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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-44438 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of Thermococcus kodakarensis FttA-dependent transcription pre-termination complex containing 44 nt RNA | |||||||||
マップデータ | composite map | |||||||||
試料 |
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キーワード | RNA polymerase / pre-termination complex / FttA / archaea / TRANSCRIPTION | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 exonuclease activity / transcription elongation-coupled chromatin remodeling / translation elongation factor activity / DNA-directed RNA polymerase complex / RNA endonuclease activity / regulation of DNA-templated transcription elongation / DNA-templated transcription initiation / DNA-templated transcription termination / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity ...exonuclease activity / transcription elongation-coupled chromatin remodeling / translation elongation factor activity / DNA-directed RNA polymerase complex / RNA endonuclease activity / regulation of DNA-templated transcription elongation / DNA-templated transcription initiation / DNA-templated transcription termination / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / chromosome / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / protein dimerization activity / DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / regulation of DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Thermococcus kodakarensis (古細菌) / synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.5 Å | |||||||||
データ登録者 | You L / Ebright RH | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Structural basis of archaeal FttA-dependent transcription termination 著者: You L / Ebright RH | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_44438.map.gz | 116.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-44438-v30.xml emd-44438.xml | 29.9 KB 29.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_44438_fsc.xml | 13.2 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_44438.png | 152 KB | ||
Filedesc metadata | emd-44438.cif.gz | 9.4 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-44438 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-44438 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 9bctMC 9bcuC C: 同じ文献を引用 (文献) M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_44438.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | composite map | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.825 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-試料の構成要素
+全体 : FttA-dependent transcription termination complex
+超分子 #1: FttA-dependent transcription termination complex
+分子 #1: DNA-directed RNA polymerase subunit A'
+分子 #2: DNA-directed RNA polymerase subunit B
+分子 #3: DNA-directed RNA polymerase subunit A"
+分子 #4: DNA-directed RNA polymerase subunit D
+分子 #5: DNA-directed RNA polymerase subunit E
+分子 #6: DNA-directed RNA polymerase subunit F
+分子 #7: DNA-directed RNA polymerase subunit H
+分子 #8: DNA-directed RNA polymerase subunit K
+分子 #9: DNA-directed RNA polymerase subunit L
+分子 #10: DNA-directed RNA polymerase subunit N
+分子 #11: DNA-directed RNA polymerase subunit P
+分子 #12: Transcription elongation factor Spt5
+分子 #13: Transcription elongation factor Spt4
+分子 #14: Transcription termination factor FttA
+分子 #15: non-template strand DNA
+分子 #16: template strand DNA
+分子 #17: RNA
+分子 #18: MAGNESIUM ION
+分子 #19: ZINC ION
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 4.5 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 |
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 300 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.2 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 105000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT |
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得られたモデル | PDB-9bct: |