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- EMDB-44986: Structure of influenza A RNP, 4xNP local reconstruction, class 2 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-44986
タイトルStructure of influenza A RNP, 4xNP local reconstruction, class 2
マップデータclass 2 sharpened map
試料
  • 複合体: Influenza A virus RNP complex
    • タンパク質・ペプチド: Nucleoprotein
    • RNA: viral RNA
キーワードInfluenza / Ribonucleoprotein complex / nucleoprotein / VIRAL PROTEIN-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


helical viral capsid / viral penetration into host nucleus / host cell / viral nucleocapsid / symbiont entry into host cell / ribonucleoprotein complex / host cell nucleus / structural molecule activity / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Influenza virus nucleoprotein (NP) / Influenza virus nucleoprotein
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 9.7 Å
データ登録者Peng R / Chang Y-W
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
David and Lucile Packard Foundation2019-69645 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of influenza A RNP, 4xNP local reconstruction, class 2
著者: Peng R / Chang Y-W
履歴
登録2024年5月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年5月14日-
マップ公開2025年5月14日-
更新2025年5月14日-
現状2025年5月14日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_44986.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_44986.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈class 2 sharpened map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.72 Å/pix.
x 64 pix.
= 174.08 Å		2.72 Å/pix.
x 64 pix.
= 174.08 Å		2.72 Å/pix.
x 64 pix.
= 174.08 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.72 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.34
最小 - 最大-0.22028628 - 1.2194566
平均 (標準偏差)0.06798159 (±0.14963031)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ646464
Spacing646464
セルA=B=C: 174.08 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: half 2

ファイルemd_44986_half_map_1.map
注釈half 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: half 1

ファイルemd_44986_half_map_2.map
注釈half 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Influenza A virus RNP complex

全体名称: Influenza A virus RNP complex
要素
  • 複合体: Influenza A virus RNP complex
    • タンパク質・ペプチド: Nucleoprotein
    • RNA: viral RNA

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超分子 #1: Influenza A virus RNP complex

超分子名称: Influenza A virus RNP complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
分子量理論値: 3 MDa

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分子 #1: Nucleoprotein

分子名称: Nucleoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
分子量理論値: 56.454793 KDa
配列文字列: MATKGTKRSY EQMETDGERQ NATEIRASVG KMIDGIGRFY IQMCTELKLS DYEGRLIQNS LTIERMVLSA FDERRNKYLE EHPSAGKDP KKTGGPIYRR VDGKWRRELI LYDKEEIRRI WRQANNGDDA TAGLTHMMIW HSNLNDATYQ RTRALVRTGM D PRMCSLMQ ...文字列:
MATKGTKRSY EQMETDGERQ NATEIRASVG KMIDGIGRFY IQMCTELKLS DYEGRLIQNS LTIERMVLSA FDERRNKYLE EHPSAGKDP KKTGGPIYRR VDGKWRRELI LYDKEEIRRI WRQANNGDDA TAGLTHMMIW HSNLNDATYQ RTRALVRTGM D PRMCSLMQ GSTLPRRSGA AGAAVKGVGT MVMELIRMIK RGINDRNFWR GENGRRTRIA YERMCNILKG KFQTAAQRTM VD QVRESRN PGNAEFEDLI FLARSALILR GSVAHKSCLP ACVYGSAVAS GYDFEREGYS LVGIDPFRLL QNSQVYSLIR PNE NPAHKS QLVWMACHSA AFEDLRVSSF IRGTKVVPRG KLSTRGVQIA SNENMETMES STLELRSRYW AIRTRSGGNT NQQR ASSGQ ISIQPTFSVQ RNLPFDRPTI MAAFTGNTEG RTSDMRTEII RLMESARPED VSFQGRGVFE LSDEKATSPI VPSFD MSNE GSYFFGDNAE EYDN

UniProtKB: Nucleoprotein

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分子 #2: viral RNA

分子名称: viral RNA / タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 2
由来(天然)生物種: Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
分子量理論値: 18.32499 KDa
配列文字列:
UUUUUUUUUU UUUUUUUUUU UUUUUUUUUU UUUUUUUUUU UUUUUUUUUU UUUUUUUUUU

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4 / 詳細: 1x PBS
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / 装置: LEICA EM GP

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
実像数: 1 / 平均電子線量: 3.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 倍率（公称値）: 64000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 9.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用したサブトモグラム数: 17357
抽出トモグラム数: 289 / 使用した粒子像数: 126276 / ソフトウェア - 名称: Warp (ver. 1.09)
CTF補正ソフトウェア - 名称: Warp (ver. 1.09) / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
最終 3次元分類クラス数: 6 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

8pzq


Chain - Chain ID: A / Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
当てはまり具合の基準: Cross-correlation coefficient

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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