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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-44642 | |||||||||||||||
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タイトル | Cholecystokinin 1 receptor (CCK1R) Y140A mutant, Gq chimera (mGsqi) complex | |||||||||||||||
マップデータ | best class, local refinement (micelle and ScFv16 masked out), sharpened | |||||||||||||||
試料 |
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キーワード | cholecystokinin / GPCR / cholesterol / mutant / MEMBRANE PROTEIN | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cholecystokinin receptor activity / cholecystokinin signaling pathway / regulation of hormone secretion / neuropeptide receptor activity / neuropeptide hormone activity / peptide hormone receptor binding / eating behavior / peptide hormone binding / PKA activation in glucagon signalling / hair follicle placode formation ...cholecystokinin receptor activity / cholecystokinin signaling pathway / regulation of hormone secretion / neuropeptide receptor activity / neuropeptide hormone activity / peptide hormone receptor binding / eating behavior / peptide hormone binding / PKA activation in glucagon signalling / hair follicle placode formation / mu-type opioid receptor binding / developmental growth / corticotropin-releasing hormone receptor 1 binding / intracellular transport / D1 dopamine receptor binding / Adenylate cyclase inhibitory pathway / positive regulation of protein localization to cell cortex / regulation of cAMP-mediated signaling / Hedgehog 'off' state / D2 dopamine receptor binding / G protein-coupled serotonin receptor binding / beta-2 adrenergic receptor binding / adenylate cyclase-activating adrenergic receptor signaling pathway / regulation of mitotic spindle organization / cellular response to forskolin / forebrain development / cellular response to hormone stimulus / digestion / activation of adenylate cyclase activity / adenylate cyclase activator activity / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / Peptide ligand-binding receptors / axonogenesis / trans-Golgi network membrane / Regulation of insulin secretion / G protein-coupled receptor binding / peptide binding / ionotropic glutamate receptor binding / insulin-like growth factor receptor binding / neuron migration / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / Olfactory Signaling Pathway / bone development / Activation of the phototransduction cascade / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / G beta:gamma signalling through PLC beta / Presynaptic function of Kainate receptors / Thromboxane signalling through TP receptor / G-protein activation / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / hormone activity / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / Glucagon signaling in metabolic regulation / G beta:gamma signalling through CDC42 / cognition / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / G beta:gamma signalling through BTK / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / response to peptide hormone / photoreceptor disc membrane / platelet aggregation / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / Glucagon-type ligand receptors / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / G alpha (z) signalling events / cellular response to catecholamine stimulus / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / ADORA2B mediated anti-inflammatory cytokines production / sensory perception of taste / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / cellular response to prostaglandin E stimulus / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / GPER1 signaling / GDP binding / G-protein beta-subunit binding / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / heterotrimeric G-protein complex / G alpha (12/13) signalling events / extracellular vesicle / sensory perception of smell / signaling receptor complex adaptor activity / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / GTPase binding / retina development in camera-type eye / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / Ca2+ pathway / positive regulation of cold-induced thermogenesis / cell cortex / midbody / G alpha (i) signalling events / fibroblast proliferation / G alpha (s) signalling events / G alpha (q) signalling events / cell population proliferation 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.59 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Cary BP / Harikumar KG / Zhao P / Desai AJ / Mobbs JM / Toufaily C / Furness SGB / Christopoulos A / Belousoff MJ / Wootten D ...Cary BP / Harikumar KG / Zhao P / Desai AJ / Mobbs JM / Toufaily C / Furness SGB / Christopoulos A / Belousoff MJ / Wootten D / Sexton PM / Miller LJ | |||||||||||||||
資金援助 | 米国, オーストラリア, 4件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Cholesterol-dependent dynamic changes in the conformation of the type 1 cholecystokinin receptor affect ligand binding and G protein coupling 著者: Harikumar KG / Zhao P / Cary BP / Xu X / Desai AJ / Mobbs JI / Toufaily C / Furness SGB / Christopoulos A / Belousoff MJ / Wootten D / Sexton PM / Miller LJ | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_44642.map.gz | 59.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-44642-v30.xml emd-44642.xml | 33.4 KB 33.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_44642_fsc.xml | 8.4 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_44642.png | 108 KB | ||
Filedesc metadata | emd-44642.cif.gz | 7.5 KB | ||
その他 | emd_44642_additional_1.map.gz emd_44642_additional_2.map.gz emd_44642_additional_3.map.gz emd_44642_additional_4.map.gz emd_44642_additional_5.map.gz emd_44642_half_map_1.map.gz emd_44642_half_map_2.map.gz | 32 MB 59.6 MB 31.9 MB 59.5 MB 59.5 MB 59.5 MB 59.5 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-44642 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-44642 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_44642_validation.pdf.gz | 996.7 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_44642_full_validation.pdf.gz | 996.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_44642_validation.xml.gz | 16.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_44642_validation.cif.gz | 21.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-44642 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-44642 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 9bkjMC 9bkkC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_44642.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | best class, local refinement (micelle and ScFv16 masked out), sharpened | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.85 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: best class, local refinement (micelle, G protein, and...
ファイル | emd_44642_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | best class, local refinement (micelle, G protein, and ScFv16 masked out), unsharpened | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: best class, local refinement (micelle, G protein, and...
ファイル | emd_44642_additional_2.map | ||||||||||||
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注釈 | best class, local refinement (micelle, G protein, and ScFv16 masked out), sharpened | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Consensus map, unsharpened
ファイル | emd_44642_additional_3.map | ||||||||||||
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注釈 | Consensus map, unsharpened | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Consensus refinement, half map A
ファイル | emd_44642_additional_4.map | ||||||||||||
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注釈 | Consensus refinement, half map A | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Consensus refinement, half map B
ファイル | emd_44642_additional_5.map | ||||||||||||
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注釈 | Consensus refinement, half map B | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Best class, half-map B
ファイル | emd_44642_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Best class, half-map B | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Best class, half-map A
ファイル | emd_44642_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Best class, half-map A | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Complex of CCK1R (Y140A mutant) bound to miniGs (Gq, Gi chimera),...
全体 | 名称: Complex of CCK1R (Y140A mutant) bound to miniGs (Gq, Gi chimera), G-beta1, G-gamma-2 and CCK8s. |
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要素 |
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-超分子 #1: Complex of CCK1R (Y140A mutant) bound to miniGs (Gq, Gi chimera),...
超分子 | 名称: Complex of CCK1R (Y140A mutant) bound to miniGs (Gq, Gi chimera), G-beta1, G-gamma-2 and CCK8s. タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5 詳細: Single-chain fragment variable 16 (ScFv16) was included in the complex but left unmodeled. |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 150 KDa |
-分子 #1: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
分子 | 名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 37.413863 KDa |
組換発現 | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
配列 | 文字列: QSELDQLRQE AEQLKNQIRD ARKACADATL SQITNNIDPV GRIQMRTRRT LRGHLAKIYA MHWGTDSRLL VSASQDGKLI IWDSYTTNK VHAIPLRSSW VMTCAYAPSG NYVACGGLDN ICSIYNLKTR EGNVRVSREL AGHTGYLSCC RFLDDNQIVT S SGDTTCAL ...文字列: QSELDQLRQE AEQLKNQIRD ARKACADATL SQITNNIDPV GRIQMRTRRT LRGHLAKIYA MHWGTDSRLL VSASQDGKLI IWDSYTTNK VHAIPLRSSW VMTCAYAPSG NYVACGGLDN ICSIYNLKTR EGNVRVSREL AGHTGYLSCC RFLDDNQIVT S SGDTTCAL WDIETGQQTT TFTGHTGDVM SLSLAPDTRL FVSGACDASA KLWDVREGMC RQTFTGHESD INAICFFPNG NA FATGSDD ATCRLFDLRA DQELMTYSHD NIICGITSVS FSKSGRLLLA GYDDFNCNVW DALKADRAGV LAGHDNRVSC LGV TDDGMA VATGSWDSFL KIWN UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 |
-分子 #2: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
分子 | 名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 6.375332 KDa |
組換発現 | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
配列 | 文字列: NTASIAQARK LVEQLKMEAN IDRIKVSKAA ADLMAYCEAH AKEDPLLTPV PASENPFR UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 |
-分子 #3: Cholecystokinin-8
分子 | 名称: Cholecystokinin-8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 1.144255 KDa |
配列 | 文字列: D(TYS)MGWMDF UniProtKB: Cholecystokinin |
-分子 #4: Cholecystokinin receptor type A
分子 | 名称: Cholecystokinin receptor type A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 47.66277 KDa |
組換発現 | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
配列 | 文字列: DVVDSLLVNG SNITPPCELG LENETLFCLD QPRPSKEWQP AVQILLYSLI FLLSVLGNTL VITVLIRNKR MRTVTNIFLL SLAVSDLML CLFCMPFNLI PNLLKDFIFG SAVCKTTTYF MGTSVSVSTF NLVAISLERA GAICKPLQSR VWQTKSHALK V IAATWCLS ...文字列: DVVDSLLVNG SNITPPCELG LENETLFCLD QPRPSKEWQP AVQILLYSLI FLLSVLGNTL VITVLIRNKR MRTVTNIFLL SLAVSDLML CLFCMPFNLI PNLLKDFIFG SAVCKTTTYF MGTSVSVSTF NLVAISLERA GAICKPLQSR VWQTKSHALK V IAATWCLS FTIMTPYPIY SNLVPFTKNN NQTANMCRFL LPNDVMQQSW HTFLLLILFL IPGIVMMVAY GLISLELYQG IK FEASQKK SAKERKPSTT SSGKYEDSDG CYLQKTRPPR KLELRQLSTG SSSRANRIRS NSSAANLMAK KRVIRMLIVI VVL FFLCWM PIFSANAWRA YDTASAERRL SGTPISFILL LSYTSSCVNP IIYCFMNKRF RLGFMATFPC CPNPGPPGAR GEVG EEEEG GTTGASLSRF SYSHMSASVP PQ UniProtKB: Cholecystokinin receptor type A |
-分子 #5: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1,Guanine n...
分子 | 名称: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1,Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 詳細: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1,Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short,with certain residues mutated to match Guanine nucleotide-binding protein G(q) subunit コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 29.144971 KDa |
組換発現 | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
配列 | 文字列: HHHHHHHHGC TLSAEDKAAV ERSKMIDRNL REDGEKARRT LRLLLLGADN SGKSTIVKQM RILHGGSGGS GGTSGIFETK FQVDKVNFH MFDVGGQRDE RRKWIQCFND VTAIIFVVDS SDYNRLQEAL NDFKSIWNNR WLRTISVILF LNKQDLLAEK V LAGKSKIE ...文字列: HHHHHHHHGC TLSAEDKAAV ERSKMIDRNL REDGEKARRT LRLLLLGADN SGKSTIVKQM RILHGGSGGS GGTSGIFETK FQVDKVNFH MFDVGGQRDE RRKWIQCFND VTAIIFVVDS SDYNRLQEAL NDFKSIWNNR WLRTISVILF LNKQDLLAEK V LAGKSKIE DYFPEFARYT TPEDATPEPG EDPRVTRAKY FIRKEFVDIS TASGDGRHIC YPHFTCAVDT ENARRIFNDC KD IILQMNL REYNLV UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1, Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short |
-分子 #6: AMINO GROUP
分子 | 名称: AMINO GROUP / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: NH2 |
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分子量 | 理論値: 16.023 Da |
Chemical component information | ChemComp-NH2: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 5 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.4 |
グリッド | モデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 詳細: 20 mA, negative polarity |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 5884 / 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1.2 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.6 µm |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |