[日本語] English
万見
- EMDB-44745: 2.65 Angstrom Apoferritin single particle cryo-EM reconstruction ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-44745
タイトル2.65 Angstrom Apoferritin single particle cryo-EM reconstruction from a standard 120-keV LaB6 electron microscope (Tecnai G2 spirit) fitted with Gatan Alpine camera (a 100keV optimised direct electron detector).
マップデータB-Factor Sharpened Map
試料
  • 複合体: Apoferritin
キーワードApoferritin / High resolution / LaB6 / Tecnai. / METAL TRANSPORT
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Venugopal H / Ramm G
資金援助 オーストラリア, 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)2010 オーストラリア
Chan Zuckerberg InitiativeDAF2021-225399 米国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2025
タイトル: High-resolution cryo-EM using a common LaB 120-keV electron microscope equipped with a sub-200-keV direct electron detector.
著者: Hariprasad Venugopal / Jesse Mobbs / Cyntia Taveneau / Daniel R Fox / Ziva Vuckovic / Sahil Gulati / Gavin Knott / Rhys Grinter / David Thal / Stephen Mick / Cory Czarnik / Georg Ramm /
要旨: High-resolution cryo-electron microscopy (cryo-EM) requires costly 200- to 300-keV cryo-transmission electron microscopes (cryo-TEMs) with field emission gun (FEG) sources, stable columns, constant- ...High-resolution cryo-electron microscopy (cryo-EM) requires costly 200- to 300-keV cryo-transmission electron microscopes (cryo-TEMs) with field emission gun (FEG) sources, stable columns, constant-powered lenses, autoloader, and direct electron detectors (DED). Recent advances in 100-keV imaging with the emergence of sub-200-keV optimized DED technology promises the development of more affordable cryo-TEMs. So far, 100-keV imaging has required microscopes with FEG sources. We here explored whether a standard 120-keV TEMs with thermionic lanthanum hexaboride (LaB) source can be upgraded with a sub-200-keV DED for high-resolution cryo-EM. Using this imaging configuration, we successfully obtained a 2.65 Å reconstruction for apoferritin, 4.33 Å for 64-kDa hemoglobin, and 4.4 Å for an asymmetric 153kDa membrane protein GPCR. All results were achieved using standard automated data collection with SerialEM, demonstrating the feasibility to collect large cryo-EM datasets with a side-entry cryo-holder. These results showcase a widely accessible solution to obtaining interpretable cryo-EM structures at low cost and contribute to the "democratization" of cryo-EM.
履歴
登録2024年5月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年11月27日-
マップ公開2024年11月27日-
更新2025年6月11日-
現状2025年6月11日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_44745.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_44745.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈B-Factor Sharpened Map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.81 Å/pix.
x 320 pix.
= 259.52 Å		0.81 Å/pix.
x 320 pix.
= 259.52 Å		0.81 Å/pix.
x 320 pix.
= 259.52 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.811 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.4
最小 - 最大-0.8316338 - 1.4461125
平均 (標準偏差)0.00014397153 (±0.076079816)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 259.52 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
マスク #1

ファイルemd_44745_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: Raw Map

ファイルemd_44745_additional_1.map
注釈Raw Map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Half2

ファイルemd_44745_half_map_1.map
注釈Half2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Half1

ファイルemd_44745_half_map_2.map
注釈Half1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : Apoferritin

全体名称: Apoferritin
要素
  • 複合体: Apoferritin

-
超分子 #1: Apoferritin

超分子名称: Apoferritin / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 480 kDa/nm

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 8 / 詳細: 50 mM Tris-HCl (pH 8.0), 150 mM NaCl
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI SPIRIT
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN ALPINE (2.3k x 3.2k)
デジタル化 - サイズ - 横: 2304 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3240 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 923 / 平均露光時間: 6.55 sec. / 平均電子線量: 50.3 e/Å2
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 0.9 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.3 µm / 倍率（公称値）: 42000
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN 626 SINGLE TILT LIQUID NITROGEN CRYO TRANSFER HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai Spirit / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
In silico モデル: Generated using ab-initio reconstruction routine in cryoSPARC
最終 再構成アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.65 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v4.2.0) / 使用した粒子像数: 127118
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v4.2.0)
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る