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- EMDB-45001: Structure of Mnx H340A complex from Bacillus sp. PL-12 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-45001
タイトルStructure of Mnx H340A complex from Bacillus sp. PL-12
マップデータ
試料
  • 複合体: Mnx H340A complex
    • タンパク質・ペプチド: MnxG
    • タンパク質・ペプチド: MnxE
    • タンパク質・ペプチド: MnxF
キーワードComplex / multicopper oxidase / manganese biomineralization / METAL TRANSPORT
機能・相同性Multicopper oxidase, copper-binding site / Multicopper oxidases signature 2. / Multicopper oxidase, N-terminal / Multicopper oxidase / Cupredoxin / copper ion binding / MnxE / MnxF / MnxG
機能・相同性情報
生物種Bacillus sp. (in: firmicutes) (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.37 Å
データ登録者Novikova IV / Evans JE
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
Department of Energy (DOE, United States)50773 (under EMSL) 米国
引用ジャーナル: J Am Chem Soc / 年: 2024
タイトル: Cryo-EM Structure of the Mnx Protein Complex Reveals a Tunnel Framework for the Mechanism of Manganese Biomineralization.
著者: Irina V Novikova / Alexandra V Soldatova / Trevor H Moser / Stephanie M Thibert / Christine A Romano / Mowei Zhou / Bradley M Tebo / James E Evans / Thomas G Spiro /
要旨: The global manganese cycle relies on microbes to oxidize soluble Mn(II) to insoluble Mn(IV) oxides. Some microbes require peroxide or superoxide as oxidants, but others can use O directly, via ...The global manganese cycle relies on microbes to oxidize soluble Mn(II) to insoluble Mn(IV) oxides. Some microbes require peroxide or superoxide as oxidants, but others can use O directly, via multicopper oxidase (MCO) enzymes. One of these, MnxG from strain PL-12, was isolated in tight association with small accessory proteins, MnxE and MnxF. The protein complex, called Mnx, has eluded crystallization efforts, but we now report the 3D structure of a point mutant using cryo-EM single particle analysis, cross-linking mass spectrometry, and AlphaFold Multimer prediction. The β-sheet-rich complex features MnxG enzyme, capped by a heterohexameric ring of alternating MnxE and MnxF subunits, and a tunnel that runs through MnxG and its MnxEF cap. The tunnel dimensions and charges can accommodate the mechanistically inferred binuclear manganese intermediates. Comparison with the Fe(II)-oxidizing MCO, ceruloplasmin, identifies likely coordinating groups for the Mn(II) substrate, at the entrance to the tunnel. Thus, the 3D structure provides a rationale for the established manganese oxidase mechanism, and a platform for further experiments to elucidate mechanistic details of manganese biomineralization.
履歴
登録2024年5月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年8月7日-
マップ公開2024年8月7日-
更新2024年10月30日-
現状2024年10月30日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_45001.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_45001.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 137.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.68 Å/pix.
x 330 pix.
= 224.4 Å		0.68 Å/pix.
x 330 pix.
= 224.4 Å		0.68 Å/pix.
x 330 pix.
= 224.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.68 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.071
最小 - 最大-0.08595846 - 0.21652254
平均 (標準偏差)0.0013756333 (±0.011571339)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ330330330
Spacing330330330
セルA=B=C: 224.40001 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_45001_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_45001_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_45001_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Mnx H340A complex

全体名称: Mnx H340A complex
要素
  • 複合体: Mnx H340A complex
    • タンパク質・ペプチド: MnxG
    • タンパク質・ペプチド: MnxE
    • タンパク質・ペプチド: MnxF

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超分子 #1: Mnx H340A complex

超分子名称: Mnx H340A complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Bacillus sp. (in: firmicutes) (バクテリア)
分子量理論値: 210 KDa

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分子 #1: MnxG

分子名称: MnxG / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus sp. (in: firmicutes) (バクテリア)
分子量理論値: 138.340672 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
配列文字列: MLRKFHVVGI STRIVVNTFG DHNPNGRIYV LKENESKLKD LVRKNPYKPI DLVQPLAIRA NEGDIVEILF ENQLSFSAGM HFQEADYSV LSSDGADAGY NPDTTVEPGG EILYRLNVNQ EGICFFTDLG NVSSTEQGSS VQGLFGALLV QKRGSSWTDP V TGGPINSG ...文字列:
MLRKFHVVGI STRIVVNTFG DHNPNGRIYV LKENESKLKD LVRKNPYKPI DLVQPLAIRA NEGDIVEILF ENQLSFSAGM HFQEADYSV LSSDGADAGY NPDTTVEPGG EILYRLNVNQ EGICFFTDLG NVSSTEQGSS VQGLFGALLV QKRGSSWTDP V TGGPINSG VYADIHHPFL PSFREYAWFF NDEMEIRDLT GERPLNPMTN QEAESFHGVN LRYEPMTNRK RLMEAGVVCP DC DSEEVHH DSWVFGDPAT PILRGYVGDP AVIRLIHGGV KETHVFHYHV HQWLGDSSNI NAEILDAQSI SPQTHYSIQP LYG LGSLHG AIGDSIIHCH LYPAFGIGMW GMNRVFDTLQ DGSQCYPNGV RIKALMPLPD RPEPPKPTPE KPGFPNFIPG KVGY KAPRP PLGIVGGREM TELERNAAIE NPRPGAVFVD PCLDQDPVVV EFNVSAIEMP VVYNKQGWHD PKARFYVMDE DLDDI LSGK KEPEPLVFHV PAGTCIRMNY TNRMPHILDG DAFQLVTRTY ENGFHIHFVK FDVLACDGGN VGWNYDSAVL PGQTIR YEW YAETELKAFF FHDHLFANSH QQHGVFGAGV IQPRFSKFLD SRTGDEVDHG TQISVEHPLI PDYRDQTLFV HDFALLF DK NGRPIQPPEY PGSEDDPGVF GVNFKCEPLK FRLGEDCDPA YSFSSYVHGD PVTPILRAYE GDPIRIRLLQ GAHEESHS F NIHGLRWKEE RPDLGSSMKA QQHIGISESF TFETEIPASG DYLWAFEDEE DVWLGTWGLI RAYKGRMEDL IVLTDREAL PEGSAETPKP TGKPPEKANP LASLPPGAYQ GSPVKKFEVV AFQTPIQYNS YGDHDPYGII FALKEDVEDI LTGKKNPVPL ILRANVGDL VEVTLTSELK KELFPFQDGI HPYPPVKEQS FYPPSLRISL HTSLLNYDVK TSSGDTVGYN PDQTVGPGET I TYRWFVDG QFGMCSMWDM ADLRNHRSFG TFGAFVAESR FTTYLDPYSL EKAITGENVI LRHPLLPATR EFVLILHDGV RL EDKDGKV IIDPMDGVVP DTEELEEVDT YDYGSRGFNY RSERLINRYK EHPVMHELFS SEVFGDPATP LFEAYPGEPV VMR ITTPAE RRRAHTFHLH GHYWKFDSKD LDSRIQSFLG HMVTGHTDDL RLIGGAGGVF NFPGDYLYRS GNIRWDIELG MWGI FRVHK DSKENLPRLE EVEGGWDNEE KA

UniProtKB: MnxG

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分子 #2: MnxE

分子名称: MnxE / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus sp. (in: firmicutes) (バクテリア)
分子量理論値: 12.185235 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
配列文字列:
MHDSPLKSLS AASNVASVND PLFDFFNKHM GKQILIITES SQLNILGQTF RPIFCGKVAE VEPGHLTLSP VTIKILNAPF HKFPIPLSI PFEKIAHFTT DVDCSMRIPL V

UniProtKB: MnxE

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分子 #3: MnxF

分子名称: MnxF / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus sp. (in: firmicutes) (バクテリア)
分子量理論値: 12.026734 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
配列文字列:
MEALFPMSTD YSKMTDVNEI HDSAILEHFR NGIGHKTLVI SPSYPYMFVG IIKELIGDTV MIDVETTHFA QLENREWYIH IHNIEVFYI ERPGAPKIPK LEDY

UniProtKB: MnxF

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度4.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.8
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 %
詳細contains 80mM CHAPSO

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 130000
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.37 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 98663
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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