EMDB-44757: Cryo-EM structure of human BCDX2 complex from 1000 micrographs co...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: EMDB / ID: EMD-44757

タイトル

Cryo-EM structure of human BCDX2 complex from 1000 micrographs collected on a Glacios equipped with a Selectris energy filter

マップデータ

試料

複合体: Human BCDX2

キーワード

DNA binding protein / glacios / selectris

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.12 Å

データ登録者

Jia L / Ruben EA / Olsen SK / Wasmuth EV

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM structure of human BCDX2 complex from 1000 micrographs collected on a Glacios equipped with a Selectris energy filter
著者: Jia L / Ruben EA / Olsen SK / Wasmuth EV

履歴

登録	2024年5月6日	-
ヘッダ(付随情報) 公開	2025年5月21日	-
マップ公開	2025年5月21日	-
更新	2025年5月21日	-
現状	2025年5月21日	処理サイト: RCSB / 状態: 公開

添付画像	emd_44757.png

-
EMDBアーカイブ

マップデータ	emd_44757.map.gz	59.5 MB		EMDBマップデータ形式
ヘッダ (付随情報)	emd-44757-v30.xml emd-44757.xml	12.4 KB 12.4 KB	表示表示	EMDBヘッダ
画像	emd_44757.png	32.3 KB
マスクデータ	emd_44757_msk_1.map	64 MB		マスクマップ
Filedesc metadata	emd-44757.cif.gz	3.9 KB
その他	emd_44757_half_map_1.map.gz emd_44757_half_map_2.map.gz	59.5 MB 59.5 MB
アーカイブディレクトリ	http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-44757 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-44757	HTTPS FTP

-
検証レポート

文書・要旨	emd_44757_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	EMDB検証レポート
文書・詳細版	emd_44757_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	emd_44757_validation.xml.gz	12.1 KB	表示
CIF形式データ	emd_44757_validation.cif.gz	14.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-44757 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-44757	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	44758C C: 同じ文献を引用 (文献)

-
リンク

EMDBのページ	EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource

ファイル

ダウンロード / ファイル: emd_44757.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)

投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他	反転上下逆

軸	Z (Sec.)	Y (Row.)	X (Col.)
	0.87 Å/pix. x 256 pix. = 222.72 Å	0.87 Å/pix. x 256 pix. = 222.72 Å	0.87 Å/pix. x 256 pix. = 222.72 Å
表面
投影像
断面 (1/3)
断面 (1/2)
断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズ

X=Y=Z: 0.87 Å

密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

表面レベル	登録者による: 0.144
最小 - 最大	-0.56442356 - 1.6992774
平均 (標準偏差)	0.00010431398 (±0.029240085)

対称性

空間群: 1

詳細

-
マスク #1

ファイル

emd_44757_msk_1.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイル

emd_44757_half_map_1.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイル

emd_44757_half_map_2.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
全体 : Human BCDX2

全体	名称: Human BCDX2
要素	複合体: Human BCDX2

-
超分子 #1: Human BCDX2

超分子	名称: Human BCDX2 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)	生物種: Homo sapiens (ヒト)

-
構造解析

手法	クライオ電子顕微鏡法
解析	単粒子再構成法
試料の集合状態	particle

-
試料調製

緩衝液	pH: 7.5
凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡	TFS GLACIOS
撮影	フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 平均電子線量: 51.0 e/Å²
電子線	加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系	照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小デフォーカス（公称値）: 0.8 µm

+
画像解析

CTF補正	タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデル	モデルのタイプ: NONE
最終再構成	解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.12 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 71500
初期角度割当	タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終角度割当	タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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