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- EMDB-44644: SARS CoV2 spike in complex with NTD-directed antibody Fab DH1052 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-44644
タイトルSARS CoV2 spike in complex with NTD-directed antibody Fab DH1052
マップデータCoV2 spike in complex with antibody Fab DH1052
試料
  • 複合体: Complex of SARS CoV2 spike with NTD-directed antibody Fab DH1052
    • 複合体: DH1052 antibody Fab
    • 複合体: SARS CoV2 spike
キーワードSARS coronavirus spike antibody / VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質)
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 15.0 Å
データ登録者Edwards RJ / Mansouri K
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI158571 米国
引用ジャーナル: PLoS Pathog.
タイトル: Non-neutralizing SARS-CoV-2 N-terminal domain antibodies protects mice against severe disease using Fc effector functions
著者: Pierre CN / Adams LE / Anasti K / Goodman D / Stanfield-Oakley S / Li D / Rountree W / Wang Y / Edwards RJ / Alam SM / Ferrari G / Tomaras GD / Haynes BF / Baric RS / Saunders KO
履歴
登録2024年4月29日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年5月15日-
マップ公開2024年5月15日-
更新2024年5月15日-
現状2024年5月15日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_44644.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_44644.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 3.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈CoV2 spike in complex with antibody Fab DH1052
ボクセルのサイズX=Y=Z: 3.74 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.04
最小 - 最大-0.078417115 - 0.15856627
平均 (標準偏差)0.00054337183 (±0.0118801035)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ969696
Spacing969696
セルA=B=C: 359.04 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Half map 1

ファイルemd_44644_half_map_1.map
注釈Half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 2

ファイルemd_44644_half_map_2.map
注釈Half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Complex of SARS CoV2 spike with NTD-directed antibody Fab DH1052

全体名称: Complex of SARS CoV2 spike with NTD-directed antibody Fab DH1052
要素
  • 複合体: Complex of SARS CoV2 spike with NTD-directed antibody Fab DH1052
    • 複合体: DH1052 antibody Fab
    • 複合体: SARS CoV2 spike

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超分子 #1: Complex of SARS CoV2 spike with NTD-directed antibody Fab DH1052

超分子名称: Complex of SARS CoV2 spike with NTD-directed antibody Fab DH1052
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2)
分子量理論値: 372 KDa

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超分子 #2: DH1052 antibody Fab

超分子名称: DH1052 antibody Fab / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #3: SARS CoV2 spike

超分子名称: SARS CoV2 spike / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2)

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.1 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度式名称
150.0 mMNaCl塩化ナトリウムsodium chloride塩化ナトリウム
20.0 mMHEPESHEPES buffer
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: Uranyl formate
詳細: A 5 microliter drop of complex was incubated on the grid for 10 to 15 s, blotted and then stained with 2 percent uranyl formate for 1 minute, then blotted and air dried.
グリッドモデル: Homemade / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 3 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 20 sec.
詳細Spike protein and Fab protein at 1 mg per ml were stored at minus 80 degrees C until use. Spike was thawed in an aluminum block at 37 degrees C for 5 minutes, Fab was thawed in an aluminum block at room temperature for 5 minutes. To for the complex, 2 microliters of spike was mixed with Fab at a 1 to 9 ratio spike to Fab, and incubated at 37 degrees C for 1 hour. The complex was then crosslinked by diluting to a final spike concentration of 0.1 mg per ml into room temperature buffer containing 150 mM NaCl, 20 mM HEPES pH 7.4, 5 percent glycerol, and 7.5 mM glutaraldehyde. After 5 minutes cross-linking, excess glutaraldehyde was quenched by adding sufficient 1 M Tris pH 7.4 stock to give a final concentration of 75 mM Tris and incubated for 5 minutes.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI/PHILIPS EM420
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 82000
試料ステージ試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC
撮影フィルム・検出器のモデル: OTHER / デジタル化 - サイズ - 横: 2048 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 2048 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 200 / 平均露光時間: 0.5 sec. / 平均電子線量: 32.0 e/Å2

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画像解析

粒子像選択選択した数: 154496
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

7vsb


詳細: starting model was bare spike model, no Fabs, low pass filtered to 30 angstroms.
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 3次元分類クラス数: 4 / 平均メンバー数/クラス: 10733 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: EXACT BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 15.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 11845
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

7vsb


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: cross correlation

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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