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- EMDB-44347: GP38-GnH-DS-Gc in the pre-fusion conformation -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-44347
タイトルGP38-GnH-DS-Gc in the pre-fusion conformation
マップデータFinal locally refined, DeepEMhanced map
試料
  • 複合体: GP38-GnH-DS-Gc in complex with ADI-46152 and ADI-36125 Fabs
    • タンパク質・ペプチド: GP38
    • タンパク質・ペプチド: Glycoprotein N
    • タンパク質・ペプチド: Glycoprotein C
    • タンパク質・ペプチド: ADI-46152 heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: ADI-46152 light chain
    • タンパク質・ペプチド: ADI-36125 heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: ADI-36125 light chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードGP38 / Gn / Gc / CCHFV / pre-fusion / heterotrimer / GP38-Gn-Gc / Gn-Gc / GP38/Gn/Gc / Gn/Gc / GP38-Gn / GP38/Gn / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell Golgi membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell endoplasmic reticulum membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Nairovirus M polyprotein-like / : / : / : / : / Nairovirus GP38 / Nairovirus, structural glycoprotein Gn / Nairovirus, mucin-like domain / Nairovirus NSm / Hantavirus glycoprotein Gc ...Nairovirus M polyprotein-like / : / : / : / : / Nairovirus GP38 / Nairovirus, structural glycoprotein Gn / Nairovirus, mucin-like domain / Nairovirus NSm / Hantavirus glycoprotein Gc / : / Hantavirus glycoprotein Gc, N-terminal / Hantavirus glycoprotein Gc, C-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelopment polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Orthonairovirus haemorrhagiae (ウイルス) / Crimean-Congo hemorrhagic fever virus strain IbAr10200 (ウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者McFadden E / McLellan JS
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI152246 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)U19AI142777 米国
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2019
タイトル: Macromolecular structure determination using X-rays, neutrons and electrons: recent developments in Phenix.
著者: Dorothee Liebschner / Pavel V Afonine / Matthew L Baker / Gábor Bunkóczi / Vincent B Chen / Tristan I Croll / Bradley Hintze / Li Wei Hung / Swati Jain / Airlie J McCoy / Nigel W Moriarty / ...著者: Dorothee Liebschner / Pavel V Afonine / Matthew L Baker / Gábor Bunkóczi / Vincent B Chen / Tristan I Croll / Bradley Hintze / Li Wei Hung / Swati Jain / Airlie J McCoy / Nigel W Moriarty / Robert D Oeffner / Billy K Poon / Michael G Prisant / Randy J Read / Jane S Richardson / David C Richardson / Massimo D Sammito / Oleg V Sobolev / Duncan H Stockwell / Thomas C Terwilliger / Alexandre G Urzhumtsev / Lizbeth L Videau / Christopher J Williams / Paul D Adams /
要旨: Diffraction (X-ray, neutron and electron) and electron cryo-microscopy are powerful methods to determine three-dimensional macromolecular structures, which are required to understand biological ...Diffraction (X-ray, neutron and electron) and electron cryo-microscopy are powerful methods to determine three-dimensional macromolecular structures, which are required to understand biological processes and to develop new therapeutics against diseases. The overall structure-solution workflow is similar for these techniques, but nuances exist because the properties of the reduced experimental data are different. Software tools for structure determination should therefore be tailored for each method. Phenix is a comprehensive software package for macromolecular structure determination that handles data from any of these techniques. Tasks performed with Phenix include data-quality assessment, map improvement, model building, the validation/rebuilding/refinement cycle and deposition. Each tool caters to the type of experimental data. The design of Phenix emphasizes the automation of procedures, where possible, to minimize repetitive and time-consuming manual tasks, while default parameters are chosen to encourage best practice. A graphical user interface provides access to many command-line features of Phenix and streamlines the transition between programs, project tracking and re-running of previous tasks.
履歴
登録2024年3月30日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年12月11日-
マップ公開2024年12月11日-
更新2025年2月5日-
現状2025年2月5日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_44347.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_44347.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 421.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Final locally refined, DeepEMhanced map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 480 pix.
= 399.936 Å		0.83 Å/pix.
x 480 pix.
= 399.936 Å		0.83 Å/pix.
x 480 pix.
= 399.936 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.8332 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.112
最小 - 最大-0.03763542 - 2.0221426
平均 (標準偏差)0.00035125873 (±0.011155043)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ480480480
Spacing480480480
セルA=B=C: 399.93597 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Unsharpened map

ファイルemd_44347_additional_1.map
注釈Unsharpened map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Half map A local refinement

ファイルemd_44347_half_map_1.map
注釈Half map A local refinement
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Half map B local refinement

ファイルemd_44347_half_map_2.map
注釈Half map B local refinement
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : GP38-GnH-DS-Gc in complex with ADI-46152 and ADI-36125 Fabs

全体名称: GP38-GnH-DS-Gc in complex with ADI-46152 and ADI-36125 Fabs
要素
  • 複合体: GP38-GnH-DS-Gc in complex with ADI-46152 and ADI-36125 Fabs
    • タンパク質・ペプチド: GP38
    • タンパク質・ペプチド: Glycoprotein N
    • タンパク質・ペプチド: Glycoprotein C
    • タンパク質・ペプチド: ADI-46152 heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: ADI-46152 light chain
    • タンパク質・ペプチド: ADI-36125 heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: ADI-36125 light chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: GP38-GnH-DS-Gc in complex with ADI-46152 and ADI-36125 Fabs

超分子名称: GP38-GnH-DS-Gc in complex with ADI-46152 and ADI-36125 Fabs
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#7
詳細: Fab fragment generated by HRV3C cleavage of IgG, GP38-GnH-DS-Gc in a single chain polypeptide
由来(天然)生物種: Orthonairovirus haemorrhagiae (ウイルス)

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分子 #1: GP38

分子名称: GP38 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Crimean-Congo hemorrhagic fever virus strain IbAr10200 (ウイルス)
株: IbAr10200
分子量理論値: 30.216844 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: NLKMEIILTL SQGLKKYYGK ILRLLQLTLE EDTEGLLEWC KRNLGLDCDD TFFQKRIEEF FITGEGHFNE VLQFRTPGTL STTESTPAG LPTAEPFKSY FAKGFLSIDS GYYSAKCYSG TSNSGLQLIN ITRHSTRIVD TPGPKITNLK TINCINLKAS I FKEHREVE ...文字列:
NLKMEIILTL SQGLKKYYGK ILRLLQLTLE EDTEGLLEWC KRNLGLDCDD TFFQKRIEEF FITGEGHFNE VLQFRTPGTL STTESTPAG LPTAEPFKSY FAKGFLSIDS GYYSAKCYSG TSNSGLQLIN ITRHSTRIVD TPGPKITNLK TINCINLKAS I FKEHREVE INVLLPQVAV NLSNCHVVIK SHVCDYSLDI DGAVRLPHIY HEGVFIPGTY KIVIDKKNKL NDRCTLFTDC VI KGREVRK GCSVLRQYKT EIRIGKASTG S

UniProtKB: Envelopment polyprotein

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分子 #2: Glycoprotein N

分子名称: Glycoprotein N / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Crimean-Congo hemorrhagic fever virus strain IbAr10200 (ウイルス)
株: IbAr10200
分子量理論値: 10.426316 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
SRLLSEEPSD DCISRTQLLR TETAEIHGDN YGGPGDKITI CNGSTICDQR LGSELGCYTI NRVRSFKLCE NSENLYFQGG GGSGGGSGG GSENLYFQG

UniProtKB: Envelopment polyprotein

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分子 #3: Glycoprotein C

分子名称: Glycoprotein C / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Crimean-Congo hemorrhagic fever virus strain IbAr10200 (ウイルス)
株: IbAr10200
分子量理論値: 59.474047 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: SLSIEAPWGA INVQSTYKPT VSTANIALSW SSVEHRGNKI LVSGRSESIM KLEERTGISW DLGVEDASES KLLTVSVMDL SQMYSPVFE YLSGDRQVGE WPKATCTGDC PERCGCTSST CLHKEWPHSR NWRCNPTWCW GVGTGCTCCG LDVKDLFTDY M FVKWKVEY ...文字列:
SLSIEAPWGA INVQSTYKPT VSTANIALSW SSVEHRGNKI LVSGRSESIM KLEERTGISW DLGVEDASES KLLTVSVMDL SQMYSPVFE YLSGDRQVGE WPKATCTGDC PERCGCTSST CLHKEWPHSR NWRCNPTWCW GVGTGCTCCG LDVKDLFTDY M FVKWKVEY IKTEAIVCVE LTSQERQCSL IEAGTRFNLG PVTITLSEPR NIQQKLPPEI ITLHPRIEEG FFDLMHVQKV LS ASTVCKL QSCTHGVPGD LQVYHIGNLL KGDKVNGHLI HKIEPHFNTS WMSWDGCDLD YYCNMGDWPS CTYTGVTQHN HAS FVNLLN IETDYTKNFH FHSKRVTAHG DTPQLDLKAR PTYGAGEITV LVEVADMELH TKKIEISGLK FASLACTGCY ACSS GISCK VRIHVDEPDE LTVHVKSDDP DVVAASSSLM ARKLEFGTDS TFKAFSAMPK TSLCFYIVER EHCKSCSEED TKKCV NTKL EGSLEVLFQG PGHHHHHHHH SAWSHPQFEK GGGSGGGGSG GSAWSHPQFE K

UniProtKB: Envelopment polyprotein

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分子 #4: ADI-46152 heavy chain

分子名称: ADI-46152 heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 52.562246 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MGWSCIILFL VATATGVHSE VQLVESGGVL VQPGGSLRLS CAASGFTVNS NYMTWVRQAP GKGLEWVSVI YSGGYTYYAD SVKGRFAIS RDNSKNTVYL QMNSLRVEDT AVYYCARLRL SSSWYPEAFD YWGQGTLVTV SSASTKGPSV FPLAPSSKST S GGTAALGC ...文字列:
MGWSCIILFL VATATGVHSE VQLVESGGVL VQPGGSLRLS CAASGFTVNS NYMTWVRQAP GKGLEWVSVI YSGGYTYYAD SVKGRFAIS RDNSKNTVYL QMNSLRVEDT AVYYCARLRL SSSWYPEAFD YWGQGTLVTV SSASTKGPSV FPLAPSSKST S GGTAALGC LVKDYFPEPV TVSWNSGALT SGVHTFPAVL QSSGLYSLSS VVTVPSSSLG TQTYICNVNH KPSNTKVDKK VE PKSCDKG LEVLFQGPTH TCPPCPAPEL LGGPSVFLFP PKPKDTLMIS RTPEVTCVVV DVSHEDPEVK FNWYVDGVEV HNA KTKPRE EQYNSTYRVV SVLTVLHQDW LNGKEYKCKV SNKALPAPIE KTISKAKGQP REPQVYTLPP SRDELTKNQV SLTC LVKGF YPSDIAVEWE SNGQPENNYK TTPPVLDSDG SFFLYSKLTV DKSRWQQGNV FSCSVMHEAL HNHYTQKSLS LSPGK

-
分子 #5: ADI-46152 light chain

分子名称: ADI-46152 light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 25.709848 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MRPTWAWWLF LVLLLALWAP ARGAILLTQS PSSLSASVGD RVTITCRASQ GISSALAWYQ QKPGRAPKVL IYDASSLANG VPSRFSGSG SGTDFTLTIN SLQPEDFATY YCQQFNYYPL TFGGGTKVEI KRTVAAPSVF IFPPSDEQLK SGTASVVCLL N NFYPREAK ...文字列:
MRPTWAWWLF LVLLLALWAP ARGAILLTQS PSSLSASVGD RVTITCRASQ GISSALAWYQ QKPGRAPKVL IYDASSLANG VPSRFSGSG SGTDFTLTIN SLQPEDFATY YCQQFNYYPL TFGGGTKVEI KRTVAAPSVF IFPPSDEQLK SGTASVVCLL N NFYPREAK VQWKVDNALQ SGNSQESVTE QDSKDSTYSL SSTLTLSKAD YEKHKVYACE VTQGTTSVTK SFNRGEC

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分子 #6: ADI-36125 heavy chain

分子名称: ADI-36125 heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 51.377969 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MGWSCIILFL VATATGVHSQ VQLVQSGGGL VKPGGSLRLS CAASGFSLSS YSMNWVRQAP GKGLEWVSSI SNTGSYKYYA DSVKGRFTI SRDNAKNSVY LQMNSLRAED RAVYYCARDH VHWGQGTLVT VSSASTKGPS VFPLAPSSKS TSGGTAALGC L VKDYFPEP ...文字列:
MGWSCIILFL VATATGVHSQ VQLVQSGGGL VKPGGSLRLS CAASGFSLSS YSMNWVRQAP GKGLEWVSSI SNTGSYKYYA DSVKGRFTI SRDNAKNSVY LQMNSLRAED RAVYYCARDH VHWGQGTLVT VSSASTKGPS VFPLAPSSKS TSGGTAALGC L VKDYFPEP VTVSWNSGAL TSGVHTFPAV LQSSGLYSLS SVVTVPSSSL GTQTYICNVN HKPSNTKVDK KVEPKSCDKG LE VLFQGPT HTCPPCPAPE LLGGPSVFLF PPKPKDTLMI SRTPEVTCVV VDVSHEDPEV KFNWYVDGVE VHNAKTKPRE EQY NSTYRV VSVLTVLHQD WLNGKEYKCK VSNKALPAPI EKTISKAKGQ PREPQVYTLP PSRDELTKNQ VSLTCLVKGF YPSD IAVEW ESNGQPENNY KTTPPVLDSD GSFFLYSKLT VDKSRWQQGN VFSCSVMHEA LHNHYTQKSL SLSPGK

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分子 #7: ADI-36125 light chain

分子名称: ADI-36125 light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 26.091293 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MRPTWAWWLF LVLLLALWAP ARGETTLTQS PSSLSASVGD RVTITCRASQ GISNFLAWYQ QKPGKVPKLL IYTTSTLQSG VPSRFSGSG SGTDFTLTIS SLQPEDVATY YCLYYNSAPW TFGQGTKVEI KRTVAAPSVF IFPPSDEQLK SGTASVVCLL N NFYPREAK ...文字列:
MRPTWAWWLF LVLLLALWAP ARGETTLTQS PSSLSASVGD RVTITCRASQ GISNFLAWYQ QKPGKVPKLL IYTTSTLQSG VPSRFSGSG SGTDFTLTIS SLQPEDVATY YCLYYNSAPW TFGQGTKVEI KRTVAAPSVF IFPPSDEQLK SGTASVVCLL N NFYPREAK VQWKVDNALQ SGNSQESVTE QDSKDSTYSL SSTLTLSKAD YEKHKVYACE VTHQGLSSPV TKSFNRGEC

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分子 #9: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 1 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.5 mg/mL
緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 69.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 728031
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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