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万見
- EMDB-44634: Cryo-EM structure of NVL bound the the MM017 inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-44634
タイトルCryo-EM structure of NVL bound the the MM017 inhibitor
マップデータ
試料
  • 複合体: NVL bound to MM017 inhibitor
    • タンパク質・ペプチド: Nuclear valosin-containing protein-like
    • タンパク質・ペプチド: Peptide substrate mimic
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: N-[10-(2-methoxyethyl)-11-oxo-10,11-dihydrodibenzo[b,f][1,4]thiazepin-7-yl]furan-3-carboxamide
キーワードRibosome biogenesis / AAA+ ATPase / TRANSLOCASE
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of protein localization to nucleolus / preribosome binding / telomerase holoenzyme complex / positive regulation of protein binding / telomerase holoenzyme complex assembly / positive regulation of telomere maintenance / ribosomal large subunit biogenesis / rRNA processing / ribosome biogenesis / nucleolus ...regulation of protein localization to nucleolus / preribosome binding / telomerase holoenzyme complex / positive regulation of protein binding / telomerase holoenzyme complex assembly / positive regulation of telomere maintenance / ribosomal large subunit biogenesis / rRNA processing / ribosome biogenesis / nucleolus / ATP hydrolysis activity / RNA binding / nucleoplasm / ATP binding / membrane / nucleus
類似検索 - 分子機能
NVL2, nucleolin binding domain / NVL2, N-terminal domain superfamily / Nucleolin binding domain / : / AAA ATPase, AAA+ lid domain / AAA+ lid domain / ATPase, AAA-type, conserved site / AAA-protein family signature. / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) / ATPase, AAA-type, core ...NVL2, nucleolin binding domain / NVL2, N-terminal domain superfamily / Nucleolin binding domain / : / AAA ATPase, AAA+ lid domain / AAA+ lid domain / ATPase, AAA-type, conserved site / AAA-protein family signature. / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) / ATPase, AAA-type, core / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Nuclear valosin-containing protein-like
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.06 Å
データ登録者Cruz VE / Erzberger JP
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
Robert A. Welch FoundationI-1422 米国
Robert A. Welch FoundationV-I-0002-20230731 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Dibenzothiazepinones are bioavailable inhibitors of NVL and cause p53-dependent apoptosis in cancer by blocking 60S ribosome assembly
著者: Guo HH / Tao Y / Cruz VE / Fang M / Khivansara V / Xie S / Leach A / Rivera-Cancel G / Barrows N / Williams N / Aurora A / Erzberger JP / De Brabander JK / Nijhawan D
履歴
登録2024年4月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年1月21日-
マップ公開2026年1月21日-
更新2026年1月21日-
現状2026年1月21日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_44634.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_44634.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 83.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 280 pix.
= 232.4 Å		0.83 Å/pix.
x 280 pix.
= 232.4 Å		0.83 Å/pix.
x 280 pix.
= 232.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.83 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.012
最小 - 最大-0.05652284 - 0.12044344
平均 (標準偏差)0.000027817352 (±0.0042091967)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ280280280
Spacing280280280
セルA=B=C: 232.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_44634_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_44634_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : NVL bound to MM017 inhibitor

全体名称: NVL bound to MM017 inhibitor
要素
  • 複合体: NVL bound to MM017 inhibitor
    • タンパク質・ペプチド: Nuclear valosin-containing protein-like
    • タンパク質・ペプチド: Peptide substrate mimic
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: N-[10-(2-methoxyethyl)-11-oxo-10,11-dihydrodibenzo[b,f][1,4]thiazepin-7-yl]furan-3-carboxamide

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超分子 #1: NVL bound to MM017 inhibitor

超分子名称: NVL bound to MM017 inhibitor / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Nuclear valosin-containing protein-like

分子名称: Nuclear valosin-containing protein-like / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 95.181992 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MKPRPAGFVD NKLKQRVIQY LTSNKCGKYV DIGVLASDLQ RVYSIDYGRR KRNAFRIQVE KVFSIISSEK ELKNLTELED EHLAKRARQ GEEDNEYTES YSDDDSSMED YPDPQSANHM NSSLLSLYRK GNPDSVSNTP EMEQRETTSS TPRISSKTGS I PLKTPAKD ...文字列:
MKPRPAGFVD NKLKQRVIQY LTSNKCGKYV DIGVLASDLQ RVYSIDYGRR KRNAFRIQVE KVFSIISSEK ELKNLTELED EHLAKRARQ GEEDNEYTES YSDDDSSMED YPDPQSANHM NSSLLSLYRK GNPDSVSNTP EMEQRETTSS TPRISSKTGS I PLKTPAKD SEGGWFIDKT PSVKKDSFFL DLSCEKSNPK KPITEIQDSK DSSLLESDMK RKGKLKNKGS KRKKEDLQEV DG EIEAVLQ KKAKARGLEF QISNVKFEDV GGNDMTLKEV CKMLIHMRHP EVYHHLGVVP PRGVLLHGPP GCGKTLLAHA IAG ELDLPI LKVAAPEIVS GVSGESEQKL RELFEQAVSN APCIIFIDQI DAITPKREVA SKDMERRIVA QLLTCMDDLN NVAA TARVL VIGATNRPDS LDPALRRAGR FDREICLGIP DEASRERILQ TLCRKLRLPQ AFDFCHLAHL TPGFVGADLM ALCRE AAMC AVNRVLMKLQ EQQKKNPEME DLPSKGVQEE RLGTEPTSET QDELQRLLGL LRDQDPLSEE QMQGLCIELN DFIVAL SSV QPSAKREGFV TVPNVTWADI GALEDIREEL TMAILAPVRN PDQFKALGLV TPAGVLLAGP PGCGKTLLAK AVANESG LN FISVKGPELL NMYVGESERA VRQVFQRAKN SAPCVIFFDQ VDALCPRRSD RETGASVRVV NQLLTEMDGL EARQQVFI M AATNRPDIID PAILRPGRLD KTLFVGLPPP ADRLAILKTI TKNGTKPPLD ADVNLEAIAG DLRCDCYTGA DLSALVREA SICALRQEMA RQKSGNEKGE LKVSHKHFEE AFKKVRSSIS KKDQIMYERL QESLSR

UniProtKB: Nuclear valosin-containing protein-like

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分子 #2: Peptide substrate mimic

分子名称: Peptide substrate mimic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 3.33354 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
HHHHHHHHHH HHHHHHHHHH HHHH

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分子 #3: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 9 / 式: ATP
分子量理論値: 507.181 Da
Chemical component information

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM

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分子 #4: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 8 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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分子 #5: N-[10-(2-methoxyethyl)-11-oxo-10,11-dihydrodibenzo[b,f][1,4]thiaz...

分子名称: N-[10-(2-methoxyethyl)-11-oxo-10,11-dihydrodibenzo[b,f][1,4]thiazepin-7-yl]furan-3-carboxamide
タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 2 / 式: A1AP0
分子量理論値: 394.444 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 1.4 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: OTHER
最大 デフォーカス（公称値）: 1.9000000000000001 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.06 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 100118
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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