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万見
- EMDB-44595: Structure of VRC44.01 Fab in complex with 3BNC117-purified C1080.... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-44595
タイトルStructure of VRC44.01 Fab in complex with 3BNC117-purified C1080.c3 RnS SOSIP.664 HIV-1 Env trimer
マップデータsharpened map
試料
  • 複合体: VRC44 and 3BNC117 Fabs with Repaired C1080 Env trimer
    • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein gp41
    • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein gp160
    • タンパク質・ペプチド: 3BNC117 heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: 3BNC117 light chain
    • タンパク質・ペプチド: VRC44.01 light chain
    • タンパク質・ペプチド: VRC44.01 heavy chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: PHOSPHATE ION
キーワードHIV-1 / SOSIP / Vaccine / therapeutic / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex / subunit / multi-donor
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane ...positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / membrane
類似検索 - 分子機能
Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein gp160
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.83 Å
データ登録者Gorman J / Kwong PD
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM103310 米国
Simons FoundationSF349247 米国
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2024
タイトル: A multidonor class of highly glycan-dependent HIV-1 gp120-gp41 interface-targeting broadly neutralizing antibodies.
著者: Evan M Cale / Chen-Hsiang Shen / Adam S Olia / Nathan A Radakovich / Reda Rawi / Yongping Yang / David R Ambrozak / Anthony K Bennici / Gwo-Yu Chuang / Emma D Crooks / Jefferson I Driscoll / ...著者: Evan M Cale / Chen-Hsiang Shen / Adam S Olia / Nathan A Radakovich / Reda Rawi / Yongping Yang / David R Ambrozak / Anthony K Bennici / Gwo-Yu Chuang / Emma D Crooks / Jefferson I Driscoll / Bob C Lin / Mark K Louder / Patrick J Madden / Michael A Messina / Keiko Osawa / Guillaume B E Stewart-Jones / Raffaello Verardi / Zoe Vrakas / Danielle Xie / Baoshan Zhang / James M Binley / Mark Connors / Richard A Koup / Theodore C Pierson / Nicole A Doria-Rose / Peter D Kwong / John R Mascola / Jason Gorman /
要旨: Antibodies that target the gp120-gp41 interface of the HIV-1 envelope (Env) trimer comprise a commonly elicited category of broadly neutralizing antibodies (bNAbs). Here, we isolate and characterize ...Antibodies that target the gp120-gp41 interface of the HIV-1 envelope (Env) trimer comprise a commonly elicited category of broadly neutralizing antibodies (bNAbs). Here, we isolate and characterize VRC44, a bNAb lineage with up to 52% neutralization breadth. The cryoelectron microscopy (cryo-EM) structure of antibody VRC44.01 in complex with the Env trimer reveals binding to the same gp120-gp41 interface site of vulnerability as antibody 35O22 from a different HIV-1-infected donor. In addition to having similar angles of approach and extensive contacts with glycans N88 and N625, VRC44 and 35O22 derive from the same IGHV1-18 gene and share convergent mutations, indicating these two antibodies to be members of the only known highly glycan-dependent multidonor class. Strikingly, both lineages achieved almost 100% neutralization breadth against virus strains displaying high-mannose glycans. The high breadth and reproducible elicitation of VRC44 and 35O22 lineages validate germline-based methods of immunogen design for targeting the HIV-1 gp120-gp41 interface.
履歴
登録2024年4月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年11月13日-
マップ公開2024年11月13日-
更新2025年1月1日-
現状2025年1月1日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_44595.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_44595.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈sharpened map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.1 Å/pix.
x 400 pix.
= 438.44 Å		1.1 Å/pix.
x 400 pix.
= 438.44 Å		1.1 Å/pix.
x 400 pix.
= 438.44 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.0961 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.7
最小 - 最大-2.8881297 - 5.4040527
平均 (標準偏差)0.0109048635 (±0.13078216)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 438.44 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_44595_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: unsharpened map

ファイルemd_44595_additional_1.map
注釈unsharpened map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: deepEMhancer map

ファイルemd_44595_additional_2.map
注釈deepEMhancer map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map A

ファイルemd_44595_half_map_1.map
注釈half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map B

ファイルemd_44595_half_map_2.map
注釈half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : VRC44 and 3BNC117 Fabs with Repaired C1080 Env trimer

全体名称: VRC44 and 3BNC117 Fabs with Repaired C1080 Env trimer
要素
  • 複合体: VRC44 and 3BNC117 Fabs with Repaired C1080 Env trimer
    • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein gp41
    • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein gp160
    • タンパク質・ペプチド: 3BNC117 heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: 3BNC117 light chain
    • タンパク質・ペプチド: VRC44.01 light chain
    • タンパク質・ペプチド: VRC44.01 heavy chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: PHOSPHATE ION

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超分子 #1: VRC44 and 3BNC117 Fabs with Repaired C1080 Env trimer

超分子名称: VRC44 and 3BNC117 Fabs with Repaired C1080 Env trimer
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#6
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

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分子 #1: Envelope glycoprotein gp41

分子名称: Envelope glycoprotein gp41 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
分子量理論値: 19.174828 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
AVGIGAMIFG FLGAAGSTMG AASNTLTVQA RQLLSGIVQQ QSNLPRAPEA QQHLLQLTVW GIKQLQARVL AVERYLEVQK FLGLWGCSG KIICCTAVPW NSTWSNKSFE QIWNNMTWIE WEREISNYTS QIYDILTESQ FQQDINEVDL LELDGSAPTK A KRRVVQRE KR

UniProtKB: Envelope glycoprotein gp160

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分子 #2: Envelope glycoprotein gp160

分子名称: Envelope glycoprotein gp160 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
分子量理論値: 54.23475 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: AENLWVTVYY GVPVWKDADT TLFCASDAKA HETEAHNIWA THACVPTDPN PQEIYMENVT ENFNMWKNNM VEQMQEDIIS LWDQSLKPC VKLTPLCVTL SCTNVTLTNV NYTNNFPNIG NITDEVRNCS FNVTTEIRDK KQKVYALFYK LDIVQMENKN S YRLINCNT ...文字列:
AENLWVTVYY GVPVWKDADT TLFCASDAKA HETEAHNIWA THACVPTDPN PQEIYMENVT ENFNMWKNNM VEQMQEDIIS LWDQSLKPC VKLTPLCVTL SCTNVTLTNV NYTNNFPNIG NITDEVRNCS FNVTTEIRDK KQKVYALFYK LDIVQMENKN S YRLINCNT SVCKQACPKI SFDPIPIHYC TPAGYAILKC NEKNFNGTGP CKNVSSVQCT HGIKPVVSTQ LLLNGSLAEG EI IIRSENL TNNAKTIIVH LNKSVEINCT RPSNNTRTSV TIGPGQVFYR TGDIIGDIRK AYCEINGTKW NETLKQVVGK LKE HFPNKT ISFQPPSGGD LEITMHHFNC RGEFFYCNTT QLFNSTWINS TTIKEYNDTI IYLPCKIKQI INMWQGVGQC MYAP PIRGK INCVSNITGI LLTRDGGDAN ATNDTETFRP GGGNIKDNWR SELYKYKVVQ IEPLGIAPTK CKRRVVERRR RRR

UniProtKB: Envelope glycoprotein gp160

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分子 #3: 3BNC117 heavy chain

分子名称: 3BNC117 heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 24.656484 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QVQLLQSGAA VTKPGASVRV SCEASGYNIR DYFIHWWRQA PGQGLQWVGW INPKTGQPNN PRQFQGRVSL TRHASWDFDT YSFYMDLKA LRSDDTAVYF CARQRSDYWD FDVWGSGTQV TVSSASTKGP SVFPLAPSSK STSGGTAALG CLVKDYFPEP V TVSWNSGA ...文字列:
QVQLLQSGAA VTKPGASVRV SCEASGYNIR DYFIHWWRQA PGQGLQWVGW INPKTGQPNN PRQFQGRVSL TRHASWDFDT YSFYMDLKA LRSDDTAVYF CARQRSDYWD FDVWGSGTQV TVSSASTKGP SVFPLAPSSK STSGGTAALG CLVKDYFPEP V TVSWNSGA LTSGVHTFPA VLQSSGLYSL SSVVTVPSSS LGTQTYICNV NHKPSNTKVD KKVEPKSC

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分子 #4: 3BNC117 light chain

分子名称: 3BNC117 light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.022658 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: DIQMTQSPSS LSASVGDTVT ITCQANGYLN WYQQRRGKAP KLLIYDGSKL ERGVPSRFSG RRWGQEYNLT INNLQPEDIA TYFCQVYEF VVPGTRLDLK RTVAAPSVFI FPPSDEQLKS GTASVVCLLN NFYPREAKVQ WKVDNALQSG NSQESVTEQD S KDSTYSLS ...文字列:
DIQMTQSPSS LSASVGDTVT ITCQANGYLN WYQQRRGKAP KLLIYDGSKL ERGVPSRFSG RRWGQEYNLT INNLQPEDIA TYFCQVYEF VVPGTRLDLK RTVAAPSVFI FPPSDEQLKS GTASVVCLLN NFYPREAKVQ WKVDNALQSG NSQESVTEQD S KDSTYSLS STLTLSKADY EKHKVYACEV THQGLSSPVT KSFNRGEC

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分子 #5: VRC44.01 light chain

分子名称: VRC44.01 light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 11.591962 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
AIYLTQSPSS LSASVGERVT ITCRASQDIG DTLAWYQQQP GRPPFLVVYR ASTLNYGVPS RFSGGGSGTR FTLTISSLQP ADSGTYFCQ QFKTFPFTFG PGTKVEVK

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分子 #6: VRC44.01 heavy chain

分子名称: VRC44.01 heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 13.926507 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
QSYLVQSGPE VKKPGTAVKV SCQASRYPFT FFGISWVRQA PGKGPQWMGW ISPYNGHAIY LDELKDRLTL TTDTDTTTAY MELRNLRSA DTAVYFCARD HTRQDSRGYD FWGQGTLVTV SSAST

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分子 #13: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 13 / コピー数: 34 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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分子 #14: PHOSPHATE ION

分子名称: PHOSPHATE ION / タイプ: ligand / ID: 14 / コピー数: 1 / 式: PO4
分子量理論値: 94.971 Da
Chemical component information

ChemComp-PO4:
PHOSPHATE ION / ホスファ-ト

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2 mg/mL
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: PBS
グリッドモデル: C-flat-1.2/1.3 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 293 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 平均露光時間: 10.0 sec. / 平均電子線量: 64.09 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.83 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3) / 使用した粒子像数: 90268
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

6vtt


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-9bio:
Structure of VRC44.01 Fab in complex with 3BNC117-purified C1080.c3 RnS SOSIP.664 HIV-1 Env trimer

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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