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- EMDB-44835: Cryo-EM map of the human autophagy tethering factor EPG5 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-44835
タイトルCryo-EM map of the human autophagy tethering factor EPG5
マップデータ
試料
  • 複合体: Ectopic P granules protein 5 homolog
    • タンパク質・ペプチド: Ectopic P granules protein 5 homolog
キーワードTether / autophagy / CYTOSOLIC PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleotide transport / maintenance of protein complex location / protein aggregate center assembly / interferon-mediated signaling pathway / inclusion body assembly / homeostasis of number of retina cells / cellular response to dsDNA / photoreceptor cell differentiation / response to type III interferon / host-mediated regulation of intestinal microbiota composition ...nucleotide transport / maintenance of protein complex location / protein aggregate center assembly / interferon-mediated signaling pathway / inclusion body assembly / homeostasis of number of retina cells / cellular response to dsDNA / photoreceptor cell differentiation / response to type III interferon / host-mediated regulation of intestinal microbiota composition / mucosal immune response / toll-like receptor 9 signaling pathway / endocytic recycling / endosome to lysosome transport / autophagosome maturation / response to unfolded protein / ubiquitin-dependent protein catabolic process / neuron apoptotic process / gene expression / defense response to virus / lysosome / inflammatory response / perinuclear region of cytoplasm / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ectopic P granules protein 5 homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.85 Å
データ登録者Cheung YWS / Nam SE / Yip CK
資金援助 カナダ, 1件
OrganizationGrant number国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR) カナダ
引用ジャーナル: Autophagy / 年: 2025
タイトル: Structure of the human autophagy factor EPG5 and the molecular basis of its conserved mode of interaction with Atg8-family proteins.
著者: Yiu Wing Sunny Cheung / Sung-Eun Nam / Gage M J Fairlie / Karlton Scheu / Jennifer M Bui / Hannah R Shariati / Jörg Gsponer / Calvin K Yip /
要旨: The multi-step macroautophagy/autophagy process ends with the cargo-laden autophagosome fusing with the lysosome to deliver the materials to be degraded. The metazoan-specific autophagy factor EPG5 ...The multi-step macroautophagy/autophagy process ends with the cargo-laden autophagosome fusing with the lysosome to deliver the materials to be degraded. The metazoan-specific autophagy factor EPG5 plays a crucial role in this step by enforcing fusion specificity and preventing mistargeting. How EPG5 exerts its critical function and how its deficiency leads to diverse phenotypes of the rare multi-system disorder Vici syndrome are not fully understood. Here, we report the first structure of human EPG5 (HsEPG5) determined by cryo-EM and AlphaFold2 modeling. Our structure revealed that HsEPG5 is constructed from helical bundles analogous to tethering factors in membrane trafficking pathways but contains a unique protruding thumb domain positioned adjacent to the atypical tandem LIR motifs involved in interaction with the GABARAP subfamily of Atg8-family proteins. Our NMR spectroscopic, molecular dynamics simulations and AlphaFold modeling studies showed that the HsEPG5 tandem LIR motifs only bind the canonical LIR docking site (LDS) on GABARAP without engaging in multivalent interaction. Our co-immunoprecipitation analysis further indicated that full-length HsEPG5-GABARAP interaction is mediated primarily by LIR1. Finally, our biochemical affinity isolation, X-ray crystallographic analysis, affinity measurement, and AlphaFold modeling demonstrated that this mode of binding is observed between EPG-5 and its Atg8-family proteins LGG-1 and LGG-2. Collectively our work generated novel insights into the structural properties of EPG5 and how it potentially engages with the autophagosome to confer fusion specificity.: ATG: autophagy related; CSP: chemical shift perturbation; eGFP: enhanced green fluoresent protein; EM: electron microscopy; EPG5: ectopic P-granules 5 autophagy tethering factor; GST: glutathione S-transferase; HP: hydrophobic pocket; HSQC: heteronuclear single-quantum correlation; ITC: isothermal titration calorimetry; LDS: LC3 docking site; LIR: LC3-interacting region; MD: molecular dynamics; NMR: nuclear magnetic resonance; TEV: tobacco etch virus.
履歴
登録2024年5月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年1月22日-
マップ公開2025年1月22日-
更新2025年5月28日-
現状2025年5月28日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_44835.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_44835.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.4 Å/pix.
x 200 pix.
= 480. Å		2.4 Å/pix.
x 200 pix.
= 480. Å		2.4 Å/pix.
x 200 pix.
= 480. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.4 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.2
最小 - 最大-1.3300612 - 2.2750866
平均 (標準偏差)0.000016479371 (±0.047907818)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ200200200
Spacing200200200
セルA=B=C: 480.00003 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: #1

ファイルemd_44835_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_44835_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_44835_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Ectopic P granules protein 5 homolog

全体名称: Ectopic P granules protein 5 homolog
要素
  • 複合体: Ectopic P granules protein 5 homolog
    • タンパク質・ペプチド: Ectopic P granules protein 5 homolog

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超分子 #1: Ectopic P granules protein 5 homolog

超分子名称: Ectopic P granules protein 5 homolog / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 298 KDa

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分子 #1: Ectopic P granules protein 5 homolog

分子名称: Ectopic P granules protein 5 homolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MSYYHHHHHH DYDIPTTENL YFQGAMGSD YKDDDDKGSG I QRPTSTMA EAVKPQRRAK AK ASRTKTK EKKKYETPQR EES SEVSLP KTSREQEIPS LACE FKGDH LKVVTDSQLQ DDASG QNES EMFDVPLTSL TISNEE SLT CNTEPPKEGG EARPCVG DS ...文字列:
MSYYHHHHHH DYDIPTTENL YFQGAMGSD YKDDDDKGSG I QRPTSTMA EAVKPQRRAK AK ASRTKTK EKKKYETPQR EES SEVSLP KTSREQEIPS LACE FKGDH LKVVTDSQLQ DDASG QNES EMFDVPLTSL TISNEE SLT CNTEPPKEGG EARPCVG DS AVTPKVHPGD NVGTKVET P KNFTEVEENM SVQGGLSES APQSNFSYTQ PAMENIQVRE TQNSKEDKQ GLVCSSEVPQ N VGLQSSCP AKHGFQTPRV KK LYPQLPA EIAGEAPALV AVK PLLRSE RLYPELPSQL ELVP FTKEQ LKILEPGSWL ENVES YLEE FDSMAHQDRH EFYELL LNY SRCRKQLLLA EAELLTL TS DCQNAKSRLW QFKEEQMS V QGICADQVKV FSYHRYQRV EMNENALVEL KKLFDAKSEH LHQTLALHS YTSVLSRLQV E SYIYALLS SSAVLRSSAI HQ QGRASKQ TESIPSDLCQ LKE CISVLF MFTRRVNEDT QFHD DILLW LQKLVSVLQR VGCPG DHLF LLNHILRCPA GVSKWA VPF IQIKVLHNPS GVFHFMQ SL ALLMSPVKNR AEFMCHMK P SERKPSSSGP GSGTWTLVD EGGEEDEDPE TSWILLNEDD LVTILAQFP FHELFQHLLG F KAKGDYLP ETTRPQEMMK IF AFANSLV ELLAVGLETF NRA RYRQFV KRIGYMIRMT LGYV SDHWA QYVSHNQGSG LAQQP YSME KLQVEFDELF LRAVLH VLK AKRLGIWLFM SEMPFGT LS VQMLWKLFYL MHQVESEN L QQLSSSLQPA QCKQQLQDP EHFTNFEKCL SSMNSSEEIC LLTTFAQMA QARRTNVDED F IKIIVLEI YEVSYVTLST RE TFSKVGR ELLGTITAVH PEI ISVLLD RVQETIDQVG MVSL YLFKE LPLYLWQPSA SEIAV IRDW LLNYNLTVVK NKLACV ILE GLNWGFAKQA TLHLDQA VH AEVALMVLEA YQKYLAQK P YAGILSESMK QVSYLASIV RYGETPETSF NQWAWNLILR LKLHKNDYG IQPNCPAVPF S VTVPDMTE SPTFHPLLKA VK AGMPIGC YLALSMTAVG HSI EKFCAE GIPLLGILVQ SRHL RTVVH VLDKILPLFY PCQYY LLKN EQFLSHLLLF LHLDSG VPQ GVTQQVTHKV AQHLTGA SH GDNVKLLNSM IQAHISVS T QPNEVGPVAV LEFWVQALI SQHLWYREQP ILFLMDHLCK AAFQLMQED CIQKLLYQQH K NALGYHCD RSLLSSLVSW IV AGNITPS FVEGLATPTQ VWF AWTVLN MESIFEEDSQ LRRV IEGEL VINSAFTPDQ ALKKA QTQL KLPIVPSLQR LLIYRW AHQ ALVTPSDHPL LPLIWQK FF LLYLHRPGPQ YGLPIDGC I GRRFFQSPAH INLLKEMKR RLTEVADFHH AASKALRVPA EGSEGLPES HSGTPGYLTS P ELHKELVR LFNVYILWLE DE NFQKGDT YIPSLPKHYD IHR LAKVMQ NQQDLWMEYL NMER IYHEF QETVGLWTQA KLESH STPC SLSVQLDFTD PLLAKE RVL SNLRKHEAPQ PPLALHP TK PPVPVISSAV LLSQKDAT Q LVCTDLNLLQ QQARTAALR ESQQVALDGE LLDTMPKQYV NREEQTTLH LECRGSSGKK C QGAAVVTV QFEGMHKNEA IS QQLHVLR KEVKQLQAEA AKP PSLNIV EAAVHAENLI TALV NAYKL QPTPGIQKVG ISLFF TIVD YVSDETQRHP PTRQFF TSC IEILGQVFIS GIKSECR KV LETILKNSRL CSLLSPFF T PNAAPAEFIQ LYEQVVKFL SEDNSDMIFM LLTKFDLKQW LSATKPPLS DRTRLLESIH L ALTAWGLE PDEDILMPFN LF CKHWTYL LLYQFPDQYS DIL RLLMQS SAEQLLSPEC WKAT LRALG CCAPSCQQGA ASTEG AVLP SSSDALLSDK QVMETI QWL SDFFYKLRLS KMDFKSF GL FSKWSPYMAD VKTFLGYL V KRLIDLEMTC LAQDPTASR KTVLKSLHSV IIQLFKPWIL VLEDNESSQ QRHYPWLESD T VVASSIVQ LFTDCIDSLH ES FKDKLLP GDAGALWLHL MHY CEACTA PKMPEFILYA FHST YRKLP WKDLHPDQML MEAFF KVER GSPKSCFLFL GSVLCE VNW VSVLSDAWNS SPHPETR SM IVCLLFMMIL LAKEVQLV D QTDSPLLSLL GQTSSLSWH LVDIVSYQSV LSYFSSHYPP SIILAKESY AELIMKLLKV S AGLSIPTD SQKHLDAVPK CQ AFTHQMV QFLSTLEQNG KIT LAVLEQ EMSKLLDDII VFNP PDMDS QTRHMALSSL FMEVL MMMN NATIPTAEFL RGSIRT WIG QKMHGLVVLP LLTAACQ SL ASVRHMAETT EACITAYF K ESPLNQNSGW GPILVSLQV PELTMEEFLQ ECLTLGSYLT LYVYLLQCL NSEQTLRNEM K VLLILSKW LEQVYPSSVE EE AKLFLWW HQVLQLSLIQ TEQ NDSVLT ESVIRILLLV QSRQ NLVAE ERLSSGILGA IGFGR KSPL SNRFRVVARS MAAFLS VQV PMEDQIRLRP GSELHLT PK AQQALNALES MASSKQYV E YQDQILQATQ FIRHPGHCL QDGKSFLALL VNCLYPEVHY LDHIR

UniProtKB: Ectopic P granules protein 5 homolog

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度式名称
50.0 mMC4H11NO3Tris
150.0 mMNaClSodium chloride
0.01 %C32H58N2O7SCHAPS
0.5 mMC9H15O6PTCEP
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 105000
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 875590
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.2) / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE / 詳細: cryoSPARC ab initio reconstruction
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 7.85 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.2) / 使用した粒子像数: 103967
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.2)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.2)
最終 3次元分類クラス数: 1 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.2)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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