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- EMDB-45167: Cryo-EM structure of E. coli AmpG -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-45167
タイトルCryo-EM structure of E. coli AmpG
マップデータ
試料
  • 複合体: AmpG-BRIL-BAG2
    • タンパク質・ペプチド: Anhydromuropeptide permease,Soluble cytochrome b562
  • リガンド: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE
  • リガンド: 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine
キーワードMembrane protein / Major Facilitator Family transporter / cell wall / antibiotic resistance
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidoglycan transmembrane transporter activity / peptidoglycan turnover / symporter activity / electron transport chain / cell wall organization / periplasmic space / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
AmpG-like permease/Acetyl-coenzyme A transporter 1 / Major facilitator superfamily / Major Facilitator Superfamily / Major facilitator superfamily domain / Major facilitator superfamily (MFS) profile. / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / MFS transporter superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Soluble cytochrome b562 / Anhydromuropeptide permease
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.78 Å
データ登録者Sverak H / Worrall LJ / Strynadka NCJ
資金援助 カナダ, 1件
OrganizationGrant number国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR) カナダ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Cryo-EM characterization of the anydromuropeptide permease AmpG central to bacterial fitness and β-lactam antibiotic resistance.
著者: Helena E Sverak / Luke N Yaeger / Liam J Worrall / Condurache M Vacariu / Amy J Glenwright / Marija Vuckovic / Zayni-Dean Al Azawi / Ryan P Lamers / Victoria A Marko / Clarissa Skorupski / ...著者: Helena E Sverak / Luke N Yaeger / Liam J Worrall / Condurache M Vacariu / Amy J Glenwright / Marija Vuckovic / Zayni-Dean Al Azawi / Ryan P Lamers / Victoria A Marko / Clarissa Skorupski / Arvind S Soni / Martin E Tanner / Lori L Burrows / Natalie Cj Strynadka /
要旨: Bacteria invest significant resources into the continuous creation and tailoring of their essential protective peptidoglycan (PG) cell wall. Several soluble PG biosynthesis products in the periplasm ...Bacteria invest significant resources into the continuous creation and tailoring of their essential protective peptidoglycan (PG) cell wall. Several soluble PG biosynthesis products in the periplasm are transported to the cytosol for recycling, leading to enhanced bacterial fitness. GlcNAc-1,6-anhydroMurNAc and peptide variants are transported by the essential major facilitator superfamily importer AmpG in Gram-negative pathogens including Escherichia coli, Klebsiella pneumoniae, Acinetobacter baumannii, and Pseudomonas aeruginosa. Accumulation of GlcNAc-1,6-anhydroMurNAc-pentapeptides also results from β-lactam antibiotic induced cell wall damage. In some species, these products upregulate the β-lactamase AmpC, which hydrolyzes β-lactams to allow for bacterial survival and drug-resistant infections. Here, we have used cryo-electron microscopy and chemical synthesis of substrates in an integrated structural, biochemical, and cellular analysis of AmpG. We show how AmpG accommodates the large GlcNAc-1,6-anhydroMurNAc peptides, including a unique hydrophobic vestibule to the substrate binding cavity, and characterize residues involved in binding that inform the mechanism of proton-mediated transport.
履歴
登録2024年5月31日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年12月18日-
マップ公開2024年12月18日-
更新2025年6月4日-
現状2025年6月4日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_45167.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_45167.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 42.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.18 Å/pix.
x 224 pix.
= 264.32 Å		1.18 Å/pix.
x 224 pix.
= 264.32 Å		1.18 Å/pix.
x 224 pix.
= 264.32 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.18 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.3
最小 - 最大-1.9803194 - 2.4904635
平均 (標準偏差)0.00061102037 (±0.04093318)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ224224224
Spacing224224224
セルA=B=C: 264.31998 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_45167_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_45167_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : AmpG-BRIL-BAG2

全体名称: AmpG-BRIL-BAG2
要素
  • 複合体: AmpG-BRIL-BAG2
    • タンパク質・ペプチド: Anhydromuropeptide permease,Soluble cytochrome b562
  • リガンド: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE
  • リガンド: 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine

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超分子 #1: AmpG-BRIL-BAG2

超分子名称: AmpG-BRIL-BAG2 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 / 詳細: Complex between AmpG-BRIL and BAG2 antibody
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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分子 #1: Anhydromuropeptide permease,Soluble cytochrome b562

分子名称: Anhydromuropeptide permease,Soluble cytochrome b562 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
詳細: AmpG with C-terminal BRIL insertion. N-terminal recombinant His-tag cleaved off.
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 65.32723 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: GSHMSSQYLR IFQQPRSAIL LILGFASGLP LALTSGTLQA WMTVENIDLK TIGFFSLVGQ AYVFKFLWSP LMDRYTPPFF GRRRGWLLA TQILLLVAIA AMGFLEPGTQ LRWMAALAVV IAFCSASQDI VFDAWKTDVL PAEERGAGAA ISVLGYRLGM L VSGGLALW ...文字列:
GSHMSSQYLR IFQQPRSAIL LILGFASGLP LALTSGTLQA WMTVENIDLK TIGFFSLVGQ AYVFKFLWSP LMDRYTPPFF GRRRGWLLA TQILLLVAIA AMGFLEPGTQ LRWMAALAVV IAFCSASQDI VFDAWKTDVL PAEERGAGAA ISVLGYRLGM L VSGGLALW LADKWLGWQG MYWLMAALLI PCIIATLLAP EPTDTIPVPK TLEQAVVAPL RDFFGRNNAW LILLLIVLYK LG DAFAMSL TTTFLIRGVG FDAGEVGVVN KTLGLLATIV GALYGGILMQ RLSLFRALLI FGILQGASNA GYWLLSITDK HLY SMGAAV FFENLCGGMG TSAFVALLMT LCNKSFSATQ FALLSALSAV GRVYVGPVAG WFVEAHGWST FYLFSVAAAV PGLI LLLVC RQTLEYTRVN DNFISRTAYP AGYAFAMWTL AAGVSLLAVW LLLLTMDALD LTHFSFLPAL LEVGVLVALS GVVLG GLLD YLALRKTHLT ADLEDNWETL NDNLKVIEKA DNAAQVKDAL TKMRAAALDA QKATPPKLED KSPDSPEMKD FRHGFD ILV GQIDDALKLA NEGKVKEAQA AAEQLKTTRN AYIQKYL

UniProtKB: Anhydromuropeptide permease, Soluble cytochrome b562

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分子 #2: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE

分子名称: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 / 式: LMT
分子量理論値: 510.615 Da
Chemical component information

ChemComp-LMT:
DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド / 可溶化剤*YM

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分子 #3: 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine

分子名称: 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: PEE
分子量理論値: 744.034 Da
Chemical component information

ChemComp-PEE:
1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine / DOPE, リン脂質*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.78 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 500000
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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