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万見
- EMDB-44489: Cryo-EM Structure of GCN2 HRSL Domain -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-44489
タイトルCryo-EM Structure of GCN2 HRSL Domain
マップデータ
試料
  • 複合体: GCN2 HRSL Domain
    • タンパク質・ペプチド: non-specific serine/threonine protein kinase
キーワードKinase / Homodimer / Regulatory Domain / SIGNALING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of cytoplasmic translational initiation in response to stress / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / DNA damage checkpoint signaling / non-specific serine/threonine protein kinase / ATP binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
eIF-2-alpha kinase Gcn2 / Histidyl tRNA synthetase-related domain / Anticodon binding domain of tRNAs / RWD domain / RWD domain profile. / RWD / RWD domain / Class II Histidinyl-tRNA synthetase (HisRS)-like catalytic core domain / Histidyl-tRNA synthetase / : ...eIF-2-alpha kinase Gcn2 / Histidyl tRNA synthetase-related domain / Anticodon binding domain of tRNAs / RWD domain / RWD domain profile. / RWD / RWD domain / Class II Histidinyl-tRNA synthetase (HisRS)-like catalytic core domain / Histidyl-tRNA synthetase / : / Anticodon-binding domain superfamily / Ubiquitin-conjugating enzyme/RWD-like / Class II Aminoacyl-tRNA synthetase/Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL) / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
eIF-2-alpha kinase GCN2
類似検索 - 構成要素
生物種Kluyveromyces marxianus (酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.18 Å
データ登録者Solorio-Kirpichyan KM / Golovenko D / Xiao F / Yan N / Korostelev AA / Korennykh AV
資金援助 米国, フランス, 6件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1R01GM110161-01 米国
Burroughs Wellcome FundAWD1004002 米国
The Vallee Foundation Inc.1013579 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)5T32GM007388 米国
Human Frontier Science Program (HFSP)LT000754 フランス
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35 GM127094 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM Structure of GCN2 HisRS-Like Domain
著者: Solorio-Kirpichyan KM / Golovenko D / Xiao F / Yan N / Korostelev AA / Korennykh AV
履歴
登録2024年4月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年12月18日-
マップ公開2024年12月18日-
更新2025年5月14日-
現状2025年5月14日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_44489.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_44489.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.04 Å/pix.
x 200 pix.
= 208. Å		1.04 Å/pix.
x 200 pix.
= 208. Å		1.04 Å/pix.
x 200 pix.
= 208. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.04 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.111
最小 - 最大-0.16984165 - 0.45297754
平均 (標準偏差)0.004280999 (±0.017557615)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ200200200
Spacing200200200
セルA=B=C: 208.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_44489_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_44489_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : GCN2 HRSL Domain

全体名称: GCN2 HRSL Domain
要素
  • 複合体: GCN2 HRSL Domain
    • タンパク質・ペプチド: non-specific serine/threonine protein kinase

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超分子 #1: GCN2 HRSL Domain

超分子名称: GCN2 HRSL Domain / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Kluyveromyces marxianus (酵母)
分子量理論値: 116 KDa

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分子 #1: non-specific serine/threonine protein kinase

分子名称: non-specific serine/threonine protein kinase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: Sequences for unresolved loops were deleted / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: non-specific serine/threonine protein kinase
由来(天然)生物種: Kluyveromyces marxianus (酵母)
分子量理論値: 190.970547 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
配列文字列: MSMSNLTLEQ YYEIQKLEME AIQSIYMDDF TDLTKRHSSW DKHPQIIFEV RLRSQESKPA ESSLDLHVVL PSTYPHASPQ ITFKHVVNV PDGQLNKVRK DIKEIHQRAK GQEIIYEIII AVQEILEDSQ KRVVTDSLED QRLQRIKDEE ERMKREEEQK L KQREKQKM ...文字列:
MSMSNLTLEQ YYEIQKLEME AIQSIYMDDF TDLTKRHSSW DKHPQIIFEV RLRSQESKPA ESSLDLHVVL PSTYPHASPQ ITFKHVVNV PDGQLNKVRK DIKEIHQRAK GQEIIYEIII AVQEILEDSQ KRVVTDSLED QRLQRIKDEE ERMKREEEQK L KQREKQKM QEQQYIDELF QKELAKRLDD DVADDNDKEI DLLPPPELTA SGQAFIFPRP ITAKLPNNSH YKFRAVIQPQ PI TLCDDPL SFANQMLVKP YIPAESPLYN VLKSSDKLDS IQYLLSEIIL DNPYFNTSNG KKEIALLEKD LESVLQVTHD NVC SLYAFH VERVGKNSAT FQWKIRLLTE YSQFNSLNDV VTSVGFVNLY TARGWILRLL EGLENLHKHG IAHKLIDMHT VQLT KDTDF GTTLPKFIHP SYGYSILSMI CRYPNKHGVK LEFPESKWTA PELIKFKGSK PQRKTDIWQL AVLFIVIITG VDTTL NYRS PGDFLESVEM DEALYDFLRK MLNPEPKQRL TPLELLPMKF LRTNIDPSWN KLNLYPDTSH SSRLLSNVAS SSGTQV LHS RTTSRASTDG GRRRSFNIGS RFSSLTSTSR SRYATDFEEI AVLGKGAYGQ VVKARNALDS RYYAIKKIRH SEEKLST IL SEVMLLASLN HRYVVRYYAA WLEEENSYTD SNAIDSDDDS STGSDLESDL DSDITRSSDG LSSRNRSLAH LNSNNWDF I SNSFQGSYPE IVFGNSSDED IEDGCDVSAS VDEKAGADST MDETEEKDNV TDMKFNKIKR QNGRFGSQKS SLKSTLFIQ MEYCENRTLY DLIHTESLNN QREEYWRLFR QILEALSYIH SQGIIHRDLK PMNIFIDESR NIKIGDFGLA KNVQKPQESL GRDSFASAG SSGDLTSAIG TALYVASEII TSHGNYNEKV DMYSLGVIFF EMIYPFDTGM ERVDVLKKLR SVDVEFPSDF D EKKLPTEK KIIRLLLDHD PTKRPSASAL LRSGWVPVKN QDELIKEALK NISDPSSPWQ QQVRESLFSQ PYHLSNDILF DL SRTDTTP FLQLLRAQMM DEVTKIFRRH GAIENNEPPM IFPKAPIYST QNVYEVLDRG GSVLQLQYDL TYPMARYLSK NPN TTSKQY RMQYVFRPSE SNHSSTEPRK FGEVDFDIIS NTTTDSAVHD AECLKVVDEI VSAFPVFTKT NVTLVLNHSD ILDG VFDFC NIDKAQRSLV SHMLSQLGFG KTFKDLKADL KTQLNISSTA LNDLELFDFK SDLDTAKKRL EKHLVDSPYL KRVEE ALVY ISKVVDYFKP LGVTRNVVIA PLSNYNNGFY KGGLMFQSVF DSGRSRSLIS AGGRYDNLIS LIARPSGGKL NHIQKA VGF NLAWETMFLI VKNYFKLAGG RSTKKISKGL KLTNSEWKPK RCEVLISSFS NSLLNTIGIE VISKLWKAGI SADIVRD CF SVEDVITAAQ KDGVDWIVLI KQQNYSISNN KRRYKPFKVK NLSSNLDSDM DFEEFLLTYE DSFSKDSTND SMNKEDYF N EYDDRNRWDD NSSQERSQDG ETDNLSSNGP QKVIYIPNPA TRAKGKPSKK DKWVYEESAR NASKQLIHSL SSVPIFAVD AIRDETLEII SITSLAQKDE WLRKVFGSAA NSAPRSFATS IYNNLSKEAA KGGRWAIVHC NKTGKSCVVD LQR

UniProtKB: eIF-2-alpha kinase GCN2

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度8 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
350.0 mMNaClsodium chloride
20.0 mMC4H11NO3Tris
2.0 mMMgCl2magnesium chloride
5.0 mMC4H10O2S2DTT
0.1 %Triton-x 100
1.0 %C3H8O3Glycerol
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 25 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER / 前処理 - 気圧: 0.038 kPa
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 9048 / 平均露光時間: 5.9 sec. / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1697401
CTF補正タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.18 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4.1) / 使用した粒子像数: 215101
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4.1)
最終 3次元分類クラス数: 6 / 平均メンバー数/クラス: 185957 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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