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万見
- EMDB-44175: Cryo-electron tomographic investigation of native hippocampal glu... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-44175
タイトルCryo-electron tomographic investigation of native hippocampal glutamatergic synapses - Tomogram 2
マップデータTomogram of glutamatergic synapse
試料
  • 組織: Glutamatergic synapse from mouse hippocampus tissue
キーワードSynapse AMPA Neurotransmission / MEMBRANE PROTEIN
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Matsui A / Spangler CJ / Elferich J / Gouaux E
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2024
タイトル: Cryo-electron tomographic investigation of native hippocampal glutamatergic synapses.
著者: Aya Matsui / Cathy Spangler / Johannes Elferich / Momoko Shiozaki / Nikki Jean / Xiaowei Zhao / Maozhen Qin / Haining Zhong / Zhiheng Yu / Eric Gouaux /
要旨: Chemical synapses are the major sites of communication between neurons in the nervous system and mediate either excitatory or inhibitory signaling. At excitatory synapses, glutamate is the primary ...Chemical synapses are the major sites of communication between neurons in the nervous system and mediate either excitatory or inhibitory signaling. At excitatory synapses, glutamate is the primary neurotransmitter and upon release from presynaptic vesicles, is detected by postsynaptic glutamate receptors, which include ionotropic AMPA and NMDA receptors. Here, we have developed methods to identify glutamatergic synapses in brain tissue slices, label AMPA receptors with small gold nanoparticles (AuNPs), and prepare lamella for cryo-electron tomography studies. The targeted imaging of glutamatergic synapses in the lamella is facilitated by fluorescent pre- and postsynaptic signatures, and the subsequent tomograms allow for the identification of key features of chemical synapses, including synaptic vesicles, the synaptic cleft, and AuNP-labeled AMPA receptors. These methods pave the way for imaging brain regions at high resolution, using unstained, unfixed samples preserved under near-native conditions.
履歴
登録2024年3月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年10月30日-
マップ公開2024年10月30日-
更新2024年11月20日-
現状2024年11月20日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_44175.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_44175.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.2 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Tomogram of glutamatergic synapse
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
10 Å/pix.
x 325 pix.
= 3250. Å		10 Å/pix.
x 1188 pix.
= 11880. Å		10 Å/pix.
x 844 pix.
= 8440. Å

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 10 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
最小 - 最大-1.8526415 - 1.2767462
平均 (標準偏差)0.016756298 (±0.1826283)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-6969-65
サイズ1188844325
Spacing8441188325
セルA: 8440.0 Å / B: 11880.0 Å / C: 3250.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Glutamatergic synapse from mouse hippocampus tissue

全体名称: Glutamatergic synapse from mouse hippocampus tissue
要素
  • 組織: Glutamatergic synapse from mouse hippocampus tissue

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超分子 #1: Glutamatergic synapse from mouse hippocampus tissue

超分子名称: Glutamatergic synapse from mouse hippocampus tissue / タイプ: tissue / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: C57BL/6 / 器官: Brain / 組織: Hippocampus

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態tissue

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: EMS Lacey Carbon / 材質: GOLD / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 20
凍結凍結剤: NITROGEN
詳細Dissected hippocampus tissue from vGlut1-mScarlet/PSD95-EGFP mouse line
加圧凍結法装置: OTHER
詳細: The value given for _em_high_pressure_freezing.instrument is Leica ICE. This is not in a list of allowed values {'EMS-002 RAPID IMMERSION FREEZER', 'LEICA EM PACT', 'LEICA EM HPM100', 'LEICA ...詳細: The value given for _em_high_pressure_freezing.instrument is Leica ICE. This is not in a list of allowed values {'EMS-002 RAPID IMMERSION FREEZER', 'LEICA EM PACT', 'LEICA EM HPM100', 'LEICA EM PACT2', 'BAL-TEC HPM 010', 'OTHER'} so OTHER is written into the XML file.
Cryo protectant20% dextran; 5% sucrose
切片作成集束イオンビーム - 装置: OTHER / 集束イオンビーム - イオン: OTHER / 集束イオンビーム - 電圧: 30 / 集束イオンビーム - 電流: 0.03 / 集束イオンビーム - 時間: 120 / 集束イオンビーム - 温度: 83 K / 集束イオンビーム - Initial thickness: 40000 / 集束イオンビーム - 最終 厚さ: 200
集束イオンビーム - 詳細: The value given for _em_focused_ion_beam.instrument is TFS Aquilos 2. This is not in a list of allowed values {'DB235', 'OTHER'} so OTHER is written into the XML file.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 4.55 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 0.01 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0.1) / 使用した粒子像数: 33

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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