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万見
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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-44862
タイトルKinetochore on isolated human mitotic chromosome after degradation of CENP-C
マップデータKinetochore on isolated human mitotic chromosome after degradation of CENP-C
試料
  • 細胞器官・細胞要素: Mitotic chromosome
キーワードKinetochore / Chromosome / CELL CYCLE
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Kixmoeller K / Chang YW / Black BE
資金援助 米国, 5件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)261198 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)134020 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)130302 米国
David and Lucile Packard Foundation2019-69645 米国
Burroughs Wellcome Fund1022785 米国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2025
タイトル: Centromeric chromatin clearings demarcate the site of kinetochore formation.
著者: Kathryn Kixmoeller / Ekaterina V Tarasovetc / Elie Mer / Yi-Wei Chang / Ben E Black /
要旨: The centromere is the chromosomal locus that recruits the kinetochore, directing faithful propagation of the genome during cell division. Using cryo-ET on human mitotic chromosomes, we reveal a ...The centromere is the chromosomal locus that recruits the kinetochore, directing faithful propagation of the genome during cell division. Using cryo-ET on human mitotic chromosomes, we reveal a distinctive architecture at the centromere: clustered 20- to 25-nm nucleosome-associated complexes within chromatin clearings that delineate them from surrounding chromatin. Centromere components CENP-C and CENP-N are each required for the integrity of the complexes, while CENP-C is also required to maintain the chromatin clearing. We find that CENP-C is required in mitosis, not just for kinetochore assembly, likely reflecting its role in organizing the inner kinetochore during chromosome segregation. We further visualize the scaffold of the fibrous corona, a structure amplified at unattached kinetochores, revealing crescent-shaped parallel arrays of fibrils extending >1 μm. Thus, we reveal how the organization of centromeric chromatin creates a clearing at the site of kinetochore formation as well as the nature of kinetochore amplification mediated by corona fibrils.
履歴
登録2024年5月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年1月29日-
マップ公開2025年1月29日-
更新2025年3月19日-
現状2025年3月19日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_44862.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_44862.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.1 GB / タイプ: IMAGE STORED AS SIGNED INTEGER (2 BYTES)
注釈Kinetochore on isolated human mitotic chromosome after degradation of CENP-C
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
8.55 Å/pix.
x 400 pix.
= 3420.4 Å		8.55 Å/pix.
x 1440 pix.
= 12313.439 Å		8.55 Å/pix.
x 1023 pix.
= 8747.673 Å

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 8.551 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
最小 - 最大-45.0 - 24.0
平均 (標準偏差)1.3263297 (±2.7191947)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-209209-200
サイズ14401023400
Spacing10231440400
セルA: 8747.673 Å / B: 12313.439 Å / C: 3420.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Mitotic chromosome

全体名称: Mitotic chromosome
要素
  • 細胞器官・細胞要素: Mitotic chromosome

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超分子 #1: Mitotic chromosome

超分子名称: Mitotic chromosome / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0
詳細: Centromere region of mitotic chromosome including the kinetochore, after degradation of CENP-C for 1 hour
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.2
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: GOLD / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / 装置: LEICA EM GP
切片作成その他: NO SECTIONING
位置合わせマーカーManufacturer: Ted Pella / 直径: 10 nm

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系位相板: VOLTA PHASE PLATE
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 2.17 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成アルゴリズム: BACK PROJECTION / ソフトウェア - 名称: IMOD / 使用した粒子像数: 57

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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