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万見
- EMDB-44632: Encapsulin 1 of a two-component Family 2B encapsulin shell from S... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-44632
タイトルEncapsulin 1 of a two-component Family 2B encapsulin shell from Streptomyces lydicus
マップデータEncapsulin 1 of a two-component Family 2B encapsulin shell from Streptomyces lydicus
試料
  • 複合体: A two-component Family 2B encapsulin shell from Streptomyces lydicus with Encapsulin 1 enriched
    • 複合体: Encapsulin 2 of a two-component Family 2B encapsulin shell from Streptomyces lydicus
    • タンパク質・ペプチド: Crp/Fnr family transcriptional regulator
キーワードencapsulin / nanocompartment / VIRUS LIKE PARTICLE
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding transcription factor activity / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Type 2A encapsulin shell protein SrpI-like / Type 2A encapsulin shell protein SrpI-like / : / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. / Cyclic nucleotide-binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain superfamily / RmlC-like jelly roll fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Crp/Fnr family transcriptional regulator
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces lydicus (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.58 Å
データ登録者Andreas MP / Dutcher C / Giessen TW
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM133325 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: A two-component quasi-icosahedral protein nanocompartment with variable shell composition and irregular tiling
著者: Dutcher C / Andreas MP / Giessen TW
履歴
登録2024年4月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年4月30日-
マップ公開2025年4月30日-
更新2025年4月30日-
現状2025年4月30日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_44632.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_44632.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 325 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Encapsulin 1 of a two-component Family 2B encapsulin shell from Streptomyces lydicus
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)X (Row.)Y (Col.)
0.91 Å/pix.
x 440 pix.
= 400.4 Å		0.91 Å/pix.
x 440 pix.
= 400.4 Å		0.91 Å/pix.
x 440 pix.
= 400.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.91 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.2
最小 - 最大-0.90908194 - 1.5705898
平均 (標準偏差)0.0016787363 (±0.07034674)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderYXZ
Origin000
サイズ440440440
Spacing440440440
セルA=B=C: 400.40002 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Half map A

ファイルemd_44632_half_map_1.map
注釈Half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map B

ファイルemd_44632_half_map_2.map
注釈Half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : A two-component Family 2B encapsulin shell from Streptomyces lydi...

全体名称: A two-component Family 2B encapsulin shell from Streptomyces lydicus with Encapsulin 1 enriched
要素
  • 複合体: A two-component Family 2B encapsulin shell from Streptomyces lydicus with Encapsulin 1 enriched
    • 複合体: Encapsulin 2 of a two-component Family 2B encapsulin shell from Streptomyces lydicus
    • タンパク質・ペプチド: Crp/Fnr family transcriptional regulator

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超分子 #1: A two-component Family 2B encapsulin shell from Streptomyces lydi...

超分子名称: A two-component Family 2B encapsulin shell from Streptomyces lydicus with Encapsulin 1 enriched
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Streptomyces lydicus (バクテリア)

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超分子 #2: Encapsulin 2 of a two-component Family 2B encapsulin shell from S...

超分子名称: Encapsulin 2 of a two-component Family 2B encapsulin shell from Streptomyces lydicus
タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1
由来(天然)生物種: Streptomyces lydicus (バクテリア)

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分子 #1: Crp/Fnr family transcriptional regulator

分子名称: Crp/Fnr family transcriptional regulator / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Streptomyces lydicus (バクテリア)
分子量理論値: 52.256594 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MHHHHHHTIV DETLNGNPED TAHSSLSTAA ARNLATTTKT VPQMQGITSR WLLRLLPWVQ VSGGTYRVNR RLSHTVGDGR IDFDISGSD VAIIPEELRE LPALRDFTDT EVLAALGERF TQREYAPGEL IAEAGRPGDR LVLIAHGRVD RIGTGKYGDT T VLAALAGG ...文字列:
MHHHHHHTIV DETLNGNPED TAHSSLSTAA ARNLATTTKT VPQMQGITSR WLLRLLPWVQ VSGGTYRVNR RLSHTVGDGR IDFDISGSD VAIIPEELRE LPALRDFTDT EVLAALGERF TQREYAPGEL IAEAGRPGDR LVLIAHGRVD RIGTGKYGDT T VLAALAGG DHLGDAPLTS DEVTWEFSYR AVTRVTVVEL PRRAALEIIE RSPGLREHLA GVRQGPVHPT NSSGESAVAV AS GHRGEPS LPGAFADYDL APREYELSVA QTVLRTHTRV GDLYNDPMNQ VEEQLKLTVQ ALRERQEHEM INNREFGLLH NAD LKQRIP TRSGPPTPDD LDDLLATVWK DPGFLLAHPR AIAAMAREWS ARGLYPTAVD FHGHSLPSWR GVPIFPCNKI PVTK ERTSS ILLLRTGEEK QGVVGLHQTG IPDEYEPSLS VRFMGIDDRA VINYLVSAYY SAAVLVPDAL GVLEDVEVGL

UniProtKB: Crp/Fnr family transcriptional regulator

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMC4H11NO3Tris
150.0 mMNaClsodium chloride

詳細: 150 mM NaCl, 20 mM Tris pH 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec.
詳細: Grids were glow discharged for 60 seconds at 5 mA under vacuum.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: Blot force: 20 Blot time: 4 seconds Wait time: 0 seconds.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3838 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3710 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1658 / 平均露光時間: 5.0 sec. / 平均電子線量: 45.5 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 45000
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 77425
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL / In silico モデル: Ab-initio
最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.58 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v3.2.0+210511)
詳細: Homogeneous refinement was performed against the ab-initio map with I symmetry, per-particle defocus optimization, per-group CTF parameterization, and Ewald sphere correction with negative curvature.
使用した粒子像数: 69590
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v3.2.0+210511)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v3.2.0+210511)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

9bix


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
詳細The starting encapsulin model was first placed into the map using Chimera. It was then refined against the map by alternating rounds of manual refinement in Coot and real-space refinement in PHENIX.
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 温度因子: 99.9 / 当てはまり具合の基準: correlation coefficient
得られたモデル

PDB-9bje:
Encapsulin 1 of a two-component Family 2B encapsulin shell from Streptomyces lydicus

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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