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- EMDB-45041: Single subunit of Epstein-Barr virus annealase BALF2 ssDNA-anneal... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-45041
タイトルSingle subunit of Epstein-Barr virus annealase BALF2 ssDNA-annealing complex
マップデータ
試料
  • 複合体: Monomeric subunit of the BALF2 ssDNA-annealing filament
    • タンパク質・ペプチド: Major DNA-binding protein
    • DNA: DNA(5'-D(*GP*CP*AP*GP*AP*AP*TP*CP*GP*CP*CP*C)-3'
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: water
キーワードRecombinase / annealase / SSB / Filament / Homologous Recombination / RECOMBINATION
機能・相同性
機能・相同性情報


viral tegument / bidirectional double-stranded viral DNA replication / single-stranded DNA binding / DNA replication / host cell nucleus
類似検索 - 分子機能
Viral ssDNA-binding protein / DBP-like superfamily / Viral ssDNA binding protein, head domain / ssDNA binding protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Major DNA-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種human gammaherpesvirus 4 (ヘルペスウイルス) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Nicholls J / Tolun G / Brewster J
資金援助 オーストラリア, 1件
OrganizationGrant number国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)GNT1184012 オーストラリア
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural determination of BALF2 annealing intermediate reveals the mechanism through which DNA annealing occurs
著者: Nicholls J / Brewster J / Tolun G
履歴
登録2024年5月24日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年6月11日-
マップ公開2025年6月11日-
更新2025年6月11日-
現状2025年6月11日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_45041.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_45041.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.84 Å/pix.
x 320 pix.
= 268.8 Å		0.84 Å/pix.
x 320 pix.
= 268.8 Å		0.84 Å/pix.
x 320 pix.
= 268.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.84 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.06
最小 - 最大-0.19547993 - 0.7412248
平均 (標準偏差)0.0010214043 (±0.016269648)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 268.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_45041_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_45041_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_45041_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Monomeric subunit of the BALF2 ssDNA-annealing filament

全体名称: Monomeric subunit of the BALF2 ssDNA-annealing filament
要素
  • 複合体: Monomeric subunit of the BALF2 ssDNA-annealing filament
    • タンパク質・ペプチド: Major DNA-binding protein
    • DNA: DNA(5'-D(*GP*CP*AP*GP*AP*AP*TP*CP*GP*CP*CP*C)-3'
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: water

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超分子 #1: Monomeric subunit of the BALF2 ssDNA-annealing filament

超分子名称: Monomeric subunit of the BALF2 ssDNA-annealing filament
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
詳細: Generated via local refinement of the filamentous annealing complex
由来(天然)生物種: human gammaherpesvirus 4 (ヘルペスウイルス)
株: B95-8

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分子 #1: Major DNA-binding protein

分子名称: Major DNA-binding protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: N-terminal domain of the BALF2 protein / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: human gammaherpesvirus 4 (ヘルペスウイルス)
株: B95-8
分子量理論値: 123.247445 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MQGAQTSEDN LGSQSQPGPC GYIYFYPLAT YPLREVATLG TGYAGHRCLT VPLLCGITVE PGFSINVKAL HRRPDPNCGL LRATSYHRD IYVFHNAHMV PPIFEGPGLE ALCGETREVF GYDAYSALPR ESSKPGDFFP EGLDPSAYLG AVAITEAFKE R LYSGNLVA ...文字列:
MQGAQTSEDN LGSQSQPGPC GYIYFYPLAT YPLREVATLG TGYAGHRCLT VPLLCGITVE PGFSINVKAL HRRPDPNCGL LRATSYHRD IYVFHNAHMV PPIFEGPGLE ALCGETREVF GYDAYSALPR ESSKPGDFFP EGLDPSAYLG AVAITEAFKE R LYSGNLVA IPSLKQEVAV GQSASVRVPL YDKEVFPEGV PQLRQFYNSD LSRCMHEALY TGLAQALRVR RVGKLVELLE KQ SLQDQAK VAKVAPLKEF PASTISHPDS GALMIVDSAA CELAVSYAPA MLEASHETPA SLNYDSWPLF ADCEGPEARV AAL HRYNAS LAPHVSTQIF ATNSVLYVSG VSKSTGQGKE SLFNSFYMTH GLGTLQEGTW DPCRRPCFSG WGGPDVTGTN GPGN YAVEH LVYAASFSPN LLARYAYYLQ FCQGQKSSLT PVPETGSYVA GAAASPMCSL CEGRAPAVCL NTLFFRLRDR FPPVM STQR RDPYVISGAS GSYNETDFLG NFLNFIDKED DGQRPDDEPR YTYWQLNQNL LERLSRLGID AEGKLEKEPH GPRDFV KMF KDVDAAVDAE VVQFMNSMAK NNITYKDLVK SCYHVMQYSC NPFAQPACPI FTQLFYRSLL TILQDISLPI CMCYEND NP GLGQSPPEWL KGHYQTLCTN FRSLAIDKGV LTAKEAKVVH GEPTCDLPDL DAALQGRVYG RRLPVRMSKV LMLCPRNI K IKNRVVFTGE NAALQNSFIK STTRRENYII NGPYMKFLNT YHKTLFPDTK LSSLYLWHNF SRRRSVPVPS GASAEEYSD LALFVDGGSR AHEESNVIDV VPGNLVTYAK QRLNNAILKA CGQTQFYISL IQGLVPRTQS VPARDYPHVL GTRAVESAAA YAEATSSLT ATTVVCAATD CLSQVCKARP VVTLPVTINK YTGVNGNNQI FQAGNLGYFM GRGVDRNLLQ APGAGLRKQA G GSSMRKKF VFATPTLGLT VKRRTQAATT YEIENIRAGL EAIISQKQEE DCVFDVVCNL VDAMGEACAS LTRDDAEYLL GR FSVLADS VLETLATIAS SGIEWTAEAA RDFLEGVWGG PGAAQDNFIS VAEPVSTASQ ASAGLLLGGG GQGSGGRRKR RLA TVLPGL EV

UniProtKB: Major DNA-binding protein

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分子 #2: DNA(5'-D(*GP*CP*AP*GP*AP*AP*TP*CP*GP*CP*CP*C)-3'

分子名称: DNA(5'-D(*GP*CP*AP*GP*AP*AP*TP*CP*GP*CP*CP*C)-3' / タイプ: dna / ID: 2 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 3.632382 KDa
配列文字列:
(DG)(DC)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DC)(DG)(DC) (DC)(DC)

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分子 #3: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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分子 #4: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 281 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態filament

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試料調製

濃度0.9 mg/mL
緩衝液pH: 9
構成要素:
濃度式名称
100.0 mMNaClSodium Chloride
6.0 mMC2H6OSbeta-mercaptoethanol
10.0 mMMgCl2Magnesium Chloride
20.0 mMC4H12ClNO3Tris Hydrochloride

詳細: Sample incubated for 30 minutes at 37 degrees Celsius and then for 20 hours at 4 degrees Celsius, in the presence of 1.83 uM oligonucleotide
グリッドモデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 120 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.039 kPa / 詳細: 2 minutes @ 0.15 mA
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細The sample formed flexible helical assemblies

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 15 eV
詳細Preliminary Grid screening was performed manually
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / デジタル化 - サイズ - 横: 5760 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4092 pixel / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 6248 / 平均電子線量: 65.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 3311483
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4) / ソフトウェア - 詳細: Patch CTF / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL / In silico モデル: Alphafold2
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4) / ソフトウェア - 詳細: Local Refinement / 詳細: Local Refinement of a single subunit / 使用した粒子像数: 557352
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4) / ソフトウェア - 詳細: Homogenous Refinement
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4) / ソフトウェア - 詳細: Local Refinement
最終 3次元分類クラス数: 2 / 平均メンバー数/クラス: 463880 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4) / ソフトウェア - 詳細: HeteroRefinement
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルChain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model
詳細Initial fitting was done in isolde before refinement in Phenix.
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-9byp:
Single subunit of Epstein-Barr virus annealase BALF2 ssDNA-annealing complex

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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