[日本語] English
万見
- EMDB-44246: Cryo-EM structure of HIV-1 JRFL v6 Env in complex with vaccine-el... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-44246
タイトルCryo-EM structure of HIV-1 JRFL v6 Env in complex with vaccine-elicited, Membrane Proximal External Region (MPER) directed antibody DH1317.4.
マップデータHalf Map B
試料
  • 複合体: Complex of JRFL.SOSIP.v6 with DH1317.4, VRC01 and PGT145
    • タンパク質・ペプチド: JRFL.SOSIP.v6
    • タンパク質・ペプチド: DH1317.4 Light Chain
    • タンパク質・ペプチド: DH1317.4 Heavy Chain
キーワードMembrane Proximal External Region / Vaccine-elicited antibody / DH1317.4 / JRFL SOSIP / VIRAL PROTEIN
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.7 Å
データ登録者Acharya P / Parsons R / Janowska K / Williams WB / Alam M / Haynes BF
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)U54 AI170752 米国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2024
タイトル: Vaccine induction of heterologous HIV-1-neutralizing antibody B cell lineages in humans.
著者: Wilton B Williams / S Munir Alam / Gilad Ofek / Nathaniel Erdmann / David C Montefiori / Michael S Seaman / Kshitij Wagh / Bette Korber / Robert J Edwards / Katayoun Mansouri / Amanda Eaton / ...著者: Wilton B Williams / S Munir Alam / Gilad Ofek / Nathaniel Erdmann / David C Montefiori / Michael S Seaman / Kshitij Wagh / Bette Korber / Robert J Edwards / Katayoun Mansouri / Amanda Eaton / Derek W Cain / Mitchell Martin / JongIn Hwang / Aria Arus-Altuz / Xiaozhi Lu / Fangping Cai / Nolan Jamieson / Robert Parks / Maggie Barr / Andrew Foulger / Kara Anasti / Parth Patel / Salam Sammour / Ruth J Parsons / Xiao Huang / Jared Lindenberger / Susan Fetics / Katarzyna Janowska / Aurelie Niyongabo / Benjamin M Janus / Anagh Astavans / Christopher B Fox / Ipsita Mohanty / Tyler Evangelous / Yue Chen / Madison Berry / Helene Kirshner / Elizabeth Van Itallie / Kevin O Saunders / Kevin Wiehe / Kristen W Cohen / M Juliana McElrath / Lawrence Corey / Priyamvada Acharya / Stephen R Walsh / Lindsey R Baden / Barton F Haynes /
要旨: A critical roadblock to HIV vaccine development is the inability to induce B cell lineages of broadly neutralizing antibodies (bnAbs) in humans. In people living with HIV-1, bnAbs take years to ...A critical roadblock to HIV vaccine development is the inability to induce B cell lineages of broadly neutralizing antibodies (bnAbs) in humans. In people living with HIV-1, bnAbs take years to develop. The HVTN 133 clinical trial studied a peptide/liposome immunogen targeting B cell lineages of HIV-1 envelope (Env) membrane-proximal external region (MPER) bnAbs (NCT03934541). Here, we report MPER peptide-liposome induction of polyclonal HIV-1 B cell lineages of mature bnAbs and their precursors, the most potent of which neutralized 15% of global tier 2 HIV-1 strains and 35% of clade B strains with lineage initiation after the second immunization. Neutralization was enhanced by vaccine selection of improbable mutations that increased antibody binding to gp41 and lipids. This study demonstrates proof of concept for rapid vaccine induction of human B cell lineages with heterologous neutralizing activity and selection of antibody improbable mutations and outlines a path for successful HIV-1 vaccine development.
履歴
登録2024年3月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年8月14日-
マップ公開2024年8月14日-
更新2024年8月14日-
現状2024年8月14日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_44246.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_44246.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 282.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Half Map B
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.08 Å/pix.
x 420 pix.
= 453.6 Å		1.08 Å/pix.
x 420 pix.
= 453.6 Å		1.08 Å/pix.
x 420 pix.
= 453.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.08 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.85
最小 - 最大-0.74990815 - 3.5399256
平均 (標準偏差)0.005242441 (±0.13107738)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ420420420
Spacing420420420
セルA=B=C: 453.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
ハーフマップ: Main sharpened map from cryosparc.

ファイルemd_44246_half_map_1.map
注釈Main sharpened map from cryosparc.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Half Map A

ファイルemd_44246_half_map_2.map
注釈Half Map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : Complex of JRFL.SOSIP.v6 with DH1317.4, VRC01 and PGT145

全体名称: Complex of JRFL.SOSIP.v6 with DH1317.4, VRC01 and PGT145
要素
  • 複合体: Complex of JRFL.SOSIP.v6 with DH1317.4, VRC01 and PGT145
    • タンパク質・ペプチド: JRFL.SOSIP.v6
    • タンパク質・ペプチド: DH1317.4 Light Chain
    • タンパク質・ペプチド: DH1317.4 Heavy Chain

-
超分子 #1: Complex of JRFL.SOSIP.v6 with DH1317.4, VRC01 and PGT145

超分子名称: Complex of JRFL.SOSIP.v6 with DH1317.4, VRC01 and PGT145
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 450 MDa

-
分子 #1: JRFL.SOSIP.v6

分子名称: JRFL.SOSIP.v6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MPMGSLQPLA TLYLLGMLVA SCLGVEKLWV TVYYGVPVWK EACTTLFCAS DAKAYDTKVR NVWATHCCVP TDPNPQEVVL ENVTEHFNMW KNNMVEQMQE DIISLWDQSL KPCVKLTPLC VTLNCKDVNA TNTTNDSEGT MERGEIKNCS FNITTSIRDK VQKEYALFYK ...文字列:
MPMGSLQPLA TLYLLGMLVA SCLGVEKLWV TVYYGVPVWK EACTTLFCAS DAKAYDTKVR NVWATHCCVP TDPNPQEVVL ENVTEHFNMW KNNMVEQMQE DIISLWDQSL KPCVKLTPLC VTLNCKDVNA TNTTNDSEGT MERGEIKNCS FNITTSIRDK VQKEYALFYK LDVVPIDNNN TSYRLISCDT SVITQACPKI SFEPIPIHYC APAGFAILKC NDKTFNGKGP CKNVSTVQCT HGIRPVVSTQ LLLNGSLAEE EVVIRSDNFT NNAKTIIVQL KESVEINCTR PNNNTRKSIH IGPGRWFYTT GEIIGDIRQA HCNISRAKWN DTLKQIVIKL REQFENKTIV FNHSSGGDPE IVMHSFNCGG EFFYCNSTQL FNSTWNNNTE GSNNTEGNTI TLPCRIKQII NMWQEIGKAM YAPPIRGQIR CSSNITGLLL TRDGGINENG TEIFRPGGGD MRDNWRSELY KYKVVKIEPL GVAPTKCKRR VVGRRRRRRA VGIGAVFLGF LGAAGSTMGA ASMTLTVQAR QLLSGIVQQQ NNCLRAPECQ QRMLQLTVWG IKQLQARVLA VERYLGDQQL LGIWGCSGKL ICCTAVPWNA SWSNKSLDRI WNNMTWMEWE REIDNYTSEI YTLIEESQNQ QEKNEQELLE LDKWASLWNW FDITKWLWYI KIFIMIVGGL VGLRLVFTVL SIVNRVRQGY SPLSFQTLLP APRGPDRPEG IEEEGGERDR DRSGRLVNGF LALIWVDLRS LCLFSYHRLR DLLLTVTRIV ELLGRRGWEV LKYWWNLLQY WSQELKNSAV SLLNATAIAV AEGTDRIIEA LQRTYRAILH IPTRIRQGLE RALL

-
分子 #2: DH1317.4 Light Chain

分子名称: DH1317.4 Light Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MGWSCIILFL VATATGVHSD IQMTQSPSSL SASVGDRVTI TCRASQVISS WVAWYQQKPG QAPKLLIFGT SSLQNGVPSR FSGSGSGTYF TLTISSLQPE DFATYYCQQA NSFPPKWPFG QGTKVEIKRT VAAPSVFIFP PSDEQLKSGT ASVVCLLNNF YPREAKVQWK ...文字列:
MGWSCIILFL VATATGVHSD IQMTQSPSSL SASVGDRVTI TCRASQVISS WVAWYQQKPG QAPKLLIFGT SSLQNGVPSR FSGSGSGTYF TLTISSLQPE DFATYYCQQA NSFPPKWPFG QGTKVEIKRT VAAPSVFIFP PSDEQLKSGT ASVVCLLNNF YPREAKVQWK VDNALQSGNS QESVTEQDSK DSTYSLSSTL TLSKADYEKH KVYACEVTHQ GLSSPVTKSF NRGEC

-
分子 #3: DH1317.4 Heavy Chain

分子名称: DH1317.4 Heavy Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MGWSCIILFL VATATGVHSQ VQLVQSGSEL RKPGASVKVS CKASGYTFTS YAINWVRQAP GQGLEWMGWI NTNTGIPTSA QALTGRFVFS VDSSVNTAYL QISSLKAEDT AVYYCARVRR GGYNNYYMDV WGTGTTVTVS SASTKGPSVF PLAPSSKSTS GGTAALGCLV ...文字列:
MGWSCIILFL VATATGVHSQ VQLVQSGSEL RKPGASVKVS CKASGYTFTS YAINWVRQAP GQGLEWMGWI NTNTGIPTSA QALTGRFVFS VDSSVNTAYL QISSLKAEDT AVYYCARVRR GGYNNYYMDV WGTGTTVTVS SASTKGPSVF PLAPSSKSTS GGTAALGCLV KDYFPEPVTV SWNSGALTSG VHTFPAVLQS SGLYSLSSVV TVPSSSLGTQ TYICNVNHKP SNTKVDKKVE P

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.2
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 64.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.4 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4.1) / 使用した粒子像数: 120899
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4.1)
最終 3次元分類クラス数: 3 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る