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万見
- EMDB-44504: Cryo-EM structure of Bride of Sevenless extracellular domain (dim... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-44504
タイトルCryo-EM structure of Bride of Sevenless extracellular domain (dimer, Sevenless-bound form)
マップデータSharpened map
試料
  • 細胞器官・細胞要素: Bride of Sevenless extracellular domain
    • タンパク質・ペプチド: Protein bride of sevenless
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードbride of sevenless / boss / GPCR / G-protein coupled receptor / drosophila / eye development / vision / photoreceptor / glucose metabolism / SIGNALING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


R8 cell-mediated photoreceptor organization / rhabdomere microvillus membrane / sevenless binding / germ-line stem-cell niche homeostasis / R7 cell fate commitment / sevenless signaling pathway / adenylate cyclase inhibiting G protein-coupled glutamate receptor activity / lipid homeostasis / response to glucose / visual perception ...R8 cell-mediated photoreceptor organization / rhabdomere microvillus membrane / sevenless binding / germ-line stem-cell niche homeostasis / R7 cell fate commitment / sevenless signaling pathway / adenylate cyclase inhibiting G protein-coupled glutamate receptor activity / lipid homeostasis / response to glucose / visual perception / glucose homeostasis / receptor ligand activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Bride of sevenless protein / : / GPCR family 3, C-terminal / 7 transmembrane sweet-taste receptor of 3 GCPR
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein bride of sevenless
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.19 Å
データ登録者Cerutti G / Shapiro L
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
Other private 米国
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2024
タイトル: Structures and pH-dependent dimerization of the sevenless receptor tyrosine kinase.
著者: Gabriele Cerutti / Ronald Arias / Fabiana Bahna / Seetha Mannepalli / Phinikoula S Katsamba / Goran Ahlsen / Brian Kloss / Renato Bruni / Andrew Tomlinson / Lawrence Shapiro /
要旨: Sevenless (Sev) is a Drosophila receptor tyrosine kinase (RTK) required for the specification of the R7 photoreceptor. It is cleaved into α and β subunits and binds the ectodomain of the G-protein- ...Sevenless (Sev) is a Drosophila receptor tyrosine kinase (RTK) required for the specification of the R7 photoreceptor. It is cleaved into α and β subunits and binds the ectodomain of the G-protein-coupled receptor bride of sevenless (Boss). Previous work showed that the Boss ectodomain could bind but not activate Sev; rather, the whole seven-pass transmembrane Boss was required. Here, we show that Sev does not need to be cleaved to function and that a single-pass transmembrane form of Boss activates Sev. We use cryo-electron microscopy and biophysical methods to determine the structural basis of ligand binding and pH-dependent dimerization of Sev, and we discuss the implications in the process of Sev activation. The Sev human homolog, receptor oncogene from sarcoma 1 (ROS1), is associated with oncogenic transformations, and we discuss their structural similarities.
履歴
登録2024年4月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年1月29日-
マップ公開2025年1月29日-
更新2025年5月14日-
現状2025年5月14日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_44504.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_44504.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Sharpened map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 300 pix.
= 249. Å		0.83 Å/pix.
x 300 pix.
= 249. Å		0.83 Å/pix.
x 300 pix.
= 249. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.83 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.2
最小 - 最大-1.1805067 - 2.0801432
平均 (標準偏差)0.00007570057 (±0.033102408)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 249.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Unsharpened map

ファイルemd_44504_additional_1.map
注釈Unsharpened map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Density-modified map (deepEMhancer)

ファイルemd_44504_additional_2.map
注釈Density-modified map (deepEMhancer)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: C1 map resampled on the grid of the main map

ファイルemd_44504_additional_3.map
注釈C1 map resampled on the grid of the main map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_44504_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_44504_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Bride of Sevenless extracellular domain

全体名称: Bride of Sevenless extracellular domain
要素
  • 細胞器官・細胞要素: Bride of Sevenless extracellular domain
    • タンパク質・ペプチド: Protein bride of sevenless
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: Bride of Sevenless extracellular domain

超分子名称: Bride of Sevenless extracellular domain / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)

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分子 #1: Protein bride of sevenless

分子名称: Protein bride of sevenless / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
分子量理論値: 57.278723 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: CHGADLTSPT KKSAPLRITK PQPTSQQAKP ISITTRAPTT VASTTDDEVS SSVDGQLAPL ISSTTEGPSS GTTASLVPEI CLNGLQLTV NSADEGTVIR KQEEFVKILE GDVVLSVLTK DPDSALFVIN RVNQANLIMA DFEIGIRAIS IDNASLAENL L IQEVQFLQ ...文字列:
CHGADLTSPT KKSAPLRITK PQPTSQQAKP ISITTRAPTT VASTTDDEVS SSVDGQLAPL ISSTTEGPSS GTTASLVPEI CLNGLQLTV NSADEGTVIR KQEEFVKILE GDVVLSVLTK DPDSALFVIN RVNQANLIMA DFEIGIRAIS IDNASLAENL L IQEVQFLQ QCTTYSMGIF VDWELYKQLE SVIKDLEYNI WPIPGTRAHL FPKVAHLLHQ MPWGEKIASV EIATETLEMY NE FMEAARQ EHMCLMHFKS DDNVYIMFGN KLASHFKENG TLFSVPTDRT DDEFLADLPN RAFVLMENEI DLSTAVELDA TPT ALDEIL IGKSVLPSRV LSFAGSIIDL MNWLRGSLSK HCKRGEEHDL YVLESCFNFL NFIEDWRTSE YRQAHDTAEI LSLL LMRKL GTAMNFQMYQ KKVLTLDKIT GESRTELREI ASQNFVTNVT TYYHYNRDNH TSLELKTKFG QVFNCQYSAG DNRRY PFLF DGESVMFWRI KMDTWHHHHH H

UniProtKB: Protein bride of sevenless

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分子 #2: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 6 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 6.6
グリッド材質: GOLD
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 51.8 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

9bfq

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.19 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 187282
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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