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- EMDB-44290: Envelope protein ASU of YFV-ES504 with YFV-17D DIII in complex wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-44290
タイトルEnvelope protein ASU of YFV-ES504 with YFV-17D DIII in complex with 2C9 Fab
マップデータ
試料
  • 複合体: YFV envelope protein expressed in the backbone of Binjari virus in complex with 2C9 Fab
    • 複合体: YFV envelope protein expressed in the genomic backbone of BinJV
      • タンパク質・ペプチド: Envelope protein
    • 複合体: 2C9 Fab HC
      • タンパク質・ペプチド: 2C9 Fab heavy chain
    • 複合体: 2C9 Fab LC
      • タンパク質・ペプチド: 2C9 Fab light chain
キーワードFlavivirus / Envelope protein / Yellow fever virus / VIRUS / VIRUS-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / viral capsid / double-stranded RNA binding / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / methyltransferase cap1 activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / RNA helicase activity / protein dimerization activity / host cell perinuclear region of cytoplasm ...symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / viral capsid / double-stranded RNA binding / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / methyltransferase cap1 activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / RNA helicase activity / protein dimerization activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / host cell endoplasmic reticulum membrane / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / symbiont-mediated activation of host autophagy / serine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / GTP binding / virion attachment to host cell / host cell nucleus / virion membrane / structural molecule activity / proteolysis / extracellular region / ATP binding / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Flavivirus non-structural protein NS2B / : / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus non-structural protein NS4B / mRNA cap 0/1 methyltransferase / Flavivirus non-structural protein NS4B / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus NS2B domain profile. / mRNA cap 0 and cap 1 methyltransferase (EC 2.1.1.56 and EC 2.1.1.57) domain profile. ...Flavivirus non-structural protein NS2B / : / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus non-structural protein NS4B / mRNA cap 0/1 methyltransferase / Flavivirus non-structural protein NS4B / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus NS2B domain profile. / mRNA cap 0 and cap 1 methyltransferase (EC 2.1.1.56 and EC 2.1.1.57) domain profile. / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus NS3, petidase S7 / Peptidase S7, Flavivirus NS3 serine protease / Flavivirus NS3 protease (NS3pro) domain profile. / RNA-directed RNA polymerase, thumb domain, Flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, thumb domain / RNA-directed RNA polymerase, flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, fingers and palm domains / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural Protein NS1 / Flavivirus non-structural protein NS1 / Envelope glycoprotein M, flavivirus / Envelope glycoprotein M superfamily, flavivirus / Flavivirus envelope glycoprotein M / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus polyprotein propeptide superfamily / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus envelope glycoprotein E, stem/anchor domain / : / Flavivirus NS3 helicase, C-terminal helical domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain superfamily / Flavivirus glycoprotein E, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein central and dimerisation domain / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domains / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 1 / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 2 / Ribosomal RNA methyltransferase, FtsJ domain / FtsJ-like methyltransferase / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / DEAD box, Flavivirus / Flavivirus DEAD domain / helicase superfamily c-terminal domain / Immunoglobulin E-set / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Helicase, C-terminal / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Yellow fever virus (黄熱ウイルス) / Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Bibby S / James J / Modhiran N / Watterson D
資金援助 オーストラリア, 2件
OrganizationGrant number国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)APP1164216 オーストラリア
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)APP2004582 オーストラリア
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: A single residue in the yellow fever virus envelope protein modulates virion architecture and antigenicity.
著者: Summa Bibby / James Jung / Yu Shang Low / Alberto A Amarilla / Natalee D Newton / Connor A P Scott / Jessica Balk / Yi Tian Ting / Morgan E Freney / Benjamin Liang / Timothy Grant / Fasséli ...著者: Summa Bibby / James Jung / Yu Shang Low / Alberto A Amarilla / Natalee D Newton / Connor A P Scott / Jessica Balk / Yi Tian Ting / Morgan E Freney / Benjamin Liang / Timothy Grant / Fasséli Coulibaly / Paul Young / Roy A Hall / Jody Hobson-Peters / Naphak Modhiran / Daniel Watterson /
要旨: Yellow fever virus (YFV) is a re-emerging flavivirus that causes severe hepatic disease and mortality in humans. Despite being researched for over a century, the structure of YFV has remained elusive. ...Yellow fever virus (YFV) is a re-emerging flavivirus that causes severe hepatic disease and mortality in humans. Despite being researched for over a century, the structure of YFV has remained elusive. Here we use a chimeric virus platform to resolve the first high resolution cryo-EM structures of YFV. Stark differences in particle morphology and homogeneity are observed between vaccine and virulent strains of YFV, and these are found to have significant implications on antibody recognition and neutralisation. We identify a single residue (R380) in the YFV envelope protein that stabilises the virion surface, and leads to reduced exposure of the cross-reactive fusion loop epitope. The differences in virion morphology between YFV strains also contribute to the reduced sensitivity of the virulent YFV virions to vaccine-induced antibodies. These findings have significant implications for YFV biology, vaccinology and structure-based flavivirus antigen design.
履歴
登録2024年3月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年9月3日-
マップ公開2025年9月3日-
更新2025年10月15日-
現状2025年10月15日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_44290.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_44290.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 325 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.96 Å/pix.
x 440 pix.
= 423.28 Å		0.96 Å/pix.
x 440 pix.
= 423.28 Å		0.96 Å/pix.
x 440 pix.
= 423.28 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.962 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.5
最小 - 最大-5.8419623 - 7.780713
平均 (標準偏差)0.013287454 (±0.22141299)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ440440440
Spacing440440440
セルA=B=C: 423.28 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_44290_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_44290_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : YFV envelope protein expressed in the backbone of Binjari virus i...

全体名称: YFV envelope protein expressed in the backbone of Binjari virus in complex with 2C9 Fab
要素
  • 複合体: YFV envelope protein expressed in the backbone of Binjari virus in complex with 2C9 Fab
    • 複合体: YFV envelope protein expressed in the genomic backbone of BinJV
      • タンパク質・ペプチド: Envelope protein
    • 複合体: 2C9 Fab HC
      • タンパク質・ペプチド: 2C9 Fab heavy chain
    • 複合体: 2C9 Fab LC
      • タンパク質・ペプチド: 2C9 Fab light chain

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超分子 #1: YFV envelope protein expressed in the backbone of Binjari virus i...

超分子名称: YFV envelope protein expressed in the backbone of Binjari virus in complex with 2C9 Fab
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all

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超分子 #2: YFV envelope protein expressed in the genomic backbone of BinJV

超分子名称: YFV envelope protein expressed in the genomic backbone of BinJV
タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Yellow fever virus (黄熱ウイルス)

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超分子 #3: 2C9 Fab HC

超分子名称: 2C9 Fab HC / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

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超分子 #4: 2C9 Fab LC

超分子名称: 2C9 Fab LC / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

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分子 #1: Envelope protein

分子名称: Envelope protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Yellow fever virus (黄熱ウイルス)
分子量理論値: 42.714352 KDa
組換発現生物種: Binjari virus (ウイルス)
配列文字列: AHCIGITDRD FIEGVHGGTW VSATLEQDKC VTVMAPDKPS LDISLETVAI DGPAEARKVC YSAVLTNVKI NDKCPSTGEA HLEEENEGD NACKRTYSDR GWGNGCGLFG KGSIVACAKF TCAKSMSLFE VDQTKIQYVI RAQLHVGAKQ ENWNTDIKTL K FDALSGSQ ...文字列:
AHCIGITDRD FIEGVHGGTW VSATLEQDKC VTVMAPDKPS LDISLETVAI DGPAEARKVC YSAVLTNVKI NDKCPSTGEA HLEEENEGD NACKRTYSDR GWGNGCGLFG KGSIVACAKF TCAKSMSLFE VDQTKIQYVI RAQLHVGAKQ ENWNTDIKTL K FDALSGSQ EAEFTGYGRA TLECQVQTAV DFSNSYIAEM EKESWIVDKQ WAQDLTLPWQ SGSGGVWREM HHLVEFEPPH AA TIKVLAL GNQEGSLKTA LTGAMRVTKD TNNSKLYKLH GGHVACRVKL SALTLKGTSY KICTDKMFFV KNPTDTGHGT VVM QVKVSK GAPCRIPVIV ADDLTAAINK GILVTVNPIA STNDDEVLIE VNPPFGDSYI IVGRGDSRLT YQWHK

UniProtKB: Genome polyprotein

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分子 #2: 2C9 Fab heavy chain

分子名称: 2C9 Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 13.278872 KDa
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列:
EVKLVESGGG LVKPGGSLKL SCAASGFTFT NYAMSWVRQT PEKRLEWVAS ISSGHTPYYP DSVKGRFTIS RDNARNILFL QMSSLRSED TAMYYCARGD YYGSVYSAMD YWGQGTSLTV S

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分子 #3: 2C9 Fab light chain

分子名称: 2C9 Fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 12.04551 KDa
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列:
EIRMTQSPSS MYASLGERVT VTCKASQDIN SYLSWLQQKP GKSPKTLIYR ANRLFDGVPS RFSGSGSGQD YSLTISSLEY EDMGIFYCL QYDEFPFTFG SGTKLELK

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
120.0 nMNaClSodium chloride
10.0 mMNH2C(CH2OH)3Tris-base
1.0 mMC10H16N2O8EDTA
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: LEICA EM GP

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL CRYO ARM 300
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 25.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 4) / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: ab initio reconstruction
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cisTEM (ver. 2.0.0) / 使用した粒子像数: 314100
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-9b6w:
Envelope protein ASU of YFV-ES504 with YFV-17D DIII in complex with 2C9 Fab

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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