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- EMDB-44419: Structure of Clostridioides difficile Component A (50-463) in Com... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-44419
タイトルStructure of Clostridioides difficile Component A (50-463) in Complex with a CDTb Oligomer
マップデータ
試料
  • 複合体: Clostridioides difficile Transferase component A in complex with Clostridioides difficile Transferase component B
    • タンパク質・ペプチド: ADP-ribosyltransferase binding component
    • タンパク質・ペプチド: ADP-ribosyltransferase enzymatic component
  • リガンド: CALCIUM ION
キーワードClostridioides / difficile / toxin / CDT / TRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの / protein homooligomerization / transferase activity / nucleotide binding / extracellular region / metal ion binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Binary exotoxin A, clostridial type / ADP ribosyltransferase / ADP-ribosyltransferase exoenzyme / Bacterial exotoxin B / Protective antigen, heptamerisation domain / Protective antigen, Ca-binding domain / Clostridial binary toxin B/anthrax toxin PA, domain 3 / Protective antigen, heptamerisation domain superfamily / Clostridial binary toxin B/anthrax toxin PA Ca-binding domain / Clostridial binary toxin B/anthrax toxin PA domain 2 ...Binary exotoxin A, clostridial type / ADP ribosyltransferase / ADP-ribosyltransferase exoenzyme / Bacterial exotoxin B / Protective antigen, heptamerisation domain / Protective antigen, Ca-binding domain / Clostridial binary toxin B/anthrax toxin PA, domain 3 / Protective antigen, heptamerisation domain superfamily / Clostridial binary toxin B/anthrax toxin PA Ca-binding domain / Clostridial binary toxin B/anthrax toxin PA domain 2 / Clostridial binary toxin B/anthrax toxin PA domain 3 / Toxin-related mono-ADP-ribosyltransferase (TR mART) core domain profile. / PA14 domain / PA14 / PA14 domain
類似検索 - ドメイン・相同性
ADP-ribosyltransferase binding component / ADP-ribosyltransferase enzymatic component
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridioides difficile (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Sheedlo MJ / Mullard RM
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R00AI154672 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of Clostridioides difficile Component A (50-463) in Complex with a CDTb Oligomer
著者: Sheedlo MJ / Mullard RM
履歴
登録2024年4月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年11月27日-
マップ公開2024年11月27日-
更新2025年5月21日-
現状2025年5月21日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_44419.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_44419.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 149.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.65 Å/pix.
x 340 pix.
= 221. Å		0.65 Å/pix.
x 340 pix.
= 221. Å		0.65 Å/pix.
x 340 pix.
= 221. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.65 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.25
最小 - 最大-1.0540575 - 1.7252381
平均 (標準偏差)0.0055412534 (±0.06410685)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ340340340
Spacing340340340
セルA=B=C: 220.99998 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_44419_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_44419_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Clostridioides difficile Transferase component A in complex with ...

全体名称: Clostridioides difficile Transferase component A in complex with Clostridioides difficile Transferase component B
要素
  • 複合体: Clostridioides difficile Transferase component A in complex with Clostridioides difficile Transferase component B
    • タンパク質・ペプチド: ADP-ribosyltransferase binding component
    • タンパク質・ペプチド: ADP-ribosyltransferase enzymatic component
  • リガンド: CALCIUM ION

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超分子 #1: Clostridioides difficile Transferase component A in complex with ...

超分子名称: Clostridioides difficile Transferase component A in complex with Clostridioides difficile Transferase component B
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Clostridioides difficile (バクテリア)

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分子 #1: ADP-ribosyltransferase binding component

分子名称: ADP-ribosyltransferase binding component / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 7 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Clostridioides difficile (バクテリア)
分子量理論値: 94.289367 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MEIVNEDILP NNGLMGYYFT DEHFKDLKLM APIKDGNLKF EEKKVDKLLD KDKSDVKSIR WTGRIIPSKD GEYTLSTDRD DVLMQVNTE STISNTLKVN MKKGKEYKVR IELQDKNLGS IDNLSSPNLY WELDGMKKII PEENLFLRDY SNIEKDDPFI P NNNFFDPK ...文字列:
MEIVNEDILP NNGLMGYYFT DEHFKDLKLM APIKDGNLKF EEKKVDKLLD KDKSDVKSIR WTGRIIPSKD GEYTLSTDRD DVLMQVNTE STISNTLKVN MKKGKEYKVR IELQDKNLGS IDNLSSPNLY WELDGMKKII PEENLFLRDY SNIEKDDPFI P NNNFFDPK LMSDWEDEDL DTDNDNIPDS YERNGYTIKD LIAVKWEDSF AEQGYKKYVS NYLESNTAGD PYTDYEKASG SF DKAIKTE ARDPLVAAYP IVGVGMEKLI ISTNEHASTD QGKTVSRATT NSKTESNTAG VSVNVGYQNG FTANVTTNYS HTT DNSTAV QDSNGESWNT GLSINKGESA YINANVRYYN TGTAPMYKVT PTTNLVLDGD TLSTIKAQEN QIGNNLSPGD TYPK KGLSP LALNTMDQFS SRLIPINYDQ LKKLDAGKQI KLETTQVSGN FGTKNSSGQI VTEGNSWSDY ISQIDSISAS IILDT ENES YERRVTAKNL QDPEDKTPEL TIGEAIEKAF GATKKDGLLY FNDIPIDESC VELIFDDNTA NKIKDSLKTL SDKKIY NVK LERGMNILIK TPTYFTNFDD YNNYPSTWSN VNTTNQDGLQ GSANKLNGET KIKIPMSELK PYKRYVFSGY SKDPLTS NS IIVKIKAKEE KTDYLVPEQG YTKFSYEFET TEKDSSNIEI TLIGSGTTYL DNLSITELNS TPEILDEPEV KIPTDQEI M DAHKIYFADL NFNPSTGNTY INGMYFAPTQ TNKEALDYIQ KYRVEATLQY SGFKDIGTKD KEMRNYLGDP NQPKTNYVN LRSYFTGGEN IMTYKKLRIY AITPDDRELL VLSVD

UniProtKB: ADP-ribosyltransferase binding component

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分子 #2: ADP-ribosyltransferase enzymatic component

分子名称: ADP-ribosyltransferase enzymatic component / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Clostridioides difficile (バクテリア)
分子量理論値: 47.626613 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: KAPIERPEDF LKDKEKAKEW ERKEAERIEQ KLERSEKEAL ESYKKDSVEI SKYSQTRNYF YDYQIEANSR EKEYKELRNA ISKNKIDKP MYVYYFESPE KFAFNKVIRT ENQNEISLEK FNEFKETIQN KLFKQDGFKD ISLYEPGKGD EKPTPLLMHL K LPRNTGML ...文字列:
KAPIERPEDF LKDKEKAKEW ERKEAERIEQ KLERSEKEAL ESYKKDSVEI SKYSQTRNYF YDYQIEANSR EKEYKELRNA ISKNKIDKP MYVYYFESPE KFAFNKVIRT ENQNEISLEK FNEFKETIQN KLFKQDGFKD ISLYEPGKGD EKPTPLLMHL K LPRNTGML PYTNTNNVST LIEQGYSIKI DKIVRIVIDG KHYIKAEASV VSSLDFKDDV SKGDSWGKAN YNDWSNKLTP NE LADVNDY MRGGYTAINN YLISNGPVNN PNPELDSKIT NIENALKREP IPTNLTVYRR SGPQEFGLTL TSPEYDFNKL ENI DAFKSK WEGQALSYPN FISTSIGSVN MSAFAKRKIV LRITIPKGSP GAYLSAIPGY AGEYEVLLNH GSKFKINKID SYKD GTITK LIVDATLIP

UniProtKB: ADP-ribosyltransferase enzymatic component

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分子 #3: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 14 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 45 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 52.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.2.1) / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 43726
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.2.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.2.1)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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