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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-45181 | |||||||||
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タイトル | The structure of two MntR dimers bound to the native mnep promoter sequence. | |||||||||
マップデータ | Sharpened cryo-EM map of 2 MntR dimers bound to the native mnep sequence. | |||||||||
試料 |
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キーワード | Manganese / metal ion homeostasis / transcription regulation / transcription activation / cooperative binding / GENE REGULATION | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 intracellular manganese ion homeostasis / manganese ion binding / protein dimerization activity / DNA-binding transcription factor activity / DNA binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Bacillus subtilis (枯草菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.09 Å | |||||||||
データ登録者 | Shi H / Fu Y / Glasfeld A / Ahuja S | |||||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: The structure of two MntR dimers bound to the native mnep promoter sequence. 著者: Shi H / Fu Y / Glasfeld A / Ahuja S | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | EMDBマップデータ形式 | |||
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ヘッダ (付随情報) | EMDBヘッダ | |||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-45181 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-45181 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 9c4cMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_45181.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Sharpened cryo-EM map of 2 MntR dimers bound to the native mnep sequence. | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.99844 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : MntR bound to mnep promoter sequence
全体 | 名称: MntR bound to mnep promoter sequence |
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要素 |
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-超分子 #1: MntR bound to mnep promoter sequence
超分子 | 名称: MntR bound to mnep promoter sequence / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 |
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-超分子 #2: MntR
超分子 | 名称: MntR / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3 |
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由来(天然) | 生物種: Bacillus subtilis (枯草菌) |
-超分子 #3: mnep promoter sequence
超分子 | 名称: mnep promoter sequence / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2 |
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由来(天然) | 生物種: Bacillus subtilis (枯草菌) / Synthetically produced: Yes |
-分子 #1: DNA (39-MER)
分子 | 名称: DNA (39-MER) / タイプ: dna / ID: 1 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: Bacillus subtilis (枯草菌) |
分子量 | 理論値: 11.936714 KDa |
配列 | 文字列: (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DC)(DT)(DG) (DT)(DC)(DA)(DC)(DC)(DT)(DT)(DA)(DT)(DT) (DT)(DA)(DT)(DT)(DA)(DG)(DT)(DA)(DA) (DA)(DC)(DA)(DG)(DG)(DA)(DA)(DA)(DC)(DA) |
-分子 #2: DNA (38-MER)
分子 | 名称: DNA (38-MER) / タイプ: dna / ID: 2 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: Bacillus subtilis (枯草菌) |
分子量 | 理論値: 11.748625 KDa |
配列 | 文字列: (DT)(DG)(DT)(DT)(DT)(DC)(DC)(DT)(DG)(DT) (DT)(DT)(DA)(DC)(DT)(DA)(DA)(DT)(DA)(DA) (DA)(DT)(DA)(DA)(DG)(DG)(DT)(DG)(DA) (DC)(DA)(DG)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA) |
-分子 #3: HTH-type transcriptional regulator MntR
分子 | 名称: HTH-type transcriptional regulator MntR / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Bacillus subtilis (枯草菌) |
分子量 | 理論値: 16.787133 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MTTPSMEDYI EQIYMLIEEK GYARVSDIAE ALAVHPSSVT KMVQKLDKDE YLIYEKYRGL VLTSKGKKIG KRLVYRHELL EQFLRIIGV DEEKIYNDVE GIEHHLSWNS IDRIGDLVQY FEEDDARKKD LKSIQKKTEH HNQ UniProtKB: HTH-type transcriptional regulator MntR |
-分子 #4: MANGANESE (II) ION
分子 | 名称: MANGANESE (II) ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 8 / 式: MN |
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分子量 | 理論値: 54.938 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.2 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: PDB ENTRY PDBモデル - PDB ID: |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.09 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 194072 |
初期 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |
最終 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |