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- EMDB-44066: Cryo-EM structure of phospholipase Cepsilon PH-COOH in complex wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-44066
タイトルCryo-EM structure of phospholipase Cepsilon PH-COOH in complex with an antigen-binding fragment (focused map)
マップデータ
試料
  • 複合体: Fab2-rPLCe PH-C
    • 複合体: rPLCe PH-C
      • タンパク質・ペプチド: 1-phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate phosphodiesterase epsilon-1
    • 複合体: Fab2
      • タンパク質・ペプチド: Fab2
キーワードphospholipase c / antigen-binding fragment / complex / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


diacylglycerol biosynthetic process / Synthesis of IP3 and IP4 in the cytosol / phosphoinositide phospholipase C / phosphatidylinositol metabolic process / phospholipase C activity / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate phospholipase C activity / glomerulus development / phosphatidylinositol-mediated signaling / lipid catabolic process / positive regulation of lamellipodium assembly ...diacylglycerol biosynthetic process / Synthesis of IP3 and IP4 in the cytosol / phosphoinositide phospholipase C / phosphatidylinositol metabolic process / phospholipase C activity / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate phospholipase C activity / glomerulus development / phosphatidylinositol-mediated signaling / lipid catabolic process / positive regulation of lamellipodium assembly / release of sequestered calcium ion into cytosol / guanyl-nucleotide exchange factor activity / epidermal growth factor receptor signaling pathway / small GTPase binding / lamellipodium / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / Ras protein signal transduction / intracellular signal transduction / G protein-coupled receptor signaling pathway / Golgi membrane / enzyme binding / metal ion binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
1-phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate phosphodiesterase epsilon-1 / : / : / Phosphoinositide phospholipase C family / Phospholipase C, phosphatidylinositol-specific, Y domain / Phosphatidylinositol-specific phospholipase C, Y domain / Phosphatidylinositol-specific phospholipase Y-box domain profile. / Phospholipase C, catalytic domain (part); domain Y / Ras association (RalGDS/AF-6) domain / Ras association (RalGDS/AF-6) domain ...1-phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate phosphodiesterase epsilon-1 / : / : / Phosphoinositide phospholipase C family / Phospholipase C, phosphatidylinositol-specific, Y domain / Phosphatidylinositol-specific phospholipase C, Y domain / Phosphatidylinositol-specific phospholipase Y-box domain profile. / Phospholipase C, catalytic domain (part); domain Y / Ras association (RalGDS/AF-6) domain / Ras association (RalGDS/AF-6) domain / Phosphatidylinositol-specific phospholipase C, X domain / Phosphatidylinositol-specific phospholipase C, X domain / Phospholipase C, catalytic domain (part); domain X / Phosphatidylinositol-specific phospholipase X-box domain profile. / Ras-associating (RA) domain profile. / Ras-associating (RA) domain / Ras guanine nucleotide exchange factor domain superfamily / Ras guanine-nucleotide exchange factor, catalytic domain superfamily / RasGEF domain / Ras guanine-nucleotide exchange factors catalytic domain profile. / Guanine nucleotide exchange factor for Ras-like small GTPases / Ras guanine-nucleotide exchange factors catalytic domain / PLC-like phosphodiesterase, TIM beta/alpha-barrel domain superfamily / Protein kinase C conserved region 2 (CalB) / C2 domain / C2 domain / C2 domain profile. / C2 domain superfamily / EF-hand domain pair / Ubiquitin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
1-phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate phosphodiesterase epsilon-1
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.28 Å
データ登録者Samassekou K / Lyon AM
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)1R01HL141076-01 米国
American Heart Association23PRE1011279 米国
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Cryo-EM Structure of Phospholipase Ce Reveals Roles for the N-terminal Domains in Maximum Activity
著者: Samassekou K / Lyon AM
履歴
登録2024年3月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年3月26日-
マップ公開2025年3月26日-
更新2025年3月26日-
現状2025年3月26日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_44066.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_44066.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.54 Å/pix.
x 512 pix.
= 275.968 Å		0.54 Å/pix.
x 512 pix.
= 275.968 Å		0.54 Å/pix.
x 512 pix.
= 275.968 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.539 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.023
最小 - 最大-0.13029906 - 0.30939025
平均 (標準偏差)0.00014462997 (±0.0045315977)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 275.968 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_44066_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_44066_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_44066_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Fab2-rPLCe PH-C

全体名称: Fab2-rPLCe PH-C
要素
  • 複合体: Fab2-rPLCe PH-C
    • 複合体: rPLCe PH-C
      • タンパク質・ペプチド: 1-phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate phosphodiesterase epsilon-1
    • 複合体: Fab2
      • タンパク質・ペプチド: Fab2

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超分子 #1: Fab2-rPLCe PH-C

超分子名称: Fab2-rPLCe PH-C / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: fragment phospholipase Cepsilon (residues 837-2281) in complex with an antigen binding fragment (Fab2)
分子量理論値: 489 KDa

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超分子 #2: rPLCe PH-C

超分子名称: rPLCe PH-C / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)

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超分子 #3: Fab2

超分子名称: Fab2 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: 1-phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate phosphodiesterase epsilon-1

分子名称: 1-phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate phosphodiesterase epsilon-1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MHHHHHHSSG VDLGTENLYF QSNADHGTEL IPWYVLSIQA DVHQFLLQGA TVIHYDQDTH LSARCFLQLQ PDNSTLTWMK PPTASPAGAR LKLGVLSNVA EPGKFPSLGN AGVSGLVEGI LDLFSVKAVY MGHPGIDIHT VCVQNKLSSM LLSETGVTLL YGLQTTDNRL ...文字列:
MHHHHHHSSG VDLGTENLYF QSNADHGTEL IPWYVLSIQA DVHQFLLQGA TVIHYDQDTH LSARCFLQLQ PDNSTLTWMK PPTASPAGAR LKLGVLSNVA EPGKFPSLGN AGVSGLVEGI LDLFSVKAVY MGHPGIDIHT VCVQNKLSSM LLSETGVTLL YGLQTTDNRL LHFVAPKHTA KMLFSGLLEL TTAVRKIRKF PDQRQQWLRK QYVSFYQEDG RYEGPTLAHA VELFGGRRWS TRNPSPGMSA KNAEKPNMQR NNTLGISTTK KKKKMLMRGE SGEVTDDEMA TRKAKMYREC RSRSGSDPQE ANEQEDSEAN VITNPPNPLH SRRAYSLTTA GSPNLATGMS SPISAWSSSS WHGRIKGGMK GFQSFMVSDS NMSFIEFVEL FKSFSIRSRK DLKDIFDIYS VPCNRSASES TPLYTNLTIE ENTNDLQPDL DLLTRNVSDL GLFMKSKQQL SDNQRQISDA IAAASIVTNG TGIESTSLGI FGVGILQLND FLVNCQGEHC TYDEILSIIQ KFEPNISMCH QGLLSFEGFA RFLMDKDNFA SKNDESRENK KDLQLPLSYY YIESSHNTYL TGHQLKGESS VELYSQVLLQ GCRSIELDCW DGDDGMPIIY HGHTLTTKIP FKEVVEAIDR SAFITSDLPI IISIENHCSL PQQRKMAEIF KSVFGEKLVA KFLFETDFSD DPMLPSPDQL RRKVLLKNKK LKAHQTPVDI LKQKAHQLAS MQTQAFTGGN ANPPPASNEE EEDEEDEYDY DYESLSDDNI LEDRPENKSC ADKLQFEYNE EVPKRIKKAD NSSGNKGKVY DMELGEEFYL PQNKKESRQI APELSDLVIY CQAVKFPGLS TLNSSGSGRG KERKSRKSIF GNNPGRMSPG ETASFNRTSG KSSCEGIRQI WEEPPLSPNT SLSAIIRTPK CYHISSLNEN AAKRLCRRYS QKLIQHTACQ LLRTYPAATR IDSSNPNPLM FWLHGIQLVA LNYQTDDLPL HLNAAMFEAN GGCGYVLKPP VLWDKSCPMY QKFSPLERDL DAMDPATYSL TIISGQNVCP SNSTGSPCIE VDVLGMPLDS CHFRTKPIHR NTLNPMWNEQ FLFRVHFEDL VFLRFAVVEN NSSAITAQRI IPLKALKRGY RHLQLRNLHN EILEISSLFI NSRRMEDNPS GSTRPASLMF NTEERKCSQT HKVTVHGVPG PEPFAVFTIN EGTKAKQLLQ QILAVDQDTK LTAADYFLME EKHFISKEKN ECRKQPFQRA VGPEEDIVQI LNSWFPEEGY VGRIVLKPQQ ETLEEKNIVH DDREVILSSE EESFFVQVHD VSPEQPRTVI KAPRVSTAQD VIQQTLCKAK YSYSILNNPN PCDYVLLEEV MKDAPNKKSS TPKSSQRILL DQECVFQAQS KWKGAGKFIL KLKEQVQASR EDKRRGISFA SELKKLTKST KQTRGLTSPP QLVASESVQS KEEKPMGALA SGDTAGYQS

UniProtKB: 1-phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate phosphodiesterase epsilon-1

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分子 #2: Fab2

分子名称: Fab2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
配列文字列: (light chain) MKKNIAFL LASMFVFSIA TNAYASDIQM TQSPSSLSAS VGDRVTITCR ASQSVSSAVA WYQQKPGKAP KLLIYSASSL YSGVPSRFSG SRSGTDFTLT ISSLQPEDFA TYYCQQSSSS LITFGQGTKV EIKRTVAAPS VFIFPPSDSQ LKSGTASVVC ...文字列:
(light chain) MKKNIAFL LASMFVFSIA TNAYASDIQM TQSPSSLSAS VGDRVTITCR ASQSVSSAVA WYQQKPGKAP KLLIYSASSL YSGVPSRFSG SRSGTDFTLT ISSLQPEDFA TYYCQQSSSS LITFGQGTKV EIKRTVAAPS VFIFPPSDSQ LKSGTASVVC LLNNFYPREA KVQWKVDNAL QSGNSQESVT EQDSKDSTYS LSSTLTLSKA DYEKHKVYAC EVTHQGLSSP VTKSFNRGEC (heavy chain) MKKNIAF LLASMFVFSI ATNAYAEISE VQLVESGGGL VQPGGSLRLS CAASGFNFSS SSIHWVRQAP GKGLEWVASI SSSSGSTSYA DSVKGRFTIS ADTSKNTAYL QMNSLRAEDT AVYYCARSEY SYQYVYGWWY WNYSAIDYWG QGTLVTVSSA STKGPSVFPL APSSKSTSGG TAALGCLVKD YFPEPVTVSW NSGALTSGVH TFPAVLQSSG LYSLSSVVTV PSSSLGTQTY ICNVNHKPSN TKVDKKVEPK SCDKTHT

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.6 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMHEPES4-(2-hydroxyethyl)-1-piperazineethanesulfonic acid
150.0 mMNaClsodium chloride
0.3 mMTCEPtris(2-carboxyethyl)phosphine
0.1 mMEDTAEthylenediaminetetraacetic acid
0.1 mMEGTAegtazic acid
0.005 %DDMn-dodecyl-b-D-maltoside
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 7052 / 平均露光時間: 3.2 sec. / 平均電子線量: 53.75 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.7000000000000001 µm
倍率（公称値）: 81000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1471782
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.28 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 147120
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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