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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-44416 | ||||||||||||
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タイトル | Binned tomogram of stationary phase Burkholderia thailandensis | ||||||||||||
マップデータ | Binned tomogram of stationary phase Burkholderia thailandensis | ||||||||||||
試料 |
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キーワード | stationary phase / CELL CYCLE | ||||||||||||
生物種 | Burkholderia thailandensis E264 (バクテリア) | ||||||||||||
手法 | 電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法 | ||||||||||||
データ登録者 | Khanna K / Welch MD | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 3件
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引用 | ジャーナル: MicroPubl Biol / 年: 2024 タイトル: Cryo-electron tomography of stationary phase . 著者: Kanika Khanna / Matthew D Welch / 要旨: species belonging to the pseudomallei group include significant human and animal pathogens as well as the non-pathogenic species . These bacteria co-opt the host cell machinery for their ... species belonging to the pseudomallei group include significant human and animal pathogens as well as the non-pathogenic species . These bacteria co-opt the host cell machinery for their replication and spread between host cells. Thus, it is of interest to understand the structural features of these cells that contribute to host cell colonization and virulence. This study provides high-resolution cryo-electron tomograms of stationary phase . It reveals the presence of compact nucleoids and storage granules, as well as examples of the type III secretion system and chemoreceptor arrays. The data can be used to investigate the near-atomic structure of stationary-phase bacterial macromolecules, such as ribosomes. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_44416.map.gz | 179.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-44416-v30.xml emd-44416.xml | 32.8 KB 32.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_44416.png | 177.2 KB | ||
Filedesc metadata | emd-44416.cif.gz | 3.9 KB | ||
その他 | emd_44416_additional_1.map.gz emd_44416_additional_10.map.gz emd_44416_additional_11.map.gz emd_44416_additional_12.map.gz emd_44416_additional_2.map.gz emd_44416_additional_3.map.gz emd_44416_additional_4.map.gz emd_44416_additional_5.map.gz emd_44416_additional_6.map.gz emd_44416_additional_7.map.gz emd_44416_additional_8.map.gz emd_44416_additional_9.map.gz | 170.1 MB 364.9 MB 335.4 MB 372.9 MB 321 MB 146.6 MB 156.3 MB 158.4 MB 129.6 MB 111.1 MB 269.3 MB 311.8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-44416 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-44416 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_44416_validation.pdf.gz | 571.2 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_44416_full_validation.pdf.gz | 570.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_44416_validation.xml.gz | 5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_44416_validation.cif.gz | 6.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-44416 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-44416 | HTTPS FTP |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_44416.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 227 MB / タイプ: IMAGE STORED AS SIGNED BYTE | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Binned tomogram of stationary phase Burkholderia thailandensis | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 14.9 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
+追加マップ: Binned tomogram of stationary phase Burkholderia thailandensis
+追加マップ: Binned tomogram of stationary phase Burkholderia thailandensis
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+追加マップ: Binned tomogram of stationary phase Burkholderia thailandensis
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+追加マップ: Binned tomogram of stationary phase Burkholderia thailandensis
+追加マップ: Binned tomogram of stationary phase Burkholderia thailandensis
+追加マップ: Binned tomogram of stationary phase Burkholderia thailandensis
+追加マップ: Binned tomogram of stationary phase Burkholderia thailandensis
+追加マップ: Binned tomogram of stationary phase Burkholderia thailandensis
+追加マップ: Binned tomogram of stationary phase Burkholderia thailandensis
-試料の構成要素
-全体 : Cryo-electron tomography of stationary phase Burkholderia thailan...
全体 | 名称: Cryo-electron tomography of stationary phase Burkholderia thailandensis |
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要素 |
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-超分子 #1: Cryo-electron tomography of stationary phase Burkholderia thailan...
超分子 | 名称: Cryo-electron tomography of stationary phase Burkholderia thailandensis タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: Burkholderia thailandensis E264 (バクテリア) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 電子線トモグラフィー法 |
試料の集合状態 | cell |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
切片作成 | 集束イオンビーム - 装置: OTHER / 集束イオンビーム - イオン: OTHER / 集束イオンビーム - 電圧: 30 / 集束イオンビーム - 電流: 0.1 / 集束イオンビーム - 時間: 1800 / 集束イオンビーム - 温度: 93 K / 集束イオンビーム - Initial thickness: 2000 / 集束イオンビーム - 最終 厚さ: 150 集束イオンビーム - 詳細: The value given for _em_focused_ion_beam.instrument is Aquilos 2. This is not in a list of allowed values {'DB235', 'OTHER'} so OTHER is written into the XML file. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 100.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER / 最大 デフォーカス(公称値): 6.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 4.0 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 使用した粒子像数: 40 |
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