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- EMDB-44859: CryoEM structure of ThermoCas9 in post-cleavage state with a DNA ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-44859
タイトルCryoEM structure of ThermoCas9 in post-cleavage state with a DNA containing NNNNCGA PAM
マップデータ
試料
  • 複合体: Ternary complex of ThermoCas9 bound with RNA and DNA containing NNNNCGA PAM
    • DNA: DNA (25-MER)
    • DNA: DNA (5'-D(P*GP*TP*AP*TP*AP*CP*AP*CP*GP*AP*AP*GP*CP*T)-3')
    • DNA: DNA (5'-D(*AP*GP*CP*TP*TP*CP*GP*TP*GP*TP*AP*TP*AP*C)-3')
    • DNA: DNA (5'-D(P*CP*TP*AP*GP*A)-3')
    • タンパク質・ペプチド: CRISPR-associated endonuclease Cas9
    • RNA: RNA (114-MER)
  • リガンド: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: water
キーワードCRISPR-Cas9 / Cas9 / Epigenetics / endonuclease / HNH / RuvC / metal binding / HYDROLASE-DNA-RNA complex
機能・相同性:
機能・相同性情報
生物種Geobacillus thermodenitrificans (バクテリア) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Zhao Y / Shu Y
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM099604 米国
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: CryoEM structure of ThermoCas9 in post-cleavage state with a DNA containing NNNNCGA PAM
著者: Shu Y / Zhao Y
履歴
登録2024年5月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年5月28日-
マップ公開2025年5月28日-
更新2025年5月28日-
現状2025年5月28日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_44859.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_44859.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.82 Å/pix.
x 300 pix.
= 246. Å		0.82 Å/pix.
x 300 pix.
= 246. Å		0.82 Å/pix.
x 300 pix.
= 246. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.82 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.46
最小 - 最大-3.7062674 - 5.862869
平均 (標準偏差)0.01034128 (±0.10136296)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 246.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_44859_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_44859_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Ternary complex of ThermoCas9 bound with RNA and DNA containing N...

全体名称: Ternary complex of ThermoCas9 bound with RNA and DNA containing NNNNCGA PAM
要素
  • 複合体: Ternary complex of ThermoCas9 bound with RNA and DNA containing NNNNCGA PAM
    • DNA: DNA (25-MER)
    • DNA: DNA (5'-D(P*GP*TP*AP*TP*AP*CP*AP*CP*GP*AP*AP*GP*CP*T)-3')
    • DNA: DNA (5'-D(*AP*GP*CP*TP*TP*CP*GP*TP*GP*TP*AP*TP*AP*C)-3')
    • DNA: DNA (5'-D(P*CP*TP*AP*GP*A)-3')
    • タンパク質・ペプチド: CRISPR-associated endonuclease Cas9
    • RNA: RNA (114-MER)
  • リガンド: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: water

+
超分子 #1: Ternary complex of ThermoCas9 bound with RNA and DNA containing N...

超分子名称: Ternary complex of ThermoCas9 bound with RNA and DNA containing NNNNCGA PAM
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#6
由来(天然)生物種: Geobacillus thermodenitrificans (バクテリア)

+
分子 #1: DNA (25-MER)

分子名称: DNA (25-MER) / タイプ: dna / ID: 1 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 7.883092 KDa
配列文字列:
(DC)(DA)(DG)(DG)(DA)(DT)(DC)(DT)(DT)(DG) (DC)(DC)(DA)(DT)(DC)(DC)(DT)(DA)(DC)(DC) (DT)(DC)(DT)(DA)(DG)(DA)

+
分子 #2: DNA (5'-D(P*GP*TP*AP*TP*AP*CP*AP*CP*GP*AP*AP*GP*CP*T)-3')

分子名称: DNA (5'-D(P*GP*TP*AP*TP*AP*CP*AP*CP*GP*AP*AP*GP*CP*T)-3')
タイプ: dna / ID: 2 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 10.572813 KDa
配列文字列:
(DG)(DG)(DT)(DA)(DG)(DG)(DA)(DT)(DG)(DG) (DC)(DA)(DA)(DG)(DA)(DT)(DC)(DC)(DT)(DG) (DG)(DT)(DA)(DT)(DA)(DC)(DA)(DC)(DG) (DA)(DA)(DG)(DC)(DT)

+
分子 #3: DNA (5'-D(*AP*GP*CP*TP*TP*CP*GP*TP*GP*TP*AP*TP*AP*C)-3')

分子名称: DNA (5'-D(*AP*GP*CP*TP*TP*CP*GP*TP*GP*TP*AP*TP*AP*C)-3')
タイプ: dna / ID: 3 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 4.27079 KDa
配列文字列:
(DA)(DG)(DC)(DT)(DT)(DC)(DG)(DT)(DG)(DT) (DA)(DT)(DA)(DC)

+
分子 #4: DNA (5'-D(P*CP*TP*AP*GP*A)-3')

分子名称: DNA (5'-D(P*CP*TP*AP*GP*A)-3') / タイプ: dna / ID: 4 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 1.808229 KDa
配列文字列:
(DT)(DC)(DT)(DA)(DG)(DA)

+
分子 #5: CRISPR-associated endonuclease Cas9

分子名称: CRISPR-associated endonuclease Cas9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
由来(天然)生物種: Geobacillus thermodenitrificans (バクテリア)
分子量理論値: 126.563461 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MKYKIGLDIG ITSIGWAVIN LDIPRIEDLG VRIFDRAENP KTGESLALPR RLARSARRRL RRRKHRLERI RRLFVREGIL TKEELNKLF EKKHEIDVWQ LRVEALDRKL NNDELARILL HLAKRRGFRS NRKSERTNKE NSTMLKHIEE NQSILSSYRT V AEMVVKDP ...文字列:
MKYKIGLDIG ITSIGWAVIN LDIPRIEDLG VRIFDRAENP KTGESLALPR RLARSARRRL RRRKHRLERI RRLFVREGIL TKEELNKLF EKKHEIDVWQ LRVEALDRKL NNDELARILL HLAKRRGFRS NRKSERTNKE NSTMLKHIEE NQSILSSYRT V AEMVVKDP KFSLHKRNKE DNYTNTVARD DLEREIKLIF AKQREYGNIV CTEAFEHEYI SIWASQRPFA SKDDIEKKVG FC TFEPKEK RAPKATYTFQ SFTVWEHINK LRLVSPGGIR ALTDDERRLI YKQAFHKNKI TFHDVRTLLN LPDDTRFKGL LYD RNTTLK ENEKVRFLEL GAYHKIRKAI DSVYGKGAAK SFRPIDFDTF GYALTMFKDD TDIRSYLRNE YEQNGKRMEN LADK VYDEE LIEELLNLSF SKFGHLSLKA LRNILPYMEQ GEVYSTACER AGYTFTGPKK KQKTVLLPNI PPIANPVVMR ALTQA RKVV NAIIKKYGSP VSIHIELARE LSQSFDERRK MQKEQEGNRK KNETAIRQLV EYGLTLNPTG LDIVKFKLWS EQNGKC AYS LQPIEIERLL EPGYTEVDHV IPYSRSLDDS YTNKVLVLTK ENREKGNRTP AEYLGLGSER WQQFETFVLT NKQFSKK KR DRLLRLHYDE NEENEFKNRN LNDTRYISRF LANFIREHLK FADSDDKQKV YTVNGRITAH LRSRWNFNKN REESNLHH A VDAAIVACTT PSDIARVTAF YQRREQNKEL SKKTDPQFPQ PWPHFADELQ ARLSKNPKES IKALNLGNYD NEKLESLQP VFVSRMPKRS ITGAAHQETL RRYIGIDERS GKIQTVVKKK LSEIQLDKTG HFPMYGKESD PRTYEAIRQR LLEHNNDPKK AFQEPLYKP KKNGELGPII RTIKIIDTTN QVIPLNDGKT VAYNSNIVRV DVFEKDGKYY CVPIYTIDMM KGILPNKAIE P NKPYSEWK EMTEDYTFRF SLYPNDLIRI EFPREKTIKT AVGEEIKIKD LFAYYQTIDS SNGGLSLVSH DNNFSLRSIG SR TLKRFEK YQVDVLGNIY KVRGEKRVGV ASSSHSKAGE TIRPL

UniProtKB: UNIPROTKB: A0A1W6VMQ3

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分子 #6: RNA (114-MER)

分子名称: RNA (114-MER) / タイプ: rna / ID: 6 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Geobacillus thermodenitrificans (バクテリア)
分子量理論値: 47.798094 KDa
配列文字列:
GGUAGGAUGG CAAGAUCCUG GUAGUCAUAG UUCCCCUGGA AACAGGGUUA CUAUGAUAAG GGCUUUCUGC CUAUAGGCAG ACUGACCCG UGGCGUUGGG GAUCGCCUAU CGCCCGCUUU CUUCGGGCAU UCCCCACUCU UAGGCGUUUU

+
分子 #7: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 1 / 式: GTP
分子量理論値: 523.18 Da
Chemical component information

ChemComp-GTP:
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP / GTP, エネルギー貯蔵分子*YM

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分子 #8: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 2 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #9: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 9 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOCONTINUUM (6k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

8d2q

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 92000
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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