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- EMDB-44098: Octameric prenyltransferase core of linkerless Fusicoccadiene syn... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-44098
タイトルOctameric prenyltransferase core of linkerless Fusicoccadiene synthase with two associated cyclase domains
マップデータMain map
試料
  • 複合体: Octameric prenyltransferase core of linkerless Fusicoccadiene synthase with two associated cyclase domains
    • タンパク質・ペプチド: Fusicoccadiene synthase (linkerless)
キーワードEnzyme / Terpene / Cyclase / Engineered Construct / TRANSFERASE
生物種Diaporthe amygdali (菌類)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.79 Å
データ登録者Wenger ES / Schultz K / Marmorstein R / Christianson DW
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM56838 米国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2024
タイトル: Engineering substrate channeling in a bifunctional terpene synthase.
著者: Eliott S Wenger / Kollin Schultz / Ronen Marmorstein / David W Christianson /
要旨: Fusicoccadiene synthase from (PaFS) is a bifunctional terpene synthase. It contains a prenyltransferase (PT) domain that generates geranylgeranyl diphosphate (GGPP) from dimethylallyl diphosphate ...Fusicoccadiene synthase from (PaFS) is a bifunctional terpene synthase. It contains a prenyltransferase (PT) domain that generates geranylgeranyl diphosphate (GGPP) from dimethylallyl diphosphate and three equivalents of isopentenyl diphosphate, and a cyclase domain that converts GGPP into fusicoccadiene, a precursor of the diterpene glycoside Fusicoccin A. The two catalytic domains are connected by a flexible 69-residue linker. The PT domain mediates oligomerization to form predominantly octamers, with cyclase domains randomly splayed out around the PT core. Surprisingly, despite the random positioning of cyclase domains, substrate channeling is operative in catalysis since most of the GGPP generated by the PT remains on the enzyme for cyclization. Here, we demonstrate that covalent linkage of the PT and cyclase domains is not required for GGPP channeling, although covalent linkage may improve channeling efficiency. Moreover, GGPP competition experiments with other diterpene cyclases indicate that the PaFS PT and cyclase domains are preferential partners regardless of whether they are covalently linked or not. The cryoelectron microscopy structure of the 600-kD "linkerless" construct, in which the 69-residue linker is spliced out and replaced with the tripeptide PTQ, reveals that cyclase pairs associate with all four sides of the PT octamer and exhibit fascinating quaternary structural flexibility. These results suggest that optimal substrate channeling is achieved when a cyclase domain associates with the side of the PT octamer, regardless of whether the two domains are covalently linked and regardless of whether this interaction is transient or locked in place.
履歴
登録2024年3月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年10月9日-
マップ公開2024年10月9日-
更新2024年12月4日-
現状2024年12月4日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_44098.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_44098.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Main map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.08 Å/pix.
x 384 pix.
= 414.72 Å		1.08 Å/pix.
x 384 pix.
= 414.72 Å		1.08 Å/pix.
x 384 pix.
= 414.72 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.08 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.12
最小 - 最大-0.16013777 - 0.40817165
平均 (標準偏差)-0.00006114011 (±0.013298653)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 414.72003 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_44098_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Sharpened map

ファイルemd_44098_additional_1.map
注釈Sharpened map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map A

ファイルemd_44098_half_map_1.map
注釈Half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map B

ファイルemd_44098_half_map_2.map
注釈Half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Octameric prenyltransferase core of linkerless Fusicoccadiene syn...

全体名称: Octameric prenyltransferase core of linkerless Fusicoccadiene synthase with two associated cyclase domains
要素
  • 複合体: Octameric prenyltransferase core of linkerless Fusicoccadiene synthase with two associated cyclase domains
    • タンパク質・ペプチド: Fusicoccadiene synthase (linkerless)

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超分子 #1: Octameric prenyltransferase core of linkerless Fusicoccadiene syn...

超分子名称: Octameric prenyltransferase core of linkerless Fusicoccadiene synthase with two associated cyclase domains
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: Linkerless Fusicoccadiene synthase was generated by replacing the native 70-residue linker region of the bifunctional enzyme with the tripeptide PTQ
由来(天然)生物種: Diaporthe amygdali (菌類)
分子量理論値: 616 KDa

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分子 #1: Fusicoccadiene synthase (linkerless)

分子名称: Fusicoccadiene synthase (linkerless) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Diaporthe amygdali (菌類)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MGSSHHHHHH SSGLVPRGSH MEFKYSEVVE PSTYYTEGLC EGIDVRKSKF TTLEDRGAIR AHEDWNKHIG PCGEYRGTLG PRFSFISVAV PECIPERLEV ISYANEFAFL HDDVTDHVGH DTGEVENDEM MTVFLEAAHT GAIDTSNKVD IRRAGKKRIQ SQLFLEMLAI ...文字列:
MGSSHHHHHH SSGLVPRGSH MEFKYSEVVE PSTYYTEGLC EGIDVRKSKF TTLEDRGAIR AHEDWNKHIG PCGEYRGTLG PRFSFISVAV PECIPERLEV ISYANEFAFL HDDVTDHVGH DTGEVENDEM MTVFLEAAHT GAIDTSNKVD IRRAGKKRIQ SQLFLEMLAI DPECAKTTMK SWARFVEVGS SRQHETRFVE LAKYIPYRIM DVGEMFWFGL VTFGLGLHIP DHELELCREL MANAWIAVGL QNDIWSWPKE RDAATLHGKD HVVNAIWVLM QEHQTDVDGA MQICRKLIVE YVAKYLEVIE ATKNDESISL DLRKYLDAML YSISGNVVWS LECPRYNPDV SFNKTQLEWM RQGLPTQHIF FEKAVLEAPY DYIASMPSKG VRDQFIDALN DWLRVPDVKV GKIKDAVRVL HNSSLLLDDF QDNSPLRRGK PSTHNIFGSA QTVNTATYSI IKAIGQIMEF SAGESVQEVM NSIMILFQGQ AMDLFWTYNG HVPSEEEYYR MIDQKTGQLF SIATSLLLNA ADNEIPRTKI QSCLHRLTRL LGRCFQIRDD YQNLVSADYT KQKGFCEDLD EGKWSLALIH MIHKQRSHMA LLNVLSTGRK HGGMTLEQKQ FVLDIIEEEK SLDYTRSVMM DLHVQLRAEI GRIEILLDSP NPAMRLLLEL LRV

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
50.0 mMC8H18N2O4SHEPES
200.0 mMNaClsodium chloride
1.0 mMC9H15O6PTCEP
100.0 mMC3H9NOTMAO
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 5558 / 平均露光時間: 2.15 sec. / 平均電子線量: 43.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: OTHER
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 408639
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

8eax

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.79 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 47363
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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