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万見
- EMDB-45136: Infectious B19V capsid -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-45136
タイトルInfectious B19V capsid
マップデータ
試料
  • ウイルス: Human parvovirus B19 (B19 ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein 2
キーワードB19 / Virion / Capsid / VIRUS
機能・相同性Parvovirus coat protein VP2 / Parvovirus coat protein VP1/VP2 / Parvovirus coat protein VP1/VP2 / Capsid/spike protein, ssDNA virus / T=1 icosahedral viral capsid / structural molecule activity / Capsid protein 2
機能・相同性情報
生物種Human parvovirus B19 (B19 ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Lee H / Hafenstein S
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Infectious parvovirus B19 circulates in the blood coated with active host protease inhibitors.
著者: Hyunwook Lee / Ruben Assaraf / Suriyasri Subramanian / Dan Goetschius / Jan Bieri / Nadia M DiNunno / Remo Leisi / Carol M Bator / Susan L Hafenstein / Carlos Ros /
要旨: The lack of a permissive cell culture system has limited high-resolution structures of parvovirus B19 (B19V) to virus-like particles (VLPs). In this study, we present the atomic resolution structure ...The lack of a permissive cell culture system has limited high-resolution structures of parvovirus B19 (B19V) to virus-like particles (VLPs). In this study, we present the atomic resolution structure (2.2 Å) of authentic B19V purified from a patient blood sample. There are significant differences compared to non-infectious VLPs. Most strikingly, two host protease inhibitors (PIs), inter-alpha-trypsin inhibitor heavy chain 4 (ITIH4) and serpinA3, were identified in complex with the capsids in all patient samples tested. The ITIH4 binds specifically to the icosahedral fivefold axis and serpinA3 occupies the twofold axis. The protein-coated virions remain infectious, and the capsid-associated PIs retain activity; however, upon virion interaction with target cells, the PIs dissociate from the capsid prior to viral entry. Our finding of an infectious virion shielded by bound host serum proteins suggests an evolutionarily favored phenomenon to evade immune surveillance and escape host protease activity.
履歴
登録2024年5月30日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年10月16日-
マップ公開2024年10月16日-
更新2025年5月21日-
現状2025年5月21日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_45136.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_45136.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.08 Å/pix.
x 512 pix.
= 552.96 Å		1.08 Å/pix.
x 512 pix.
= 552.96 Å		1.08 Å/pix.
x 512 pix.
= 552.96 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.08 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベルBy EMDB: 0.3
最小 - 最大-0.9227395 - 1.8158062
平均 (標準偏差)0.002447608 (±0.07573635)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-256-256-256
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 552.96 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_45136_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_45136_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Human parvovirus B19

全体名称: Human parvovirus B19 (B19 ウイルス)
要素
  • ウイルス: Human parvovirus B19 (B19 ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein 2

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超分子 #1: Human parvovirus B19

超分子名称: Human parvovirus B19 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 10798 / 生物種: Human parvovirus B19 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SEROTYPE / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No

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分子 #1: Capsid protein 2

分子名称: Capsid protein 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human parvovirus B19 (B19 ウイルス)
分子量理論値: 60.916016 KDa
配列文字列: MTSVNSAEAS TGAGGGGSNP VKSMWSEGAT FSANSVTCTF SRQFLIPYDP EHHYKVFSPA ASSCHNASGK EAKVCTISPI MGYSTPWRY LDFNALNLFF SPLEFQHLIE NYGSIAPDAL TVTISEIAVK DVTDKTGGGV QVTDSTTGRL CMLVDHEYKY P YVLGQGQD ...文字列:
MTSVNSAEAS TGAGGGGSNP VKSMWSEGAT FSANSVTCTF SRQFLIPYDP EHHYKVFSPA ASSCHNASGK EAKVCTISPI MGYSTPWRY LDFNALNLFF SPLEFQHLIE NYGSIAPDAL TVTISEIAVK DVTDKTGGGV QVTDSTTGRL CMLVDHEYKY P YVLGQGQD TLAPELPIWV YFPPQYAYLT VGDVNTQGIS GDSKKLASEE SAFYVLEHSS FQLLGTGGTA TMSYKFPPVP PE NLEGCSQ HFYEMYNPLY GSRLGVPDTL GGDPKFRSLT HEDHAIQPQN FMPGPLVNSV STKEGDSSNT GAGKALTGLS TGT SQNTRI SLRPGPVSQP YHHWDTDKYV TGINAISHGQ TTYGNAEDKE YQQGVGRFPN EKEQLKQLQG LNMHTYFPNK GTQQ YTDQI ERPLMVGSVW NRRALHYESQ LWSKIPNLDD SFKTQFAALG GWGLHQPPPQ IFLKILPQSG PIGGIKSMGI TTLVQ YAVG IMTVTMTFKL GPRKATGRWN PQPGVYPPHA AGHLPYVLYD PTATDAKQHH RHGYEKPEEL WTAKSRVHPL

UniProtKB: Capsid protein 2

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: INTEGRATING / 平均電子線量: 100.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 16458
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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