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- EMDB-45157: SARS-CoV-2 Nucleocapsid Dimerization Domain bound to Fab-NP1E9 an... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-45157
タイトルSARS-CoV-2 Nucleocapsid Dimerization Domain bound to Fab-NP1E9 and Fab-NP3B4
マップデータ
試料
  • 複合体: SARS-CoV-2 Nucleocapsid Dimerization Domain bound to Antibody Fabs NP1E9 and NP3B4
    • タンパク質・ペプチド: Nucleoprotein
    • タンパク質・ペプチド: Antibody Fab NP3-B4 Heavy Chain (variable region)
    • タンパク質・ペプチド: Antibody Fab NP3-B4 Light Chain (variable region)
    • タンパク質・ペプチド: Antibody Fab NP1-E9 Heavy Chain (variable region)
    • タンパク質・ペプチド: Antibody Fab NP1-E9 Light Chain (variable region)
キーワードProtein / Fab / immunocomplex / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


: / response to host immune response / viral RNA genome packaging / negative regulation of interferon-beta production / poly(U) RNA binding / Maturation of nucleoprotein / intracellular membraneless organelle / positive regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / MHC class I protein binding / CD28 dependent PI3K/Akt signaling ...: / response to host immune response / viral RNA genome packaging / negative regulation of interferon-beta production / poly(U) RNA binding / Maturation of nucleoprotein / intracellular membraneless organelle / positive regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / MHC class I protein binding / CD28 dependent PI3K/Akt signaling / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / protein sequestering activity / VEGFR2 mediated vascular permeability / NOD1/2 Signaling Pathway / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / DDX58/IFIH1-mediated induction of interferon-alpha/beta / molecular condensate scaffold activity / MHC class I protein complex / Interleukin-1 signaling / Interferon alpha/beta signaling / RNA stem-loop binding / viral capsid / PIP3 activates AKT signaling / Transcription of SARS-CoV-2 sgRNAs / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / viral nucleocapsid / host cell Golgi apparatus / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host extracellular space / Induction of Cell-Cell Fusion / Attachment and Entry / host cell perinuclear region of cytoplasm / ribonucleoprotein complex / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / protein homodimerization activity / RNA binding / extracellular region / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Nucleocapsid protein, betacoronavirus / Nucleocapsid protein, coronavirus / Nucleocapsid protein, C-terminal / Nucleocapsid protein, N-terminal / Nucleocapsid (N) protein, C-terminal domain, coronavirus / Nucleocapsid (N) protein, N-terminal domain, coronavirus / Coronavirus nucleocapsid / Coronavirus nucleocapsid (CoV N) protein N-terminal (NTD) domain profile. / Coronavirus nucleocapsid (CoV N) protein C-terminal (CTD) domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) / Mus sp. (ネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Landeras-Bueno S / Hariharan C / Diaz Avalos R / Ollmann Saphire E
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)NIH R21 AI178427-01 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Structural stabilization of the intrinsically disordered SARS-CoV-2 N by binding to RNA sequences engineered from the viral genome fragment.
著者: Sara Landeras-Bueno / Chitra Hariharan / Ruben Diaz Avalos / Andrew S Norris / Dalton T Snyder / Kathryn M Hastie / Stephanie Harkins / Michelle Zandonatti / Roshan R Rajamanickam / Eduardo ...著者: Sara Landeras-Bueno / Chitra Hariharan / Ruben Diaz Avalos / Andrew S Norris / Dalton T Snyder / Kathryn M Hastie / Stephanie Harkins / Michelle Zandonatti / Roshan R Rajamanickam / Eduardo Olmedillas / Robyn Miller / Sujan Shresta / Vicki H Wysocki / Erica Ollmann Saphire /
要旨: The nucleocapsid N is one of four structural proteins of the coronaviruses. Its essential role in genome encapsidation makes it a critical therapeutic target for COVID-19 and related diseases. ...The nucleocapsid N is one of four structural proteins of the coronaviruses. Its essential role in genome encapsidation makes it a critical therapeutic target for COVID-19 and related diseases. However, the inherent disorder of full-length N hampers its structural analysis. Here, we describe a stepwise method using viral-derived RNAs to stabilize SARS-CoV-2 N for EM analysis. We identify pieces of RNA from the SARS-CoV-2 genome that promote the formation of structurally homogeneous N dimers, intermediates of assembly, and filamentous capsid-like structures. Building on these results, we engineer a symmetric RNA to stabilize N protein dimers, the building block of high-order assemblies, for EM studies. We combine domain-specific monoclonal antibodies against N with chemical cross-linking mass spectrometry to validate the spatial arrangement of the N domains within the dimer. Additionally, our cryo-EM analysis reveals novel antigenic sites on the N protein. Our findings provide insights into N protein´s architectural and antigenic principles, which can guide design of pan-coronavirus therapeutics.
履歴
登録2024年5月31日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年5月14日-
マップ公開2025年5月14日-
更新2025年7月30日-
現状2025年7月30日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_45157.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_45157.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

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その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.32 Å/pix.
x 320 pix.
= 422.4 Å		1.32 Å/pix.
x 320 pix.
= 422.4 Å		1.32 Å/pix.
x 320 pix.
= 422.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

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断面 (2/3)

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ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.32 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.397
最小 - 最大-0.0016681394 - 2.010899
平均 (標準偏差)0.0005506011 (±0.01681343)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 422.40002 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_45157_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_45157_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : SARS-CoV-2 Nucleocapsid Dimerization Domain bound to Antibody Fab...

全体名称: SARS-CoV-2 Nucleocapsid Dimerization Domain bound to Antibody Fabs NP1E9 and NP3B4
要素
  • 複合体: SARS-CoV-2 Nucleocapsid Dimerization Domain bound to Antibody Fabs NP1E9 and NP3B4
    • タンパク質・ペプチド: Nucleoprotein
    • タンパク質・ペプチド: Antibody Fab NP3-B4 Heavy Chain (variable region)
    • タンパク質・ペプチド: Antibody Fab NP3-B4 Light Chain (variable region)
    • タンパク質・ペプチド: Antibody Fab NP1-E9 Heavy Chain (variable region)
    • タンパク質・ペプチド: Antibody Fab NP1-E9 Light Chain (variable region)

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超分子 #1: SARS-CoV-2 Nucleocapsid Dimerization Domain bound to Antibody Fab...

超分子名称: SARS-CoV-2 Nucleocapsid Dimerization Domain bound to Antibody Fabs NP1E9 and NP3B4
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)

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分子 #1: Nucleoprotein

分子名称: Nucleoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
分子量理論値: 16.42241 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
MAHHHHHHVD DDDKMENLYF QGMQTVTKKS AAEASKKPRQ KRTATKAYNV TQAFGRRGPE QTQGNFGDQE LIRQGTDYKH WPQIAQFAP SASAFFGMSR IGMEVTPSGT WLTYTGAIKL DDKDPNFKDQ VILLNKHIDA YKTFP

UniProtKB: Nucleoprotein

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分子 #2: Antibody Fab NP3-B4 Heavy Chain (variable region)

分子名称: Antibody Fab NP3-B4 Heavy Chain (variable region) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus sp. (ネズミ)
分子量理論値: 26.549525 KDa
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列: EVQLVESGGG LVQPGGSVKL SCLASGFTFS DYYMSWVRQS PEKGLEWVAE IRLESDNYAT HYAESVKGKF TISRDDSKSR LYLKMNSLR GEDTGIYYCA FDVYYGGAMD YWGQGTTVTV EVQLVESGGG LVQPGGSVKL SCLASGFTFS DYYMSWVRQS P EKGLEWVA ...文字列:
EVQLVESGGG LVQPGGSVKL SCLASGFTFS DYYMSWVRQS PEKGLEWVAE IRLESDNYAT HYAESVKGKF TISRDDSKSR LYLKMNSLR GEDTGIYYCA FDVYYGGAMD YWGQGTTVTV EVQLVESGGG LVQPGGSVKL SCLASGFTFS DYYMSWVRQS P EKGLEWVA EIRLESDNYA THYAESVKGK FTISRDDSKS RLYLKMNSLR GEDTGIYYCA FDVYYGGAMD YWGQGTTVTV

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分子 #3: Antibody Fab NP3-B4 Light Chain (variable region)

分子名称: Antibody Fab NP3-B4 Light Chain (variable region) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus sp. (ネズミ)
分子量理論値: 11.548821 KDa
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列:
CDIQMTQSPS IMSASPGEKV TMTCSASSSV SYMHWYQQKS STSPKLWIYD TSELASGVPG RFSGSRSGNS YSLTISSMEA EDVATYYCF QGSGYPLTFG GGTKLELK

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分子 #4: Antibody Fab NP1-E9 Heavy Chain (variable region)

分子名称: Antibody Fab NP1-E9 Heavy Chain (variable region) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus sp. (ネズミ)
分子量理論値: 12.557037 KDa
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列:
QVQLQQSGPE LVKPGTLVKI SCKASGYTFT SYDINWVKQR PGQGLEWIGW IYPGDGSTKY NEKFKGKATL TADTSSSTAY MQLNSLTSE NSAVYFCARG LVGAMDYWGQ GTSVTV

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分子 #5: Antibody Fab NP1-E9 Light Chain (variable region)

分子名称: Antibody Fab NP1-E9 Light Chain (variable region) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus sp. (ネズミ)
分子量理論値: 11.853099 KDa
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列:
DIVMTQSQKF MSTSVGDRVS VTCKASQNVL NNVAWYQQKP GQSPKALIYS ASYRYSGVPD RFTGSGSGTD FTLTISNVQS EDLAEYFCQ QYNSYPLTFG DGTKLELK

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.15 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
50.0 mMHepesHepes
250.0 mMNaClsodium chloride
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1520588
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.15) / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 632077
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.15)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.15)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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