[日本語] English
万見
- EMDB-44791: Structure of the IFN-lambda3/IFN-lambdaR1/IL-10Rbeta receptor com... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-44791
タイトルStructure of the IFN-lambda3/IFN-lambdaR1/IL-10Rbeta receptor complex with an engineered IL-10Rbeta
マップデータ
試料
  • 複合体: Structure of the IFN-lambda3/IFN-lambdaR1/IL-10Rbeta receptor complex with an engineered IL-10Rbeta
    • タンパク質・ペプチド: Interleukin-10 receptor subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: Interferon lambda receptor 1
    • タンパク質・ペプチド: Interferon lambda-3
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードINTERFERON / CYTOKINE / CYTOKINE RECEPTOR / TYPE III INTERFERON
機能・相同性
機能・相同性情報


interleukin-10 receptor activity / response to type III interferon / interleukin-28 receptor complex / mucosal immune response / positive regulation of cellular respiration / type III interferon-mediated signaling pathway / interleukin-10-mediated signaling pathway / regulation of defense response to virus by host / cytokine receptor activity / Other interleukin signaling ...interleukin-10 receptor activity / response to type III interferon / interleukin-28 receptor complex / mucosal immune response / positive regulation of cellular respiration / type III interferon-mediated signaling pathway / interleukin-10-mediated signaling pathway / regulation of defense response to virus by host / cytokine receptor activity / Other interleukin signaling / Interleukin-20 family signaling / negative regulation of viral genome replication / Interleukin-10 signaling / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / coreceptor activity / cytokine activity / positive regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / cytokine-mediated signaling pathway / positive regulation of immune response / cellular response to virus / signaling receptor activity / defense response to virus / immune response / inflammatory response / signaling receptor binding / negative regulation of cell population proliferation / innate immune response / signal transduction / extracellular space / extracellular region / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Interferon lambda / Interferon lambda superfamily / Interleukin-28A / Interferon/interleukin receptor domain / Interferon-alpha/beta receptor, fibronectin type III / : / Tissue factor / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Interleukin-10 receptor subunit beta / Interferon lambda receptor 1 / Interferon lambda-3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å
データ登録者Zhang B / Grubbe WS / Mendoza JL / Zhao M
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1R35GM147179-01 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Structural studies of the IFNλ4 receptor complex using cryoEM enabled by protein engineering.
著者: William S Grubbe / Bixia Zhang / Aileen Kauffman / Fabian Byléhn / Kasia Padoł / Hae-Gwang Jung / Seung Bum Park / Jessica M Priest / Engin Özkan / Juan J de Pablo / T Jake Liang / Minglei ...著者: William S Grubbe / Bixia Zhang / Aileen Kauffman / Fabian Byléhn / Kasia Padoł / Hae-Gwang Jung / Seung Bum Park / Jessica M Priest / Engin Özkan / Juan J de Pablo / T Jake Liang / Minglei Zhao / Juan L Mendoza /
要旨: IFNλ4 has posed a conundrum in human immunology since its discovery in 2013, with its expression linked to complications with viral clearance. While genetic and cellular studies revealed the ...IFNλ4 has posed a conundrum in human immunology since its discovery in 2013, with its expression linked to complications with viral clearance. While genetic and cellular studies revealed the detrimental effects of IFNλ4 expression, extensive structural and functional characterization has been limited by the inability to express and purify the protein, complicating explanations of its paradoxical behavior. In this work, we report a method for robust production of IFNλ4. We then use yeast surface display to affinity-mature IL10Rβ and solve the 72 kilodalton structures of IFNλ4 (3.26 Å) and IFNλ3 (3.00 Å) in complex with their receptors IFNλR1 and IL10Rβ using cryogenic electron microscopy. Comparison of the structures highlights differences in receptor engagement and reveals a distinct 12-degree rotation in overall receptor geometry, providing a potential mechanistic explanation for differences in cell signaling, downstream gene induction, and antiviral activities. Further, we perform a structural analysis using molecular modeling and simulation to identify a unique region of IFNλ4 that, when replaced, enables secretion of the protein from cells. These findings provide a structural and functional understanding of the IFNλ4 protein and enable future comprehensive studies towards correcting IFNλ4 dysfunction in large populations of affected patients.
履歴
登録2024年5月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年1月29日-
マップ公開2025年1月29日-
更新2025年2月5日-
現状2025年2月5日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_44791.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_44791.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 40.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.07 Å/pix.
x 220 pix.
= 234.3 Å		1.07 Å/pix.
x 220 pix.
= 234.3 Å		1.07 Å/pix.
x 220 pix.
= 234.3 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.065 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.018
最小 - 最大-0.08634206 - 0.1494476
平均 (標準偏差)0.0000204848 (±0.0033335958)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ220220220
Spacing220220220
セルA=B=C: 234.30002 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_44791_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_44791_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : Structure of the IFN-lambda3/IFN-lambdaR1/IL-10Rbeta receptor com...

全体名称: Structure of the IFN-lambda3/IFN-lambdaR1/IL-10Rbeta receptor complex with an engineered IL-10Rbeta
要素
  • 複合体: Structure of the IFN-lambda3/IFN-lambdaR1/IL-10Rbeta receptor complex with an engineered IL-10Rbeta
    • タンパク質・ペプチド: Interleukin-10 receptor subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: Interferon lambda receptor 1
    • タンパク質・ペプチド: Interferon lambda-3
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

-
超分子 #1: Structure of the IFN-lambda3/IFN-lambdaR1/IL-10Rbeta receptor com...

超分子名称: Structure of the IFN-lambda3/IFN-lambdaR1/IL-10Rbeta receptor complex with an engineered IL-10Rbeta
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 71.742 KDa

-
分子 #1: Interleukin-10 receptor subunit beta

分子名称: Interleukin-10 receptor subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 24.773643 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: GSMVPPPENV RMNSVNFKNI LQWESPAFAK GQLTFTAQYL SYRIFQDKCM QTTLTECDFS SLSKYGDHTL RVRAEFADEH SDWVQITFC PVDDTIIGPP GMQVEVLADS LHMRFLAPKI ENEYETWTMK DMYNSWTYNV QYWKQGTDEK FQITPQYDFE V LRNLEPRT ...文字列:
GSMVPPPENV RMNSVNFKNI LQWESPAFAK GQLTFTAQYL SYRIFQDKCM QTTLTECDFS SLSKYGDHTL RVRAEFADEH SDWVQITFC PVDDTIIGPP GMQVEVLADS LHMRFLAPKI ENEYETWTMK DMYNSWTYNV QYWKQGTDEK FQITPQYDFE V LRNLEPRT TYCVQVRGFL PDRNKAGEWS EPVCEQTTHD ETVPSAAAHH HHHH

UniProtKB: Interleukin-10 receptor subunit beta

-
分子 #2: Interferon lambda receptor 1

分子名称: Interferon lambda receptor 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.628096 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: RPRLAPPQNV TLLSQNFSVY LTWLPGLGNP QDVTYFVAYQ SSPTRRRWRE VEECAGTKEL LCSMMCLKKQ DLYNKFKGRV RTVSPSSKS PWVESEYLDY LFEVEPAPPV LVLTQTEEIL SANATYQLPP CMPPLDLKYE VAFWKEGAGN KTLFPVTPHG Q PVQITLQP ...文字列:
RPRLAPPQNV TLLSQNFSVY LTWLPGLGNP QDVTYFVAYQ SSPTRRRWRE VEECAGTKEL LCSMMCLKKQ DLYNKFKGRV RTVSPSSKS PWVESEYLDY LFEVEPAPPV LVLTQTEEIL SANATYQLPP CMPPLDLKYE VAFWKEGAGN KTLFPVTPHG Q PVQITLQP AASEHHCLSA RTIYTFSVPK YSKFSKPTCF LLEVPEANAA A

UniProtKB: Interferon lambda receptor 1

-
分子 #3: Interferon lambda-3

分子名称: Interferon lambda-3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 19.877871 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
GSARGCHIAQ FKSLSPQELQ AFKRAKDALE ESLLLKDCKC RSRLFPRTWD LRQLQVRERP VALEAELALT LKVLEATADT DPALGDVLD QPLHTLHHIL SQLRACIQPQ PTAGPRTRGR LHHWLHRLQE APKKESPGCL EASVTFNLFR LLTRDLNCVA S GDLCVAAA HHHHHHHH

UniProtKB: Interferon lambda-3

-
分子 #4: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態2D array

-
試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.9 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 205839
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る