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- EMDB-44728: Cryo-EM structure of rhesus antibody V031-a.01 in complex with HI... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-44728
タイトルCryo-EM structure of rhesus antibody V031-a.01 in complex with HIV-1 Env BG505 DS-SOSIP
マップデータ
試料
  • 複合体: Complex of V031-a.01 with HIV-1 BG505 envelope trimer
    • タンパク質・ペプチド: V031-a.01 heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: V031-a.01 light chain
    • タンパク質・ペプチド: Human immunodeficiency virus 1 envelope glycoprotein Gp120
    • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein Gp41
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードNeutralizing antibody / HIV-1 V2 apex / SHIV-elicited / Viral protein / IMMUNE SYSTEM / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane ...positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein gp160
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Macaca mulatta (アカゲザル) / Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Roark RS / Shapiro L / Kwong PD
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: HIV-1 neutralizing antibodies in SHIV-infected macaques recapitulate structurally divergent modes of human V2 apex recognition with a single D gene
著者: Roark RS / Shapiro L / Kwong PD
履歴
登録2024年5月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年5月7日-
マップ公開2025年5月7日-
更新2025年5月21日-
現状2025年5月21日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_44728.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_44728.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 384 pix.
= 318.72 Å		0.83 Å/pix.
x 384 pix.
= 318.72 Å		0.83 Å/pix.
x 384 pix.
= 318.72 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.83 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.1
最小 - 最大-0.18708393 - 0.5349725
平均 (標準偏差)0.00079051754 (±0.015283529)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 318.72 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_44728_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_44728_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Complex of V031-a.01 with HIV-1 BG505 envelope trimer

全体名称: Complex of V031-a.01 with HIV-1 BG505 envelope trimer
要素
  • 複合体: Complex of V031-a.01 with HIV-1 BG505 envelope trimer
    • タンパク質・ペプチド: V031-a.01 heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: V031-a.01 light chain
    • タンパク質・ペプチド: Human immunodeficiency virus 1 envelope glycoprotein Gp120
    • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein Gp41
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: Complex of V031-a.01 with HIV-1 BG505 envelope trimer

超分子名称: Complex of V031-a.01 with HIV-1 BG505 envelope trimer
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: V031-a.01 heavy chain

分子名称: V031-a.01 heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Macaca mulatta (アカゲザル)
分子量理論値: 27.095355 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: LVTLKESGPA LVTPTQTLTL TCTLSGFSLT TTGMRVNWIR QAPGKALEWL ARIDYNEARF YSSSLKTRLS ISTDASKNQV VLRMTNMAP VDTGTYYCAR SQQHYYEDA(TYS) TFDWYYFHSR DNGLDSWGQG VVVTVSSAST KGPSVFPLAP SSRSTSE ST ...文字列:
LVTLKESGPA LVTPTQTLTL TCTLSGFSLT TTGMRVNWIR QAPGKALEWL ARIDYNEARF YSSSLKTRLS ISTDASKNQV VLRMTNMAP VDTGTYYCAR SQQHYYEDA(TYS) TFDWYYFHSR DNGLDSWGQG VVVTVSSAST KGPSVFPLAP SSRSTSE ST AALGCLVKDY FPEPVTVSWN SGSLTSGVHT FPAVLQSSGL YSLSSVVTVP SSSLGTQTYV CNVNHKPSNT KVDKRVEI K TCGGGLEVLF Q

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分子 #2: V031-a.01 light chain

分子名称: V031-a.01 light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Macaca mulatta (アカゲザル)
分子量理論値: 23.802484 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: DIVMTQTPLS LPVTPGEPAS ISCRSSQSLL DSDGYTHLSW YLQKPGQSPQ LLISLVSNRA SGVPDRFSGS GSGTDFTLKL NRVEAEDVG LYYCMQGLQT PYTFGQGTKV EIKRTVAAPS VFIFPPSEDQ VKSGTVSVVC LLNNFYPREA SVKWKVDGAL K TGNSQESV ...文字列:
DIVMTQTPLS LPVTPGEPAS ISCRSSQSLL DSDGYTHLSW YLQKPGQSPQ LLISLVSNRA SGVPDRFSGS GSGTDFTLKL NRVEAEDVG LYYCMQGLQT PYTFGQGTKV EIKRTVAAPS VFIFPPSEDQ VKSGTVSVVC LLNNFYPREA SVKWKVDGAL K TGNSQESV TEQDSKDNTY SLSSTLTLSS TEYQSHKVYA CEVTHQGLSS PVTKSFNRGE C

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分子 #3: Human immunodeficiency virus 1 envelope glycoprotein Gp120

分子名称: Human immunodeficiency virus 1 envelope glycoprotein Gp120
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
分子量理論値: 53.01502 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: ENLWVTVYYG VPVWKDAETT LFCASDAKAY ETEKHNVWAT HACVPTDPNP QEIHLENVTE EFNMWKNNMV EQMHTDIISL WDQSLKPCV KLTPLCVTLQ CTNVTNNITD DMRGELKNCS FNMTTELRDK KQKVYSLFYR LDVVQINENQ GNRSNNSNKE Y RLINCNTS ...文字列:
ENLWVTVYYG VPVWKDAETT LFCASDAKAY ETEKHNVWAT HACVPTDPNP QEIHLENVTE EFNMWKNNMV EQMHTDIISL WDQSLKPCV KLTPLCVTLQ CTNVTNNITD DMRGELKNCS FNMTTELRDK KQKVYSLFYR LDVVQINENQ GNRSNNSNKE Y RLINCNTS ACTQACPKVS FEPIPIHYCA PAGFAILKCK DKKFNGTGPC PSVSTVQCTH GIKPVVSTQL LLNGSLAEEE VM IRSENIT NNAKNILVQF NTPVQINCTR PNNNTRKSIR IGPGQAFYAT GDIIGDIRQA HCNVSKATWN ETLGKVVKQL RKH FGNNTI IRFANSSGGD LEVTTHSFNC GGEFFYCNTS GLFNSTWISN TSVQGSNSTG SNDSITLPCR IKQIINMWQR IGQC MYAPP IQGVIRCVSN ITGLILTRDG GSTNSTTETF RPGGGDMRDN WRSELYKYKV VKIEPLGVAP TRCKRRVV

UniProtKB: Envelope glycoprotein gp160

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分子 #4: Envelope glycoprotein Gp41

分子名称: Envelope glycoprotein Gp41 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
分子量理論値: 16.693975 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
VFLGFLGAAG STMGAASMTL TVQARNLLSG IVQQQSNLLR AIEAQQHLLK LTVWGIKQLQ ARVLAVERYL RDQQLLGIWG CSGKLICCT NVPWNSSWSN RNLSEIWDNM TWLQWDKEIS NYTQIIYGLL EESQNQQEKN EQDLLALD

UniProtKB: Envelope glycoprotein gp160

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分子 #10: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 39 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 58.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6xrt

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 353856
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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