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万見
- EMDB-44391: Cryo-EM structure of the ZBTB9 BTB domain filament -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-44391
タイトルCryo-EM structure of the ZBTB9 BTB domain filament
マップデータprimary map
試料
  • 複合体: ZBTB9 BTB domain filament
    • タンパク質・ペプチド: Zinc finger and BTB domain-containing protein 9
キーワードBTB domain / transcription factor / ZBTB protein / transcription
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / identical protein binding / nucleus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
BTB/POZ domain / BTB domain profile. / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger C2H2-type
類似検索 - ドメイン・相同性
Zinc finger and BTB domain-containing protein 9
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.1 Å
データ登録者Park J / Hunkeler M / Fischer ES
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2024
タイトル: Polymerization of ZBTB transcription factors regulates chromatin occupancy.
著者: Paul M C Park / Jiho Park / Jared Brown / Moritz Hunkeler / Shourya S Roy Burman / Katherine A Donovan / Hojong Yoon / Radosław P Nowak / Mikołaj Słabicki / Benjamin L Ebert / Eric S Fischer /
要旨: BCL6, an oncogenic transcription factor (TF), forms polymers in the presence of a small-molecule molecular glue that stabilizes a complementary interface between homodimers of BCL6's broad-complex, ...BCL6, an oncogenic transcription factor (TF), forms polymers in the presence of a small-molecule molecular glue that stabilizes a complementary interface between homodimers of BCL6's broad-complex, tramtrack, and bric-à-brac (BTB) domain. The BTB domains of other proteins, including a large class of TFs, have similar architectures and symmetries, raising the possibility that additional BTB proteins self-assemble into higher-order structures. Here, we surveyed 189 human BTB proteins with a cellular fluorescent reporter assay and identified 18 ZBTB TFs that show evidence of polymerization. Through biochemical and cryoelectron microscopy (cryo-EM) studies, we demonstrate that these ZBTB TFs polymerize into filaments. We found that BTB-domain-mediated polymerization of ZBTB TFs enhances chromatin occupancy within regions containing homotypic clusters of TF binding sites, leading to repression of target genes. Our results reveal a role of higher-order structures in regulating ZBTB TFs and suggest an underappreciated role for TF polymerization in modulating gene expression.
履歴
登録2024年4月3日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年7月24日-
マップ公開2024年7月24日-
更新2024年7月24日-
現状2024年7月24日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_44391.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_44391.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 75.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈primary map
ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.35 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.4
最小 - 最大-0.3420041 - 1.0533093
平均 (標準偏差)-0.00026321408 (±0.025548274)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ270270270
Spacing270270270
セルA=B=C: 634.5 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_44391_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: sharpened

ファイルemd_44391_additional_1.map
注釈sharpened
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_44391_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_44391_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : ZBTB9 BTB domain filament

全体名称: ZBTB9 BTB domain filament
要素
  • 複合体: ZBTB9 BTB domain filament
    • タンパク質・ペプチド: Zinc finger and BTB domain-containing protein 9

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超分子 #1: ZBTB9 BTB domain filament

超分子名称: ZBTB9 BTB domain filament / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Zinc finger and BTB domain-containing protein 9

分子名称: Zinc finger and BTB domain-containing protein 9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 14 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 19.387961 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列:
MDWSHPQFEK SAVGLNDIFE AQKIEWHEGG GGSGENLYFQ GGGRNPAPRT IQIEFPQHSS SLLESLNRHR LEGKFCDVSL LVQGRELRA HKAVLAAASP YFHDKLLLGD APRLTLPSVI EADAFEGLLQ LIYSGRLRLP LDALPAHLLV ASGLQMWQVV D QCSEILRE LETSGGGI

UniProtKB: Zinc finger and BTB domain-containing protein 9

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態filament

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試料調製

濃度0.95 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度式名称
50.0 mMC8H18N2O4S/NaOHHEPES/NaOH pH 7.4
200.0 mMNaClNaCl
0.25 mMC32H58N2O8SCHAPSO
1.0 mMC9H15O6PTCEP

詳細: 50 mM HEPES/NaOH pH 7.4, 200 mM NaCl, 0.25 mM CHAPSO, 1 mM TCEP
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 12 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.039 kPa
詳細: Grids were glow-discharged for 60 s at 15-20 mA and 39 Pa
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 283 K / 装置: LEICA EM GP
詳細: Grids were vitrified using a Leica EM GP plunge freezer operated at 90% humidity and 10 C with 10 s pre-blot, 3 s blot, 3 s post-blot..
詳細Elution fractions from Strep-tag affinity chromatography were dialyzed overnight against 50 mM HEPES/NaOH pH 7.4, 200 mM NaCl, 1 mM TCEP and concentrated by centrifugation.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1137 / 平均露光時間: 4.5 sec. / 平均電子線量: 50.1 e/Å2
詳細: 1 movie (45 frames) was acquired per hole and stage position.
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 36000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 36.1 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 101.9 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称)
アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 8.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF
詳細: Asymmetric helical refinement followed by local refinement led to the final reconstruction. The helical symmetry values represent the angular rotation and axial rise for two dimers at the ...詳細: Asymmetric helical refinement followed by local refinement led to the final reconstruction. The helical symmetry values represent the angular rotation and axial rise for two dimers at the core of the map, where the local resolution was the highest. These values, however, were not applied during helical refinement as they did not improve the quality of the final reconstruction.
使用した粒子像数: 147135
Segment selection選択した数: 2022676
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Ab-initio reconstruction
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルChain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model
詳細Real-space refinement without local grid search
精密化空間: REAL / プロトコル: OTHER / 温度因子: 762
得られたモデル

PDB-9b9v:
Cryo-EM structure of the ZBTB9 BTB domain filament

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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