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万見
- EMDB-44509: Cryo-EM reconstruction of Sevenless extracellular domain (dimer, ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-44509
タイトルCryo-EM reconstruction of Sevenless extracellular domain (dimer, local refinement of the stalk region, pH 4.6)
マップデータSharpened map
試料
  • 細胞器官・細胞要素: Sevenless extracellular domain
    • タンパク質・ペプチド: Sevenless
キーワードsevenless / receptor tyrosine kinase / RTK / drosophila / eye development / vision / photoreceptor / ROS1 / SIGNALING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


boss receptor activity / transmembrane receptor protein kinase activity / germ-line stem-cell niche homeostasis / R7 cell fate commitment / sevenless signaling pathway / regulation of TOR signaling / visual perception / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / receptor protein-tyrosine kinase ...boss receptor activity / transmembrane receptor protein kinase activity / germ-line stem-cell niche homeostasis / R7 cell fate commitment / sevenless signaling pathway / regulation of TOR signaling / visual perception / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / receptor protein-tyrosine kinase / receptor complex / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
LDLR class B repeat / Low-density lipoprotein-receptor YWTD domain / Tyrosine-protein kinase, receptor class II, conserved site / Receptor tyrosine kinase class II signature. / Six-bladed beta-propeller, TolB-like / Fibronectin type III domain / : / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III ...LDLR class B repeat / Low-density lipoprotein-receptor YWTD domain / Tyrosine-protein kinase, receptor class II, conserved site / Receptor tyrosine kinase class II signature. / Six-bladed beta-propeller, TolB-like / Fibronectin type III domain / : / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.07 Å
データ登録者Cerutti G / Shapiro L
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
Other private 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM reconstruction of Sevenless extracellular domain (dimer, local refinement of the stalk region, pH 4.6)
著者: Cerutti G / Shapiro L
履歴
登録2024年4月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年5月7日-
マップ公開2025年5月7日-
更新2025年5月7日-
現状2025年5月7日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_44509.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_44509.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 600.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Sharpened map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 540 pix.
= 448.2 Å		0.83 Å/pix.
x 540 pix.
= 448.2 Å		0.83 Å/pix.
x 540 pix.
= 448.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.83 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.2
最小 - 最大-1.0149747 - 1.6707417
平均 (標準偏差)-0.00066519727 (±0.026758203)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ540540540
Spacing540540540
セルA=B=C: 448.19998 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Unsharpened map

ファイルemd_44509_additional_1.map
注釈Unsharpened map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_44509_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_44509_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Sevenless extracellular domain

全体名称: Sevenless extracellular domain
要素
  • 細胞器官・細胞要素: Sevenless extracellular domain
    • タンパク質・ペプチド: Sevenless

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超分子 #1: Sevenless extracellular domain

超分子名称: Sevenless extracellular domain / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)

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分子 #1: Sevenless

分子名称: Sevenless / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
組換発現生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
配列文字列: DVCRSHNYTV HQSPEPVSKD QMRLLRPKLD SDVVEKVAIW HKHAAAAPPS IVEGIAIS S RPQSTMAHHP DDRDRDRDPS EEQHGVDERM VLERVTRDCV QRCIVEEDLF LDEFGIQCE KADNGEKCYK TRCTKGCAQW YRALKELESC QEACLSLQFY PYDMPCIGAC ...文字列:
DVCRSHNYTV HQSPEPVSKD QMRLLRPKLD SDVVEKVAIW HKHAAAAPPS IVEGIAIS S RPQSTMAHHP DDRDRDRDPS EEQHGVDERM VLERVTRDCV QRCIVEEDLF LDEFGIQCE KADNGEKCYK TRCTKGCAQW YRALKELESC QEACLSLQFY PYDMPCIGAC EMAQRDYWHL QRLAISHLV ERTQPQLERA PRADGQSTPL TIRWAMHFPE HYLASRPFNI QYQFVDHHGE E LDLEQEDQ DASGETGSSA WFNLADYDCD EYYVCEILEA LIPYTQYRFR FELPFGENRD EV LYSPATP AYQTPPEGAP ISAPVIEHLM GLDDSHLAVH WHPGRFTNGP IEGYRLRLSS SEG NATSEQ LVPAGRGSYI FSQLQAGTNY TLALSMINKQ GEGPVAKGFV QTHSARNEKP AKDL TESVL LVGRRAVMWQ SLEPAGENSM IYQSQEELAD IAWSKREQQL WLLNVHGELR SLKFE SGQM VSPAQQLKLD LGNISSGRWV PRRLSFDWLH HRLYFAMESP ERNQSSFQII STDLLG ESA QKVGESFDLP VEQLEVDALN GWIFWRNEES LWRQDLHGRM IHRLLRIRQP GWFLVQP QH FIIHLMLPQE GKFLEISYDG GFKHPLPLPP PSNGAGNGPA SSHWQSFALL GRSLLLPD S GQLILVEQQG QAASPSASWP LKNLPDCWAV ILLVPESQPL TSAGGKPHSL KALLGAQAA KISWKEPERN PYQSADAARS WSYELEVLDV ASQSAFSIRN IRGPIFGLQR LQPDNLYQLR VRAINVDGE PGEWTEPLAA RTWPLGPHRL RWASRQGSVI HTNELGEGLE VQQEQLERLP G PMTMVNES VGYYVTGDGL LHCINLVHSQ WGCPISEPLQ HVGSVTYDWR GGRVYWTDLA RN CVVRMDP WSGSRELLPV FEANFLALDP RQGHLYYATS SQLSRHGSTP DEAVTYYRVN GLE GSIASF VLDTQQDQLF WLVKGSGALR LYRAPLTAGG DSLQMIQQIK GVFQAVPDSL QLLR PLGAL LWLERSGRRA RLVRLAAPLD VMELPTPDQA SPASALQLLD PQPLPPRDEG VIPMT VLPD SVRLDDGHWD DFHVRWQPST SGGNHSVSYR LLLEFGQRLQ TLDLSTPFAR LTQLPQ AQL QLKISITPRT AWRSGDTTRV QLTTPPVAPS QPRRLRVFVE RLATALQEAN VSAVLRW DA PEQGQEAPMQ ALEYHISCWV GSELHEELRL NQSALEARVE HLQPDQTYHF QVEARVAA T GAAAGAASHA LHVAPEVQAV PRVLYANAEF IGELDLDTRN RRRLVHTASP VEHLVGIEG EQRLLWVNEH VELLTHVPGS APAKLARMRA EVLALAVDWI QRIVYWAELD ATAPQAAIIY RLDLCNFEG KILQGERVWS TPRGRLLKDL VALPQAQSLI WLEYEQGSPR NGSLRGRNLT D GSELEWAT VQPLIRLHAG SLEPGSETLN LVDNQGKLCV YDVARQLCTA SALRAQLNLL GE DSIAGQL AQDSGYLYAV KNWSIRAYGR RRQQLEYTVE LEPEEVRLLQ AHNYQAYPPK NCL LLPSSG GSLLKATDCE EQRCLLNLPM ITASEDCPLP IPGVRYQLNL TLARGPGSEE HDHG VEPLG QWLLGAGESL NLTDLLPFTR YRVSGILSSF YQKKLALPTL VLAPLELLTA SATPS PPRN FSVRVLSPRE LEVSWLPPEQ LRSESVYYTL HWQQELDGEN VQDRREWEAH ERRLET AGT HRLTGIKPGS GYSLWVQAHA TPTKSNSSER LHVRSFAELP ELQLLELGPY SLSLTWA GT PDPLGSLQLE CRSSAEQLRR NVAGNHTKMV VEPLQPRTRY QCRLLLGYAA TPGAPLYH G TAEVYETLGD APSQPGKPQL EHIAEEVFRV TWTAARGNGA PIALYNLEAL QARSDINSG GSLEQLPWAE EPVVVEDQWL DFCNTTELSC IVKSLHSSRL LLFRVRARSL EHGWGPYSEE SERVAEPFV SHHHHHHWSH PQFEK

UniProtKB: Protein sevenless

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 4.6
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 51.8 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.07 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 55908
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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