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- EMDB-44341: RM038 Fab in complex with Apex-GT 6.2 trimer and RM20A3 Fab -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-44341
タイトルRM038 Fab in complex with Apex-GT 6.2 trimer and RM20A3 Fab
マップデータ
試料
  • 複合体: RM038 Fab in complex with Apex GT6.2 trimer and RM20A3 Fab
    • タンパク質・ペプチド: RM038 fragment antigen binding heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: RM038 fragment antigen binding light chain
    • タンパク質・ペプチド: RM20A3 fragment antigen binding light chain
    • タンパク質・ペプチド: RM20A3 fragment antigen binding heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein gp160
    • タンパク質・ペプチド: Transmembrane protein gp41
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードHIV Env / immune complex / VIRAL PROTEIN / macaque antibody / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated perturbation of host defense response / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell ...symbiont-mediated perturbation of host defense response / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / membrane / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein gp160
類似検索 - 構成要素
生物種Macaca mulatta (アカゲザル) / Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Pratap PP / Ozorowski G / Ward AB
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
Bill & Melinda Gates FoundationINV-002916 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)UM1 AI144462 米国
引用ジャーナル: Sci Immunol / 年: 2025
タイトル: HIV broadly neutralizing antibody precursors to the Apex epitope induced in nonhuman primates.
著者: Krystal M Ma / Henry J Sutton / Payal P Pratap / Jon M Steichen / Diane Carnathan / James Quinn / Oleksandr Kalyuzhniy / Alessia Liguori / Sashank Agrawal / Sabyasachi Baboo / Patrick Madden ...著者: Krystal M Ma / Henry J Sutton / Payal P Pratap / Jon M Steichen / Diane Carnathan / James Quinn / Oleksandr Kalyuzhniy / Alessia Liguori / Sashank Agrawal / Sabyasachi Baboo / Patrick Madden / Christopher A Cottrell / Jordan R Willis / Jeong-Hyun Lee / Elise Landais / Xiaozhen Hu / Parham Ramezani-Rad / Gabriel Ozorowski / Vanessa R Lewis / Jolene K Diedrich / Xiaoya Zhou / Tasha K Altheide / Nicole Phelps / Erik Georgeson / Nushin B Alavi / Danny Lu / Saman Eskandarzadeh / Michael Kubitz / Yumiko Adachi / Tina-Marie Mullen / Murillo Silva / Mariane B Melo / Sunny Himansu / Darrell J Irvine / Dennis R Burton / John R Yates / James C Paulson / Devin Sok / Ian A Wilson / Guido Silvestri / Andrew B Ward / Shane Crotty / William R Schief /
要旨: An effective prophylactic HIV vaccine will likely need to induce broadly neutralizing antibodies (bnAbs). bnAbs to the Apex region of the HIV envelope glycoprotein (Env) are promising targets for ...An effective prophylactic HIV vaccine will likely need to induce broadly neutralizing antibodies (bnAbs). bnAbs to the Apex region of the HIV envelope glycoprotein (Env) are promising targets for vaccination because of their relatively low somatic hypermutation compared with other bnAbs. Most Apex bnAbs engage Env using an exceptionally long heavy-chain complementarity-determining region 3 (HCDR3) containing specific binding motifs, which reduces bnAb precursor frequency and makes priming of rare bnAb precursors a likely limiting step in the path to Apex bnAb induction. We found that adjuvanted protein or mRNA lipid nanoparticle (LNP) immunization of rhesus macaques with ApexGT6, an Env trimer engineered to bind Apex bnAb precursors, consistently induced Apex bnAb-related precursors with long HCDR3s bearing bnAb-like sequence motifs. Cryo-electron microscopy revealed that elicited Apex bnAb-related HCDR3s had structures combining elements of several prototype Apex bnAbs. These results achieve a critical HIV vaccine development milestone in outbred primates.
履歴
登録2024年3月29日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年7月30日-
マップ公開2025年7月30日-
更新2025年9月3日-
現状2025年9月3日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_44341.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_44341.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.04 Å/pix.
x 400 pix.
= 417.6 Å		1.04 Å/pix.
x 400 pix.
= 417.6 Å		1.04 Å/pix.
x 400 pix.
= 417.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.044 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.17
最小 - 最大-0.6368545 - 1.2061982
平均 (標準偏差)-0.0000410512 (±0.020213284)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 417.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_44341_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: local refinement map

ファイルemd_44341_additional_1.map
注釈local refinement map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map B

ファイルemd_44341_half_map_1.map
注釈Half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map A

ファイルemd_44341_half_map_2.map
注釈half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : RM038 Fab in complex with Apex GT6.2 trimer and RM20A3 Fab

全体名称: RM038 Fab in complex with Apex GT6.2 trimer and RM20A3 Fab
要素
  • 複合体: RM038 Fab in complex with Apex GT6.2 trimer and RM20A3 Fab
    • タンパク質・ペプチド: RM038 fragment antigen binding heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: RM038 fragment antigen binding light chain
    • タンパク質・ペプチド: RM20A3 fragment antigen binding light chain
    • タンパク質・ペプチド: RM20A3 fragment antigen binding heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein gp160
    • タンパク質・ペプチド: Transmembrane protein gp41
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: RM038 Fab in complex with Apex GT6.2 trimer and RM20A3 Fab

超分子名称: RM038 Fab in complex with Apex GT6.2 trimer and RM20A3 Fab
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#6
由来(天然)生物種: Macaca mulatta (アカゲザル)

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分子 #1: RM038 fragment antigen binding heavy chain

分子名称: RM038 fragment antigen binding heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Macaca mulatta (アカゲザル)
分子量理論値: 14.84835 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
QCVEQLVESG GGLVQPGASL RLSCAASEFT FSDSDMHWVR QVPGQGLEWV SAISLGGDTH YPDSVKGRFT ISRDNAKNSL YLQMNSLRP EDTAVYYCAR GGRGGYEDD(TYS) G(TYS)FYFIGGRR SLDVWGRGAL VTVSS

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分子 #2: RM038 fragment antigen binding light chain

分子名称: RM038 fragment antigen binding light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Macaca mulatta (アカゲザル)
分子量理論値: 12.335695 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
DIVMTQTPLS LPVTPGEPAS ISCRSSQSLL DSEAGNTYLD WYLQRPGQSP QLLIYEVSNR ASGVPDRFSG SGSDTDFTLK VSRVEAEDV GVYYCMQGIQ LPYSFGQGTK VEIK

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分子 #3: RM20A3 fragment antigen binding light chain

分子名称: RM20A3 fragment antigen binding light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Macaca mulatta (アカゲザル)
分子量理論値: 11.540614 KDa
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列:
ALTQPPSVSG SPGQSVTISC TGTSSDIGSY NYVSWYQQHP GKAPKLMIYD VTQRPSGVSD RFSGSKSGNT ASLTISGLQA DDEADYYCS AYAGRQTFYI FGGGTRLTVL

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分子 #4: RM20A3 fragment antigen binding heavy chain

分子名称: RM20A3 fragment antigen binding heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Macaca mulatta (アカゲザル)
分子量理論値: 13.424034 KDa
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列:
EVQLVETGGG LVQPGGSLKL SCRASGYTFS SFAMSWVRQA PGKGLEWVSL INDRGGLTFY VDSVKGRFTI SRDNSKNTLS LQMHSLRDG DTAVYYCATG GMSSALQSSK YYFDFWGQGA LVTVS

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分子 #5: Envelope glycoprotein gp160

分子名称: Envelope glycoprotein gp160 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / 詳細: HIV-1 Env Apex-GT6 gp120 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
分子量理論値: 56.216148 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MGILPSPGMP ALLSLVSLLS VLLMGCVAET GAENLWVTVY YGVPVWKDAE TTLFCASDAK AYETEKHNVW ATHACVSTDP NPQEIHLEN VTEEFNMWKN NMVEQMHEDI ISLWDQSLKP CVKLTPLCVG LQCTNVTNNI TDDMRGELKN CSFNATTELR N KRQKVYSL ...文字列:
MGILPSPGMP ALLSLVSLLS VLLMGCVAET GAENLWVTVY YGVPVWKDAE TTLFCASDAK AYETEKHNVW ATHACVSTDP NPQEIHLEN VTEEFNMWKN NMVEQMHEDI ISLWDQSLKP CVKLTPLCVG LQCTNVTNNI TDDMRGELKN CSFNATTELR N KRQKVYSL FYRLDIVPMV DLWTNYRLIS CNTSAITQAC PKVSFEPIPI HYCAPAGFAI LKCKDKKFNG TGPCQNVSTV QC THGIKPV VSTQLLLNGS LAEEEVIIRS ENITNNAKNI LVQLNTSVQI NCTRPNNNTV KSIRIGPGQA FYYTGDIIGD IRQ AHCNVS KATWNETLGK VVKQLRKHFG NNTIIRFAQS SGGDLEVTTH SFNCGGEFFY CNTSGLFNST WISNTSVQGS NSTG SNDSI TLPCRIKQII NMWQRIGQAM YAPPIQGVIR CVSNITGLIL TRDGGSTNST TETFRPGGGD MRDNWRSELY KYKVV KIEP LGVAPTRCKR RVVGRRRRRR

UniProtKB: Envelope glycoprotein gp160

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分子 #6: Transmembrane protein gp41

分子名称: Transmembrane protein gp41 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / 詳細: HIV-1 Env Apex-GT6 gp41 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
分子量理論値: 17.134324 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
AVGIGAVSLG FLGAAGSTMG AASMTLTVQA RNLLSGIVQQ QSNLLRAPEP QQHLLKDTHW GIKQLQARVL AVEHYLRDQQ LLGIWGCSG KLICCTNVPW NSSWSNRNLS EIWDNMTWLQ WDKEISNYTQ IIYGLLEESQ NQQEKNEQDL LALD

UniProtKB: Envelope glycoprotein gp160

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分子 #9: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 49 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 45.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.7 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.7000000000000001 µm
倍率（公称値）: 190000

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

7t73

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 131958
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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