EMDB-44949: TXNL1-bound proteasome (focused on TXNL1)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: EMDB / ID: EMD-44949

タイトル

TXNL1-bound proteasome (focused on TXNL1)

マップデータ

sharpened map

試料

複合体: 26 proteasome with degron-fused midnolin

キーワード

proteasome / NUCLEAR PROTEIN

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å

データ登録者

Gao J / Yip MCJ / Shao S

資金援助

米国, 3件

Organization	Grant number	国
National Institutes of Health/National Institute on Aging (NIH/NIA)	R01AG073277	米国
David and Lucile Packard Foundation	2019-69660	米国
Richard and Susan Smith Family Foundation		米国

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of the TXNL1-bound proteasome
著者: Gao J / Nardone C / Yip MCJ / Chino H / Gu X / Rale MJ / Paulo JA / Greenberg ME / Shao S / Elledge SJ

履歴

登録	2024年5月20日	-
ヘッダ(付随情報) 公開	2025年6月11日	-
マップ公開	2025年6月11日	-
更新	2025年6月11日	-
現状	2025年6月11日	処理サイト: RCSB / 状態: 公開

添付画像	emd_44949.png

-
EMDBアーカイブ

マップデータ	emd_44949.map.gz	306.8 MB		EMDBマップデータ形式
ヘッダ (付随情報)	emd-44949-v30.xml emd-44949.xml	20.9 KB 20.9 KB	表示表示	EMDBヘッダ
画像	emd_44949.png	135.6 KB
マスクデータ	emd_44949_msk_1.map	325 MB		マスクマップ
Filedesc metadata	emd-44949.cif.gz	4.2 KB
その他	emd_44949_additional_1.map.gz emd_44949_half_map_1.map.gz emd_44949_half_map_2.map.gz	161.7 MB 301.8 MB 301.8 MB
アーカイブディレクトリ	http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-44949 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-44949	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	44952C 9bw4C C: 同じ文献を引用 (文献)

-
リンク

EMDBのページ	EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource

ファイル

ダウンロード / ファイル: emd_44949.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 325 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)

注釈

sharpened map

投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他	反転上下逆

軸	Z (Sec.)	Y (Row.)	X (Col.)
	0.83 Å/pix. x 440 pix. = 363. Å	0.83 Å/pix. x 440 pix. = 363. Å	0.83 Å/pix. x 440 pix. = 363. Å
表面
投影像
断面 (1/3)
断面 (1/2)
断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズ

X=Y=Z: 0.825 Å

密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

表面レベル	登録者による: 0.2
最小 - 最大	-0.92641324 - 1.3064485
平均 (標準偏差)	0.000080021615 (±0.03514009)

対称性

空間群: 1

詳細

-
マスク #1

ファイル

emd_44949_msk_1.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: unsharpened map

ファイル

emd_44949_additional_1.map

注釈

unsharpened map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: half map 1

ファイル

emd_44949_half_map_1.map

注釈

half map 1

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: half map 2

ファイル

emd_44949_half_map_2.map

注釈

half map 2

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
全体 : 26 proteasome with degron-fused midnolin

全体	名称: 26 proteasome with degron-fused midnolin
要素	複合体: 26 proteasome with degron-fused midnolin

-
超分子 #1: 26 proteasome with degron-fused midnolin

超分子	名称: 26 proteasome with degron-fused midnolin / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#40
由来(天然)	生物種: Homo sapiens (ヒト)

-
構造解析

手法	クライオ電子顕微鏡法
解析	単粒子再構成法
試料の集合状態	particle

-
試料調製

緩衝液	pH: 7.5
凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡	FEI TITAN KRIOS
撮影	フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 53.0 e/Å²
電子線	加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系	照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

CTF補正	タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデル	モデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終再構成	解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 103163
初期角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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-全体 : 26 proteasome with degron-fused midnolin

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