW VERWQVPGIG SSDGNPHNAW KFVRAATADE INKIGNPTT ADVKPTENIP SPILVEDKYT EETYSRPDVN FKEDGSQGNL SYTATRVCAP MYNHYVGDKT KPKLSAYITD W CQYDARLD ...文字列:
MVNKYTYTSS KAMSDISDVI GEPLAAWDSQ VGGRVFNVIF DGKVYTNTYW VERWQVPGIG SSDGNPHNAW KFVRAATADE INKIGNPTT ADVKPTENIP SPILVEDKYT EETYSRPDVN FKEDGSQGNL SYTATRVCAP MYNHYVGDKT KPKLSAYITD W CQYDARLD GGGSKEEERG RGFDLATLMQ NPATYDRLIF SFLGICGDIG NKSKKVQEVW DGWNAQAPSL GLPQIGKGHI VP LDPYGDL GTARNVGLPP ESADTSIESG TFLPYYQQNR AAGLLGGLRE LQKKAHAMGH KLDLAFSIGG WSLSSYFSAL AEN PDERRV FVASVVDFFV RFPMFSCVDI DWEYPGGGGD EGNISSDKDG ENYVLLIKEL RSALDSRFGY SNRKEISIAC SGVK AKLKK SNIDQLVANG LDNIYLMSYD FFGTIWADYI GHHTNLYSPK DPGEQELFDL SAEAAIDYLH NELGIPMEKI HLGYA NYGR SAVGGDLTTR QYTKNGPALG TMENGAPEFF DIVKNYMDAE HSLSMGKNGF VLMTDTNADA DFLFSEAKGH FISLDT PRT VKQKGEYAAK NKLGGVFSWS GDQDCGLLAN AAREGLGYVA DSNQETIDMG PLYNPGKEIY LKSISEIKSK

UniProtKB: Chitinase 2

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分子 #4: Toxin subunit YenB

分子名称: Toxin subunit YenB / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Yersinia entomophaga (バクテリア)
分子量理論値: 167.147984 KDa
配列文字列: MQNSQEMAIT TLSLPKGGGA INGMGESVGQ AGPDGMVTFS IPLPFSAGRG VAPALSLSYS SGAGNGPFGM GWQCSAMSIS RRTQKGVPQ YNEDDEFLSP SGEVMAIALN DSGFEDVRTA NRLQGIPLPF SYKVTRYQPR LIQDFIKIEY WQPVKQTDGT P FWIIYSPD ...文字列:
MQNSQEMAIT TLSLPKGGGA INGMGESVGQ AGPDGMVTFS IPLPFSAGRG VAPALSLSYS SGAGNGPFGM GWQCSAMSIS RRTQKGVPQ YNEDDEFLSP SGEVMAIALN DSGFEDVRTA NRLQGIPLPF SYKVTRYQPR LIQDFIKIEY WQPVKQTDGT P FWIIYSPD GQTHILGKNS HSRVANAENP SQIASWLLEE TVTPTGEHIY YQYSGENQVN CTDAEIALHP QDSAQRYLAR ID YGNISPQ ASLFVLDEEL PNLTQWLFHL VFDYGERDIS INKIPTFEGG TTGWLARPDM FSRYDFGIEI RNRRLCHQVL GFH RLEALN DRDVTDEIPV LVNRLTLDYD LNNSVSTLVA VRQVAYETDG SPITQPPLEF DYQRFDTGSI PGWQEMPQLE AFNG YQPYQ MIDLYGEGTP GILYQETPGA WWYKSPQRQI GGDSNAVTYG AMKALPKIPR LQEGATLMDI NGDGRLDWVI TSAGV RGFH SIHSTGEWTH FTPLNTLPTE YFHPKAQLAD LVGAGLSDLV LIGPKSVRLY ANQQGNWAPA QDVTQAENVS LPVIGI DSR QLVAFADMLG SGQQHLVEIT ADSVKCWPNM GHGRFGQPLT LEGFSQPQTS FNPDRVFLAD IDGSGTNDII YAHSECL EI YLNESGNRFS KPISLLLPDG VNFDNTCQLQ AADIQGLGIA SLVMTVPHMS PTHWRCDLAL NKPWLLNVMN NNRGAETC L FYRSSAQFWL DEKQLVEAAG QQPECHLPFP MHLHWRSEIF DEITGNRLTQ EQEYAHGSWD GQEREFRGFG RLIQRDTDG FAQGTVDIPT HPSRTVSWFA TGIPEIDTTL SAEFWRGDDQ AFSPFSPRFT RWENDSEAGS DVAFIPSEHD AFWLNRAMKG QLLRSELYG DDGTPEAEIP YSVTEMRHQV RALPTTDATV PSAWCSTIET RSYQYQRVAA DPQCSQQVVI KADRYGSPLL S VAINYPRR KKPEKSPYPD DLPETLFDSS YDTQQQQLHL TKQQQNYFHL TNDDNWLLGL PKEQRNDGYQ YDQERAPANG FT LETLIAS NSLIGSNQPF TYLGQSRVAY QGGVDEQPSL QALVAYGETA ILDEKTLQAF VGVLDSKTRD ELLFSAGYQL APR LFRVES EPDVWVARQG YSEFGDYSQF WRPLSQRSTL LTGKTTLKWD KHYCVVIETQ DAAQLVTQAR YDYRFLTPYS LTDA NDNQH YVVLNPFGEV IASRFWGTEA GKDAGYSTPQ AKPFVVPATI EAALALSPGI PVAHCAIFEP ESWMQKLTQH DVSER MADN GTLWNALLQA RFVTEDGYVC ALGRRRWMAR HGLSVLMLTL LAEIPRTPPH SLTITTDRYD SDDQQQLRQR ILFSDG FGR LLQSAQRVEA GESWQRSEDS SLVVNVSGTP ALVVTDNRWA VSGRTEYDGK GQGIRVYQPY FLDDWRYLSD DSARTDL FA DTHIYDPLGR EYQVITAKGY RRERQYTPWF VVNQDENDTA ANLAI

UniProtKB: Toxin subunit YenB

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分子 #5: Toxin subunit YenC2

分子名称: Toxin subunit YenC2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Yersinia entomophaga (バクテリア)
分子量理論値: 107.563875 KDa
配列文字列: MDIQLFSKTP SVTVFDNRGL SVRDIAYRRH PDTPKVTEEC ITYHQFDFRG FLAQSLDPRL NHKEVTNFSY LTDLNGNIIY TQSVDAGNT LVLNDTEGRS VIAMTNISRG ENGKDDLSLA VTRTFQYENA PLPGRPLSVT EQVNGENARI TEHFVYAGNT P QEKNLNLA ...文字列:
MDIQLFSKTP SVTVFDNRGL SVRDIAYRRH PDTPKVTEEC ITYHQFDFRG FLAQSLDPRL NHKEVTNFSY LTDLNGNIIY TQSVDAGNT LVLNDTEGRS VIAMTNISRG ENGKDDLSLA VTRTFQYENA PLPGRPLSVT EQVNGENARI TEHFVYAGNT P QEKNLNLA GQCVSYYDAA GLIQTDSVSL TGKPLSVSRK LLKNLDDTNI LADWQGNDTS AWNSLLATEI YTTVTRTDAA GA VLTTIDA VGNQQRVAFD IAGQLSASWL TLKGGQEQVI IKVLTYSAAG QKLREEGGNG VVTTYTYEAE TQRLIGIKTE RPN GHAAGA KVLQDLRYEY DPVGNVLSIT NDAEETRFWR NQKVVPENAY RYDSLYQLVS ASGREVAGAG QQGSDLPSPL VPLP SDSSV YTNYTRTYTY DSAGNLMRIR HSAPATNNNY TLNITVSERS NRGVMSSLTE NPADVDALFT ASGSQKCLQQ GQSLI WTPR GELRTVLLVA RGETADDSES YRYDGSSQRI LKISSQQTNH SARVQRALYL PGLEWRTMTG GVAEAENLQV ICIGEA GRA QVRVLHWESG KPDGIINDQI RWSYDNLTCS SGLEVDGDGL VISMEEYYPY GGTAVWAARS HIETAYKTVR YSGKERD AT GLYYYGFRYY QPWAGRWLSA DPAGTVDGLN LYRMVRNNPL RLTDPDGMAP LDWLDLDTTN ASRDIVKAIY QLNQIDGP H RGVRDTYQRM TESTGMILQE TLNNEAVLKG IKQKDKEKKS RGMKFTNSKL KTYAAHAGVL NTLQPDPVYK DGFLNLPGS LGNKNTFPGV ELIEDKVKPS LSQYHPDKLG KSQRWKPESS LGYYRVADTE AFITGIRSQY KSSGTDLHAV VEGRIRDHLL ANNNVLPKM AGIAGLHAEV QALNYIISNP DIEGGNAERL NGSYIFTQRL VGDVNQDFPA CYNCSGIISG LENVMTGRVN N DVRLKRRK SF

UniProtKB: Toxin subunit YenC2

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F30
ソフトウェア名称: SerialEM
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 45.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC / ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6ogd

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 60315
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

6ogd


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
ソフトウェア名称: Coot (ver. 0.8.9.3)
精密化プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-9c4k:
Yersinia entomophaga holotoxin complex in prepore conformation

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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