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万見
- EMDB-44493: Tyrocidine synthetase modules 1 and 2 crosslinked in the condensa... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-44493
タイトルTyrocidine synthetase modules 1 and 2 crosslinked in the condensation state, complex A
マップデータFull map complex A
試料
  • 複合体: Complex of TycA and TycB module 1 crosslinked through the condensation domain
    • タンパク質・ペプチド: Tyrocidine synthase 1
    • タンパク質・ペプチド: Tyrocidine synthase 2
  • リガンド: (7S,10aR)-1-methyl-4-{4-[(5R)-1,1,5-trihydroxy-4,4-dimethyl-1,6,11-trioxo-2-oxa-7,10-diaza-1lambda~5~-phosphadodecan-12-yl]phenyl}-3,5,6,7,8,9,10,10a-octahydrocycloocta[d]pyridazin-7-yl [2-({N-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl]carbamate
  • リガンド: 5'-O-[(R)-hydroxy{[(2S)-pyrrolidin-2-ylcarbonyl]oxy}phosphoryl]adenosine
キーワードComplex / Crosslinked / NRPS / ISOMERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


phenylalanine racemase (ATP-hydrolysing) / phenylalanine racemase (ATP-hydrolyzing) activity / amino acid activation for nonribosomal peptide biosynthetic process / secondary metabolite biosynthetic process / ligase activity / phosphopantetheine binding / antibiotic biosynthetic process / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
AMP-binding / Non-ribosomal peptide synthase / Condensation domain / Condensation domain / Amino acid adenylation domain / AMP-binding enzyme C-terminal domain / AMP-binding enzyme, C-terminal domain / AMP-binding, conserved site / Chloramphenicol acetyltransferase-like domain superfamily / Putative AMP-binding domain signature. ...AMP-binding / Non-ribosomal peptide synthase / Condensation domain / Condensation domain / Amino acid adenylation domain / AMP-binding enzyme C-terminal domain / AMP-binding enzyme, C-terminal domain / AMP-binding, conserved site / Chloramphenicol acetyltransferase-like domain superfamily / Putative AMP-binding domain signature. / AMP-dependent synthetase/ligase / AMP-binding enzyme / Polyketide synthase, phosphopantetheine-binding domain / Phosphopantetheine attachment site / AMP-binding enzyme, C-terminal domain superfamily / Phosphopantetheine attachment site / Phosphopantetheine attachment site. / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Tyrocidine synthase 2 / Tyrocidine synthase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Brevibacillus parabrevis (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.97 Å
データ登録者Heberlig GW / Burkart MD
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM095970 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2025
タイトル: Crosslinking intermodular condensation in non-ribosomal peptide biosynthesis.
著者: Graham W Heberlig / James J La Clair / Michael D Burkart /
要旨: Non-ribosomal peptide synthetases are assembly line biosynthetic pathways that are used to produce critical therapeutic drugs and are typically arranged as large multi-domain proteins called ...Non-ribosomal peptide synthetases are assembly line biosynthetic pathways that are used to produce critical therapeutic drugs and are typically arranged as large multi-domain proteins called megasynthetases. They synthesize polypeptides using peptidyl carrier proteins that shuttle each amino acid through modular loading, modification and elongation steps, and remain challenging to structurally characterize, owing in part to the inherent dynamics of their multi-domain and multi-modular architectures. Here we have developed site-selective crosslinking probes to conformationally constrain and resolve the interactions between carrier proteins and their partner enzymatic domains. We apply tetrazine click chemistry to trap the condensation of two carrier protein substrates within the active site of the condensation domain that unites the first two modules of tyrocidine biosynthesis and report the high-resolution cryo-EM structure of this complex. Together with the X-ray crystal structure of the first carrier protein crosslinked to its epimerization domain, these structures highlight captured intermodular recognition events and define the processive movement of a carrier protein from one catalytic step to the next. Characterization of these structural relationships remains central to understanding the molecular details of these unique synthetases and critically informs future synthetic biology design of these pathways.
履歴
登録2024年4月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年10月9日-
マップ公開2024年10月9日-
更新2025年2月19日-
現状2025年2月19日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_44493.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_44493.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 83.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Full map complex A
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸X (Sec.)Y (Row.)Z (Col.)
0.94 Å/pix.
x 280 pix.
= 261.8 Å		0.94 Å/pix.
x 280 pix.
= 261.8 Å		0.94 Å/pix.
x 280 pix.
= 261.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.935 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.1
最小 - 最大-0.4828116 - 0.8860652
平均 (標準偏差)0.00033639063 (±0.019909741)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin000
サイズ280280280
Spacing280280280
セルA=B=C: 261.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_44493_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: DeepEMhanced complex A

ファイルemd_44493_additional_1.map
注釈DeepEMhanced complex A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half A, complex A

ファイルemd_44493_half_map_1.map
注釈Half A, complex A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half B, complex B

ファイルemd_44493_half_map_2.map
注釈Half B, complex B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Complex of TycA and TycB module 1 crosslinked through the condens...

全体名称: Complex of TycA and TycB module 1 crosslinked through the condensation domain
要素
  • 複合体: Complex of TycA and TycB module 1 crosslinked through the condensation domain
    • タンパク質・ペプチド: Tyrocidine synthase 1
    • タンパク質・ペプチド: Tyrocidine synthase 2
  • リガンド: (7S,10aR)-1-methyl-4-{4-[(5R)-1,1,5-trihydroxy-4,4-dimethyl-1,6,11-trioxo-2-oxa-7,10-diaza-1lambda~5~-phosphadodecan-12-yl]phenyl}-3,5,6,7,8,9,10,10a-octahydrocycloocta[d]pyridazin-7-yl [2-({N-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl]carbamate
  • リガンド: 5'-O-[(R)-hydroxy{[(2S)-pyrrolidin-2-ylcarbonyl]oxy}phosphoryl]adenosine

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超分子 #1: Complex of TycA and TycB module 1 crosslinked through the condens...

超分子名称: Complex of TycA and TycB module 1 crosslinked through the condensation domain
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Brevibacillus parabrevis (バクテリア)

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分子 #1: Tyrocidine synthase 1

分子名称: Tyrocidine synthase 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: phenylalanine racemase (ATP-hydrolysing)
由来(天然)生物種: Brevibacillus parabrevis (バクテリア)
分子量理論値: 124.062922 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MVANQANLID NKRELEQHAL VPYAQGKSIH QLFEEQAEAF PDRVAIVFEN RRLSYQELNR KANQLARALL EKGVQTDSIV GVMMEKSIE NVIAILAVLK AGGAYVPIDI EYPRDRIQYI LQDSQTKIVL TQKSVSQLVH DVGYSGEVVV LDEEQLDARE T ANLHQPSK ...文字列:
MVANQANLID NKRELEQHAL VPYAQGKSIH QLFEEQAEAF PDRVAIVFEN RRLSYQELNR KANQLARALL EKGVQTDSIV GVMMEKSIE NVIAILAVLK AGGAYVPIDI EYPRDRIQYI LQDSQTKIVL TQKSVSQLVH DVGYSGEVVV LDEEQLDARE T ANLHQPSK PTDLAYVIYT SGTTGKPKGT MLEHKGIANL QSFFQNSFGV TEQDRIGLFA SMSFDASVWE MFMALLSGAS LY ILSKQTI HDFAAFEHYL SENELTIITL PPTYLTHLTP ERITSLRIMI TAGSASSAPL VNKWKDKLRY INAYGPTETS ICA TIWEAP SNQLSVQSVP IGKPIQNTHI YIVNEDLQLL PTGSEGELCI GGVGLARGYW NRPDLTAEKF VDNPFVPGEK MYRT GDLAK WLTDGTIEFL GRIDHQVKIR GHRIELGEIE SVLLAHEHIT EAVVIAREDQ HAGQYLCAYY ISQQEATPAQ LRDYA AQKL PAYMLPSYFV KLDKMPLTPN DKIDRKALPE PDLTANQSQA AYHPPRTETE SILVSIWQNV LGIEKIGIRD NFYSLG GDS IQAIQVVARL HSYQLKLETK DLLNYPTIEQ VALFVKSTTR KSDQGIIAGN VPLTPIQKWF FGKNFTNTGH WNQSSVL YR PEGFDPKVIQ SVMDKIIEHH DALRMVYQHE NGNVVQHNRG LGGQLYDFFS YNLTAQPDVQ QAIEAETQRL HSSMNLQE G PLVKVALFQT LHGDHLFLAI HHLVVDGISW RILFEDLATG YAQALAGQAI SLPEKTDSFQ SWSQWLQEYA NEADLLSEI PYWESLESQA KNVSLPKDYE VTDCKQKSVR NMRIRLHPEE TEQLLKHANQ AYQTEINDLL LAALGLAFAE WSKLAQIVIH LEGHGREDI IEQANVARTV GWFTSQYPVL LDLKQTAPLS DYIKLTKENM RKIPRKGIGY DILKHVTLPE NRGSLSFRVQ P EVTFNYLG QFDADMRTEL FTRSPYSGGN TLGADGKNNL SPESEVYTAL NITGLIEGGE LVLTFSYSSE QYREESIQQL SQ SYQKHLL AIIAHCTEKK EVERTPSDFS VKGLQMEEMD DIFELLANRL RGSRSHHHHH H

UniProtKB: Tyrocidine synthase 1

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分子 #2: Tyrocidine synthase 2

分子名称: Tyrocidine synthase 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: phenylalanine racemase (ATP-hydrolysing)
由来(天然)生物種: Brevibacillus parabrevis (バクテリア)
分子量理論値: 119.775961 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MGVFSKEQVQ DMYALTPMQE GMLFHALLDQ EHNSHLVQMS ISLQGDLDVG LFTDSLHVLV ERYDVFRTLF LYEKLKQPLQ VVLKQRPIP IEFYDLSACD ESEKQLRYTQ YKRADQERTF HLAKDPLMRV ALFQMSQHDY QVIWSFHHIL MDGWCFSIIF D DLLAIYLS ...文字列:
MGVFSKEQVQ DMYALTPMQE GMLFHALLDQ EHNSHLVQMS ISLQGDLDVG LFTDSLHVLV ERYDVFRTLF LYEKLKQPLQ VVLKQRPIP IEFYDLSACD ESEKQLRYTQ YKRADQERTF HLAKDPLMRV ALFQMSQHDY QVIWSFHHIL MDGWCFSIIF D DLLAIYLS LQNKTALSLE PVQPYSRFIN WLEKQNKQAA LNYWSDYLEA YEQKTTLPKK EAAFAKAFQP TQYRFSLNRT LT KQLGTIA SQNQVTLSTV IQTIWGVLLQ KYNAAHDVLF GSVVSGRPTD IVGIDKMVGL FINTIPFRVQ AKAGQTFSEL LQA VHKRTL QSQPYEHVPL YDIQTQSVLK QELIDHLLVI ENYPLVEALQ KKALNQQIGF TITAVEMFEP TNYDLTVMVM PKEE LAFRF DYNAALFDEQ VVQKLAGHLQ QIADCVANNS GVELCQIPLL TEAETSQLLA KRTETAADYP AATMHELFSR QAEKT PEQV AVVFADQHLT YRELDEKSNQ LARFLRKKGI GTGSLVGTLL DRSLDMIVGI LGVLKAGGAF VPIDPELPAE RIAYML THS RVPLVVTQNH LRAKVTTPTE TIDINTAVIG EESRAPIESL NQPHDLFYII YTSGTTGQPK GVMLEHRNMA NLMHFTF DQ TNIAFHEKVL QYTTCSFDVC YQEIFSTLLS GGQLYLITNE LRRHVEKLFA FIQEKQISIL SLPVSFLKFI FNEQDYAQ S FPRCVKHIIT AGEQLVVTHE LQKYLRQHRV FLHNHYGPSE THVVTTCTMD PGQAIPELPP IGKPISNTGI YILDEGLQL KPEGIVGELY ISGANVGRGY LHQPELTAEK FLDNPYQPGE RMYRTGDLAR WLPDGQLEFL GRIDHQVKIR GHRIELGEIE SRLLNHPAI KEAVVIDRAD ETGGKFLCAY VVLQKALSDE EMRAYLAQAL PEYMIPSFFV TLERIPVTPN GKTDRRALPK P EGSAKTKA DYVAPTTELE QKLVAIWEQI LGVSPIGIQD HFFTLGGHSL KAIQLISRIQ KECQADVPLR VLFEQPTIQA LA AYVELEH HHHHH

UniProtKB: Tyrocidine synthase 2

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分子 #3: (7S,10aR)-1-methyl-4-{4-[(5R)-1,1,5-trihydroxy-4,4-dimethyl-1,6,1...

分子名称: (7S,10aR)-1-methyl-4-{4-[(5R)-1,1,5-trihydroxy-4,4-dimethyl-1,6,11-trioxo-2-oxa-7,10-diaza-1lambda~5~-phosphadodecan-12-yl]phenyl}-3,5,6,7,8,9,10,10a-octahydrocycloocta[d]pyridazin-7-yl [2- ...名称: (7S,10aR)-1-methyl-4-{4-[(5R)-1,1,5-trihydroxy-4,4-dimethyl-1,6,11-trioxo-2-oxa-7,10-diaza-1lambda~5~-phosphadodecan-12-yl]phenyl}-3,5,6,7,8,9,10,10a-octahydrocycloocta[d]pyridazin-7-yl [2-({N-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl]carbamate
タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: A1AN1
分子量理論値: 947.902 Da

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分子 #4: 5'-O-[(R)-hydroxy{[(2S)-pyrrolidin-2-ylcarbonyl]oxy}phosphoryl]ad...

分子名称: 5'-O-[(R)-hydroxy{[(2S)-pyrrolidin-2-ylcarbonyl]oxy}phosphoryl]adenosine
タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: PR8
分子量理論値: 444.336 Da
Chemical component information

ChemComp-PR8:
5'-O-[(R)-hydroxy{[(2S)-pyrrolidin-2-ylcarbonyl]oxy}phosphoryl]adenosine / プロリルアデニル酸

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.35 mg/mL
緩衝液pH: 7.3
構成要素:
濃度名称式
50.0 mM4-(2-hydroxyethyl)-1-piperazineethanesulfonic acid
150.0 mMSodium chlorideNaCl
8.0 mMAdenosine triphosphate
10.0 mMMagnesium chlorideMgCl2
2.0 mML-Proline
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 278 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: TFS Selectris X
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 55.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 130000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.97 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 329779
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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