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- EMDB-44452: Influenza A virus Hemagglutinin H3/Darwin/6/2021 in complex with ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-44452
タイトルInfluenza A virus Hemagglutinin H3/Darwin/6/2021 in complex with Fab ADI-85647
マップデータdeepEMhancer sharpened map
試料
  • 複合体: Influenza A virus Hemagglutinin H3/Darwin/6/2021 in complex with Fab ADI-85647
    • タンパク質・ペプチド: Hemagglutinin
    • タンパク質・ペプチド: Fab ADI-85647 Heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: Ig-like domain-containing protein
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードHemagglutinin / Influenza A / Antibody / Fab / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能
: / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype ...: / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Hemagglutinin / Ig-like domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.01 Å
データ登録者Ferreira Ramos AS / Bajic G
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)75N93019C00051 米国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2025
タイトル: Conserved sites on the influenza H1 and H3 hemagglutinin recognized by human antibodies.
著者: Daniel P Maurer / Mya Vu / Ana Sofia Ferreira Ramos / Haley L Dugan / Paul Khalife / James C Geoghegan / Laura M Walker / Goran Bajic / Aaron G Schmidt /
要旨: Monoclonal antibodies (mAbs) targeting the influenza hemagglutinin (HA) can be used as prophylactics or templates for next-generation vaccines. Here, we isolated broad, subtype-neutralizing mAbs from ...Monoclonal antibodies (mAbs) targeting the influenza hemagglutinin (HA) can be used as prophylactics or templates for next-generation vaccines. Here, we isolated broad, subtype-neutralizing mAbs from human B cells recognizing the H1 or H3 HA "head" and a mAb engaging the conserved stem. The H1 mAbs bind the lateral patch epitope on HAs from 1933 to 2021 and a prepandemic swine H1N1 virus. We improved neutralization potency using directed evolution toward a contemporary H1 HA. Deep mutational scanning of four antigenically distinct H1N1 viruses identified potential viral escape pathways. For the H3 mAbs, we used cryo-electron microscopy to define their epitopes: One mAb binds the side of the HA head, accommodating the N133 glycan and a pocket underneath the receptor binding site; the other mAb recognizes an HA stem epitope that partially overlaps with previously characterized mAbs but with distinct antibody variable genes. Collectively, these mAbs identify conserved sites recognized by broadly-reactive mAbs that may be elicited by next-generation vaccines.
履歴
登録2024年4月11日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年11月13日-
マップ公開2024年11月13日-
更新2025年5月28日-
現状2025年5月28日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_44452.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_44452.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈deepEMhancer sharpened map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 400 pix.
= 330. Å		0.83 Å/pix.
x 400 pix.
= 330. Å		0.83 Å/pix.
x 400 pix.
= 330. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.825 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.1
最小 - 最大-0.0018332134 - 1.6860164
平均 (標準偏差)0.0013224204 (±0.026118843)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 330.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: unsharpened map

ファイルemd_44452_additional_1.map
注釈unsharpened map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: cryoSPARC sharpened map

ファイルemd_44452_additional_2.map
注釈cryoSPARC sharpened map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half-map 1

ファイルemd_44452_half_map_1.map
注釈half-map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half-map 2

ファイルemd_44452_half_map_2.map
注釈half-map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Influenza A virus Hemagglutinin H3/Darwin/6/2021 in complex with ...

全体名称: Influenza A virus Hemagglutinin H3/Darwin/6/2021 in complex with Fab ADI-85647
要素
  • 複合体: Influenza A virus Hemagglutinin H3/Darwin/6/2021 in complex with Fab ADI-85647
    • タンパク質・ペプチド: Hemagglutinin
    • タンパク質・ペプチド: Fab ADI-85647 Heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: Ig-like domain-containing protein
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: Influenza A virus Hemagglutinin H3/Darwin/6/2021 in complex with ...

超分子名称: Influenza A virus Hemagglutinin H3/Darwin/6/2021 in complex with Fab ADI-85647
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 350 KDa

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分子 #1: Hemagglutinin

分子名称: Hemagglutinin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
分子量理論値: 57.485398 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: QKIPGNDNST ATLCLGHHAV PNGTIVKTIT NDRIEVTNAT ELVQNSSIGE ICGSPHQILD GGNCTLIDAL LGDPQCDGFQ NKEWDLFVE RSRANSNCYP YDVPDYASLR SLVASSGTLE FKNESFNWTG VKQNGTSSAC IRGSSSSFFS RLNWLTSLNN I YPAQNVTM ...文字列:
QKIPGNDNST ATLCLGHHAV PNGTIVKTIT NDRIEVTNAT ELVQNSSIGE ICGSPHQILD GGNCTLIDAL LGDPQCDGFQ NKEWDLFVE RSRANSNCYP YDVPDYASLR SLVASSGTLE FKNESFNWTG VKQNGTSSAC IRGSSSSFFS RLNWLTSLNN I YPAQNVTM PNKEQFDKLY IWGVHHPDTD KNQISLFAQS SGRITVSTKR SQQAVIPNIG SRPRIRDIPS RISIYWTIVK PG DILLINS TGNLIAPRGY FKIRSGKSSI MRSDAPIGKC KSECITPNGS IPNDKPFQNV NRITYGACPR YVKQSTLKLA TGM RNVPEK QTRGIFGAIA GFIENGWEGM VDGWYGFRWQ NSEGRGQAAD LKSTQAAIDQ INGILNRLIG KTNEKFHQIE KEFS EVEGR VQDLEKYVED TKIDLWSYNA ELLVALINQH TIDLTDSEMN KLFEKTKKQL RENAEDMGNG CFKIYHKCDN ACIGS IRNE TYDHNVYRDE ALNNRFQIKG AGSSLEVLFQ

UniProtKB: Hemagglutinin

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分子 #2: Fab ADI-85647 Heavy chain

分子名称: Fab ADI-85647 Heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 25.631689 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: EVQLVESGGG LVQPGRSLRL SCAASGFTFH NYAMHWVRQA PGKGLDWVTG ITWNSVNVDY ADSVKGRFTI SRDNAKNSLY LQMNSLRAE DTALYYCVKG QVWSGYYLTH DAFDLWGQGT TVTVSGASTK GPSVFPLAPS SKSTSGGTAA LGCLVKDYFP E PVTVSWNS ...文字列:
EVQLVESGGG LVQPGRSLRL SCAASGFTFH NYAMHWVRQA PGKGLDWVTG ITWNSVNVDY ADSVKGRFTI SRDNAKNSLY LQMNSLRAE DTALYYCVKG QVWSGYYLTH DAFDLWGQGT TVTVSGASTK GPSVFPLAPS SKSTSGGTAA LGCLVKDYFP E PVTVSWNS GALTSGVHTF PAVLQSSGLY SLSSVVTVPS SSLGTQTYIC NVNHKPSNTK VDKRVEPKSC DKGSSLEVLF Q

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分子 #3: Ig-like domain-containing protein

分子名称: Ig-like domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.241902 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: DIVMTQSPPS LSATVGDRVT ITCRASQSIS NYLNWYQQKP GKAPKLLISG ASSLQLGVPS RFSGSESGTD FTLTISSLQP EDCATYYCQ QGYIMPGTFG QGTKVDIKRT VAAPSVFIFP PSDEQLKSGT ASVVCLLNNF YPREAKVQWK VDNALQSGNS Q ESVTEQDS ...文字列:
DIVMTQSPPS LSATVGDRVT ITCRASQSIS NYLNWYQQKP GKAPKLLISG ASSLQLGVPS RFSGSESGTD FTLTISSLQP EDCATYYCQ QGYIMPGTFG QGTKVDIKRT VAAPSVFIFP PSDEQLKSGT ASVVCLLNNF YPREAKVQWK VDNALQSGNS Q ESVTEQDS KDSTYSLSST LTLSKADYEK HKVYACEVTH QGLSSPVTKS FNRGEC

UniProtKB: Ig-like domain-containing protein

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分子 #9: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 7 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R0.6/1 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 2 / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER / 詳細: Solarus plasma cleaner machine (Gatan)
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 80 % / チャンバー内温度: 20 K / 装置: LEICA EM GP

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 52.44 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.01 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v4.3.1) / 使用した粒子像数: 315433
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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