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- EMDB-44666: Cryo-EM of RBD(EG5.1)/1301B7 Fab Complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-44666
タイトルCryo-EM of RBD(EG5.1)/1301B7 Fab Complex
マップデータlocal refined map
試料
  • 複合体: Complex of RBDeg5.1 with Fab 1301B7
    • タンパク質・ペプチド: 1301B7 Heavy Chain
    • タンパク質・ペプチド: 1301B7 Light Chain
    • タンパク質・ペプチド: Spike glycoprotein
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードFab / RBD / Complex / PROTEIN BINDING / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / symbiont-mediated-mediated suppression of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / symbiont-mediated-mediated suppression of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / membrane fusion / Attachment and Entry / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell surface receptor binding / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / receptor ligand activity / endocytosis involved in viral entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus ...Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2
類似検索 - ドメイン・相同性
Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.1 Å
データ登録者Walter MR / Green TJ
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)1R01AI161175 米国
引用ジャーナル: Npj Viruses / 年: 2024
タイトル: Potent neutralization by a RBD antibody with broad specificity for SARS-CoV-2 JN.1 and other variants.
著者: Michael S Piepenbrink / Ahmed Magdy Khalil / Ana Chang / Ahmed Mostafa / Madhubanti Basu / Sanghita Sarkar / Simran Panjwani / Yaelyn H Ha / Yao Ma / Chengjin Ye / Qian Wang / Todd J Green / ...著者: Michael S Piepenbrink / Ahmed Magdy Khalil / Ana Chang / Ahmed Mostafa / Madhubanti Basu / Sanghita Sarkar / Simran Panjwani / Yaelyn H Ha / Yao Ma / Chengjin Ye / Qian Wang / Todd J Green / James L Kizziah / Nathaniel B Erdmann / Paul A Goepfert / Lihong Liu / David D Ho / Luis Martinez-Sobrido / Mark R Walter / James J Kobie /
要旨: SARS-CoV-2 continues to be a public health burden, driven in-part by its continued antigenic diversification and resulting emergence of new variants. By increasing herd immunity, current vaccines ...SARS-CoV-2 continues to be a public health burden, driven in-part by its continued antigenic diversification and resulting emergence of new variants. By increasing herd immunity, current vaccines have improved infection outcomes for many. However, prophylactic and treatment interventions that are not compromised by viral evolution of the Spike protein are still needed. Using a differential staining strategy with a rationally designed SARS-CoV-2 Receptor Binding Domain (RBD) - ACE2 fusion protein and a native Omicron RBD protein, we developed a recombinant human monoclonal antibody (hmAb) from a convalescent individual following SARS-CoV-2 Omicron infection. The resulting hmAb, 1301B7 potently neutralized a wide range of SARS-CoV-2 variants including the original Wuhan-1, the more recent Omicron JN.1 strain, and SARS-CoV. 1301B7 contacts the ACE2 binding site of RBD exclusively through its VH1-69 heavy chain. Broad specificity is achieved through 1301B7 binding to many conserved residues of Omicron variants including Y501 and H505. Consistent with its extensive binding epitope, 1301B7 is able to potently diminish viral burden in the upper and lower respiratory tract and protect mice from challenge with Omicron XBB1.5 and Omicron JN.1 viruses. These results suggest 1301B7 has broad potential to prevent or treat clinical SARS-CoV-2 infections and to guide development of RBD-based universal SARS-CoV-2 prophylactic vaccines and therapeutic approaches.
履歴
登録2024年4月30日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年3月12日-
マップ公開2025年3月12日-
更新2025年3月12日-
現状2025年3月12日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_44666.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_44666.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈local refined map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.89 Å/pix.
x 400 pix.
= 357.7 Å		0.89 Å/pix.
x 400 pix.
= 357.7 Å		0.89 Å/pix.
x 400 pix.
= 357.7 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.89425 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.048
最小 - 最大-0.44283277 - 0.62834966
平均 (標準偏差)-0.0000948364 (±0.008568853)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 357.69998 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: half-map-A

ファイルemd_44666_half_map_1.map
注釈half-map-A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: halp-map-B

ファイルemd_44666_half_map_2.map
注釈halp-map-B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Complex of RBDeg5.1 with Fab 1301B7

全体名称: Complex of RBDeg5.1 with Fab 1301B7
要素
  • 複合体: Complex of RBDeg5.1 with Fab 1301B7
    • タンパク質・ペプチド: 1301B7 Heavy Chain
    • タンパク質・ペプチド: 1301B7 Light Chain
    • タンパク質・ペプチド: Spike glycoprotein
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: Complex of RBDeg5.1 with Fab 1301B7

超分子名称: Complex of RBDeg5.1 with Fab 1301B7 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 / 詳細: Fab generated by proteolytic cleavage
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: 1301B7 Heavy Chain

分子名称: 1301B7 Heavy Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 13.768365 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
EVQLVESGAE VKNPGSSVKV SCKASEGTFG SYPIIWVRQA PGQGLEWVGG IIPILGTVIY AQKFQGRVTI TGDTYAGSAH MELSGLRSE DTAVFYCARG SYDYGDRLLN YTYYAMDVWG PGTTVTVSS

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分子 #2: 1301B7 Light Chain

分子名称: 1301B7 Light Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 11.517782 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
QPGLTQPPSV SGAPGQRVTI SCTGSRSNIG AVYAVHWYQH VPGAAPKLLI YENNNRPSGI PDRFSGSKSG TSASLVITGL QAEDEADYL CQSYDRSVGV VFGGGTRLTV L

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分子 #3: Spike glycoprotein

分子名称: Spike glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
分子量理論値: 137.934078 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MRPTLLWSLL LLLGVFAAAA AAYTNSFTRG VYYPDKVFRS SVLHSTHDLF LPFFSNVTWF HAIHVSGTNG TKRFDNPALP FNDGVYFAS TEKSNIIRGW IFGTTLDSKT QSLLIVNNAT NVVIKVCEFQ FCNDPFLDVY QKNNKSWMES EFRVYSSANN C TFEYVSQP ...文字列:
MRPTLLWSLL LLLGVFAAAA AAYTNSFTRG VYYPDKVFRS SVLHSTHDLF LPFFSNVTWF HAIHVSGTNG TKRFDNPALP FNDGVYFAS TEKSNIIRGW IFGTTLDSKT QSLLIVNNAT NVVIKVCEFQ FCNDPFLDVY QKNNKSWMES EFRVYSSANN C TFEYVSQP FLMDLEGKEG NFKNLREFVF KNIDGYFKIY SKHTPINLER DLPQGFSALE PLVDLPIGIN ITRFQTLLAL HR SYLTPVD SSSGWTAGAA AYYVGYLQPR TFLLKYNENG TITDAVDCAL DPLSETKCTL KSFTVEKGIY QTSNFRVQPT ESI VRFPNI TNLCPFHEVF NATTFASVYA WNRKRISNCV ADYSVIYNFA PFFAFKCYGV SPTKLNDLCF TNVYADSFVI RGNE VSQIA PGQTGNIADY NYKLPDDFTG CVIAWNSNNL DSKPSGNYNY LYRLLRKSKL KPFERDISTE IYQAGNKPCN GVAGP NCYS PLQSYGFRPT YGVGHQPYRV VVLSFELLHA PATVCGPKKS TNLVKNKCVN FNFNGLTGTG VLTESNKKFL PFQQFG RDI ADTTDAVRDP QTLEILDITP CSFGGVSVIT PGTNTSNQVA VLYQGVNCTE VPVAIHADQL TPTWRVYSTG SNVFQTR AG CLIGAEYVNN SYECDIPIGA GICASYQTQT KSHGSAGSVA SQSIIAYTMS LGAENSVAYS NNSIAIPTNF TISVTTEI L PVSMTKTSVD CTMYICGDST ECSNLLLQYG SFCTQLKRAL TGIAVEQDKN TQEVFAQVKQ IYKTPPIKYF GGFNFSQIL PDPSKPSKRS PIEDLLFNKV TLADAGFIKQ YGDCLGDIAA RDLICAQKFN GLTVLPPLLT DEMIAQYTSA LLAGTITSGW TFGAGPALQ IPFPMQMAYR FNGIGVTQNV LYENQKLIAN QFNSAIGKIQ DSLSSTPSAL GKLQDVVNHN AQALNTLVKQ L SSKFGAIS SVLNDILSRL DPPEAEVQID RLITGRLQSL QTYVTQQLIR AAEIRASANL AATKMSECVL GQSKRVDFCG KG YHLMSFP QSAPHGVVFL HVTYVPAQEK NFTTAPAICH DGKAHFPREG VFVSNGTHWF VTQRNFYEPQ IITTDNTFVS GNC DVVIGI VNNTVYDPLQ PELDSFKEEL DKYFKNHTSP DVDLGDISGI NASVVNIQKE IDRLNEVAKN LNESLIDLQE LGKY EQYIA SSGYIPEAPR DGQAYVRKDG EWVLLSTFLE GTKHHHHHH

UniProtKB: Spike glycoprotein

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分子 #5: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度名称
20.0 mMhepes
50.0 mMsodium chloride
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.75 µm

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1113228
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: InSilico model for Fab PDB entry for RBD
最終 再構成使用したクラス数: 5 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 88411
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.41)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.41) / 詳細: local refinement
最終 3次元分類クラス数: 10 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.41)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain詳細

8iou

chain_id: A, residue_range: 330-532, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
chain_id: H, source_name: Other, initial_model_type: in silico modelIgFold
chain_id: L, source_name: Other, initial_model_type: in silico modelIgFold
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-9bll:
Cryo-EM of RBD(EG5.1)/1301B7 Fab Complex

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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