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- EMDB-45165: Cryo-EM structure of native dystrophin-glycoprotein complex (DGC) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-45165
タイトルCryo-EM structure of native dystrophin-glycoprotein complex (DGC)
マップデータ
試料
  • 複合体: dystrophin-glycoprotein complex (DGC)
    • タンパク質・ペプチド: Alpha-dystroglycan
    • タンパク質・ペプチド: Dystrophin
    • タンパク質・ペプチド: Beta-sarcoglycan
    • タンパク質・ペプチド: Sarcospan
    • タンパク質・ペプチド: Dystrobrevin
  • タンパク質・ペプチド: Beta-dystroglycan
  • タンパク質・ペプチド: Alpha-sarcoglycan
  • タンパク質・ペプチド: Sarcoglycan delta
  • タンパク質・ペプチド: Gamma-sarcoglycan
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードbeta-helix / sarcolemma / glycosylation / muscular dystrophy / membrane protein
機能・相同性
機能・相同性情報


sarcoglycan complex / coronary vasculature morphogenesis / muscle attachment / dystroglycan complex / nerve maturation / retrograde trans-synaptic signaling by trans-synaptic protein complex / contractile ring / morphogenesis of an epithelial sheet / microtubule anchoring / dystrophin-associated glycoprotein complex ...sarcoglycan complex / coronary vasculature morphogenesis / muscle attachment / dystroglycan complex / nerve maturation / retrograde trans-synaptic signaling by trans-synaptic protein complex / contractile ring / morphogenesis of an epithelial sheet / microtubule anchoring / dystrophin-associated glycoprotein complex / laminin-1 binding / photoreceptor ribbon synapse / basement membrane organization / dystroglycan binding / vinculin binding / branching involved in salivary gland morphogenesis / myelination in peripheral nervous system / commissural neuron axon guidance / protein-containing complex localization / node of Ranvier / cardiac muscle cell contraction / cardiac muscle cell development / cardiac muscle tissue development / structural constituent of muscle / muscle organ development / regulation of synapse organization / heart contraction / epithelial tube branching involved in lung morphogenesis / response to muscle activity / regulation of neurotransmitter receptor localization to postsynaptic specialization membrane / alpha-actinin binding / membrane protein ectodomain proteolysis / basement membrane / heart morphogenesis / calcium ion homeostasis / negative regulation of MAPK cascade / negative regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / tubulin binding / SH2 domain binding / negative regulation of cell migration / sarcoplasmic reticulum / filopodium / calcium-mediated signaling / sarcolemma / GABA-ergic synapse / regulation of synaptic plasticity / cell-cell junction / protein transport / lamellipodium / actin binding / virus receptor activity / postsynaptic membrane / cytoskeleton / intracellular signal transduction / membrane raft / external side of plasma membrane / focal adhesion / calcium ion binding / protein-containing complex binding / extracellular space / extracellular region / nucleoplasm / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Sarcoglycan complex subunit protein / Sarcoglycan alpha/epsilon / Beta-sarcoglycan / Sarcospan / Sarcoglycan gamma/delta/zeta / : / : / Sarcoglycan complex subunit protein / Sarcoglycan alpha/epsilon N-terminal domain / Sarcoglycan alpha/epsilon second domain ...Sarcoglycan complex subunit protein / Sarcoglycan alpha/epsilon / Beta-sarcoglycan / Sarcospan / Sarcoglycan gamma/delta/zeta / : / : / Sarcoglycan complex subunit protein / Sarcoglycan alpha/epsilon N-terminal domain / Sarcoglycan alpha/epsilon second domain / Dystroglycan-type cadherin-like / Dystroglycan, C-terminal / Alpha-dystroglycan domain 2 / DG-type SEA domain / Alpha-dystroglycan N-terminal domain 2 / Dystroglycan (Dystrophin-associated glycoprotein 1) / Alpha-Dystroglycan N-terminal domain 2 / DG-type SEA domain profile. / Dystroglycan-type cadherin-like domains. / Putative Ig domain / CD20-like family / CD20-like family / Cadherin-like superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Sarcoglycan delta / Sarcospan / Beta-sarcoglycan / Gamma-sarcoglycan / Dystroglycan 1 / Alpha-sarcoglycan
類似検索 - 構成要素
生物種Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.3 Å
データ登録者Liu S / Su T / Xia X / Zhou ZH
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM071940 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2025
タイトル: Native DGC structure rationalizes muscular dystrophy-causing mutations.
著者: Shiheng Liu / Tiantian Su / Xian Xia / Z Hong Zhou /
要旨: Duchenne muscular dystrophy (DMD) is a severe X-linked recessive disorder marked by progressive muscle wasting leading to premature mortality. Discovery of the DMD gene encoding dystrophin both ...Duchenne muscular dystrophy (DMD) is a severe X-linked recessive disorder marked by progressive muscle wasting leading to premature mortality. Discovery of the DMD gene encoding dystrophin both revealed the cause of DMD and helped identify a family of at least ten dystrophin-associated proteins at the muscle cell membrane, collectively forming the dystrophin-glycoprotein complex (DGC). The DGC links the extracellular matrix to the cytoskeleton, but, despite its importance, its molecular architecture has remained elusive. Here we determined the native cryo-electron microscopy structure of rabbit DGC and conducted biochemical analyses to reveal its intricate molecular configuration. An unexpected β-helix comprising β-, γ- and δ-sarcoglycan forms an extracellular platform that interacts with α-dystroglycan, β-dystroglycan and α-sarcoglycan, allowing α-dystroglycan to contact the extracellular matrix. In the membrane, sarcospan anchors β-dystroglycan to the β-, γ- and δ-sarcoglycan trimer, while in the cytoplasm, β-dystroglycan's juxtamembrane fragment binds dystrophin's ZZ domain. Through these interactions, the DGC links laminin 2 to intracellular actin. Additionally, dystrophin's WW domain, along with its EF-hand 1 domain, interacts with α-dystrobrevin. A disease-causing mutation mapping to the WW domain weakens this interaction, as confirmed by deletion of the WW domain in biochemical assays. Our findings rationalize more than 110 mutations affecting single residues associated with various muscular dystrophy subtypes and contribute to ongoing therapeutic developments, including protein restoration, upregulation of compensatory genes and gene replacement.
履歴
登録2024年5月31日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年10月23日-
マップ公開2024年10月23日-
更新2025年2月12日-
現状2025年2月12日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_45165.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_45165.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.36 Å/pix.
x 360 pix.
= 489.6 Å		1.36 Å/pix.
x 360 pix.
= 489.6 Å		1.36 Å/pix.
x 360 pix.
= 489.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.36 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.52
最小 - 最大-2.8019629 - 4.345665
平均 (標準偏差)-0.00084346376 (±0.045138657)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 489.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_45165_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_45165_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : dystrophin-glycoprotein complex (DGC)

全体名称: dystrophin-glycoprotein complex (DGC)
要素
  • 複合体: dystrophin-glycoprotein complex (DGC)
    • タンパク質・ペプチド: Alpha-dystroglycan
    • タンパク質・ペプチド: Dystrophin
    • タンパク質・ペプチド: Beta-sarcoglycan
    • タンパク質・ペプチド: Sarcospan
    • タンパク質・ペプチド: Dystrobrevin
  • タンパク質・ペプチド: Beta-dystroglycan
  • タンパク質・ペプチド: Alpha-sarcoglycan
  • タンパク質・ペプチド: Sarcoglycan delta
  • タンパク質・ペプチド: Gamma-sarcoglycan
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: dystrophin-glycoprotein complex (DGC)

超分子名称: dystrophin-glycoprotein complex (DGC) / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1, #3, #5, #8-#9
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)

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分子 #1: Alpha-dystroglycan

分子名称: Alpha-dystroglycan / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 67.623688 KDa
配列文字列: HWPSEPSEAV RDWENQLEAS MHSVLSDLHE ALPTVVGIPD GTAVVGRSFR VTIPTDLIGS SGEVIKVSTA GKEVLPSWLH WDPQSHTLE GLPLDTDKGV HYISVSAAQL DANGSHIPQT SSVFSIEVYP EDHSEPQSVR AASPDLGEAA ASACAAEEPV T VLTVILDA ...文字列:
HWPSEPSEAV RDWENQLEAS MHSVLSDLHE ALPTVVGIPD GTAVVGRSFR VTIPTDLIGS SGEVIKVSTA GKEVLPSWLH WDPQSHTLE GLPLDTDKGV HYISVSAAQL DANGSHIPQT SSVFSIEVYP EDHSEPQSVR AASPDLGEAA ASACAAEEPV T VLTVILDA DLTKMTPKQR IDLLHRMQSF SEVELHNMKL VPVVNNRLFD MSAFMAGPGN AKKVVENGAL LSWKLGCSLN QN SVPDIRG VEAPAREGTM SAQLGYPVVG WHIANKKPPL PKRIRRQIHA TPTPVTAIGP PTTAIQEPPS RIVPTPTSPA IAP PTETMA PPVRDPVPGK PTVTTRTRGA IIQTPTLGPI QPTRVSDAGT VVSGQIRATV TIPGYVEPTA VATPPTTTTK KPRV STPKP ATPSTDSSAT TTRRPTKKPR TPRPVPRVTT KAPITRLETA SPPTRIRTTT SGVPRGGEPN QRPELKNHID RVDAW VGTY FEVKIPSDTF YDKEDTTTDK LKLTLKLREQ QLVGEKSWVQ FNSNSQLMYG LPDSSHVGKH EYFMHATDKG GLSAVD AFE IHVHKRPQGD KAPARFKAKF VGDPAPVVND IHKKIALVKK LAFAFGDRNC STVTLQNITR G

UniProtKB: Dystroglycan 1

+
分子 #2: Beta-dystroglycan

分子名称: Beta-dystroglycan / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 15.714142 KDa
配列文字列:
SIVVEWTNNT LPLEPCPKEQ ITGLSRRIAE DNGQPRPAFT NALEPDFKAT SIAITGSGSC RHLQFIPVAP PGIPSSVTPP TEVPDRDPE KSSEDDVYLH TVIPAVVVAA ILLIAGIIAM ICYRKKRKGK LTLEDQATFI KKGVPI

UniProtKB: Dystroglycan 1

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分子 #3: Dystrophin

分子名称: Dystrophin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 427.942781 KDa
配列文字列: MLWWEEVEDC YEREDVQKKT FTKWINAQFS KFGKQHIENL FSDLQDGRRL LDLLEGLTGQ QLPKEKGSTR VHALNNVNKA LRVLQKNNV DLVNIGSTDI VDGNHKLTLG LIWNIILHWQ VKNVMKNIMA GLQQTNSEKI LLSWVRQSTR NYSQVNVINF T TSWSDGLA ...文字列:
MLWWEEVEDC YEREDVQKKT FTKWINAQFS KFGKQHIENL FSDLQDGRRL LDLLEGLTGQ QLPKEKGSTR VHALNNVNKA LRVLQKNNV DLVNIGSTDI VDGNHKLTLG LIWNIILHWQ VKNVMKNIMA GLQQTNSEKI LLSWVRQSTR NYSQVNVINF T TSWSDGLA LNALIHSHRP DLFDWNSVVC QQSATQRLEH AFNIAKCQLG IEKLLDPEDV ATTYPDKKSI LMYITSLFQV LP QQVSIEA IQEVELLPRP SKVTREEHFQ LHHQMHYSQQ ITVSLAQGYE RTSSPKPRFK SYAYTQAAYV STSDPTRSPF PSQ HLEAPG DKSFGSSLME TEVSLDSYQT ALEEVLSWLL SAEDTLQAQK EISSDVEEVK EQFHTHEGYM MDLTSHQGRV GNVL QLGSQ LIRTGKLSEE EETEVQEQMN LLNSRWECLR VASMEKQSNL HKVLMDLQNQ KLKELNDWLT KTEERTRKME EEPLG PDLE DLKRQVQQHK VLQEDLEQEQ VRVNSLTHMV VVVDESSGEH ATAALEEQLK VLGDRWANIC RWTEDRWVLL QDILLK WQR FTEEQCLFST WLSEKEDAVN KIHTTGFKDQ NEMLSSLHKL TVLKTDLEKK KQSMDKLSSL NQALLSTLKN KSVTQKM EA WLENFALRWD NLVQKLEKSS AQISQAVTTT QPSLTQTTVM ETVTMVTTRE QILVKHAQEE LPPPPPQKKR QIIVDSEI R KRLDVDITEL HSWITRSEAV LQSPEFAIYR KEGNFSDLKE KVNAIEREKA EKFRKLQDAS RSAQALVEQM VNEGVNADS IKQALEQLNS RWIEFCQLLS ERLHWLEYQN SIITFYNQLQ QLEQMITTAE NWLKTQPTTA SEPTAIKSQL KMCKDEVNRL SALQPQIER LKIQSTALKE KGQGPMFLDA DFVAFTNHFN QVFADAQARE KELQTIFDTL PPTRYQETIS TIRTWIQQSE P KLSIPQLS VTEYEIMEQR LGELQALQSS LQEQQSGLTY LSTTVKEMAK KAPSEISRKY QSEFEEIEGH WKKLSYQLVD HC QKLEEQM NKLRKIQNHI KTLKKWMAEV DVFLKEEWPA LGDSEILKKQ LKQCRLLVND IQTIQPSLNS VNESGQKIKN EAE PEFASR LETELRELNS QWDHMCRQVY TRKDALKAGL DKTLSLQKDL SEMHEWMTQA EEEYLERDFE YKTPDELQTA VEEM KRAKE EAQQKESKVK LLTESVNSVI AQAPPAAQEA LKKELDTLTT NYQWLCTRLN GKCKTLEEVW ACWHELLSYL EKANK WLNE VEVKLKTTET LPGGAEEISE VLDSLENLMQ HSEDNPNQIR ILAQTLTDGG VMDELINEEL ETFNSRWREL HEEAVR RQK LLEQSIQSAQ EIEKSLHLIQ ESLAFIDKQL AAYIADKVDA AQMPQEAQKI QSDLTSHEIS LEEMKKHNQG KEAAQRV LS QIDVAQKKLQ DVSMKFRLFQ KPANFEQRLE ESKMILDEVK MHLPALETKS VEQEVVQSQL NHCVNLYKSL SEVKSEVE M VIKTGRQIVQ KKQTENPKEL DERVTALKLH YNELGAKVTE RKQQLEKCLK LSRKMRKEMN ALTEWLAATD MELTKRSAV EGMPSNLDAE IAWGKATQKE VEKQKAHLKS VIELGEALKT VLGKKETLVE DKLSLLNSNW VAVTSRAEEW LNLLLEYQKH METFDQNVD HITKWIIQAD TLLDESEKKK PQQKEDVLKR LKAEMNDIRP KVDSIRDQAA NLMANRGDHC RKVVEPKISE L NHRFAAIS HRIKTGKASI PLKELEQFNS DIQKLLEPLE AEIQQGVNLK EEDFNKDMSE DNEGTVKELL QRGDNLHERI TD ERKREEI KIKQQLLQTK HNALKDLRSQ RRKKALEISH QWYQYKRQAD DLLKCLDDIE KKLASLPDPK DERKIKEIDR ELQ KKKEEL NAVHRQAEGL SEDGAAMAVE PIQIQLSKRW REIESKFAQF RRLNFAQIHT VREETMVVMT EDMPLEISYV PSTY LTEIT HVSQALSEVD QLLNAPDLSA KDFEDLFKQE ESLKNIKECM QQISGRIDVI HNKKAAALQS ATAAERVKLQ EALAQ LDSQ WEKVNKMYKD RQGRFDRSVE KWRRFHYDMK IFNQWLTEAE QFLKKTQIPE NWEHAKYKWY LKELQDGIGQ RQTVVR TLN TTGEEIIQQS SKTDANILQE KLGNLNLRWQ EVCKQLAERR KRLEEQKNIL SEFQRDLNEF VLWLEEADNI TSIPLEP GN EQQLKEKLEQ VKLLAEELPL RQGILKQLNE AGGTALVSAP ISPEEQDKLE NKLKQTNLQW IKVSKALPEK QEEIVAHV K ELGQLEEQLN HLLLWLTPIR NQLEIYNQPN QTGPFDIKET EVAVQAKQPD VERILSKGQH LYKEKPATQP VKRKLEDLS SEWKVVNYLL QELRAKRPDL PPGPATIGAS PSQTVTLVTQ TVVTKEISLS ELEMPSSLLL EVPALADFNR AWTELTDWLS LLDRVLKSQ QVIVGDLEDI NEMIIKQKAT LQELEQRRPQ LEELITAAQN LKNKTSNQEA RTIITDRIER IQNQWDEVQE H LQNRRQQL NEMLKDSTQW LEAKEEAEQV LGQARAKLES WKEGPYTMDA LQKKIEETKQ LAKDLRQWQI NVDVANDLAL KL LRDYSAD DTRKVHMITE NINASWGSIH KRVNEREATL EEAYRLLQQF PLDLEKFLAW LTEAETTANV LQDATHKERL PED SKGVRE LMKQWQDLQG EIEAHTDIYH NLDENGQKIL RSLEGSDEAV LLQRRLDNMN FKWSELRKKS LNIRSHLEAS SDQW KRLHL SLQELLVWLQ LKDDELNRQA PVGGDFPAVQ KQNDVHRAFK RELKTKEPVI MSTLETVRIF LTEQPLGGLE KLYQE PREL PPDERAQNVT RLLRKQAEEV NAEWEKLNLH STDWQRKLDE ALERLQELQE ATDELDLKLR QAEVIKGSWQ PVGDLL IDS LQDHLEKVKA LRGEIAPLKE NVSHVNDLGR QLTTLGIQLS PYNLSTLEDL NTRWKLLQVA VEDRIRQLHE AHRDFGP AS QHFLSTSVQG PWERAISPNK VPYYINHETQ TTCWDHPKMT ELYQSLADLN NVRFSAYRTA MKLRRLQKAL CLDLLTLS A ACDALDQHNL KQNDQPMDIL QIINCLTTVY DRLEQEHNNL VNVPLCVDMC LNWLLNVYDT GRTGRIRVLS FKTGIISLC KAHLEDKYRY LFKQVASSTG FCDQRRLGLL LHDSIQIPRQ LGEVASFGGS NIEPSVRSCF QFANNKPEIE AALFLDWMRL EPQSMVWLP VLHRVAAAET AKHQAKCNIC KECPIIGFRY RSLKHFNYDI CQSCFFSGRV AKGHKMHYPM VEYCTPTTSG E DVRDFAKV LKNKFRTKRY FAKHPRMGYL PVQTVLEGDN METPVTLINF WPVDSAPASS PQLSHDDTHS RIEHYASRLA EM ENSNGSY LNDSISPNES IDDEHLLIQH YCQSLNQDSP LSQPRSPAQI LISLESEERG ELERILADLE EENRNLQAEY DRL KQQHEH KGLSPLPSPP EMMPTSPQSP RDAELIAEAK LLRQHKGRLE ARMQILEDHN KQLESQLHRL RQLLEQPQAE AKVN GTTVS SPSTSLQRSD SSQPMLLRVV GSQTSESMGE EDLPSPPQDT STGLEEVMEQ LNNSFPSSRG HNVGSLFHMA DDLGR AMES LVSVMTDEEG AE

+
分子 #4: Alpha-sarcoglycan

分子名称: Alpha-sarcoglycan / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 35.969039 KDa
配列文字列: QQTTLYPLVG RVFVHTLEPA SFLHLPEHAA PATIPVTYHA HLQGHPDLPR WLRYTQRSPH HPGFLYGAAT PEDRGRQVIE VTAYNRDSF DTAGQSLVLL IRDPEGSPLP YQTEFLVRSH DVEEVLPPTP ASHFLTALAG LWEPGELKLL NITSALDRGG R VPLPIGGQ ...文字列:
QQTTLYPLVG RVFVHTLEPA SFLHLPEHAA PATIPVTYHA HLQGHPDLPR WLRYTQRSPH HPGFLYGAAT PEDRGRQVIE VTAYNRDSF DTAGQSLVLL IRDPEGSPLP YQTEFLVRSH DVEEVLPPTP ASHFLTALAG LWEPGELKLL NITSALDRGG R VPLPIGGQ KEGVYIKVGS ASPFSTCLKM VASPDSHARC ARGQPPLLSC YDTLAPHFRV DWCNVSLVDT SVPEPVDEVP TP GDGILEH DPFFCPPTEA TARDFLADAL VTLLVPLLVA LLLALLLAYI MCCRREGRLK RDLATSDIQM VHHCTIHENT EEL RQMAAS

UniProtKB: Alpha-sarcoglycan

+
分子 #5: Beta-sarcoglycan

分子名称: Beta-sarcoglycan / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 34.768695 KDa
配列文字列: MAAAAAAAAE QQSSNGPVKK SMREKAVERR NVNKEHNSNF KAGYIPIDED RLHKTGLRGR KGNLAICVIV LLFLLAVINL IITLVIWAV IRIGPNGCDS MEFHESGLLR FKQVSDMGVI HPLYKSTVGG RRNENLVITG NNQPIVFQQG TTKLSVEKNK T SITSDIGM ...文字列:
MAAAAAAAAE QQSSNGPVKK SMREKAVERR NVNKEHNSNF KAGYIPIDED RLHKTGLRGR KGNLAICVIV LLFLLAVINL IITLVIWAV IRIGPNGCDS MEFHESGLLR FKQVSDMGVI HPLYKSTVGG RRNENLVITG NNQPIVFQQG TTKLSVEKNK T SITSDIGM QFFDPRTQNI LFSTDYETHE FHLPSGVKSL NVQKASTERI TSNATSDLNI KVDGRAIVRG NEGVFIMGKT IE FHMGGNM ELKAENSIIL NGTVMVSTTR LPSSSSADQL GGGDWVRYKL CMCADGTLFK VQVTGQNVGC QVSDNPCGNT H

UniProtKB: Beta-sarcoglycan

+
分子 #6: Sarcoglycan delta

分子名称: Sarcoglycan delta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 32.14235 KDa
配列文字列: MPQEQYTHHR STMPSAEGPQ VYKVGIYGWR KRCLYFFVLL LMILILVNLA MTIWILKVMN FTIDGMGNLR ITEKGLKLEG DSEFLQPLY AKEIQSRPGN ALYFKSARNV TVNILNDQTK VLTQLITGPK AVEAYGKKFE VKTVSGKLLF SADDNEVVVG A ERLRVLGA ...文字列:
MPQEQYTHHR STMPSAEGPQ VYKVGIYGWR KRCLYFFVLL LMILILVNLA MTIWILKVMN FTIDGMGNLR ITEKGLKLEG DSEFLQPLY AKEIQSRPGN ALYFKSARNV TVNILNDQTK VLTQLITGPK AVEAYGKKFE VKTVSGKLLF SADDNEVVVG A ERLRVLGA EGTVFPKSIE TPNVRADPFK ELRLESPTRA LVMEAPKGVE INAEAGNMEA TCRTELRLES KDGEIKLDAA KI KLPRLPH GSYTPTGTRQ KVFEICVCAN GRLFLSQAGT GSTCQINTSV CL

UniProtKB: Sarcoglycan delta

+
分子 #7: Gamma-sarcoglycan

分子名称: Gamma-sarcoglycan / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 32.005486 KDa
配列文字列: MAGEQYLTAT EGTHIERPEN QCVYKIGIYG WRKRCLYLLV LLLLIILVVN LALTIWILKV MWFSPTGMGH LHVTKDGLRL EGESEFLFP LYAKEIHSRV DSSLLLQSTQ NVTVNARNSD GEVTGRLKVG PQMVEVQSQQ FQINSREGKS LFTVDEEEVV V GTDRLRVT ...文字列:
MAGEQYLTAT EGTHIERPEN QCVYKIGIYG WRKRCLYLLV LLLLIILVVN LALTIWILKV MWFSPTGMGH LHVTKDGLRL EGESEFLFP LYAKEIHSRV DSSLLLQSTQ NVTVNARNSD GEVTGRLKVG PQMVEVQSQQ FQINSREGKS LFTVDEEEVV V GTDRLRVT GPEGALFEHS VETPLVTADP FQDLRLESPT RSLSMDAPRG VHIEAHAGEV EALSQMDIVL HSSDGTLVLD AE TVCLPKL LQGTQAASGS SQGLYEICVC PDGKLYLSVA GAGTTCQEHS HICL

UniProtKB: Gamma-sarcoglycan

+
分子 #8: Sarcospan

分子名称: Sarcospan / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 26.058631 KDa
配列文字列: MGKDRQPRGQ QRQGDAAGPD DPGPKKGAGT REQRGEEEAQ TCCGCRFPLL LALLQLALGV AVTVVGFLMA SVSSSLLVRA TPYWAGIIV CVVAYLGLFM LCVSYQVDER TCIQFSMKLL YFVLSALGLV VCVLAVAFAA HHYSLLTHLT CENAPDSCQC K LPSSEPLS ...文字列:
MGKDRQPRGQ QRQGDAAGPD DPGPKKGAGT REQRGEEEAQ TCCGCRFPLL LALLQLALGV AVTVVGFLMA SVSSSLLVRA TPYWAGIIV CVVAYLGLFM LCVSYQVDER TCIQFSMKLL YFVLSALGLV VCVLAVAFAA HHYSLLTHLT CENAPDSCQC K LPSSEPLS RTFVYRDVTD CTSITGTFQV FLLVQMVLNL VCGLVCLVAC FVMWKHRYQV FYVGVRMCPL SASEGQQQKV

UniProtKB: Sarcospan

+
分子 #9: Dystrobrevin

分子名称: Dystrobrevin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 92.647117 KDa
配列文字列: MIEDSGKRGN TMAERRQLFA EMRAQDLDRI RLSTYRTACK LRFVQKKCNL HLVDIWNVIE ALRENALNNL DPNTELNVAR LEAVLSTIF YQLNKRMPTT HQIHVEQSIS LLLNFLLAAF DPEGHGKISV FAVKMALATL CGGKIMDKLR YIFSMISDSS G VMVYGRYD ...文字列:
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+
分子 #12: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 12 / コピー数: 2 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

-
実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4 / 詳細: 150 mM NaCl, 0.1% digitonin, 50 mM Tris-HCl, pH 7.4
グリッドモデル: PELCO Ultrathin Carbon with Lacey Carbon / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: LACEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 281.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影#0 - Image recording ID: 1
#0 - フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
#0 - 検出モード: SUPER-RESOLUTION / #0 - 平均電子線量: 50.0 e/Å2 / #1 - Image recording ID: 2
#1 - フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
#1 - 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

Image recording ID1
詳細both K2 and K3 detector were used for this reconstruction
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL / In silico モデル: Ab-Initio Reconstruction via CryoSPARC
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 134481
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL
得られたモデル

PDB-9c3c:
Cryo-EM structure of native dystrophin-glycoprotein complex (DGC)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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